SKI protein - SKI protein

LYŽE
Protein SKI PDB 1mr1.png
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyLYŽE, SKI protoonkogen, SGS, SKV
Externí IDOMIM: 164780 MGI: 98310 HomoloGene: 31124 Genové karty: LYŽE
Umístění genu (člověk)
Chromozom 1 (lidský)
Chr.Chromozom 1 (lidský)[1]
Chromozom 1 (lidský)
Genomic location for SKI
Genomic location for SKI
Kapela1p36.33-p36.32Start2,228,319 bp[1]
Konec2,310,213 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE SKI 204270 at fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

6497

20481

Ensembl

ENSG00000157933

ENSMUSG00000029050

UniProt

P12755

Q60698

RefSeq (mRNA)

NM_003036

NM_011385
NM_001357191

RefSeq (protein)

NP_003027

n / a

Místo (UCSC)Chr 1: 2,23 - 2,31 MbChr 4: 155,15 - 155,22 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

The SKI protein je nukleární protoonkogen který je spojen s nádory při vysokých buněčných koncentracích.[5] Bylo prokázáno, že SKI interferuje s normálním buněčným fungováním tím, že přímo brání exprese určitých genů uvnitř jádra buňky, stejně jako narušení signálních proteinů, které aktivují geny.[6]

SKI negativně reguluje transformující růstový faktor-beta (TGF-beta ) přímou interakcí s Smads a potlačování transkripce genů reagujících na TGF-beta.[7] To bylo spojeno s rakovinou kvůli velkému počtu rolí, které peptidové růstové faktory, z nichž TGF-beta jsou podrodinou, hrají při regulaci buněčných funkcí, jako je proliferace buněk, apoptóza, specifikace a vývojový osud.[8]

Název SKI pochází z Institut Sloan-Kettering kde byl protein původně objeven.

Struktura

Gen

SKI protoonkogen se nachází v oblasti poblíž p73 gen potlačující nádor v lokusu 1p36.3 genu, což naznačuje podobnou funkci jako gen p73.[9]

Protein

Krystalová struktura domény jezevčíka-homologie lidského SKI.[10]

SKI protein má 728 aminokyselina sekvence, s více domén. Vyjadřuje se uvnitř i vně jádra.[9] Je ve stejné rodině jako SnoN protein. Různé domény mají různé funkce, přičemž primární domény interagují s proteiny Smad. Protein má a helix-turn-helix motiv, a cystein a histidin bohatá oblast, která vede k zinkový prst motiv, oblast základní aminokyseliny a leucinový zip. Všechny tyto domény, včetně a prolin bohaté oblasti, jsou v souladu se skutečností, že protein musí mít domény, které mu umožňují interakci s jinými proteiny.[9] Protein má také hydrofobní oblasti, které přicházejí do styku s proteiny Smad bohatými na leucin a fenylalanin aminokyselinové oblasti.[11] Nedávné studie navrhly doménu podobnou doméně Jezevčík protein. Doména SKI-Dachshund homologie (SKI-DHD) obsahuje domény helix turn helix proteinu a motivy beta-alfa-beta turn.[7]

Funkce

SKI onkogen je přítomen ve všech buňkách a je běžně aktivní během vývoje. Konkrétně ptačí fibroblasty závisí na SKI proteinu jako a transkripční koregulátor vyvolání transformace.[9] Výše uvedená DHD oblast je specificky používána pro interakce protein-protein, zatímco 191 aminokyselina C konec zprostředkovává oligomerizace.[7] Nedávný výzkum ukazuje, že protein SKI v rakovinných buňkách působí jako supresor a inhibuje signalizace transformujícího růstového faktoru β (TGF- β). TGF-β je protein, který reguluje růst buněk. Signalizace je regulována rodinou proteinů nazývaných proteiny Smad. SKI je přítomen u všech dospělých a embryonální buňky při nízkých hladinách je však pro nádorové buňky charakteristická nadměrná exprese proteinu.[11] Předpokládá se, že vysoké hladiny proteinu SKI inaktivují supresi tumoru vytěsněním jiných proteinů a interferencí se signální cestou TGF-β.[9] SKI protein a CPB protein soutěží o vazbu s proteiny Smad, konkrétně soutěží s Smad-3 a CReB -vázání proteinových interakcí. SKI také přímo interaguje s R-Smad ∙ Smad-4 komplex, který přímo potlačuje normální transkripci genů reagujících na TGF-β, inaktivuje schopnost buňky zastavit růst a dělení a vytváří rakovinné buňky.[11]

