TAF9 - TAF9

TAF9
Identifikátory
Aliasy	TAF9, MGC: 5067, STAF31 / 32, TAF2G, TAFII-31, TAFII-32, TAFII31, TAFII32, TAFIID32, faktor 9 související s proteinem vázajícím se na TATA
Externí ID	OMIM: 600822 MGI: 1888697 HomoloGene: 39986 Genové karty: TAF9
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 5 (lidský)
Konec	69,370,013 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • Vazba ATPázy; • GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • vazba p53; • Vazba domény C2H2 na zinkový prst; • aktivace vazby transkripčního faktoru; • aktivita histon acetyltransferázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita heterodimerizace proteinu; • vazba transkripčního faktoru; • GO: 0000983 Obecná aktivita iniciačního transkripčního faktoru RNA polymerázy II;
Buněčná složka	• transkripční faktor TFTC komplex; • pre-snoRNP komplex; • Komplex STAGA; • transkripční faktor TFIID komplex; • MLL1 komplex; • PCAF komplex; • Komplex SAGA; • buněčné jádro; • nukleoplazma;
Biologický proces	• reakce na interleukin-1; • regulace transkripce, DNA-šablony; • negativní regulace vnitřní apoptotické signální dráhy v reakci na poškození DNA mediátorem třídy p53; • stabilizace bílkovin; • negativní regulace apoptotického procesu; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, chráněná DNA; • buněčná odpověď na stimul poškození DNA; • pozitivní regulace reakce na stimul cytokinů; • sestava snoRNP krabice C / D; • pozitivní regulace buněčného růstu; • acetylace histonu H3; • Transkripce s templátem DNA, iniciace; • negativní regulace katabolického procesu proteinu závislého na proteinu ubikvitinu; • iniciace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce snRNA z promotoru RNA polymerázy II; • regulace přenosu signálu mediátorem třídy p53; • Sestava transkripčního preiniciačního komplexu RNA polymeráza II;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6880
	108143
	ENSG00000273841; ENSG00000276463
	ENSMUSG00000052293
	Q16594
	Q8VI33
	NM_003187; NM_001015892
	NM_001015889; NM_027139
	NP_001015892; NP_003178
	NP_001015889; NP_081415
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

TAF9 RNA polymeráza II, faktor spojený s TATA box vázajícím proteinem (TBP), 32 kDa, také známý jako TAF9, je protein že u lidí je kódován TAF9 gen.^[4]^[5]

Funkce

Zahájení transkripce RNA polymeráza II vyžaduje aktivity více než 70 polypeptidů. Komplex bílkovin, který tyto aktivity koordinuje, je transkripční faktor IID (TFIID ), který se váže na jádro promotér správně umístit polymerázu, slouží jako kostra pro sestavení zbytku transkripčního komplexu a funguje jako kanál pro regulační signály. TFIID se skládá z proteinu vázajícího TATA (TBP ) a skupina evolučně konzervovaných proteinů známých jako faktory spojené s TBP nebo TAF. TAF se mohou účastnit bazální transkripce, sloužit jako koaktivátory, fungovat při rozpoznávání promotoru nebo jej modifikovat obecné transkripční faktory (GTF) k usnadnění složitého sestavení a zahájení transkripce. Tento gen kóduje jednu z menších podjednotek TFIID, která se váže na bazální transkripční faktor GTF2B a také několika aktivátorům transkripce, jako je p53 a VP16. Podobný, ale odlišný gen (TAF9B ) byl nalezen na X chromozom a a pseudogen byl identifikován dne chromozom 19. Alternativní sestřih má za následek více variant přepisu kódujících různé izoformy.^[4]

Struktura

Bylo hlášeno, že 17-aminokyselinové dlouhé trans-aktivační domény (TAD) několika transkripčních faktorů se vážou přímo na TAF9: p53, VP16, HSF1, NF-IL6, NFAT1, NF-kB a ALL1 / MLL1.^[6] Uvnitř těchto 17 aminokyselin je jedinečná devět aminokyselin transaktivace doména (9aaTAD) byla identifikována pro každý hlášený transkripční faktor.^[7] 9aaTAD je nová doména společná velké nadrodině eukaryotických transkripčních faktorů představovaných Gal4, Oaf1, Leu3, Rtg3, Pho4, Gln4, Gcn4 v kvasinkách a p53, NFAT, NF-kB a VP16 u savců.^[8] TAF9 má být univerzálním transaktivačním kofaktorem pro transkripční faktory 9aaTAD.^[7]

