MAFFT - MAFFT
Vývojáři | Kazutaka Katoh |
---|---|
Stabilní uvolnění | 7. 427/29. Března 2019 |
Úložiště | ![]() |
Napsáno | C |
Operační systém | UNIX, Linux, Mac, MS-Windows |
Typ | Bioinformatický nástroj |
Licence | BSD [1] |
webová stránka | webová stránka |
v bioinformatika, MAFFT (pro multiple Alignment pomocí Fast Fnáš transform) je program používaný k vytváření vícenásobné zarovnání sekvence z aminokyselina nebo nukleotid sekvence. Publikovaná v roce 2002, první verze MAFFT používala algoritmus založený na progresivní zarovnání, ve kterém byly sekvence seskupeny pomocí Rychlá Fourierova transformace.[2] Následující verze MAFFT přidaly další algoritmy a režimy provozu,[3] včetně možností pro rychlejší zarovnání velkého počtu sekvencí,[4] vyšší přesnost zarovnání,[5] zarovnání nekódující RNA sekvence,[6] a přidání nových sekvencí k existujícím zarovnáním.[7]
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/d/df/Example_Use_of_MAFFT.png/220px-Example_Use_of_MAFFT.png)
Kroky, jak používat MAFFT s jinými programy k zobrazení MSA
Viz také
Reference
- ^ Základní software MAFFT je distribuován pod Licence BSD, zatímco verze pro Microsoft Windows jsou licencovány pod GNU General Public License. Některé distribuce MAFFT obsahují software licencovaný na základě jiných licencí https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
- ^ Katoh, Kazutaka; Misawa, Kazuharu; Kuma, Kei-ichi; Miyata, Takashi (2002). „MAFFT: nová metoda rychlého vícenásobného seřazení sekvencí založená na rychlé Fourierově transformaci“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (14): 3059–66. doi:10.1093 / nar / gkf436. PMC 135756. PMID 12136088.
- ^ https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/algorithms/algorithms.html[úplná citace nutná ]
- ^ Katoh, K; Toh, H (2006). "PartTree: Algoritmus pro sestavení přibližného stromu z velkého počtu nezarovnaných sekvencí". Bioinformatika. 23 (3): 372–4. doi:10.1093 / bioinformatika / btl592. PMID 17118958.
- ^ Katoh, K; Kuma, K; Miyata, T; Toh, H (2005). Msgstr "Zlepšení přesnosti vícefázového zarovnání sekvence programu. Genomová informatika. Mezinárodní konference o genomové informatice. 16 (1): 22–33. PMID 16362903.
- ^ Katoh, Kazutaka; Toh, Hiroyuki (2008). „Vylepšená přesnost vícenásobného zarovnání ncRNA začleněním strukturálních informací do rámce založeného na MAFFT“. BMC bioinformatika. 9: 212. doi:10.1186/1471-2105-9-212. PMC 2387179. PMID 18439255.
- ^ Katoh, Kazutaka; Frith, Martin C (2012). "Přidání nezarovnaných sekvencí do existujícího zarovnání pomocí MAFFT a LAST". Bioinformatika. 28 (23): 3144–6. doi:10.1093 / bioinformatika / bts578. PMC 3516148. PMID 23023983.
externí odkazy
- Oficiální webové stránky
- Online server MAFFT
- Server MAFFT v EBI
- ClustalW / MAFFT / PRRN na GenomeNet
- ClustalW / TCoffee / MAFFT v MyHits, SIB
![]() ![]() | Tento článek týkající se bioinformatiky je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |