Seznam softwaru pro predikci genů - List of gene prediction software

Tento seznam je neúplný; můžete pomoci přidání chybějících položek s spolehlivé zdroje.

Toto je seznam software nástroje a webové portály používá genová předpověď.

názevPopisDruhReference
FragGeneScanPředpovídání genů v kompletních genomech a sekvenční čteníProkaryoty, metagenomy[1]
ATGprIdentifikuje místa iniciace translace v sekvencích cDNA[2]
MARNOTRATNÝJeho název znamená Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm. Je založen na funkcích pravděpodobnosti protokolu a nepoužívá skryté nebo interpolované Markovovy modely.Prokaryoty, metagenomy (metaProdigal)[3]
AUGUSTUSPrediktor genu eukaryotEukaryoty[4]
BGFSkrytý Markovův model (HMM) a dynamické programování na základě ab initio program genové predikce
DIOGENYRychlá detekce kódujících oblastí v krátkých genomových sekvencích
Vyhledávač dračích promotérůProgram rozpoznávání promotorů RNA polymerázy II obratlovců
EUGENEIntegrativní nález genůEukaryoty[5]
FGENESHPredikce genové struktury založené na HMM: více genů, oba řetězceEukaryoty[6]
ZARÁMOVANÝNajděte geny a shifthift v Bohaté na G + C. prokaryot sekvenceProkaryotes[7]
GeMoMaHomologie predikce genů na základě zachování aminokyselin a polohy intronů a také RNA-sekv data[8][9]
GÉNIUSSpojuje ORF v kompletních genomech s proteinovými 3D strukturami
genidProgram pro předpovídání genů, exonů, spojovacích míst a dalších signálů podél sekvencí DNAEukaryoty[10]
GENEPARSERAnalyzujte sekvence DNA na introny a exony
GeneMarkRodina programů pro predikci genových predikcíProkaryoty, Eukaryoty,

Metagenomy

[11][12][13][14]
GeneTackPředpovídá geny pomocí posuny rámů v prokaryotických genomechProkaryotes[15]
GENOMESCANPředpovídá umístění a exon-intronové struktury genů v genomových sekvencích z různých organismů
GENSCANVyhledá geny pomocí Fourierovy transformace[16]
ZÁBLESKNajde geny v mikrobiální DNAProkaryotes
GLIMMERHMMEukaryotický systém pro vyhledávání genůEukaryoty[17]
GrailEXPPředpovídá exony, geny, promotory, polyas, CpG ostrovy, podobnosti EST a opakující se prvky v sekvenci DNA
mGeneSystém založený na podpůrném vektorovém stroji (SVM) k hledání genůEukaryoty[18]
mGene.ngsSystém založený na SVM k hledání genů pomocí heterogenních informací: RNA-seq, obkladová poleEukaryoty[19]
MORGANSystém rozhodovacího stromu k nalezení genů v DNA obratlovcůEukaryoty
NIXWebový nástroj pro kombinaci výsledků z různých programů: GRAIL, FEX, HEXON, MZEF, GENEMARK, GENEFINDER, FGENE, BLAST, POLYAH, REPEATMASKER, TRNASCAN
NNPPPredikce promotoru neurální sítě
NNSPLICEPredikce spojování neuronových sítí
FINF FINDERNástroj pro grafickou analýzu k vyhledání všech otevřených čtecích rámců
Nástroje pro analýzu regulační sekvenceSérie modulárních počítačových programů pro detekci regulačních signálů v nekódujících sekvencích
SPLICEPREDICTORMetoda k identifikaci potenciálních míst sestřihu v (rostlinné) pre-mRNA sekvenční kontrolou pomocí Bayesianských statistických modelůEukaryoty
ZÁVOJSkrytý Markovův model k nalezení genů na DNA obratlovcůEukaryoty