Interakce

Bylo prokázáno, že TAF9 komunikovat s:

GCN5L2,^[9]
Moje C,^[10]
SF3B3,^[9]
SUPT7L,^[9]
TADA3L,^[9]
TAF5,^[9]^[11]
TAF6L,^[9]
TAF10,^[9]
TAF12,^[9]
TAF5L,^[9]
Protein vázající TATA,^[9]^[12]
Homolog transkripčního iniciačního proteinu SPT3,^[9] a
Protein asociovaný s transformací / transkripcí.^[9]

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000276463 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000273841, ENSG00000276463 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b „Entrez Gene: TAF9 TAF9 RNA polymeráza II, faktor spojený s proteinem vázajícím se na TATA box (TBP), 32 kDa“.
^ Evans SC, Foster CJ, El-Naggar AK, Lozano G (duben 1999). "Mapování a mutační analýza lidského genu TAF2G kódujícího kofaktor p53". Genomika. 57 (1): 182–3. doi:10.1006 / geno.1999.5745. PMID 10191103.
^ Uesugi M, Nyanguile O, Lu H, Levine AJ, Verdine GL (Srpen 1997). "Indukovaná alfa šroubovice v aktivační doméně VP16 po navázání na lidský TAF". Věda. 277 (5330): 1310–3. doi:10.1126 / science.277.5330.1310. PMID 9271577.Uesugi M, Verdine GL (prosinec 1999). „Alfa-helikální motiv FXXPhiPhi v p53: TAF interakce a diskriminace pomocí MDM2“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (26): 14801–6. Bibcode:1999PNAS ... 9614801U. doi:10.1073 / pnas.96.26.14801. PMC 24728. PMID 10611293.Choi Y, Asada S, Uesugi M (květen 2000). „Odlišné motivy vázající hTAFII31 skryté v aktivačních doménách“. J. Biol. Chem. 275 (21): 15912–6. doi:10.1074 / jbc.275.21.15912. PMID 10821850.Venot C, Maratrat M, Sierra V, Conseiller E, Debussche L (duben 1999). "Definice mutantu s nedostatečnou funkcí transaktivace p53 a charakterizace dvou nezávislých subdomén transaktivace p53". Onkogen. 18 (14): 2405–10. doi:10.1038 / sj.onc.1202539. PMID 10327062.Lin J, Chen J, Elenbaas B, Levine AJ (květen 1994). „Několik hydrofobních aminokyselin v aminoterminální doméně p53 je vyžadováno pro transkripční aktivaci, vazbu na mdm-2 a adenovirus 5 E1B 55-kD protein“. Genes Dev. 8 (10): 1235–46. doi:10,1101 / gad.8.10.1235. PMID 7926727.
^ ^A ^b Piskacek S, Gregor M, Nemethova M, Grabner M, Kovarik P, Piskacek M (červen 2007). "Doména transaktivace devíti aminokyselin: pomůcky pro zřízení a predikci". Genomika. 89 (6): 756–68. doi:10.1016 / j.ygeno.2007.02.003. PMID 17467953.
^ Předpověď pro TAD 9aa (pro kyselé i hydrofilní transaktivační domény) je k dispozici online v National EMBnet-Node Austria („Webový nástroj pro předpověď 9aaTAD“. EMBnet RAKOUSKO. Archivovány od originál dne 2007-07-01. Citováno 2009-01-10.)
^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F ^G ^h ⁱ ^j ^k ^l Martinez E, Palhan VB, Tjernberg A, Lymar ES, Gamper AM, Kundu TK, Chait BT, Roeder RG (říjen 2001). „Lidský komplex STAGA je transkripční koaktivátor acetylující chromatin, který interaguje s sestřihem pre-mRNA a faktory vázajícími poškození DNA in vivo“. Mol. Buňka. Biol. 21 (20): 6782–95. doi:10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001. PMC 99856. PMID 11564863.
^ Liu X, Tesfai J, Evrard YA, Dent SY, Martinez E (květen 2003). „Transformační doména c-Myc získává lidský komplex STAGA a pro aktivaci transkripce vyžaduje aktivitu acetylázy TRRAP a GCN5.“. J. Biol. Chem. 278 (22): 20405–12. doi:10,1074 / jbc.M211795200. PMC 4031917. PMID 12660246.
^ Tao Y, Guermah M, Martinez E, Oelgeschläger T, Hasegawa S, Takada R, Yamamoto T, Horikoshi M, Roeder RG (březen 1997). „Specifické interakce a potenciální funkce lidského TAFII100“. J. Biol. Chem. 272 (10): 6714–21. doi:10.1074 / jbc.272.10.6714. PMID 9045704.
^ Bellorini M, Lee DK, Dantonel JC, Zemzoumi K, Roeder RG, Tora L, Mantovani R (červen 1997). „CCAAT vazebné interakce NF-Y-TBP: NF-YB a NF-YC vyžadují krátké domény sousedící s jejich histonovými skládacími motivy pro asociaci s TBP bazickými zbytky“. Nucleic Acids Res. 25 (11): 2174–81. doi:10.1093 / nar / 25.11.2174. PMC 146709. PMID 9153318.

