OTUB1 - OTUB1

OTUB1
Dostupné struktury
PDB	Lidské vyhledávání UniProt: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2ZFY, 3VON, 4DDG, 4DDI, 4DHZ, 4I6L, 4LDT
Identifikátory
Aliasy	OTUB1, OTB1, OTU1, HSPC263, OTU deubiquitináza, vazba ubikvitin aldehydu 1
Externí ID	OMIM: 608337 HomoloGene: 134542 Genové karty: OTUB1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 11 (lidský)
Konec	64,001,811 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita peptidázy cysteinového typu; • NEDD8-specifická proteázová aktivita; • thiol-závislá ubiquitin-specifická proteázová aktivita; • aktivita peptidázy; • vazba ubikvitinu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita hydrolázy; • vazba ubikvitinové proteinové ligázy;
Buněčná složka	• cytoplazma; • extracelulární exosom; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • cytosol;
Biologický proces	• adaptivní imunitní odpověď; • deubikvitinace spojená s proteinem K48; • proces imunitního systému; • proteolýza; • buněčná odpověď na stimul poškození DNA; • negativní regulace opravy dvouvláknového zlomu; • negativní regulace ubikvitinace spojené s histonem H2A K63; • buněčná odpověď na interleukin-1; • Oprava DNA; • deubikvitinace bílkovin;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	55611
	n / a
	ENSG00000167770
	n / a
	Q96FW1
	n / a
	NM_017670
	n / a
	NP_060140
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka

Ubikvitin thioesteráza OTUB1 také známý jako otubain-1 je enzym že u lidí je kódován OTUB1 gen.^[3]^[4] Výsledkem alternativního sestřihu je několik variant přepisu.

Funkce

Otubain-1 je členem předpokládané nadrodiny OTU (nádor vaječníků) cystein proteázy. Kódovaný protein je vysoce specifická ubikvitinová iso-peptidáza a štěpí se ubikvitin z rozvětvených poly-ubikvitinových řetězců, které jsou specifické pro lysin⁴⁸ vázaný polyubikvitin, ale ne lysin⁶³ vázaný polyubikvitin.^[5] Interaguje s jiným ubikvitinová proteáza a E3 ubikvitin ligáza který inhibuje cytokin genová transkripce v imunitním systému. Navrhuje se, aby fungovaly ve specifických drahách závislých na ubikvitinu, případně poskytnutím editační funkce pro růst polyubiquitinového řetězce.^[4]

Interakce

OTUB1 bylo prokázáno komunikovat s RNF128^[6] a GNB2L1.^[5]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000167770 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Balakirev MY, Tcherniuk SO, Jaquinod M, Chroboczek J (duben 2003). „Otubains: nová rodina cysteinových proteáz v ubikvitinové dráze“. EMBO Rep. 4 (5): 517–22. doi:10.1038 / sj.embor.embor824. PMC 1319179. PMID 12704427.
^ ^A ^b „Entrez Gene: OTUB1 OTU doména, ubikvitin aldehydová vazba 1“.
^ ^A ^b Edelmann MJ, Iphöfer A, Akutsu M, Altun M, di Gleria K, Kramer HB, Fiebiger E, Dhe-Paganon S, Kessler BM (březen 2009). "Strukturální základ a specifičnost lidské otubainem 1 zprostředkované deubikvitinace". Biochem. J. 418 (2): 379–90. doi:10.1042 / BJ20081318. PMID 18954305.
^ Soares L, Seroogy C, Skrenta H, Anandasabapathy N, Lovelace P, Chung CD, Engleman E, Fathman CG (leden 2004). „Dvě izoformy otubainu 1 regulují T buněčnou anergii prostřednictvím GRAILU“. Nat. Immunol. 5 (1): 45–54. doi:10.1038 / ni1017. PMID 14661020. S2CID 27005972.

Další čtení

Maruyama K, Sugano S (1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K a kol. (1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Makarova KS, Aravind L, Koonin EV (2000). „Nová nadrodina předpokládaných cysteinových proteáz z eukaryot, virů a Chlamydia pneumoniae“. Trends Biochem. Sci. 25 (2): 50–2. doi:10.1016 / S0968-0004 (99) 01530-3. PMID 10664582.
Zhang QH, Ye M, Wu XY a kol. (2001). „Klonování a funkční analýza cDNA s otevřenými čtecími rámci pro 300 dříve nedefinovaných genů exprimovaných v CD34 + hematopoetických kmenových / progenitorových buňkách“. Genome Res. 10 (10): 1546–60. doi:10,1101 / gr. 140200. PMC 310934. PMID 11042152.
Borodovsky A, Ovaa H, Kolli N a kol. (2003). „Funkční proteomika založená na chemii odhaluje nové členy rodiny deubikvitinačních enzymů“. Chem. Biol. 9 (10): 1149–59. doi:10.1016 / S1074-5521 (02) 00248-X. PMID 12401499.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Soares L, Seroogy C, Skrenta H a kol. (2004). „Dvě izoformy otubainu 1 regulují T buněčnou anergii prostřednictvím GRAILU“. Nat. Immunol. 5 (1): 45–54. doi:10.1038 / ni1017. PMID 14661020. S2CID 27005972.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
Colland F, Jacq X, Trouplin V a kol. (2004). "Funkční proteomické mapování lidské signální dráhy". Genome Res. 14 (7): 1324–32. doi:10,1101 / gr. 2334104. PMC 442148. PMID 15231748.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T a kol. (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Juris SJ, Shah K, Shokat K a kol. (2006). „Identifikace otubainu 1 jako nového substrátu pro proteinovou kinázu Yersinia pomocí chemické genetiky a hmotnostní spektrometrie“. FEBS Lett. 580 (1): 179–83. doi:10.1016 / j.febslet.2005.11.071. PMID 16364312. S2CID 24766989.

Tento článek o gen na lidský chromozom 11 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000167770 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid12704427-3] Balakirev MY, Tcherniuk SO, Jaquinod M, Chroboczek J (duben 2003). „Otubains: nová rodina cysteinových proteáz v ubikvitinové dráze“. EMBO Rep. 4 (5): 517–22. doi:10.1038 / sj.embor.embor824. PMC 1319179. PMID 12704427.

[entrez-4] A ^b „Entrez Gene: OTUB1 OTU doména, ubikvitin aldehydová vazba 1“.

[pmid18954305-5] A ^b Edelmann MJ, Iphöfer A, Akutsu M, Altun M, di Gleria K, Kramer HB, Fiebiger E, Dhe-Paganon S, Kessler BM (březen 2009). "Strukturální základ a specifičnost lidské otubainem 1 zprostředkované deubikvitinace". Biochem. J. 418 (2): 379–90. doi:10.1042 / BJ20081318. PMID 18954305.

[pmid14661020-6] Soares L, Seroogy C, Skrenta H, Anandasabapathy N, Lovelace P, Chung CD, Engleman E, Fathman CG (leden 2004). „Dvě izoformy otubainu 1 regulují T buněčnou anergii prostřednictvím GRAILU“. Nat. Immunol. 5 (1): 45–54. doi:10.1038 / ni1017. PMID 14661020. S2CID 27005972.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]