RNF128 - RNF128
E3 ubikvitin-protein ligáza RNF128 je enzym že u lidí je kódován RNF128 gen.[5]
The protein kódovaný tímto genem je typu I. transmembránový protein který se lokalizuje do endocytární cesta. Tento protein obsahuje motiv RING zinkový prst a bylo prokázáno, že obsahuje E3 ubikvitin ligáza aktivita. Exprese tohoto genu v retrovirálně transdukované Hybridom T buněk významně inhibuje aktivací indukovaný IL2 a IL4 cytokin Výroba. Indukovaná exprese tohoto genu byla pozorována v anergických CD4 (+) T buňkách, což naznačuje roli při indukci anergického fenotypu. Alternativně sestříhané varianty přepisu kódující odlišné izoformy byl nahlášen.[5] E3 ubikvitin-protein ligáza RNF128 je vysoce exprimována v játrech, nadledvinách a střevech a má také výraznou expresi v ledvinách, žaludku, močovém měchýři a štítné žláze. Tento protein leží v endocytické dráze a obsahuje signální peptid, motiv RING se zinkovým prstem, doménu spojenou s proteázou a transmembránovou doménu.
Gen
RNF128 jde o další aliasy, včetně Genu souvisejícího s anergií v proteinu lymfocytů (GRAIL), E3 ubikvitin-protein ligáza RNF128, FLJ23516 a prstového proteinu RING 128.[6] Lidský gen RNF128 je umístěn na Xq22.3 na kladném řetězci chromozomu X a obsahuje 8 exonů a 7 intronů.[5] Gen má délku 103 223 párů bází a rozpětí od 105 937 024 do 106 040 244.[7] Tento gen má také 234 ortologů v řadě organismů a je konzervován u zvířat až po kostnaté ryby. Paralogy pro tento gen zahrnují RNF133, RNF150, RNF148, RNF149, RNF130, RNF13, RNF167, RNF215 a ZNRF4.
Přepis (mRNA)
Izoformy
RNF128 má dvě hlášené alternativně kódované varianty transkripčních variant izoformy. Isoform 1 obsahuje 428 aminokyselin a izoforma 2 obsahuje 422 aminokyselin.[8] Isoform 1 má delší přepis. Isoform 2 má alternativní 5 'UTR a odlišný exon ve srovnání s isoformou 1. To má za následek mnohem kratší N-konec v izoformě 2. Isoform 1 se používá častěji při analýze proteinu. Isoform 1 zahrnuje a signální peptid doména asociovaná s proteázou, transmembránová doména a doména prstenu se zinkovým prstem RING. Isoform 2 neobsahuje stejnou doménu asociovanou se signálním peptidem nebo proteázou, ale obsahuje podobnou transmembránovou doménu a doménu RING se zinkovým prstem.
Protein
Obecné vlastnosti
Gen RNF128 kóduje transmembránový protein typu 1. Tento protein funguje jako E3 ubikvitinová proteinová ligáza, která katalyzuje polyubikvitinové řetězce spojené s Lys-43 a Lys-63 a působí jako inhibitor cytokin genová transkripce, když je exprimována v retrovirově transdukovaných T buňkách.[9] Tento protein obsahuje 428 aminokyselin a má dvě známé izoformy.
Struktura
RNF128 obsahuje N-terminál PA doména (zbytky 75–183) a C-terminál Prst doména prsten doména (zbytky 277–318).[10] Byla stanovena krystalografická struktura domény PA.[11]
Regulace úrovně genu
Promotér
Celkově existují dva promotéři, ale hlavní promotér (GXP_14319) pro RNF128 je dlouhý 1076 nukleotidů. Místo zahájení transkripce pro RNF128 se nachází na samém konci promotorové sekvence v posledních 40 aminokyselinách.[12]
Místa vázání transkripce
Existuje mnoho transkripčních faktorů, které mají vysokou afinitu k vázání 5 'UTR RNF128. Některé důležité zmínit jsou NFAT, nukleární faktor aktivovaných T buněk, EGRF, Wilmsův supresor nádoru a HNF6, transkripční faktor cut-homeodomény obohacený játry.[13]
Výraz
Exprese RNF128 v lidských tkáních je velmi specifická pro střeva. Velmi vysoká exprese je zvláště v játrech a játrech plodu. Vysoká exprese je také v ledvinách, nadledvinách, štítné žláze, tenkém střevě a žaludku. [14]
Nařízení na úrovni přepisu
V 5 'nepřekládané oblasti na RNF128 je více než 10 kmenových smyček. Existuje také několik oblastí 5 'nepřekládané oblasti, které jsou vysoce konzervované.[15]
Regulace hladiny bílkovin
Protein RNF128 obsahuje signální peptid. Tento peptid je štěpen na RGA místě 37 aminokyselin do proteinu.[16] Myristoylace když se ze sekvence odstraní prvních 5 aminokyselin, předpovídají se.[17] RNF128 má také tři palmitoylace stránky.[18] Myristoylace a palmitoylace přidává k proteinu myristoylovou a palmitoylovou skupinu, která kontrastuje s N glykosylací, protože přidáváte hydrofobní ocas. Předpovídá se 6 O glykosylace stránky v tomto proteinu.[19] Ze 6 je pravděpodobné, že bude přítomno pouze jedno z těchto O glykosylačních míst, protože je vylučován RNF128. Na O glykosylačních místech mohou být seriny a threoniny jak fosforylované, tak glykosylované a za různých podmínek mohou být zapnuty nebo vypnuty. Je jich mnoho fosforylace Místa pro tento protein, většinou seriny a několik threoninu a tyrosinu.[20] Fosforylace je uvnitř buňky a může často zapnout nebo vypnout určité signály a může dokonce vést ke konformačním změnám v bílkovinách. Existují tři významná místa pro N glykosylace v tomto proteinu.[21] To by mohlo chránit protein kvůli velkému komplexu cukru a přilákat lektiny, které váží jiné proteiny. Cukry z této N glykosylace mohou také změnit tvar proteinu, což mu také pomáhá vázat se na další faktory. Protein RNF128 má tři různé sumoylace stránky.[22] Tato místa jsou podobná ubikvinaci v tom, že za správných podmínek pomáhají cílit proteiny na degradaci. To pomáhá proteinu zbavit se nežádoucích nebo potřebných oblastí. Výzkum zjistil, že jedna třetina času se tento protein nachází v endoplazmatickém retikulu, jedna třetina v plazmatické membráně a druhá třetina v golgi.[23] Tento protein je považován za lokalizovaný v endocytické dráze.
Homologie a evoluce
Paralogy
Níže je tabulka paralogů RNF128. Ačkoli existuje mnoho dalších paralogů než jen těchto devět, tyto paralogy nejvíce souvisejí s RNF128.
| Paralog | E-hodnota | Podobnost% | Identita% | Příbuznost |
| RNF133 | 4e-118 | 58 | 44 | Úzce souvisí |
| RNF150 | 9e-84 | 52 | 38 | Mod. příbuzný |
| RNF148 | 1e-99 | 49 | 37 | Mod. příbuzný |
| RNF149 | 2e-76 | 49 | 34 | Mod. příbuzný |
| RNF130 | 2e-72 | 46 | 33 | Mod. příbuzný |
| RNF13 | 4e-15 | 37 | 21 | Vzdáleně příbuzní |
| RNF167 | 5e-14 | 35 | 21 | Vzdáleně příbuzní |
| RNF215 | 1e-11 | 27 | 18 | Vzdáleně příbuzní |
| ZNRF4 | 8e-10 | 33 | 19 | Vzdáleně příbuzní |
stůl 1: Tato tabulka obsahuje seznam devíti paralogů RNF128. Procento identity a procenta podobnosti byly nalezeny pomocí jehly EMBOSS. Sloupec příbuznosti poskytuje informace o tom, jak úzce, mírně nebo vzdáleně souvisí paralog s RNF128.