Další čtení

Klemm RD, Goodrich JA, Zhou S, Tjian R. (1995). „Molekulární klonování a exprese 32-kDa podjednotky lidského TFIID odhaluje interakce s VP16 a TFIIB, které zprostředkovávají transkripční aktivaci“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 92 (13): 5788–92. Bibcode:1995PNAS ... 92,5788K. doi:10.1073 / pnas.92.13.5788. PMC 41586. PMID 7597030.
Hisatake K, Ohta T, Takada R, Guermah M, Horikoshi M, Nakatani Y, Roeder RG (1995). "Evoluční ochrana lidských faktorů spojených s TATA vázajícími se na polypeptid TAFII31 a TAFII80 a interakce TAFII80 s jinými TAF a s obecnými transkripčními faktory". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 92 (18): 8195–9. doi:10.1073 / pnas.92.18.8195. PMC 41123. PMID 7667268.
Lu H, Levine AJ (1995). „Lidský protein TAFII31 je transkripční koaktivátor proteinu p53“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 92 (11): 5154–8. doi:10.1073 / pnas.92.11.5154. PMC 41867. PMID 7761466.
Thut CJ, Chen JL, Klemm R, Tjian R (1995). "transkripční aktivace p53 zprostředkovaná koaktivátory TAFII40 a TAFII60". Věda. 267 (5194): 100–4. doi:10.1126 / science.7809597. PMID 7809597.
Zhou Q, Sharp PA (1995). „Nový mechanismus a faktor pro regulaci HIV-1 Tat“. EMBO J.. 14 (2): 321–8. doi:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07006.x. PMC 398086. PMID 7835343.
Parada CA, Yoon JB, Roeder RG (1995). „Nové omezení LBP-1 zprostředkované omezení transkripce HIV-1 na úrovni prodloužení in vitro“. J. Biol. Chem. 270 (5): 2274–83. doi:10.1074 / jbc.270.5.2274. PMID 7836461.
Ou SH, Garcia-Martínez LF, Paulssen EJ, Gaynor RB (1994). "Role doprovodných motivů E boxu ve funkci elementu TATA viru lidské imunodeficience typu 1". J. Virol. 68 (11): 7188–99. doi:10.1128 / JVI.68.11.7188-7199.1994. PMC 237158. PMID 7933101.
Kashanchi F, Piras G, Radonovich MF, Duvall JF, Fattaey A, Chiang CM, Roeder RG, Brady JN (1994). "Přímá interakce lidského TFIID s transaktivátorem HIV-1 tat". Příroda. 367 (6460): 295–9. Bibcode:1994 Natur.367..295K. doi:10.1038 / 367295a0. PMID 8121496. S2CID 4362048.
Adams MD, Soares MB, Kerlavage AR, Fields C, Venter JC (1993). "Rychlé sekvenování cDNA (tagy exprimované sekvence) ze směrově klonované knihovny cDNA lidského kojeneckého mozku". Nat. Genet. 4 (4): 373–80. doi:10.1038 / ng0893-373. PMID 8401585. S2CID 12612300.
Wang Z, Morris GF, Rice AP, Xiong W, Morris CB (1996). „Mutanty divokého typu a defekty transaktivace defektního proteinu Tat viru lidské imunodeficience typu 1 se vážou na lidský protein vázající TATA in vitro“. J. Acquir. Imunitní deficit. Syndr. Hučení. Retrovirol. 12 (2): 128–38. doi:10.1097/00042560-199606010-00005. PMID 8680883.
Pendergrast PS, Morrison D, Tansey WP, Hernandez N (1996). „Mutace v karboxyterminální doméně TBP ovlivňují syntézu viru lidské imunodeficience typu 1 v plné délce i v krátkých transkriptech podobně“. J. Virol. 70 (8): 5025–34. doi:10.1128 / JVI.70.8.5025-5034.1996. PMC 190456. PMID 8764009.
Kashanchi F, Khleif SN, Duvall JF, Sadaie MR, Radonovich MF, Cho M, Martin MA, Chen SY, Weinmann R, Brady JN (1996). „Interakce viru lidské imunodeficience typu 1 Tat s jedinečným místem TFIID inhibuje negativní kofaktor Dr1 a stabilizuje komplex TFIID-TFIIA“. J. Virol. 70 (8): 5503–10. doi:10.1128 / JVI.70.8.5503-5510.1996. PMC 190508. PMID 8764062.
Zhou Q, Sharp PA (1996). „Tat-SF1: kofaktor pro stimulaci transkripčního prodloužení HIV-1 Tat“. Věda. 274 (5287): 605–10. Bibcode:1996Sci ... 274..605Z. doi:10.1126 / science.274.5287.605. PMID 8849451. S2CID 13266489.
Tao Y, Guermah M, Martinez E, Oelgeschläger T, Hasegawa S, Takada R, Yamamoto T, Horikoshi M, Roeder RG (1997). „Specifické interakce a potenciální funkce lidského TAFII100“. J. Biol. Chem. 272 (10): 6714–21. doi:10.1074 / jbc.272.10.6714. PMID 9045704.
García-Martínez LF, Ivanov D, Gaynor RB (1997). „Sdružení Tat s vyčištěnými preiniciačními komplexy HIV-1 a HIV-2“. J. Biol. Chem. 272 (11): 6951–8. doi:10.1074 / jbc.272.11.6951. PMID 9054383.
Ogryzko VV, Kotani T, Zhang X, Schiltz RL, Howard T, Yang XJ, Howard BH, Qin J, Nakatani Y (1998). „Histony podobné TAF v komplexu PCAF histon acetylázy“. Buňka. 94 (1): 35–44. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81219-2. PMID 9674425. S2CID 18942972.
Vassilev A, Yamauchi J, Kotani T, Prives C, Avantaggiati ML, Qin J, Nakatani Y (1999). „400 kDa podjednotka komplexu PCAF histonacetylázy patří do nadčeledi ATM“. Mol. Buňka. 2 (6): 869–75. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80301-9. PMID 9885574.
Evans SC, Foster CJ, El-Naggar AK, Lozano G (1999). "Mapování a mutační analýza lidského genu TAF2G kódujícího kofaktor p53". Genomika. 57 (1): 182–3. doi:10.1006 / geno.1999.5745. PMID 10191103.
Lai CH, Chou CY, Ch'ang LY, Liu CS, Lin W (2000). „Identifikace nových lidských genů evolučně konzervovaných u Caenorhabditis elegans srovnávací proteomikou“. Genome Res. 10 (5): 703–13. doi:10,1101 / gr. 10.703. PMC 310876. PMID 10810093.
Choi Y, Asada S, Uesugi M (2000). „Odlišné motivy vázající hTAFII31 skryté v aktivačních doménách“. J. Biol. Chem. 275 (21): 15912–6. doi:10.1074 / jbc.275.21.15912. PMID 10821850.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000276463 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000273841, ENSG00000276463 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[3] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-4] A ^b „Entrez Gene: TAF9 TAF9 RNA polymeráza II, faktor spojený s proteinem vázajícím se na TATA box (TBP), 32 kDa“.

[pmid10191103-5] Evans SC, Foster CJ, El-Naggar AK, Lozano G (duben 1999). "Mapování a mutační analýza lidského genu TAF2G kódujícího kofaktor p53". Genomika. 57 (1): 182–3. doi:10.1006 / geno.1999.5745. PMID 10191103.