SKI byla spojena s různými druhy rakoviny, včetně lidí melanomy spinocelulární karcinom jícnu, rakovina děložního hrdla a proces progrese nádoru. Spojení SKI s lidským melanomem bylo nejvíce studovanou oblastí vazby proteinu na rakovinu. V současné době se předpokládá, že protein SKI brání reakci na hladiny TFG-β, což způsobuje tvorbu nádoru.[9]

Související výzkum

Jiný výzkum identifikoval proteiny podobné Ski. The SnoN protein byl identifikován jako podobný protein a je v publikacích často diskutován v konjugaci s proteinem Ski. Nedávný výzkum naznačuje, že role SnoN by mohla být poněkud odlišná a mohla by dokonce hrát roli antagonisty.[12]

Další nedávné studie prokázaly, že Fussel-15 a Fussel-18 jsou homologní s rodinou proteinů Ski / Sno. Bylo zjištěno, že Fussel-15 hraje téměř stejnou roli jako proteiny Ski / Sno, ale jeho exprese není tak všudypřítomná jako proteiny Ski / Sno. Bylo zjištěno, že Fussel-18 má inhibiční roli v signalizaci TGF-beta.[13]

Jezevčík a SKIDA1 jsou také v rodině Ski / Sno / Dac.[14]

Interakce

Bylo prokázáno, že protein SKI komunikovat s:

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000157933 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000029050 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Vignais ML (únor 2000). "[Ski a SnoN: antagonistické proteiny signalizace TGFbeta]". Býčí rakovina (francouzsky). 87 (2): 135–7. PMID  10705283.
  6. ^ Cell 2002; 111: 1-20.
  7. ^ A b C Wilson JJ, Malakhova M, Zhang R, Joachimiak A, Hegde RS (květen 2004). "Krystalová struktura domény homologie jezevčíka lidské SKI". Struktura. 12 (5): 785–92. doi:10.1016 / j.str.2004.02.035. PMID  15130471.
  8. ^ Whitman M (srpen 1998). „Smads a raná vývojová signalizace nadrodinou TGFbeta“. Genes Dev. 12 (16): 2445–62. doi:10.1101 / gad.12.16.2445. PMID  9716398.
  9. ^ A b C d E F Reed JA, Lin Q, Chen D, Mian IS, Medrano EE (červen 2005). "SKI dráhy vyvolávající progresi lidského melanomu". Metastáza rakoviny Rev. 24 (2): 265–72. doi:10.1007 / s10555-005-1576-x. PMID  15986136.
  10. ^ PDB: 1SBX​; Wilson JJ, Malakhova M, Zhang R, Joachimiak A, Hegde RS (květen 2004). "Krystalová struktura domény homologie jezevčíka lidské SKI". Struktura. 12 (5): 785–92. doi:10.1016 / j.str.2004.02.035. PMID  15130471.
  11. ^ A b C Chen W, Lam SS, Srinath H, Schiffer CA, Royer WE, Lin K (duben 2007). „Konkurence mezi Ski a CREB-vazebným proteinem o vazbu na proteiny Smad při transformaci signalizace růstového faktoru-beta“. J. Biol. Chem. 282 (15): 11365–76. doi:10,1074 / jbc.M700186200. PMID  17283070.
  12. ^ Ramel MC, Emery CM, Emery CS, Foulger R, Goberdhan DC, van den Heuvel M, Wilson C (duben 2007). „Drosophila SnoN moduluje růst a tvorbu vzorů antagonizováním signalizace TGF-beta“. Mech. Dev. 124 (4): 304–17. doi:10.1016 / j.mod.2006.12.006. PMID  17289352.
  13. ^ Arndt S, Poser I, Moser M, Bosserhoff AK (duben 2007). „Fussel-15, nový homologní protein Ski / Sno, antagonizuje signalizaci BMP“. Mol. Buňka. Neurosci. 34 (4): 603–11. doi:10.1016 / j.mcn.2007.01.002. PMID  17292623.
  14. ^ „Conserved Protein Domain Ski_Sno“. NCBI.
  15. ^ A b C d Harada J, Kokura K, Kanei-Ishii C, Nomura T, Khan MM, Kim Y, Ishii S (říjen 2003). „Požadavek interrepresorové homeodomény interagující proteinové kinázy 2 pro lyžařsky zprostředkovanou inhibici transkripční aktivace kostního morfogenetického proteinu“. J. Biol. Chem. 278 (40): 38998–9005. doi:10,1074 / jbc.M307112200. PMID  12874272.
  16. ^ Kokura K, Kaul SC, Wadhwa R, Nomura T, Khan MM, Shinagawa T, Yasukawa T, Colmenares C, Ishii S (září 2001). „Rodina proteinů Ski je vyžadována pro transkripční represi zprostředkovanou MeCP2“. J. Biol. Chem. 276 (36): 34115–21. doi:10,1074 / jbc.M105747200. PMID  11441023.
  17. ^ Luo K, Stroschein SL, Wang W, Chen D, Martens E, Zhou S, Zhou Q (září 1999). „Lyžařský onkoprotein interaguje s proteiny Smad a potlačuje signalizaci TGFbeta“. Genes Dev. 13 (17): 2196–206. doi:10.1101 / gad.13.17.2196. PMC  316985. PMID  10485843.
  18. ^ Ueki N, Hayman MJ (srpen 2003). „Přímá interakce Ski s Smad3 nebo Smad4 je nezbytná a dostatečná pro Ski-zprostředkovanou represi transformace růstového faktoru-beta signalizace“. J. Biol. Chem. 278 (35): 32489–92. doi:10,1074 / jbc.C300276200. PMID  12857746.
  19. ^ Tarapore P, Richmond C, Zheng G, Cohen SB, Kelder B, Kopchick J, Kruse U, Sippel AE, Colmenares C, Stavnezer E (říjen 1997). „Vazba DNA a aktivace transkripce pomocí Ski onkoproteinu zprostředkovaná interakcí s NFI“. Nucleic Acids Res. 25 (19): 3895–903. doi:10.1093 / nar / 25.19.3895. PMC  146989. PMID  9380514.
  20. ^ Khan MM, Nomura T, Kim H, Kaul SC, Wadhwa R, Shinagawa T, Ichikawa-Iwata E, Zhong S, Pandolfi PP, Ishii S (červen 2001). „Role PML a PML-RARalfa v šíření zprostředkované transkripcí“. Mol. Buňka. 7 (6): 1233–43. doi:10.1016 / s1097-2765 (01) 00257-x. PMID  11430826.
  21. ^ Cohen SB, Zheng G, Heyman HC, Stavnezer E (únor 1999). „Heterodimery onkoproteinů SnoN a Ski se tvoří přednostně před homodimery a jsou účinnějšími transformačními činidly“. Nucleic Acids Res. 27 (4): 1006–14. doi:10.1093 / nar / 27.4.1006. PMC  148280. PMID  9927733.
  22. ^ Prathapam T, Kühne C, Hayman M, Banks L (září 2001). „Ski interaguje s evolučně konzervovanou doménou SNW společnosti Skip“. Nucleic Acids Res. 29 (17): 3469–76. doi:10.1093 / nar / 29.17.3469. PMC  55893. PMID  11522815.
  23. ^ Dahl R, Wani B, Hayman MJ (březen 1998). „Lyžařský onkoprotein interaguje se Skipem, lidským homologem Drosophila Bx42“. Onkogen. 16 (12): 1579–86. doi:10.1038 / sj.onc.1201687. PMID  9569025.
  24. ^ Leong GM, Subramaniam N, Figueroa J, Flanagan JL, Hayman MJ, Eisman JA, Kouzmenko AP (květen 2001). „Protein interagující s lyžemi interaguje s proteiny Smad a zvyšuje transkripci závislou na transformačním růstovém faktoru beta“. J. Biol. Chem. 276 (21): 18243–8. doi:10,1074 / jbc.M010815200. PMID  11278756.

Další čtení