PhytoPath - PhytoPath - Wikipedia
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | Projekt PhytoPath shromažďuje a integruje data v měřítku genomu od důležitých houbových, oomycetových a bakteriálních rostlinných patogenů s literárně upravenými informacemi o mutantních fenotypech. Data se zobrazují pomocí platformy Ensembl Genomes. |
| Typy dat zajat | Údaje v měřítku genomu, fenotypy mikrobiálních mutantů |
| Organismy | 88 houbových, 24 bakteriálních a 23 protistických patogenů |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | EMBL-EBI a Rothamsted Research |
| Primární citace | PMID 26476449 |
| Datum vydání | 2012 |
| Přístup | |
| Datový formát | FASTA, GFF3 |
| webová stránka | PhytoPath |
| Nástroje | |
| Web | Hledání PhytoPath BioMart |
| Smíšený | |
| Licence | Softwarová licence Apache 2.0 |
| Správa verzí | Ano |
| Uvolnění dat frekvence | čtvrtletní |
| Verze | PhytoPath je vytvořen od 32. vydání (8. 2016) Ensembl Genomes a verze 4.2 PHI-base |
PhytoPath je společný vědecký projekt mezi Evropský bioinformatický institut a Rothamsted Research. Cílem projektu je umožnit využití rostoucího souboru „-omických“ dat generovaných pro fytopatogeny, jejich rostlinné hostitele a příbuzné modelové druhy. Genové mutantní fenotypové informace se přímo zobrazují v prohlížečích genomu.
Pozadí
PhytoPath je zdroj bioinformatiky spuštěný v roce 2012, který integruje data genomového měřítka od důležitých rostlinných patogenních druhů s literárně upravenými informacemi o fenotypech infekce hostitele dostupnými z databáze interakcí Pathogen-HostZákladna PHI). Poskytuje přístup ke kompletnímu shromáždění genomu a genovým modelům od prioritních plodin a modelových fytopatogenních druhů hub a oomycet přes Ensembl Rozhraní prohlížeče Genomes. Phytopath také odkazuje přímo z jednotlivých modelů genových sekvencí v prohlížeči genomu Ensembl na peer reviewed informace o fenotypu, které byly vytvořeny v rámci Základna PHI. Zdroj Phytopath si klade za cíl poskytnout nástroje pro srovnávací analýzu genomů hub a oomycete. V roce 2015 databáze zpřístupnila 135 genomových sekvencí v prohlížečích genomu od 87 druhů rostlinných patogenů. U 1364 genů je přímo v prohlížeči genomu patogenu zobrazena fenotypová anotace týkající se jejich role v patogenitě nebo jako cíle pro chemickou intervenci. Podpora komunitních anotací pro genové modely je poskytována pomocí webového editoru genů WebApollo pro některé druhy.
externí odkazy
Reference
- Pedro, H .; Maheswari, U .; Urban, M .; Irvine, A.G .; Cuzick, A .; Mcdowall, M.D .; Staines, D.M .; Kulesha, E .; Hammond-Kosack, K.E .; Kersey, P.J. (2016). „PhytoPath: integrační zdroj pro genomiku rostlinných patogenů“. Výzkum nukleových kyselin. 44: D688-639. doi:10.1093 / nar / gkv1052. PMC 4702788. PMID 26476449.
- Flicek; et al. (2011). „Ensembl 2011“. Nucleic Acids Res. 39: D800–6. doi:10.1093 / nar / gkq1064. PMC 3013672. PMID 21045057.
- Winnenburg, R .; Urban, M .; Beacham, A .; Baldwin, T. K.; Holland, S .; Lindeberg, M .; Hansen, H .; Rawlings, C .; Hammond-Kosack, K .; Köhler, J. (2008). „Aktualizace PHI-base: přírůstky do databáze interakcí hostitele patogenu“. Výzkum nukleových kyselin. 36: D572–6. doi:10.1093 / nar / gkm858. PMC 2238852. PMID 17942425.
- Baldwin, T. K.; Winnenburg, R .; Urban, M .; Rawlings, C .; Köhler, J .; Hammond-Kosack, K.E. (2006). „Databáze interakcí mezi patogeny a hostiteli (základna PHI) poskytuje pohledy na obecná a nová témata patogenity“. Molekulární interakce rostlin a mikrobů. 19 (12): 1451–62. doi:10.1094 / mpmi-19-1451. PMID 17153929.