Debora Marks - Debora Marks

Debora Marks
Alma materUniversity of Bristol, University of Manchester, Humboldtova univerzita
OceněníCenu Overton, Cena Ben Barres za ranou kariéru
Vědecká kariéra
PoleStrukturní biologie, Bioinformatika
InstituceHarvardská lékařská škola
Teze (2010)
Doktorský poradceReinhard Heinrich, Hanspeter Herzl
webová stránkahttps://marks.hms.harvard.edu/

Debora S. Marks je výzkumný pracovník v výpočetní biologie a docent z Systémová biologie na Harvardská lékařská škola.[1] Její výzkum využívá výpočetní přístupy k řešení řady biologických problémů.

Kariéra a výzkum

Po postgraduálním studiu medicíny pracovala ve farmaceutickém průmyslu a v pozdějším věku se vrátila k výzkumu prostřednictvím matematiky z University of Manchester.[2] Začala se zajímat mikroRNA v časném 2000s[2][3][4] a její práce na biologii mikroRNA se nakonec stala disertační prací, kterou pod vedením Reinhart Heinrich na Humboldtova univerzita v Berlíně v roce 2010.[5] Jedním z klíčových příspěvků byl její objev, že transfekce mikroRNA do buněk protiintuitivně zvyšuje expresi některých genů, kvůli konkurenci o buněčný aparát, který zpracovává malé RNA.[6] Ve spolupráci s Alexander van Oudenaarden a Nils Bluthgen, ukázala, že mikroRNA snižují hluk v expresi proteinu, když jsou hladiny mRNA nízké, což snižuje pravděpodobnost nežádoucí exprese proteinu v důsledku úniku na promotor genu.[7]

Ona je nejlépe známá pro její práci na predikci struktury proteinů: její metoda, která vychází z přístupu ze statistické fyziky, maximální entropie pod tlakem, využívá korelace mezi sekvencemi členů proteinové rodiny z více druhů k vytvoření modelů proteinové struktury pouze ze sekvence .[8] V některých případech jsou předpovězené modely dostatečně přesné, aby to umožňovaly molekulární náhrada modelu do Rentgenová krystalografie data, což usnadňuje fázovou výměnu.[9] Algoritmus[10] byl značně používán jinými vědci k předpovídání a získávání poznatků o proteinových strukturách, například strukturách receptoru σ2[11] a tetraspanin CD81.[12] Marks a její blízký spolupracovník Chris Sander ukázaly, že tento přístup lze také použít k předpovědi struktur nekódující RNA a komplexy RNA-protein,[13] identifikovat jinak nedetekovatelné strukturované stavy v neuspořádaných proteinech[14] a předpovídat funkční účinky sekvenčních mutací.[15]

Ocenění

V roce 2016 získal Marks cenu Cenu Overton podle Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii.[16]

V roce 2018 získala Marks cenu Ben Barres Early Career Award od Iniciativa Chan Zuckerberg jako součást sítě Neurodegeneration Challenge Network.[17]

