Christophe Dessimoz - Christophe Dessimoz

Christophe Dessimoz
Christophe Dessimoz ISMBECCB19-108 (48722254541) .jpg
narozený
Christophe Dessimoz

1980 (věk 39–40)
Alma materETH Curych (MSc, PhD)
Známý jakoOrtologická MAtrix (OMA)[1]
OceněníCenu Overton (2019)[2]
Vědecká kariéra
PoleBioinformatika
Genomika
Fylogenetika
Vývoj
Výpočetní biologie[3]
InstituceUniversity of Lausanne
Evropský bioinformatický institut
University College v Londýně
Švýcarský institut pro bioinformatiku
TezeSrovnávací genomika pomocí párových evolučních vzdáleností  (2009)
Doktorský poradceGaston Gonnet[4]
webová stránkalaboratoř.dessimoz.org/lidé/ christophe-dessimoz

Christophe Dessimoz je Švýcarská národní vědecká nadace (SNSF) profesor na University of Lausanne, Associate Professor ve společnosti University College v Londýně a vedoucí skupiny v Švýcarský institut pro bioinformatiku.[5][3][6][7][8] Byl oceněn Cenu Overton v roce 2019 za jeho příspěvky do výpočetní biologie.[2]


Vzdělávání

Dessimoz získal svůj Mistr vědy stupně v roce 2003[5] a PhD v Počítačová věda v roce 2009 od ETH Curych v Švýcarsko[9] kde na jeho doktorský výzkum dohlížel Gaston Gonnet[4] a zkoumány Amos Bairoch.[9]

Kariéra a výzkum

Po postdoktorský výzkum na Evropský bioinformatický institut (EBI) na Wellcome Genome Campus v Hinxton, Cambridgeshire,[10] přidal se University College v Londýně (UCL) as přednášející v roce 2013 a byl povýšen na Čtenář v roce 2015.[5] V roce 2015 nastoupil do University of Lausanne jako profesor, udržení jmenování na UCL.[11] Od roku 2016 působí Dessimoz jako vedoucí skupiny na Švýcarský institut pro bioinformatiku[5] kde jsou jeho výzkumné zájmy bioinformatika, genomika, fylogenetika, vývoj a výpočetní biologie.[3][12][13][14][15]

Dessimoz je známý svým vedením Ortologická MAtrix (OMA)[1] který poskytuje informace o ortologický bílkoviny. OMA má důležité aplikace v predikce funkce proteinu.[2] Dessimozův přístup k benchmarking měl zásadní dopad na tři klíčová podpole výpočetní biologie: odvození ortologie, zarovnání sekvence a genová ontologie (JÍT).[2][16][17]

Ocenění a vyznamenání

Dessimoz byl oceněn Cenu Overton podle Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii (ISCB) v roce 2019 za vynikající zásluhy o výpočetní biologii.[2]