Viz také

Reference

  1. ^ Rho M, Tang H, Ye Y (listopad 2010). „FragGeneScan: předpovídání genů při krátkých a chybných čteních“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (20): e191. doi:10.1093 / nar / gkq747. PMC  2978382. PMID  20805240.
  2. ^ "Predikce zahájení překladu ATG". atgpr.dbcls.jp. Citováno 2018-09-08.
  3. ^ Hyatt D, Chen GL, Locascio PF, Land ML, Larimer FW, Hauser LJ (březen 2010). „Prodigal: rozpoznávání prokaryotického genu a identifikace místa iniciace translace“. BMC bioinformatika. 11: 119. doi:10.1186/1471-2105-11-119. PMC  2848648. PMID  20211023.
  4. ^ Keller O, Kollmar M, Stanke M, Waack S (březen 2011). "Nová metoda predikce hybridního genu využívající srovnání více sekvencí proteinů". Bioinformatika (Oxford, Anglie). 27 (6): 757–63. doi:10.1093 / bioinformatika / btr010. PMID  21216780.
  5. ^ Foissac S, Gouzy J, Rombauts S, Mathé C, Amselem J, Sterck L, de Peer YV, Rouzé P, Schiex T (květen 2008). „Anotace genomu u rostlin a hub: EuGene jako modelová platforma“. Současná bioinformatika. 3 (2): 87–97. doi:10.2174/157489308784340702.
  6. ^ Salamov AA, Solovyev VV (duben 2000). "Ab initio genový nález v DNA genomu Drosophila". Výzkum genomu. 10 (4): 516–22. doi:10,1101 / gr. 10.4.516. PMC  310882. PMID  10779491.
  7. ^ Schiex T, Gouzy J, Moisan A, de Oliveira Y (červenec 2003). „FrameD: Flexibilní program pro kontrolu kvality a predikci genů v prokaryotických genomech a hlučných vyzrálých eukaryotických sekvencích“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (13): 3738–41. doi:10.1093 / nar / gkg610. PMC  169016. PMID  12824407.
  8. ^ Keilwagen J, Wenk M, Erickson JL, Schattat MH, Grau J, Hartung F (květen 2016). „Použití zachování pozice intronů pro predikci genů založenou na homologii“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (9): e89. doi:10.1186 / s12859-018-2203-5. PMC  4872089. PMID  26893356.
  9. ^ Keilwagen J, Hartung F, Paulini M, Twardziok SO, Grau J (květen 2018). „Kombinace dat RNA-seq a predikce genů na základě homologie pro rostliny, zvířata a houby“. BMC bioinformatika. 19 (1): 189. doi:10.1093 / nar / gkw092. PMC  5975413. PMID  29843602.
  10. ^ Blanco, Enrique; Parra, Genís; Guigó, Roderic (červen 2007), „Využití genidů k ​​identifikaci genů“, Současné protokoly v bioinformatice„John Wiley & Sons, Inc., kapitola 4: 4.3.1–4.3.28, doi:10.1002 / 0471250953.bi0403s18, ISBN  978-0471250951, PMID  18428791
  11. ^ Lukashin AV, Borodovsky M (únor 1998). „GeneMark.hmm: nová řešení pro hledání genů“. Výzkum nukleových kyselin. 26 (4): 1107–15. doi:10.1093 / nar / 26.4.1107. PMC  147337. PMID  9461475.
  12. ^ Besemer J, Lomsadze A, Borodovsky M (červen 2001). „GeneMarkS: metoda autotréningu pro predikci genových startů v mikrobiálních genomech. Důsledky pro hledání sekvenčních motivů v regulačních oblastech“. Výzkum nukleových kyselin. 29 (12): 2607–18. doi:10.1093 / nar / 29.12.2607. PMC  55746. PMID  11410670.
  13. ^ Lomsadze A, Burns PD, Borodovsky M (září 2014). „Integrace mapovaných RNA-Seq čte do automatického tréninku algoritmu pro hledání eukaryotických genů“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (15): e119. doi:10.1093 / nar / gku557. PMC  4150757. PMID  24990371.
  14. ^ Zhu W, Lomsadze A, Borodovsky M (červenec 2010). "Identifikace genu Ab initio v metagenomických sekvencích". Výzkum nukleových kyselin. 38 (12): e132. doi:10.1093 / nar / gkq275. PMC  2896542. PMID  20403810.
  15. ^ Antonov I, Borodovsky M (červen 2010). "Genetack: identifikace posunu snímků v sekvencích kódujících proteiny pomocí Viterbiho algoritmu". Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 8 (3): 535–51. doi:10.1142 / S0219720010004847. PMID  20556861.
  16. ^ Burge C, Karlin S (duben 1997). "Predikce úplných genových struktur v lidské genomové DNA". Journal of Molecular Biology. 268 (1): 78–94. CiteSeerX  10.1.1.115.3107. doi:10.1006 / jmbi.1997.0951. PMID  9149143.
  17. ^ Majoros WH, Pertea M, Salzberg SL (listopad 2004). „TigrScan a GlimmerHMM: dva open source eukaryotické vyhledávače genů ab initio“. Bioinformatika. 20 (16): 2878–9. doi:10.1093 / bioinformatika / bth315. PMID  15145805.
  18. ^ Schweikert G, Zien A, Zeller G, Behr J, Dieterich C, Ong CS a kol. (Listopad 2009). „mGene: přesný nález genů založených na SVM s aplikací na nematodové genomy“. Výzkum genomu. 19 (11): 2133–43. doi:10.1101 / gr.090597.108. PMC  2775605. PMID  19564452.
  19. ^ Gan X, Stegle O, Behr J, Steffen JG, Drewe P, Hildebrand KL a kol. (Srpen 2011). "Více referenčních genomů a transkriptomů pro Arabidopsis thaliana". Příroda. 477 (7365): 419–23. Bibcode:2011Natur.477..419G. doi:10.1038 / příroda10414. PMC  4856438. PMID  21874022.