Reference

  1. ^ „Debora S. Marks Lab“. Citováno 11. července 2016.
  2. ^ A b „2016 Overton Prize: Debora Marks“. www.iscb.org. Citováno 1. ledna 2019.
  3. ^ Enright AJ, John B, Gaul U, Tuschl T, Sander C, Marks DS (2003). "MicroRNA cíle v Drosophila". Genome Biology. 5 (1): R1. doi:10.1186 / gb-2003-5-1-r1. PMC  395733. PMID  14709173.
  4. ^ John B, Enright AJ, Aravin A, Tuschl T, Sander C, Marks DS (listopad 2004). „Lidské cíle MicroRNA“. Biologie PLoS. 2 (11): e363. doi:10.1371 / journal.pbio.0020363. PMC  521178. PMID  15502875.
  5. ^ Fogg CN, Kovats DE (5. července 2016). „Cena ISCB Overton Prize 2016 udělená Deborě Marksové“. F1000Výzkum. 5: 1575. doi:10.12688 / f1000 výzkum.9158.1. PMC  4934501. PMID  27429747.
  6. ^ Khan AA, Betel D, Miller ML, Sander C, Leslie CS, Marks DS (červen 2009). „Transfekce malých RNA globálně narušuje regulaci genů endogenními mikroRNA“. Přírodní biotechnologie. 27 (6): 549–55. doi:10.1038 / nbt.1543. PMC  2782465. PMID  19465925.
  7. ^ Schmiedel JM, Klemm SL, Zheng Y, Sahay A, Blüthgen N, Marks DS, van Oudenaarden A (duben 2015). "Genová exprese. MikroRNA kontrola šumu proteinové exprese". Věda. 348 (6230): 128–32. Bibcode:2015Sci ... 348..128S. doi:10.1126 / science.aaa1738. PMID  25838385.
  8. ^ Hopf TA, Colwell LJ, Sheridan R, Rost B, Sander C, Marks DS (červen 2012). „Trojrozměrné struktury membránových proteinů z genomového sekvenování“. Buňka. 149 (7): 1607–21. doi:10.1016 / j.cell.2012.04.012. PMC  3641781. PMID  22579045.
  9. ^ Sjodt M, Brock K, Dobihal G, Rohs PD, Green AG, Hopf TA, Meeske AJ, Srisuknimit V, Kahne D, Walker S, Marks DS, Bernhardt TG, Rudner DZ, Kruse AC (duben 2018). "Struktura peptidoglykan polymerázy RodA vyřešena evoluční vazebnou analýzou". Příroda. 556 (7699): 118–121. Bibcode:2018Natur.556..118S. doi:10.1038 / příroda25985. PMC  6035859. PMID  29590088.
  10. ^ "EVcouplings". evfold.org. Citováno 1. ledna 2019.
  11. ^ Alon A, Schmidt HR, Wood MD, Sahn JJ, Martin SF, Kruse AC (červenec 2017). "2 receptor". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 114 (27): 7160–7165. doi:10.1073 / pnas.1705154114. PMC  5502638. PMID  28559337.
  12. ^ Zimmerman B, Kelly B, McMillan BJ, Seegar TC, Dror RO, Kruse AC, Blacklow SC (listopad 2016). „Krystalová struktura lidského tetraspaninu o plné délce odhaluje kapsu vázající cholesterol“. Buňka. 167 (4): 1041–1051.e11. doi:10.1016 / j.cell.2016.09.056. PMC  5127602. PMID  27881302.
  13. ^ Weinreb C, Riesselman AJ, Ingraham JB, Gross T, Sander C, Marks DS (květen 2016). „3D RNA a funkční interakce z evolučních vazeb“. Buňka. 165 (4): 963–75. doi:10.1016 / j.cell.2016.03.030. PMC  5024353. PMID  27087444.
  14. ^ Toth-Petroczy A, Palmedo P, Ingraham J, Hopf TA, Berger B, Sander C, Marks DS (září 2016). „Strukturované stavy neuspořádaných proteinů z genomových sekvencí“. Buňka. 167 (1): 158–170.e12. doi:10.1016 / j.cell.2016.09.010. PMC  5451116. PMID  27662088.
  15. ^ Hopf TA, Ingraham JB, Poelwijk FJ, Schärfe CP, Springer M, Sander C, Marks DS (únor 2017). „Mutační efekty předpovídané ze společné variace sekvence“. Přírodní biotechnologie. 35 (2): 128–135. doi:10.1038 / nbt.3769. PMC  5383098. PMID  28092658.
  16. ^ „17. února 2016: ISCB blahopřeje držitelům cen za rok 2016, Soren Brunak, Debora Marks, Burkhard Rost a Serafim Batzoglou“. www.iscb.org. Citováno 11. července 2016.
  17. ^ „Vědecká iniciativa Chan Zuckerberg“. Síť výzev pro neurodegeneraci. Citováno 1. ledna 2019.

externí odkazy