Následný promotorový prvek - Downstream promoter element

v molekulární biologie, a downstream promotor element (DPE) je základní promotor živel. Stejně jako všichni hlavní promotéři, i DPE hraje důležitou roli při zahájení genová transkripce podle RNA polymeráza II. DPE poprvé popsali T. W. Burke a James T. Kadonaga v roce Drosophila melanogaster na University of California, San Diego v roce 1996.[2] Je přítomen také u jiných druhů, včetně lidí, ale ne Saccharomyces cerevisiae.[3]
Spolu s motiv iniciátoru (Inr), další prvek základního promotoru, DPE je rozpoznán transkripční faktor II D (TFIID) podjednotky TAF6 a TAF9.[2][4][5] Ukázalo se, že bazální transkripce závislá na DPE vysoce závisí na Inr (a naopak) a na správném rozestupu mezi těmito dvěma prvky.[2][4][6]
DPE konsensuální sekvence byl původně považován za RGWCGTG,[2] novější studie však naznačují, že jde o podobnou, ale obecnější sekvenci RGWYV (T).[A][1][3][7] Nachází se asi 28–33 nukleotidy po proudu od transkripce spustit web.[3]
Výskyt
Ukázalo se, že DPE je přibližně stejně široce používán jako TATA box v D. melanogaster.[6] Zatímco DPE byl nalezen v mnoha promotéři které neobsahují pole TATA, existují také promotory, které obsahují pole TATA i DPE.[6]
Propagátoři téměř všech Hox geny z D. melanogaster, s výjimkou evolučně nejnovějších genů, Ubx a Abd-A, obsahují motiv DPE a chybí pole TATA.[8] Drosophila zahrnují promotory obsahující sekvenci DPE Abd-B, Antp P2, nevěsta sedm, hnědý, ocasní, E74, E75, zabraný, Gsα, labiální, nmMHC, ras2, zpíval, hvězdný, a bílý.[2] V jiných organismech než D. melanogaster, promotor člověka a myši IRF1 Bylo zjištěno, že gen obsahuje DPE konsensuální sekvenci ve vhodné vzdálenosti od počátečního místa transkripce. I tento promotér neobsahuje pole TATA.
Bylo také hlášeno, že DPE hraje roli v primitivním eukaryotu Entamoeba histolytica.[9]
Poznámky
- ^ v notace nukleových kyselin pro DNA, R (puRine) znamená A / G (adenin nebo guanin, což jsou oba puriny ); W (Žeak) znamená A / T (adenin nebo tymin, které oba tvoří pouze dva Vodíkové vazby ); Y (strYrimidin) znamená C / T (cytosin nebo tymin, což jsou oba pyrimidiny ); a V znamená A / C / G.
Reference
- ^ A b Butler, Jennifer E F; Kadonaga, James T (15. října 2002). „Základní promotor RNA polymerázy II: klíčová složka v regulaci genové exprese“. Geny a vývoj. 16 (20): 2583–2592. doi:10.1101 / gad.1026202. PMID 12381658.
- ^ A b C d E Burke, T W; Kadonaga, J. T. (15. března 1996). „Drosophila TFIID se váže na konzervovaný downstream element bazálního promotoru, který je přítomen v mnoha promotorech s nedostatkem TATA-boxu“. Geny a vývoj. 10 (6): 711–724. doi:10,1101 / gad.10.6.711. PMID 8598298.
- ^ A b C Juven-Gershon, Tamar; Kadonaga, James T. (březen 2010). „Regulace genové exprese prostřednictvím promotoru jádra a bazálního transkripčního aparátu“. Vývojová biologie. 339 (2): 225–229. doi:10.1016 / j.ydbio.2009.08.009. PMC 2830304. PMID 19682982.
- ^ A b Burke, Thomas W .; Kadonaga, James T. (15. listopadu 1997). „Následný základní promotorový prvek, DPE, je konzervován z Drosophily na člověka a je rozpoznáván TAFII60 z Drosophily“. Geny a vývoj. 11 (22): 3020–3031. doi:10.1101 / gad.11.22.3020. PMC 316699. PMID 9367984.
- ^ Yang, Chuhu; Bolotin, Eugene; Jiang, Tao; Sladek, Frances M .; Martinez, Ernest (březen 2007). „Prevalence iniciátoru nad TATA boxem v lidských a kvasinkových genech a identifikace DNA motivů obohacených o lidské základní promotory bez TATA“. Gen. 389 (1): 52–65. doi:10.1016 / j.gene.2006.09.029. PMC 1955227. PMID 17123746.
- ^ A b C Kutach, Alan K; Kadonaga, James T (1. července 2000). „Zdá se, že následný promotérský prvek DPE je stejně široce používán jako TATA Box v promotorech Drosophila Core“. Molekulární a buněčná biologie. 20 (13): 4754–4764. doi:10.1128 / MCB.20.13.4754-4764.2000. PMC 85905. PMID 10848601.
- ^ Kadonaga, James T (září 2002). „DPE, základní prvek promotoru pro transkripci RNA polymerázou II“. Experimentální a molekulární medicína. 34 (4): 259–264. doi:10.1038 / emm.2002.36. PMID 12515390.
- ^ Juven-Gershon, Tamar; Hsu, Jer-Yuan; Kadonaga, James T. (15. října 2008). „Caudal, klíčový vývojový regulátor, je transkripční faktor specifický pro DPE“. Geny a vývoj. 22 (20): 2823–2830. doi:10.1101 / gad.1698108. PMC 2569877. PMID 18923080.
- ^ Naiyer S, Kaur D, Ahamad J, Singh SS, Singh YP, Thakur V, Bhattacharya A, Bhattacharya S. Transkriptomická analýza odhaluje nové regulační motivy a vysoce transkribované geny faktoru virulence Entamoeba histolytica.BMC Genomics. 2019 3. března; 20 (1): 206. doi: 10,1186 / s12864-019-5570-z. PubMed PMID: 30866809; PubMed Central PMCID: PMC6416950.