Expasy - Expasy

Logo Expasy 2020

Expasy je online bioinformatika zdroj provozovaný SIB Švýcarský institut pro bioinformatiku. Je to rozšiřitelný a integrační portál, který poskytuje přístup k více než 160 databázím a softwarovým nástrojům a podporuje celou řadu oblastí biologických věd a klinického výzkumu od genomika, proteomika a strukturní biologie, do vývoj a fylogeneze, biologie systémů a lékařská chemie. Jednotlivé zdroje (databáze, webové a softwarové nástroje ke stažení) jsou decentralizovaným způsobem hostovány různými skupinami švýcarského bioinformatického institutu SIB a partnerskými institucemi.

Vyhledávač

Dotazy Expasy umožňují:

  1. paralelně prohledává databáze SIB prostřednictvím jediného vyhledávání
  2. agregované výsledky vyhledávání z kompletní sady> 160 zdrojů přístupných z portálu.[1]

Expasy poskytuje aktuální informace z nejnovějšího vydání jednotlivých zdrojů.

Pojmy použité v Expasy vycházejí z komplexního EDAMu ontologie.[2]

Dějiny

Expasy byl vytvořen v srpnu 1993. Původně se jmenoval EXPASY (Přpert Protein Analýza Systonek) a působil jako a proteomika server k analýze protein sekvence a struktury a dvourozměrná gelová elektroforéza (2-D Page elektroforéza).[3] ExPASy mimo jiné hostil znalostní databázi proteinové sekvence, UniProtKB / Swiss-Prot a jeho počítačově anotovaný doplněk UniProtKB / TrEMBL, než se přesunuly do UniProt webová stránka.[Citace je zapotřebí ]

ExPASy byl jedním z první web z humanitní vědy a mezi prvními 150 webovými stránkami na světě. Ke dni 5. dubna 2007„ExPASy byl od své instalace 1. srpna 1993 konzultován 1 miliardukrát.[4]

V červnu 2011 se stal portálem bioformatických zdrojů SIB ExPASy: rozmanitý katalog zdrojů bioinformatiky vyvinutý skupinami SIB.[5] Aktuální verze Expasy byla vydána v říjnu 2020.[6]

Poznámky a odkazy

  1. ^ „Zdroje SIB“. sib. swiss. Citováno 27. října 2020.
  2. ^ Ison J, Kalas M, Jonassen I, Bolser D, Uludag M, McWilliam H a kol. (Květen 2013). „EDAM: ontologie operací bioinformatiky, typy dat a identifikátorů, témata a formáty“. Bioinformatika. 29 (10): 1325–32. doi:10.1093 / bioinformatika / btt113. PMC  3654706. PMID  23479348.
  3. ^ Gasteiger E, Gattiker A, Hoogland C, Ivanyi I, Appel RD, Bairoch A (červenec 2003). „ExPASy: Proteomický server pro důkladné znalosti a analýzu proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (13): 3784–8. doi:10.1093 / nar / gkg563. PMC  168970. PMID  12824418.
  4. ^ ExPASy: SIB portál pro bioinformatiku
  5. ^ Artimo P, Jonnalagedda M, Arnold K, Baratin D, Csardi G, de Castro E a kol. (Červenec 2012). „ExPASy: Portál bioinformatických zdrojů SIB“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s webovým serverem): W597-603. doi:10.1093 / nar / gks400. PMC  3394269. PMID  22661580.
  6. ^ „Objevte nový Expasy.org, švýcarský portál zdrojů o bioinformatice“. sib. swiss. Citováno 26. října 2020.

externí odkazy