Reference

  1. ^ A b Altenhoff, Adrian M; Glover, Natasha M; Vlak, Clément-Marie; Kaleb, Klára; Warwick Vesztrocy, Alex; Dylus, David; de Farias, Tarcisio M; Zile, Karina; Stevenson, Charles; Long, Jiao; Redestig, Henning; Gonnet, Gaston H; Dessimoz, Christophe (2018). „Ortologická databáze OMA v roce 2018: získávání evolučních vztahů mezi všemi doménami života prostřednictvím bohatších webových a programových rozhraní“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (D1): D477 – D485. doi:10.1093 / nar / gkx1019. ISSN  0305-1048. PMC  5753216. PMID  29106550.
  2. ^ A b C d E Kovats, Diane; Shamir, Ron; Fogg, Christiana (2019). „Cena ISCB Overton Prize 2019: Christophe Dessimoz“. F1000Výzkum. 8: 722. doi:10.12688 / F1000Research.19220.1. ISSN  2046-1402. PMC  6534074. PMID  31164977.
  3. ^ A b C Christophe Dessimoz publikace indexované podle Google Scholar Upravte to na Wikidata
  4. ^ A b Christophe Dessimoz na Matematický genealogický projekt Upravte to na Wikidata
  5. ^ A b C d Dessimoz, Christophe (2019). "Dessimoz Lab". lab.dessimoz.org.
  6. ^ Christophe Dessimoz publikace od Evropa PubMed Central
  7. ^ Christophe Dessimoz publikace indexované indexem Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  8. ^ Christophe Dessimoz na Cvrlikání Upravte to na Wikidata
  9. ^ A b Dessimoz, Christophe (2009). Srovnávací genomika pomocí párových evolučních vzdáleností. ethz.ch (Disertační práce). ETH Curych. doi:10,3929 / ethz-a-005762050. OCLC  935351416. otevřený přístup
  10. ^ Goldman, Nick; Bertone, Paul; Chen, Siyuan; Dessimoz, Christophe; LeProust, Emily M .; Sipos, Botond; Birney, Ewan (2013). „Směrem k praktickému, vysokokapacitnímu a nenáročnému uchovávání informací v syntetizované DNA“. Příroda. 494 (7435): 77–80. Bibcode:2013Natur.494 ... 77G. doi:10.1038 / příroda11875. ISSN  0028-0836. PMC  3672958. PMID  23354052.
  11. ^ „Dr. Christophe Dessimoz“. ucl.ac.uk. Citováno 6. března 2019.
  12. ^ Wodak, Shoshana; Sunnåker, Mikael; Busetto, Alberto Giovanni; Numminen, Elina; Corander, Jukka; Foll, Matthieu; Dessimoz, Christophe (2013). „Přibližný Bayesiánský výpočet“. PLOS výpočetní biologie. 9 (1): e1002803. Bibcode:2013PLSCB ... 9E2803S. doi:10.1371 / journal.pcbi.1002803. ISSN  1553-7358. PMC  3547661. PMID  23341757.
  13. ^ Anisimova, Maria; Gil, Manuel; Dufayard, Jean-François; Dessimoz, Christophe; Gascuel, Olivier (2011). „Průzkum metod podpory poboček ukazuje přesnost, výkon a robustnost aproximačních schémat založených na rychlé pravděpodobnosti“. Systematická biologie. 60 (5): 685–699. doi:10.1093 / sysbio / syr041. ISSN  1076-836X. PMC  3158332. PMID  21540409.
  14. ^ Eisen, Jonathan A.; Altenhoff, Adrian M .; Dessimoz, Christophe (2009). "Fylogenetické a funkční hodnocení ortologů a odvozovacích projektů a metod". PLOS výpočetní biologie. 5 (1): e1000262. Bibcode:2009PLSCB ... 5E0262A. doi:10.1371 / journal.pcbi.1000262. ISSN  1553-7358. PMC  2612752. PMID  19148271.
  15. ^ Abbosh, Christopher; Birkbak, Nicolai J .; Wilson, Gareth A .; Jamal-Hanjani, Mariam; Constantin, Tudor; Salari, Raheleh; Le Quesne, John; Moore, David A .; Veeriah, Selvaraju; Rosenthal, Rachel; Marafioti, Teresa; et al. (2017). „Fylogenetická analýza ctDNA zobrazuje vývoj rakoviny plic v rané fázi“. Příroda. 545 (7655): 446–451. Bibcode:2017Natur.545..446A. doi:10.1038 / příroda22364. ISSN  0028-0836. PMC  5812436. PMID  28445469.
  16. ^ Dessimoz, Christophe (2017). Dessimoz, Christophe; Škunca, Nives (eds.). Příručka pro genovou ontologii. Metody v molekulární biologii. 1446. doi:10.1007/978-1-4939-3743-1. ISBN  9781493937431. ISSN  1064-3745. S2CID  3708801. otevřený přístup
  17. ^ Gaudet, Pascale; Škunca, Nives; Hu, James C .; Dessimoz, Christophe (2017). "Primer na genovou ontologii". Příručka pro genovou ontologii. Metody v molekulární biologii. 1446. s. 25–37. doi:10.1007/978-1-4939-3743-1_3. ISBN  978-1-4939-3741-7. ISSN  1064-3745. PMC  6377150. PMID  27812933.