Ziv Bar-Joseph - Ziv Bar-Joseph

Ziv Bar-Joseph
Ziv Bar-Joseph ve svém projevu na ISMB v roce 2012
Ziv Bar-Joseph hovořící v ISMB v roce 2012
narozený1971 (věk 48–49)[1]
Alma mater
OceněníCenu Overton (2012)
Vědecká kariéra
Pole
Instituce
TezeOdvození interakcí, expresních programů a regulačních sítí z vysoce výkonných biologických dat  (2003)
Doktorský poradce
webová stránkawww.cs.cmu.edu/ ~ zivbj/

Ziv Bar-Joseph je izraelský výpočetní biolog a profesor v Oddělení výpočetní biologie a oddělení strojového učení na Carnegie Mellon School of Computer Science.[2][3][4][5][6][7][8][9][10]

Vzdělávání

Bar-Joseph studoval počítačová věda na Bakalář věd (1997) a Mistr vědy (1999) na úrovni Hebrejská univerzita v Jeruzalémě. Doktorát získal na Massachusetts Institute of Technology v informatice v roce 2003 pod vedením Davida K. Gifforda a Tommi S. Jaakkoly.[1] V návaznosti na to byl postdoktorský spolupracovník na Laboratoř informatiky a umělé inteligence MIT (CSAIL) a Whitehead Institute.[11]

Výzkum

Výzkum Bar-Josepha v Carnegie Mellon se primárně zaměřuje na vývoj výpočetních metod, které umožní lepší pochopení interakcí a dynamiky složitých biologických systémů, zejména systémů, které se časem mění, jako je buněčný cyklus.[3][12]

Na MIT vyvinula Bar-Josephova skupina nový algoritmus k objevování regulační sítě genových modulů v kvasinkách. Tyto moduly jsou skupiny genů, které spolupracují při provádění úkolů, jako je dýchání, syntéza bílkovin a reakce na vnější stres.[12][13]

Zajímá ho také, jak lze poznatky z počítačové vědy a biologie použít k ovlivnění druhé oblasti, zejména to, jak lze použít algoritmy z přírody k vylepšení algoritmů v distribuované výpočty.[3][14]

Ocenění a vyznamenání

Bar-Joseph získal cenu DIMACS-Celera Genomics Graduate Student Award v oboru výpočetní molekulární biologie a cenu NSF CAREER.[15] Byl oceněn ISCB Cenu Overton v roce 2012 jako uznání jeho významného a trvalého dopadu ve výpočetní biologii.[16]

Spolupředsedal Výzkum v oblasti výpočetní molekulární biologie (RECOMB) konference v letech 2009 a 2010 a připojil se k radě časopisu Bioinformatika jako pomocný redaktor v roce 2013.[17]

Osobní život

Bar-Joseph je vášnivý běžec a má za sebou několik maratonů pod 3 hodiny.[3][12][16] Žije v Pittsburgh a Shoham s manželkou a třemi dětmi.[12]

Viz také

Reference

  1. ^ A b C Bar-Joseph, Ziv (2003). Odvození interakcí, expresních programů a regulačních sítí z vysoce výkonných biologických dat (Disertační práce). Massachusetts Institute of Technology. hdl:1721.1/28289.
  2. ^ „Objevili izraelští vědci pramen mládí?“. www.israel21c.org. Citováno 13. února 2014.
  3. ^ A b C d "Ziv Bar-Joseph". www.cs.cmu.edu. Citováno 13. února 2014.
  4. ^ Lee, T. I. (2002). "Transkripční regulační sítě v Saccharomyces cerevisiae". Věda. 298 (5594): 799–804. Bibcode:2002Sci ... 298..799L. doi:10.1126 / science.1075090. PMID  12399584.
  5. ^ Bar-Joseph, Z. (2004). „Analýza dat genové exprese časové řady“. Bioinformatika. 20 (16): 2493–2503. doi:10.1093 / bioinformatika / bth283. PMID  15130923.
  6. ^ Bar-Joseph, Zivovy publikace indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  7. ^ Ziv Bar-Joseph na DBLP Bibliografický server Upravte to na Wikidata
  8. ^ Seznam publikací z Microsoft Academic
  9. ^ Ziv Bar-Joseph stránka s profilem autora na ACM Digitální knihovna Upravte to na Wikidata
  10. ^ Bar-Joseph, Z .; El-Yaniv, R .; Lischinski, D .; Werman, M. (2001). Msgstr "Míchání textur a syntéza filmů textur pomocí statistického učení". Transakce IEEE na vizualizaci a počítačové grafice. 7 (2): 120. doi:10.1109/2945.928165.
  11. ^ „Ziv Bar-Joseph CV“ (PDF). Citováno 16. února 2014.
  12. ^ A b C d „Běžící muž - Carnegie Mellon School of Computer Science“. www.cs.cmu.edu. 2011-08-23. Citováno 13. února 2014.
  13. ^ Bar-Joseph, Z .; Gerber, G. K .; Lee, T. I .; Rinaldi, N.J .; Yoo, J. Y .; Robert, F. O .; Gordon, D. B .; Fraenkel, E .; Jaakkola, T. S .; Young, R. A .; Gifford, D. K. (2003). "Výpočetní objev genových modulů a regulačních sítí". Přírodní biotechnologie. 21 (11): 1337–42. doi:10.1038 / nbt890. PMID  14555958.
  14. ^ "Algoritmy v přírodě". Citováno 21. února 2014.
  15. ^ „Abstrakty a biografie hlavních řečníků“. www.iscb.org. ISCB. Citováno 16. února 2014.
  16. ^ A b Mullins, J .; Morrison Mckay, B. J. (2012). „International Society for Computational Biology Honors Gunnar von Heijne and Ziv Bar-Joseph with Top Bioinformatics / Computational Biology Awards for 2012“. PLOS výpočetní biologie. 8 (5): e1002535. Bibcode:2012PLSCB ... 8E2535M. doi:10.1371 / journal.pcbi.1002535. PMC  3364933.
  17. ^ „Výroční zpráva ISCB za rok 2013“. www.iscb.org. ISCB. Citováno 15. února 2014.