Mathieu Blanchette (výpočetní biolog) - Mathieu Blanchette (computational biologist)

Mathieu Blanchette
narozený
Mathieu Daniel Blanchette
Alma mater
Ocenění
Vědecká kariéra
Pole
Instituce
TezeAlgoritmy pro fylogenetickou stopu  (2002)
Doktorský poradceMartin Tompa[2]
Ostatní akademičtí poradci
webová stránkawww.cs.mcgill.ca/ ~ blanchem/

Mathieu Daniel Blanchette je výpočetní biolog a docent v School of Computer Science na McGill University. Jeho výzkum se zaměřuje na vývoj nových algoritmů pro detekci funkčních oblastí v systému Windows DNA sekvence.[1][3][4][5][6][7][8][9][10]

Vzdělávání

Blanchette studovala matematika a počítačová věda na Bakalář věd (1997), před studiem informatiky na Mistr vědy (1998) na úrovni Université de Montréal. Doktorát získal na University of Washington v roce 2002 pod dohledem Martina Tompy.[2][11] Jeho práce s názvem Algoritmy pro fylogenetickou stopu,[2] představil první rozumný algoritmus pro pořadí genů fylogeneze a rozpracováno fylogenetická stopa.[12] Poté pracoval jako postdoktorandský vědecký pracovník v Centru pro biomolekulární vědu a inženýrství při University of California, Santa Cruz, pracovat s David Haussler.[11][12]

Výzkum

Blanchette se v roce 2002 stala docentkou na McGill University School of Computer Science. Jeho výzkum[1][4][5] se zaměřuje na vývoj výpočetních metod pro detekci funkčních oblastí v sekvencích DNA. Jeho postdoktorská práce vyvinuli algoritmy pro rekonstrukci rodových savčích genomů. Jeho nedávná práce pokračuje v této cestě, zejména s ohledem na vývoj algoritmů pro odvození genové regulace.[3][12][13][14][15]

Ocenění a vyznamenání

Blanchette byla oceněna ISCB Cenu Overton v roce 2006 ocenil jeho „zásadní a vysoce citované příspěvky v několika oblastech bioinformatiky“.[12] Byl oceněn a Společenstvo pro výzkum Sloan v roce 2007.[16]

Blanchette působila v redakční radě časopisu Výzkum genomu a od roku 2014 působí v redakční radě časopisu Algoritmy pro molekulární biologii.[11][17]

Reference

  1. ^ A b C Mathieu Blanchette publikace indexované podle Google Scholar Upravte to na Wikidata
  2. ^ A b C Blanchette, Mathieu Daniel (2002). Algoritmy pro fylogenetickou stopu (Disertační práce). University of Washington. ProQuest  305515226.
  3. ^ A b „Mathieu Blanchette - odborný asistent, Škola informatiky, McGill University“. Citováno 2. března 2014.
  4. ^ A b Mathieu Blanchette na DBLP Bibliografický server Upravte to na Wikidata
  5. ^ A b Blanchette, Mathieuovy publikace indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  6. ^ Blanchette, M .; Kent, W. J .; Riemer, C .; Elnitski, L .; Smit, A. F .; Roskin, K. M .; Baertsch, R .; Rosenbloom, K .; Clawson, H .; Green, E. D .; Haussler, D .; Miller, W. (2004). „Zarovnání více genomových sekvencí se zarovnáním blokové sady závitů“. Výzkum genomu. 14 (4): 708–715. doi:10,1101 / gr. 1933104. PMC  383317. PMID  15060014.
  7. ^ Thomas, J. W .; Touchman, J. W .; Blakesley, R. W .; Bouffard, G. G .; Beckstrom-Sternberg, S. M .; Margulies, E. H .; Blanchette, M; Siepel, A. C .; Thomas, P. J .; McDowell, J. C .; Maskeri, B; Hansen, N.F .; Schwartz, M. S .; Weber, R. J .; Kent, W. J .; Karolchik, D; Bruen, T. C .; Bevan, R; Cutler, D. J .; Schwartz, S; Elnitski, L; Idol, J. R .; Prasad, A. B .; Lee-Lin, S. Q .; Maduro, V. V .; Summers, T. J .; Portnoy, M. E.; Dietrich, N.L .; Akhter, N; et al. (2003). „Srovnávací analýzy vícedruhových sekvencí z cílených genomových oblastí“. Příroda. 424 (6950): 788–93. Bibcode:2003 Natur.424..788T. doi:10.1038 / nature01858. PMID  12917688.
  8. ^ Blanchette, M; Tompa, M (2002). „Objev regulačních prvků výpočetní metodou pro fylogenetickou stopu“. Výzkum genomu. 12 (5): 739–48. doi:10,1101 / gr. 6902. PMC  186562. PMID  11997340.
  9. ^ Guillemette, B; Bataille, A. R .; Gévry, N; Adam, M; Blanchette, M; Robert, F; Gaudreau, L (2005). „Varianta histonu H2A.Z je globálně lokalizována na promotory neaktivních genů kvasinek a reguluje umístění nukleosomů“. PLOS Biology. 3 (12): e384. doi:10.1371 / journal.pbio.0030384. PMC  1275524. PMID  16248679. otevřený přístup
  10. ^ Margulies, E. H .; Blanchette, M; Srovnávací program NISC; Haussler, D; Green, E. D. (2003). "Identifikace a charakterizace vícedruhových konzervovaných sekvencí". Výzkum genomu. 13 (12): 2507–18. doi:10,1101 / gr. 1602203. PMC  403793. PMID  14656959.
  11. ^ A b C „Matthieu Blanchette Complete CV“ (PDF). Citováno 2. března 2014.[trvalý mrtvý odkaz ]
  12. ^ A b C d Maisel, M. (2006). „Vyznamenání ISCB Michael S. Waterman a Mathieu Blanchette“. PLOS výpočetní biologie. 2 (8): e105. Bibcode:2006PLSCB ... 2..105M. doi:10.1371 / journal.pcbi.0020105. PMC  1526462. otevřený přístup
  13. ^ Blanchette, M; Green, E. D .; Miller, W; Haussler, D (2004). „Rekonstrukce velkých oblastí genomu savců předků in silico“. Výzkum genomu. 14 (12): 2412–23. doi:10,1101 / gr. 2800104. PMC  534665. PMID  15574820.
  14. ^ Blanchette, M (2012). „Využívání rodových savčích genomů pro predikci vazebných míst pro lidský transkripční faktor“. BMC bioinformatika. 13 Suppl 19: S2. doi:10.1186 / 1471-2105-13-S19-S2. PMC  3526440. PMID  23281809. otevřený přístup
  15. ^ Chen, X; Blanchette, M (2007). „Predikce tkáňově specifických cis-regulačních modulů využívajících Bayesovské sítě a regresní stromy“. BMC bioinformatika. 8 Suppl 10: S2. doi:10.1186 / 1471-2105-8-S10-S2. PMC  2230503. PMID  18269696. otevřený přístup
  16. ^ „McGill dostane čtyři Sloany“. www.mcgill.ca. Citováno 2. března 2014.
  17. ^ „Algoritmy pro molekulární biologii - redakční rada“. www.almob.org. Citováno 2. března 2014.