MacVector - MacVector
| Vývojáři | MacVector, Inc. |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | 17.5 / 5. února 2020 |
| Operační systém | Operační Systém Mac |
| Plošina | Xcode |
| Typ | Bioinformatika |
| Licence | komerční |
| webová stránka | macvector.com |
MacVector je komerční aplikace pro sekvenční analýzu pro běžící počítače Apple Macintosh Mac OS X. Je určen k použití pro molekulární biologové pomáhat analyzovat, navrhovat, zkoumat a dokumentovat jejich experimenty v laboratoři.
Funkce
MacVector je soubor algoritmů pro analýzu sekvencí propojených s různými editory sekvencí, včetně jednoho editoru sekvencí, a vícenásobné zarovnání sekvence editor a editor kontig. MacVector se snaží použít minimum oken a kroků pro přístup ke všem funkcím. Mezi funkce patří:
- Zarovnání sekvence (ClustalW, Sval a T-káva ) a úpravy.
- Následné vyhledávání a otevřené čtecí rámce (ORF) analýza.
- Fylogenetický strom konstrukce UPGMA, Soused se připojil s bootstrappingem a konsensuálními stromy
- Online vyhledávání v databázi - Prohledejte veřejné databáze v NCBI, jako je Genbank, PubMed, a UniProt.
- Vystupujte online VÝBUCH vyhledávání.
- Analýza proteinů.
- Contig montáž a chromatogram úpravy
- Vyrovnávání cDNA proti genomickým šablonám
- Vytváření tečkové grafy DNA na DNA, protein na protein a DNA na protein.
- Analýza omezení - vyhledejte a zobrazte stránky omezení. Používá štěpené fragmenty ke klonování genů do vektorů. Ukládá historii trávených fragmentů, které umožňují ligace více fragmentů.
- PCR Design primeru - snadný design a testování primeru. Také používá primer3
- Agarózový gel simulace.
- CRISPR Analýza INDEL.
MacVector má tzv. Plugin pro sestavení konfigurace Assembler který používá phred, phrap, Motýlek, SPAdes, Samet a křížová shoda.
Od verze 13.0.1 MacVector používá Jiskra pro aktualizaci mezi verzemi.
Dějiny
MacVector byl původně vyvinut společností IBI v roce 1994.[1] To bylo získáno společností Kodak a následně Oxford Molecular v roce 1996.[2][3] Oxford Molecular byl sloučen do Accelrys v roce 2001.[4] To bylo získáno společností MacVector, Inc dne 1. ledna 2007.[5]
Reference
- ^ "MacVector: integrovaný program pro analýzu sekvencí pro Macintosh". Olson SA. Methods Mol Biol. (1994) 25,195-201.
- ^ „Software pro sekvenování DNA - speciální reklamní sekce“. Věda. 7. června 1996.
- ^ http://findarticles.com/p/articles/mi_hb197/is_/ai_n5566980#[mrtvý odkaz ]
- ^ „O společnosti Accelrys, včetně vedení společnosti, uznání a novinek“. Accelrys.com. 4. května 2009. Citováno 2012-07-26.
- ^ „Accelrys - další produkty“. accelrys.com. Archivovány od originál dne 07.06.2008. Citováno 2012-07-24.