SNW1 - SNW1

SNW1
Identifikátory
Aliasy	SNW1, Bx42, NCOA-62, PRPF45, Prp45, SKIIP, SKIP, doména SNW obsahující 1, SKIP1, FUN20
Externí ID	OMIM: 603055 MGI: 1913604 HomoloGene: 56557 Genové karty: SNW1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 14 (lidský)
Konec	77,761,207 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 12 (myš)
Konec	87,472,274 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: Aktivita transkripčního corepresoru 0001106; • GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • vazba na nukleární hormonální receptory; • Vrubová vazba; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba na receptor retinové kyseliny; • SMAD vazba; • vazba na receptory vitaminu D.; • Vazba RNA; • vazba enzymu; • vazba na androgenní receptory;
Buněčná složka	• katalytický krok 2 spliceosom; • jaderná matice; • nukleoplazma; • komplex cyklin / CDK pozitivní transkripční elongační faktor; • spliceosomální komplex; • buněčné jádro; • jaderné těleso; • spliceosomální komplex po uvolnění mRNA; • jaderná skvrna; • Spliceosom katalytického kroku 2 typu U2;
Biologický proces	• Signální dráha zářezu; • buněčná odpověď na kyselinu retinovou; • pozitivní regulace signální dráhy receptoru beta transformujícího růstového faktoru; • vnitřní apoptotická signální cesta v reakci na poškození DNA mediátorem třídy p53; • regulace transkripce, DNA-šablony; • pozitivní regulace sestřihu mRNA prostřednictvím spliceosomu; • regulace signální dráhy receptoru kyseliny retinové; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • Zpracování mRNA; • regulace signální dráhy receptoru vitaminu D.; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace neurogeneze; • signální dráha receptoru kyseliny retinové; • pozitivní regulace methylace histonu H3-K4; • Sestřih RNA; • pozitivní regulace signální dráhy receptoru vitaminu D.; • iniciace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • GO: virový proces 0022415; • negativní regulace transkripce, chráněná DNA; • pozitivní regulace hostitelem virové transkripce; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, chráněná DNA; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • generování katalytického spliceosomu pro druhý transesterifikační krok; • pozitivní regulace transkripce cíle receptoru Notch; • pozitivní regulace signální dráhy Notch;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	22938
	66354
	ENSG00000100603
	ENSMUSG00000021039
	Q13573
	Q9CSN1
	NM_012245; NM_001318844
	NM_025507
	NP_001305773; NP_036377
	NP_079783
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Proteiny obsahující doménu SNW 1 je protein že u lidí je kódován SNW1 gen.^[5]^[6]^[7]

Funkce

Tento gen, člen rodiny genů SNW, kóduje koaktivátor, který zvyšuje transkripci z některých promotorů Pol II. Tento koaktivátor se může vázat na ligandovou vazebnou doménu receptoru vitaminu D a na receptory retinoidů, aby zvýšil expresi genů zprostředkovanou vitaminem D, kyselinou retinovou, estrogenem a glukokortikoidy. Může také fungovat jako spojovací faktor při interakci s poly (A) vázajícím proteinem 2 k přímé kontrole exprese genů specifických pro svaly na transkripční úrovni. Nakonec může být protein zapojen do onkogeneze, protože interaguje s oblastí SKI onkoproteinů, která je nutná pro transformační aktivitu.^[7]

Interakce

SNW1 bylo prokázáno komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000100603 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000021039 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Folk P, Půta F, Krpejsová L, Blahůsková A, Markos A, Rabino M, Dottin RP (listopad 1996). "Homolog proteinu vázajícího chromatin Bx42 identifikovaný v Dictyostelium". Gen. 181 (1–2): 229–31. doi:10.1016 / S0378-1119 (96) 00483-0. PMID 8973337.
^ ^A ^b Baudino TA, Kraichely DM, Jefcoat SC, Winchester SK, Partridge NC, MacDonald PN (červen 1998). „Izolace a charakterizace nového koaktivátorového proteinu, NCoA-62, zapojeného do transkripce zprostředkované vitaminem D“. The Journal of Biological Chemistry. 273 (26): 16434–41. doi:10.1074 / jbc.273.26.16434. PMID 9632709.
^ ^A ^b „Entrez Gene: SNW1 SNW doména obsahující 1“.
^ ^A ^b ^C ^d Zhou S, Fujimuro M, Hsieh JJ, Chen L, Hayward SD (únor 2000). „Role SKIP v aktivaci EBNA2 promotorů potlačovaných CBF1“. Journal of Virology. 74 (4): 1939–47. doi:10.1128 / jvi.74.4.1939-1947.2000. PMC 111672. PMID 10644367.
^ ^A ^b Zhang C, Baudino TA, Dowd DR, Tokumaru H, Wang W, MacDonald PN (listopad 2001). „Ternární komplexy a kooperativní souhra mezi NCoA-62 / koaktivátory proteinu a steroidních receptorů interagující s lyží v transkripci zprostředkované receptorem vitaminu D“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (44): 40614–20. doi:10,1074 / jbc.M106263200. PMID 11514567.
^ ^A ^b ^C Leong GM, Subramaniam N, Figueroa J, Flanagan JL, Hayman MJ, Eisman JA, Kouzmenko AP (květen 2001). „Protein interagující s lyžemi interaguje s proteiny Smad a zvyšuje transkripci závislou na transformačním růstovém faktoru beta“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (21): 18243–8. doi:10,1074 / jbc.M010815200. PMID 11278756.
^ ^A ^b ^C Zhou S, Fujimuro M, Hsieh JJ, Chen L, Miyamoto A, Weinmaster G, Hayward SD (duben 2000). „SKIP, protein asociovaný s CBF1, interaguje s ankyrinovou repetiční doménou NotchIC k usnadnění funkce NotchIC“. Molekulární a buněčná biologie. 20 (7): 2400–10. doi:10,1128 / mcb.20.7.2400-2410.2000. PMC 85419. PMID 10713164.
^ Beatus P, Lundkvist J, Oberg C, Pedersen K, Lendahl U (červen 2001). „Původ ankyrinové repetiční oblasti v intracelulárních doménách Notch je rozhodující pro regulaci aktivity HES promotoru“. Mechanismy rozvoje. 104 (1–2): 3–20. doi:10.1016 / s0925-4773 (01) 00373-2. PMID 11404076.
^ Kim YJ, Noguchi S, Hayashi YK, Tsukahara T, Shimizu T, Arahata K (květen 2001). „Produkt genu pro okulofaryngeální svalovou dystrofii, protein vázající poly (A) 2, interaguje s SKIP a stimuluje expresi specifického genu pro svaly“. Lidská molekulární genetika. 10 (11): 1129–39. doi:10,1093 / hmg / 10.11.1129. PMID 11371506.
^ Prathapam T, Kühne C, Banks L (prosinec 2002). „Skip interaguje s tumor supresorem retinoblastomu a inhibuje jeho transkripční represivní aktivitu“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (23): 5261–8. doi:10.1093 / nar / gkf658. PMC 137971. PMID 12466551.
^ Prathapam T, Kühne C, Hayman M, Banks L (září 2001). „Ski interaguje s evolučně konzervovanou doménou SNW společnosti Skip“. Výzkum nukleových kyselin. 29 (17): 3469–76. doi:10.1093 / nar / 29.17.3469. PMC 55893. PMID 11522815.
^ Dahl R, Wani B, Hayman MJ (březen 1998). „Lyžařský onkoprotein interaguje se Skipem, lidským homologem Drosophila Bx42“. Onkogen. 16 (12): 1579–86. doi:10.1038 / sj.onc.1201687. PMID 9569025.

Další čtení

Dahl R, Wani B, Hayman MJ (březen 1998). „Lyžařský onkoprotein interaguje se Skipem, lidským homologem Drosophila Bx42“. Onkogen. 16 (12): 1579–86. doi:10.1038 / sj.onc.1201687. PMID 9569025.
Zhou S, Fujimuro M, Hsieh JJ, Chen L, Hayward SD (únor 2000). „Role SKIP v aktivaci EBNA2 promotorů potlačovaných CBF1“. Journal of Virology. 74 (4): 1939–47. doi:10.1128 / JVI.74.4.1939-1947.2000. PMC 111672. PMID 10644367.
Zhou S, Fujimuro M, Hsieh JJ, Chen L, Miyamoto A, Weinmaster G, Hayward SD (duben 2000). „SKIP, protein asociovaný s CBF1, interaguje s ankyrinovou repetiční doménou NotchIC k usnadnění funkce NotchIC“. Molekulární a buněčná biologie. 20 (7): 2400–10. doi:10.1128 / MCB.20.7.2400-2410.2000. PMC 85419. PMID 10713164.
Leong GM, Subramaniam N, Figueroa J, Flanagan JL, Hayman MJ, Eisman JA, Kouzmenko AP (květen 2001). „Protein interagující s lyžemi interaguje s proteiny Smad a zvyšuje transkripci závislou na transformačním růstovém faktoru beta“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (21): 18243–8. doi:10,1074 / jbc.M010815200. PMID 11278756.
Kim YJ, Noguchi S, Hayashi YK, Tsukahara T, Shimizu T, Arahata K (květen 2001). „Produkt genu pro okulofaryngeální svalovou dystrofii, protein vázající poly (A) 2, interaguje s SKIP a stimuluje expresi specifického genu pro svaly“. Lidská molekulární genetika. 10 (11): 1129–39. doi:10,1093 / hmg / 10.11.1129. PMID 11371506.
Beatus P, Lundkvist J, Oberg C, Pedersen K, Lendahl U (červen 2001). „Původ ankyrinové repetiční oblasti v intracelulárních doménách Notch je rozhodující pro regulaci aktivity HES promotoru“. Mechanismy rozvoje. 104 (1–2): 3–20. doi:10.1016 / S0925-4773 (01) 00373-2. PMID 11404076.
Zhou S, Hayward SD (září 2001). „Jaderná lokalizace CBF1 je regulována interakcemi s komplexem corepressorů SMRT“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (18): 6222–32. doi:10.1128 / MCB.21.18.6222-6232.2001. PMC 87339. PMID 11509665.
Zhang C, Baudino TA, Dowd DR, Tokumaru H, Wang W, MacDonald PN (listopad 2001). „Ternární komplexy a kooperativní souhra mezi NCoA-62 / koaktivátory proteinu a steroidních receptorů interagující s lyží v transkripci zprostředkované receptorem vitaminu D“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (44): 40614–20. doi:10,1074 / jbc.M106263200. PMID 11514567.
Prathapam T, Kühne C, Hayman M, Banks L (září 2001). „Ski interaguje s evolučně konzervovanou doménou SNW společnosti Skip“. Výzkum nukleových kyselin. 29 (17): 3469–76. doi:10.1093 / nar / 29.17.3469. PMC 55893. PMID 11522815.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, Grigorieff N, Moore MJ (duben 2002). „Čištění a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu“. RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
Wardell SE, Boonyaratanakornkit V, Adelman JS, Aronheim A, Edwards DP (srpen 2002). „Jun dimerization protein 2 funguje jako progesteronový receptor N-terminální doménový koaktivátor“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (15): 5451–66. doi:10.1128 / MCB.22.15.5451-5466.2002. PMC 133955. PMID 12101239.
Prathapam T, Kühne C, Banks L (prosinec 2002). „Skip interaguje s tumor supresorem retinoblastomu a inhibuje jeho transkripční represivní aktivitu“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (23): 5261–8. doi:10.1093 / nar / gkf658. PMC 137971. PMID 12466551.
Petersen HH, Hilpert J, Militz D, Zandler V, Jacobsen C, Roebroek AJ, Willnow TE (únor 2003). „Funkční interakce megalinu s megalin vazebným proteinem (MegBP), novou adaptorovou molekulou obsahující tetratrico peptidovou repetici“. Journal of Cell Science. 116 (Pt 3): 453–61. doi:10,1242 / jcs.00243. PMID 12508107.
Barry JB, Leong GM, Church WB, Issa LL, Eisman JA, Gardiner EM (březen 2003). „Interakce SKIP / NCoA-62, TFIIB a retinoidního X receptoru se zbytky helixu H10 receptoru pro vitamin D“. The Journal of Biological Chemistry. 278 (10): 8224–8. doi:10.1074 / jbc.C200712200. PMID 12529369.
Zhang C, Dowd DR, Staal A, Gu C, Lian JB, van Wijnen AJ, Stein GS, MacDonald PN (září 2003). „Nukleární koaktivátor-62 kDa / protein interagující s lyží je koaktivátor spojený s jadernou matricí, který může spojovat transkripci zprostředkovanou receptorem vitaminu D a sestřih RNA“. The Journal of Biological Chemistry. 278 (37): 35325–36. doi:10,1074 / jbc.M305191200. PMID 12840015.
Leong GM, Subramaniam N, Issa LL, Barry JB, Kino T, Driggers PH, Hayman MJ, Eisman JA, Gardiner EM (březen 2004). „Protein interagující s lyžemi, bifunkční regulátor nukleárních receptorů, který interaguje s N-CoR / SMRT a p300“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 315 (4): 1070–6. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.02.004. PMID 14985122.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000100603 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000021039 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8973337-5] Folk P, Půta F, Krpejsová L, Blahůsková A, Markos A, Rabino M, Dottin RP (listopad 1996). "Homolog proteinu vázajícího chromatin Bx42 identifikovaný v Dictyostelium". Gen. 181 (1–2): 229–31. doi:10.1016 / S0378-1119 (96) 00483-0. PMID 8973337.

[pmid9632709-6] A ^b Baudino TA, Kraichely DM, Jefcoat SC, Winchester SK, Partridge NC, MacDonald PN (červen 1998). „Izolace a charakterizace nového koaktivátorového proteinu, NCoA-62, zapojeného do transkripce zprostředkované vitaminem D“. The Journal of Biological Chemistry. 273 (26): 16434–41. doi:10.1074 / jbc.273.26.16434. PMID 9632709.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: SNW1 SNW doména obsahující 1“.

[pmid10644367-8] A ^b ^C ^d Zhou S, Fujimuro M, Hsieh JJ, Chen L, Hayward SD (únor 2000). „Role SKIP v aktivaci EBNA2 promotorů potlačovaných CBF1“. Journal of Virology. 74 (4): 1939–47. doi:10.1128 / jvi.74.4.1939-1947.2000. PMC 111672. PMID 10644367.

[pmid11514567-9] A ^b Zhang C, Baudino TA, Dowd DR, Tokumaru H, Wang W, MacDonald PN (listopad 2001). „Ternární komplexy a kooperativní souhra mezi NCoA-62 / koaktivátory proteinu a steroidních receptorů interagující s lyží v transkripci zprostředkované receptorem vitaminu D“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (44): 40614–20. doi:10,1074 / jbc.M106263200. PMID 11514567.

[pmid11278756-10] A ^b ^C Leong GM, Subramaniam N, Figueroa J, Flanagan JL, Hayman MJ, Eisman JA, Kouzmenko AP (květen 2001). „Protein interagující s lyžemi interaguje s proteiny Smad a zvyšuje transkripci závislou na transformačním růstovém faktoru beta“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (21): 18243–8. doi:10,1074 / jbc.M010815200. PMID 11278756.

[pmid10713164-11] A ^b ^C Zhou S, Fujimuro M, Hsieh JJ, Chen L, Miyamoto A, Weinmaster G, Hayward SD (duben 2000). „SKIP, protein asociovaný s CBF1, interaguje s ankyrinovou repetiční doménou NotchIC k usnadnění funkce NotchIC“. Molekulární a buněčná biologie. 20 (7): 2400–10. doi:10,1128 / mcb.20.7.2400-2410.2000. PMC 85419. PMID 10713164.

[pmid11404076-12] Beatus P, Lundkvist J, Oberg C, Pedersen K, Lendahl U (červen 2001). „Původ ankyrinové repetiční oblasti v intracelulárních doménách Notch je rozhodující pro regulaci aktivity HES promotoru“. Mechanismy rozvoje. 104 (1–2): 3–20. doi:10.1016 / s0925-4773 (01) 00373-2. PMID 11404076.

[pmid11371506-13] Kim YJ, Noguchi S, Hayashi YK, Tsukahara T, Shimizu T, Arahata K (květen 2001). „Produkt genu pro okulofaryngeální svalovou dystrofii, protein vázající poly (A) 2, interaguje s SKIP a stimuluje expresi specifického genu pro svaly“. Lidská molekulární genetika. 10 (11): 1129–39. doi:10,1093 / hmg / 10.11.1129. PMID 11371506.

[pmid12466551-14] Prathapam T, Kühne C, Banks L (prosinec 2002). „Skip interaguje s tumor supresorem retinoblastomu a inhibuje jeho transkripční represivní aktivitu“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (23): 5261–8. doi:10.1093 / nar / gkf658. PMC 137971. PMID 12466551.

[pmid11522815-15] Prathapam T, Kühne C, Hayman M, Banks L (září 2001). „Ski interaguje s evolučně konzervovanou doménou SNW společnosti Skip“. Výzkum nukleových kyselin. 29 (17): 3469–76. doi:10.1093 / nar / 29.17.3469. PMC 55893. PMID 11522815.

[pmid9569025-16] Dahl R, Wani B, Hayman MJ (březen 1998). „Lyžařský onkoprotein interaguje se Skipem, lidským homologem Drosophila Bx42“. Onkogen. 16 (12): 1579–86. doi:10.1038 / sj.onc.1201687. PMID 9569025.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]