[TAF9_TAD-6] Uesugi M, Nyanguile O, Lu H, Levine AJ, Verdine GL (Srpen 1997). "Indukovaná alfa šroubovice v aktivační doméně VP16 po navázání na lidský TAF". Věda. 277 (5330): 1310–3. doi:10.1126 / science.277.5330.1310. PMID 9271577.Uesugi M, Verdine GL (prosinec 1999). „Alfa-helikální motiv FXXPhiPhi v p53: TAF interakce a diskriminace pomocí MDM2“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (26): 14801–6. Bibcode:1999PNAS ... 9614801U. doi:10.1073 / pnas.96.26.14801. PMC 24728. PMID 10611293.Choi Y, Asada S, Uesugi M (květen 2000). „Odlišné motivy vázající hTAFII31 skryté v aktivačních doménách“. J. Biol. Chem. 275 (21): 15912–6. doi:10.1074 / jbc.275.21.15912. PMID 10821850.Venot C, Maratrat M, Sierra V, Conseiller E, Debussche L (duben 1999). "Definice mutantu s nedostatečnou funkcí transaktivace p53 a charakterizace dvou nezávislých subdomén transaktivace p53". Onkogen. 18 (14): 2405–10. doi:10.1038 / sj.onc.1202539. PMID 10327062.Lin J, Chen J, Elenbaas B, Levine AJ (květen 1994). „Několik hydrofobních aminokyselin v aminoterminální doméně p53 je vyžadováno pro transkripční aktivaci, vazbu na mdm-2 a adenovirus 5 E1B 55-kD protein“. Genes Dev. 8 (10): 1235–46. doi:10,1101 / gad.8.10.1235. PMID 7926727.

[pmid17467953-7] A ^b Piskacek S, Gregor M, Nemethova M, Grabner M, Kovarik P, Piskacek M (červen 2007). "Doména transaktivace devíti aminokyselin: pomůcky pro zřízení a predikci". Genomika. 89 (6): 756–68. doi:10.1016 / j.ygeno.2007.02.003. PMID 17467953.

[url9aaTAD_Prediction_Tool-8] Předpověď pro TAD 9aa (pro kyselé i hydrofilní transaktivační domény) je k dispozici online v National EMBnet-Node Austria („Webový nástroj pro předpověď 9aaTAD“. EMBnet RAKOUSKO. Archivovány od originál dne 2007-07-01. Citováno 2009-01-10.)

[pmid11564863-9] A ^b ^C ^d ^E ^F ^G ^h ⁱ ^j ^k ^l Martinez E, Palhan VB, Tjernberg A, Lymar ES, Gamper AM, Kundu TK, Chait BT, Roeder RG (říjen 2001). „Lidský komplex STAGA je transkripční koaktivátor acetylující chromatin, který interaguje s sestřihem pre-mRNA a faktory vázajícími poškození DNA in vivo“. Mol. Buňka. Biol. 21 (20): 6782–95. doi:10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001. PMC 99856. PMID 11564863.

[pmid12660246-10] Liu X, Tesfai J, Evrard YA, Dent SY, Martinez E (květen 2003). „Transformační doména c-Myc získává lidský komplex STAGA a pro aktivaci transkripce vyžaduje aktivitu acetylázy TRRAP a GCN5.“. J. Biol. Chem. 278 (22): 20405–12. doi:10,1074 / jbc.M211795200. PMC 4031917. PMID 12660246.

[pmid9045704-11] Tao Y, Guermah M, Martinez E, Oelgeschläger T, Hasegawa S, Takada R, Yamamoto T, Horikoshi M, Roeder RG (březen 1997). „Specifické interakce a potenciální funkce lidského TAFII100“. J. Biol. Chem. 272 (10): 6714–21. doi:10.1074 / jbc.272.10.6714. PMID 9045704.

[pmid9153318-12] Bellorini M, Lee DK, Dantonel JC, Zemzoumi K, Roeder RG, Tora L, Mantovani R (červen 1997). „CCAAT vazebné interakce NF-Y-TBP: NF-YB a NF-YC vyžadují krátké domény sousedící s jejich histonovými skládacími motivy pro asociaci s TBP bazickými zbytky“. Nucleic Acids Res. 25 (11): 2174–81. doi:10.1093 / nar / 25.11.2174. PMC 146709. PMID 9153318.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]