Ortology
RNF128 má 234 ortologů a je konzervován u zvířat, jako je pes, kráva, myš, krysa, kuře a zebrafish. Nejvíce příbuzné ortology se nacházejí u savců se podobnostmi mezi 75 a 100 procenty. Středně příbuzné ortology sídlily u plazů a ptáků se podobnostmi mezi 67–75 procenty. Nakonec jsou nejvzdálenějšími ortology obojživelníci a kostnaté ryby s hodnotami podobnosti kolem 60 procent. Pomocí EMBOSS Global bylo spuštěno mnoho vícenásobných sekvenčních zarovnání, aby bylo možné sledovat zachování aminokyselin v průběhu času. Vícenásobné seřazení sekvencí porovnávalo vzdáleně příbuzné a blízce příbuzné homology RNF128. Mnoho oblastí RNF128 je zachováno u všech druhů od savců po kostnaté ryby, včetně domény spojené s proteázou, transmembránové oblasti a oblasti kruh-H2. Signální peptid není konzervován v žádném ze vzdálenějších homologů, ale je konzervován v přísných ortologech. Oblast ring-H2 je nejvíce vysoce konzervovanou oblastí v těchto uspořádáních a je zachována u savců, ptáků, obojživelníků, plazů a kostnatých ryb. Tabulka 2 ukazuje fylogenetický strom ortologů RNF128. [24]
Vývoj
RNF128 sahá přibližně 433 m.r. Nejstarší formy života, ve kterých jsem objevil gen, jsou kostnaté ryby jako zebrafish. Tento gen nebyl nalezen u žádných bezobratlých, plísní, bakterií atd. Velikost genová rodina je 2. Existují dvě izoformy produkované alternativním sestřihem pro RNF128 a našel jsem pouze jednu spojovací izoformu pro nejvzdálenější příbuzný organismus. Obrázek 1 níže ukazuje divergenci RNF128 přesčas a jak pomalu nebo rychle se rozcházel mezi organismy. Při srovnání mého genu s cytochrom c a fibrinogen alfa, lze určit, že RNF128 se odchyluje mírně pomalu. Použil jsem sklon každé čáry, abych zjistil, že změna 1% trvá u cytochromu c 27,7 milionu let, u RNF128 6,9 milionu let a u fibrinogenu alfa 2,7 milionu let.
Interakce
Bylo prokázáno, že RNF128 komunikovat s CD154[25] a OTUB1.[26] RNF128 interaguje s mnoha dalšími různými proteiny včetně CD81, TP53, USP8, USP7, TBK1, a CD151.[27] Superkomplex hexadekameru NSP7 + NSP8 je a SARS-koronavirus RNA polymeráza, která interaguje s RNF128. Super komplex NSP7 + NSP8 je silně zapojen do replikace viru.[28]
Klinický význam
Ve více studiích je RNF128 spojován s p53, gen potlačující nádor. RNF128 působí negativně na P53. Downregulace RNF128 v určitých studiích vede k metastázám a vysoké mitotické rychlosti v močovém měchýři a uroteliální tkáni.[29] Nadměrná exprese RNF128 může inhibovat apoptózu indukovanou p53 degradací p53 a může tak být spojena s regulačním mechanismem pro kontrolu p53 za stresových okolností.[30] RNF128 hraje roli v CD4 a exprese CD83. Je schopen snížit regulaci exprese CD83 na CD4 T buňkách.[31] Exprese RNF128 také omezuje produkci IL2 a IL4 T lymfocyty.
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000133135 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031438 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C "Entrez Gene: RNF128 protein prstového prstu 128".
- ^ „RNF128“. Wikigenes.
- ^ „RNF128“. Aceview.
- ^ „RNF128“. Protein NCBI.
- ^ „RNF128“. Genové karty.
- ^ „Q8TEB7 (RN128_HUMAN)“. UniProt.
- ^ "Doména spojená s proteázou grálu E3 s proteázou". RCSB Proteinová databáze.
- ^ Genomatix- https://www.genomatix.de/cgi-bin/dialign_prof/dialign.pl?s=11372be0a40d4bdcc5c71957820d9fb7;TASK=dialign_TF;SHOW=result_orthologs_Region_1_orthologs.seq.html
- ^ Genomatix- https://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/eldorado.pl?s=449ecd52e5f13862195b729110712de2;PROM_ID=GXP_14319;GROUP=vertebrates;GROUP=others;ELDORADO_VERSION=E35R1911
- ^ Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P a kol. Analýza exprese specifické pro lidskou tkáň integrací transkriptomik a proteomiky založené na protilátkách v celém genomu. Mol Cell Proteomics. 2014; 13 (2): 397-406. doi: 10,1074 / mcp.M113.035600
- ^ http://unafold.rna.albany.edu/
- ^ SignálP- http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=5F0DD7E600002CE72D6D371A&wait=20
- ^ Myristoylator - https://web.expasy.org/cgi-bin/myristoylator/myristoylator.pl
- ^ CSS-Palm- http://csspalm.biocuckoo.org/showResult.php
- ^ YinOYang- http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=5F0DD7FA00002CE7D7515FD9&wait=20
- ^ NetPhos http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=5F07487400006C9E3D0E94A1&wait=20
- ^ NetNGlyc- http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=5F0DD4DB0000662F2F470DB9&wait=20
- ^ GPS-SUMO- http://sumosp.biocuckoo.org/showResult.php
- ^ Psort-https://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl
- ^ Fylogenetická analýza http://www.phylogeny.fr/phylogeny.cgi
- ^ Lineberry NB, Su LL, Lin JT, Coffey GP, Seroogy CM, Fathman CG (srpen 2008). „Špička: Transmembránová ligáza E3 ligáza GRAIL ubikvitinuje kostimulační molekulu ligandu CD40 během indukce anergie T buněk“. Journal of Immunology. 181 (3): 1622–6. doi:10,4049 / jimmunol.181.3.1622. PMC 2853377. PMID 18641297.
- ^ Soares L, Seroogy C, Skrenta H, Anandasabapathy N, Lovelace P, Chung CD a kol. (Leden 2004). „Dvě izoformy otubainu 1 regulují T buněčnou anergii prostřednictvím GRAILU“. Přírodní imunologie. 5 (1): 45–54. doi:10.1038 / ni1017. PMID 14661020. S2CID 27005972.
- ^ Mentha- http://mentha.uniroma2.it/result.php#RNF128
- ^ NCBI- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/PF08716
- ^ Lee YY, Wang CT, Huang SK, Wu WJ, Huang CN, Li CC a kol. (2016). „Downregulace RNF128 předpovídá progresi a špatnou prognózu u pacientů s uroteliálním karcinomem horní části traktu a močového měchýře“. Journal of Cancer. 7 (15): 2187–2196. doi:10,7150 / jca.16798. PMC 5166527. PMID 27994654.
- ^ Chen YC, Chan JY, Chiu YL, Liu ST, Lozano G, Wang SL a kol. (Květen 2013). "Grál jako molekulární determinant pro funkce tumor supresoru p53 v tumorigenezi". Buněčná smrt a diferenciace. 20 (5): 732–43. doi:10.1038 / cdd.2013.1. PMC 3619241. PMID 23370271.
- ^ Su LL, Iwai H, Lin JT, Fathman CG (červenec 2009). „Transmembránová E3 ligáza GRAIL ubikvitinuje a degraduje CD83 na CD4 T buňkách“. Journal of Immunology. 183 (1): 438–44. doi:10,4049 / jimmunol.0900204. PMC 4300110. PMID 19542455.
Další čtení
- Kostianovsky AM, Maier LM, Baecher-Allan C, Anderson AC, Anderson DE (květen 2007). „Up-regulace genu souvisejícího s anergií v lymfocytech je spojena s potlačením lidských T buněk zprostředkovaných Notch“. Journal of Immunology. 178 (10): 6158–63. doi:10,4049 / jimmunol.178.10.6158. PMID 17475842.
- MacKenzie DA, Schartner J, Lin J, Timmel A, Jennens-Clough M, Fathman CG, Seroogy CM (březen 2007). "GRAIL je up-regulován v CD4 + CD25 + T regulačních buňkách a je dostatečný pro konverzi T buněk na regulační fenotyp". The Journal of Biological Chemistry. 282 (13): 9696–702. doi:10,1074 / jbc.M604192200. PMID 17259178.
- Anandasabapathy N, Ford GS, Bloom D, Holness C, Paragas V, Seroogy C a kol. (Duben 2003). „GRAIL: ubikvitinová ligáza E3, která inhibuje transkripci genu pro cytokiny, je exprimována v anergických CD4 + T buňkách“. Imunita. 18 (4): 535–47. doi:10.1016 / S1074-7613 (03) 00084-0. PMID 12705856.
externí odkazy
- Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: Q8TEB7 (E3 ubikvitin-protein ligáza RNF128) na PDBe-KB.
 | Tento článek o gen na člověka X chromozom a / nebo související protein je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |