Seznam softwaru pro vizualizaci zarovnání - List of alignment visualization software
Tato stránka je podsekcí seznam softwaru pro zarovnání sekvence.
Nástroje pro vizualizaci více zarovnání obvykle slouží čtyřem účelům:
- Pomáhá obecně porozumět rozsáhlému uspořádání DNA nebo proteinů
- Vizualizujte zarovnání obrázků a publikací
- Ručně upravujte a upravujte automaticky generovaná zarovnání
- Hloubková analýza
Zbytek tohoto článku je zaměřen pouze na několik globálních srovnání homologních proteinů. První dva jsou přirozeným důsledkem toho, že většina reprezentací zarovnání a jejich anotací je nečitelných pro člověka a nejlépe je vykreslují ve známém formátu řad řádků a sloupců zarovnání, jehož příklady jsou v literatuře rozšířené. Třetí je nezbytný, protože algoritmy pro oba vícenásobné zarovnání sekvence a strukturální vyrovnání používat heuristiku, která nemusí vždy fungovat perfektně. Čtvrtý je skvělým příkladem toho, jak interaktivní grafické nástroje umožňují pracovníkovi zapojenému do sekvenční analýzy pohodlně provádět různé, pokud různé výpočetní nástroje prozkoumají fylogenetické důsledky zarovnání; nebo předpovědět strukturu a funkční vlastnosti konkrétní sekvence, např. srovnávací modelování.
Zarovnejte diváky, editory
| název | Integrované nástroje pro predikci struktury | Může zarovnat sekvence | Dokáže vypočítat fylogenetické stromy | Další funkce | Podpora formátu | Licence | Lze spustit v prohlížeči | Operační platformy | Odkaz |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Alan | Ne | Ne | Ne | Umožňuje rychlé a přímé zobrazení zarovnání sekvencí v linuxovém terminálu bez X-forwardingu | FASTA, Clustal | Volný, uvolnit, GPL 3 | Ne | Linuxový terminál | Oficiální webové stránky |
| Ale (emacs zapojit) | Ne | Ano | Ne | Ne | GenBank, EMBL, FASTA, PHYLIP | Volný, uvolnit, GPL | Ne | GNU Emacs | Oficiální webové stránky |
| AliView 2019 | Ne | MUSCLE integrovaný; lze definovat další programy, například MAFFT | Externí programy, jako je FastTree, lze volat zevnitř | Rychlá a snadná navigace pomocí funkce neomezeného přiblížení kolečka myši. Zpracovává neomezené zarovnání velikosti souboru. Degenerovaný design základního nátěru. | FASTA, FASTQ, PHYLIP, Nexus, Lékaři bez hranic, Clustal | Volný, uvolnit, GPL 3 | ? | Cross-platform - Mac OS, Linux, Okna | Oficiální webové stránky |
| alv | