Sema doména - Sema domain

PBB Protein SEMA3A image.jpg
Sema doména, imunoglobulinová doména (Ig), krátká základní doména
Identifikátory
SymbolSema
PfamPF01403
InterProIPR001627
STRÁNKAPDOC51004
SCOP21olz / Rozsah / SUPFAM
Membranome71

Doména Sema je strukturální doména z semafory, které jsou velké rodina vylučovaných a transmembránových proteinů, z nichž některé fungují jako repelentní signály během axonové vedení. Sema domény se také vyskytují v receptoru pro růstový faktor hepatocytů (Uniprot: P08581), Plexin-A3 [1] (Uniprot: P51805) a ve virových proteinech.

CD100 (také zvaný SEMA4D) Je spojená s PTPáza a serinkináza aktivita. CD100 zvyšuje proliferaci T buněk indukovanou PMA, CD3 a CD2, zvyšuje adhezi T buněk indukovanou CD45, indukuje homotypickou adhezi B buněk a reguluje dolů. B buňka výraz CD23.

Sema doména je charakterizována konzervativní sadou cysteinových zbytků, které tvoří čtyři disulfidové vazby ke stabilizaci struktury. Ohyb domény Sema je variací topologie beta vrtule se sedmi lopatkami radiálně uspořádanými kolem centrální osy. Každá čepel obsahuje čtyřvláknovou (vlákna A až D) antiparalelní beta fólii. Vnitřní pramen každé lopatky (A) lemuje kanál ve středu vrtule, přičemž prameny B a C stejného opakování vyzařují směrem ven a pramen D dalšího opakování tvoří vnější okraj lopatky. Velká velikost domény Sema není způsobena jedinou vloženou doménou, ale je výsledkem přítomnosti dalších prvků sekundární struktury vložených do většiny čepelí. Doména Sema používá systém „smyčky a zavěšení“ k uzavření kruhu mezi první a poslední čepelí. Čepele jsou konstruovány postupně s N-koncovým beta-vláknem uzavírajícím kruh tím, že poskytuje nejvzdálenější vlákno (D) sedmého (C-koncového) čepele. Beta-vrtule je dále stabilizována prodloužením N-konce a poskytuje další, pátý beta-řetězec na vnějším okraji lopatky 6.[2][3][4]

Lidské proteiny obsahující tuto doménu

SE SETKAL; MST1R; PLXNA1; PLXNA2; PLXNA3; PLXNA4; PLXNB1; PLXNB2;PLXNB3; PLXND1; SEMA3A; SEMA3B; SEMA3C; SEMA3D; SEMA3E; SEMA3F;SEMA3G; SEMA4A; SEMA4B; SEMA4C; SEMA4D; SEMA4F; SEMA4G; SEMA5A;SEMA5B; SEMA6A; SEMA6B; SEMA6C; SEMA6D; SEMA7A;

Reference

  1. ^ Winberg ML, Noordermeer JN, Tamagnone L, Comoglio PM, Spriggs MK, Tessier-Lavigne M, Goodman CS (prosinec 1998). „Plexin A je neuronální semaforinový receptor, který řídí navádění axonů“. Buňka. 95 (7): 903–16. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81715-8. PMID  9875845. S2CID  14703056.
  2. ^ Antipenko A, Himanen JP, van Leyen K, Nardi-Dei V, Lesniak J, Barton WA, Rajashankar KR, Lu M, Hoemme C, Püschel AW, Nikolov DB (srpen 2003). "Struktura vazebného modulu pro receptor semaforinu-3A". Neuron. 39 (4): 589–98. doi:10.1016 / S0896-6273 (03) 00502-6. PMID  12925274. S2CID  9782923.
  3. ^ Love CA, Harlos K, Mavaddat N, Davis SJ, Stuart DI, Jones EY, Esnouf RM (říjen 2003). „Tvář semaforinů vázajících ligand odhalená krystalovou strukturou SEMA4D s vysokým rozlišením“. Přírodní strukturní biologie. 10 (10): 843–8. doi:10.1038 / nsb977. PMID  12958590. S2CID  24468463.
  4. ^ Stamos J, Lazarus RA, Yao X, Kirchhofer D, Wiesmann C (červen 2004). „Krystalová struktura beta-řetězce HGF v komplexu s doménou Sema receptoru Met“. Časopis EMBO. 23 (12): 2325–35. doi:10.1038 / sj.emboj.7600243. PMC  423285. PMID  15167892.
Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR001627