Thioredoxinový záhyb - Thioredoxin fold
| Thioredoxin | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Jedna molekula člověka thioredoxin (PDB ID 1ERT), kanonický příklad třídy skládání thioredoxinu. | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | Thioredoxin, Trx | ||||||||
| Pfam | PF00085 | ||||||||
| Pfam klan | CL0172 | ||||||||
| InterPro | IPR013766 | ||||||||
| STRÁNKA | PDOC00172 | ||||||||
| SCOP2 | 3trx / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd01659 | ||||||||
| Membranome | 337 | ||||||||
| |||||||||
| Thioredoxin | |
|---|---|
| Identifikátory | |
| Symbol | Trx |
| Membranome | 260 |
The thioredoxinový záhyb je protein složit společné pro enzymy které katalyzují disulfidová vazba formace a izomerizace. Ohyb je pojmenován pro kanonický příklad thioredoxin a nachází se v obou prokaryotický a eukaryotický bílkoviny. Je to příklad alfa / beta proteinový záhyb to má oxidoreduktáza aktivita. Prostorová topologie záhybu se skládá ze čtyřvláknové antiparalelní beta list sevřený mezi tři alfa helixy. Topologie řetězce je 2134 se 3 antiparalelními se zbytkem.
Zachování sekvence
Navzdory variabilitě sekvence v mnoha oblastech záhybu mají proteiny thioredoxinu společné Aktivní stránky sekvence se dvěma reaktivními cystein zbytky: Cys-X-Y-Cys, kde X a Y jsou často, ale ne nutně hydrofobní aminokyseliny. Snížená forma proteinu obsahuje dva volné thiol skupiny na cysteinových zbytcích, zatímco oxidovaná forma obsahuje mezi nimi disulfidovou vazbu.
Tvorba disulfidové vazby
Různé proteiny obsahující thioredoxin fold se velmi liší v jejich reaktivitě a v pKa jejich volných thiolů, což je odvozeno od schopnosti celkové proteinové struktury stabilizovat aktivovaný thiolát. Ačkoli struktura je poměrně konzistentní mezi proteiny obsahujícími thioredoxinový záhyb, pKa je extrémně citlivý na malé odchylky ve struktuře, zejména v umístění páteř bílkovin atomy poblíž prvního cysteinu.
Příklady
Lidské proteiny obsahující tuto doménu zahrnují:
- DNAJC10
- ERP70
- GLRX3
- P4HB; P5; PDIA2; PDIA3; PDIA4; PDIA5; PDIA6; PDILT
- QSOX1; QSOX2
- STRF8
- TXN; TXN2; TXNDC1; TXNDC10; TXNDC11; TXNDC13; TXNDC14; TXNDC15; TXNDC16; TXNDC2; TXNDC3; TXNDC4; TXNDC5; TXNDC6; TXNDC8; TXNL1; TXNL3
Reference
- Creighton TE. (2000). Skládání proteinů spojené s tvorbou disulfidové vazby. v Mechanismy skládání proteinů 2. vyd. Editor RH Pain. Oxford University Press.