Jim Kent - Jim Kent

Fiktivní postava viz Jim Kent (The Strain). Pro novozélandského politika viz Jim Kent (politik).
Jim Kent
Jim Kent.JPG
Foto s laskavým svolením Jima Kenta.
narozený (1960-02-10) 10. února 1960 (věk 60)
Havaj
NárodnostSpojené státy
Alma materUniversity of California, Santa Cruz
OceněníCenu Overton
Cena Benjamina Franklina (bioinformatika)
Vědecká kariéra
TezeOprava a malba pracovního návrhu lidského genomu  (2002)
Doktorský poradceAlan M. Zahler
Ostatní akademičtí poradciDavid Haussler[1]
webová stránkawww.soe.ucsc.edu/ ~ kent

William James Kent (narozen 10. února 1960) je americký vědecký pracovník a počítačový programátor. Byl přispěvatelem do genom databázové projekty a vítěz 2003 Cena Benjamina Franklina.

Časný život

Kent se narodil v roce Havaj a vyrostl v San Francisco, Kalifornie, Spojené státy.

Počítačová animace

Kent zahájil svou programátorskou kariéru v roce 1983 ve společnosti Island Graphics Inc., kde pro program napsal program Aegis Animator Amiga domácí počítač. Tento program kombinoval doplnění polygonů ve 3D s jednoduchou 2D animací založenou na cel. V roce 1985 založil a provozoval softwarovou společnost Dancing Flame, která Aegis Animator přizpůsobila Atari ST,[2] a vytvořil Cyber ​​Paint[3] pro ten stroj. Cyber ​​Paint byl 2D animační program, který spojil širokou škálu funkcí animace a malování a formát animace komprimovaný do delta vyvinutý pro CAD-3D. Uživatel se mohl volně pohybovat mezi animačními snímky a libovolně malovat, nebo využít různé animační nástroje pro automatické doplnění pohybu mezi snímky. Cyber ​​Paint byl jedním z prvních, ne-li prvních, spotřebitelských programů, které uživateli umožňovaly malovat v čase v komprimovaném formátu digitálního videa. Později vyvinul podobný program, Autodesk Animator pro Kompatibilní s PC, kde se komprese obrazu zlepšila do té míry, že dokázala přehrávat pevný disk, a jeden mohl malovat pomocí „inkoustů“, které prováděly algoritmické transformace, jako je vyhlazování, průhlednost a dlaždicové vzory. Autodesk Animator byl použit k vytvoření kresby pro širokou škálu videoher.[4]

Zapojení do projektu lidského genomu

V roce 2000 napsal program GigAssembler,[5] který umožňoval financování z veřejných zdrojů Projekt lidského genomu sestavit a zveřejnit první sekvenci lidského genomu. Jeho úsilí bylo motivováno výzkumnými potřebami jeho a jeho kolegů, ale také z obavy, že data mohou být chráněna prostřednictvím patentů Celera Genomics.[6] V těsném závodě s Celerou, Kentem a profesorem UCSC David Haussler rychle vybudoval skromný shluk 50 komodit osobní počítače provozování Linux operační systém spustit software. Naproti tomu Celera využívala tehdy považovaný za jeden z nejsilnějších civilních superpočítačů na světě. První sestava Kenta na lidském genomu byla vydána 22. června. Celera dokončila sestavu o tři dny později, 25. června, a dvojí výsledky byly oznámeny na Bílý dům 26. června 7. července 2000 byla data z Santa Cruz zveřejněna na World Wide Web, zatímco výzkumný dokument popisující tento veřejně financovaný genom byl publikován ve speciálním vydání února 2001 Příroda,[7] souběžně s výsledky Celery v časopise Věda.[8] V roce 2002 Tim O'Reilly popsal Kentovu práci jako „nejvýznamnější dílo vývoje open source za poslední rok“. Zatímco celý Kentův genomický software je otevřený zdroj v tom smyslu, že zdrojový kód lze stáhnout a číst zdarma a veškerý software lze volně používat pro akademické, neziskové a osobní použití, některé vyžadují licence, buď od UCSC, nebo od společnosti Kent Informatics Inc., pro komerční použití.[9]

Po GigAssembler pokračoval Kent v psaní BLAT (BLAST-like alignment tool) [10] a UCSC Genome Browser [11] pomoci analyzovat důležitá data genomu. Kent nadále pracuje v UCSC primárně na webových nástrojích, které pomáhají porozumět lidskému genomu. Pomáhá udržovat a upgradovat prohlížeč a pracoval na srovnávací genomice,[12] Slunečník, software pro správu řízení úloh pro klastr UCSC a ZAKÓDOVAT Projekt.

Reference

  1. ^ Gitschier, J. (2013). „Život, vesmír a všechno: Rozhovor s Davidem Hausslerem“. Genetika PLOS. 9 (1): e1003282. doi:10.1371 / journal.pgen.1003282. PMC  3561096. PMID  23382705.
  2. ^ „Aegis Animator ST a Art Pak ST“. Atarimagazines.com. Citováno 2016-10-21.
  3. ^ „Cyber ​​Paint“. Ataricq.org. 2009-05-23. Citováno 2016-10-21.
  4. ^ Breton Slivka (8. 5. 2009). „Busting at the Seams: Autodesk Animator“. Bustingseams.blogspot.com. Citováno 2016-10-21.
  5. ^ Kent WJ, Haussler D (2001). „Shromáždění pracovního návrhu lidského genomu s GigAssembler“. Výzkum genomu. 11 (9): 1461–2. doi:10,1101 / gr.183201. PMC  311095. PMID  11544197.
  6. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 2012-03-20. Citováno 2010-09-19.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  7. ^ Mezinárodní konsorcium pro sekvenování lidského genomu (2001). „Počáteční sekvenování a analýza lidského genomu“ (PDF). Příroda. 409 (6822): 860–921. Bibcode:2001 Natur.409..860L. doi:10.1038/35057062. PMID  11237011.
  8. ^ Venter, JC; et al. (2001). „Sekvence lidského genomu“ (PDF). Věda. 291 (5507): 1304–1351. Bibcode:2001Sci ... 291.1304V. doi:10.1126 / science.1058040. PMID  11181995. S2CID  85981305.
  9. ^ „Index of / ~ kent / src“. Hgwdev.cse.ucsc.edu. Citováno 2016-10-21.
  10. ^ Kent, W. J. (2002). „BLAT --- BLAST-Like Alignment Tool“. Výzkum genomu. 12 (4): 656–664. doi:10,1101 / gr. 229202. PMC  187518. PMID  11932250.
  11. ^ Kent, W. J.; Sugnet, C. W .; Furey, T. S .; Roskin, K. M .; Pringle, T. H .; Zahler, A. M .; Haussler, A. D. (2002). „Prohlížeč lidského genomu na UCSC“. Výzkum genomu. 12 (6): 996–1006. doi:10,1101 / gr. 229102. PMC  186604. PMID  12045153.
  12. ^ Kent WJ, Baertsch R, Hinrichs A, Miller W, Haussler D (2003). „Evoluční kotel: Duplikace, delece a přeskupení v genomech myší a lidských genomů“. Proc Natl Acad Sci U S A. 100 (20): 11484–9. Bibcode:2003PNAS..10011484K. doi:10.1073 / pnas.1932072100. PMC  208784. PMID  14500911.

externí odkazy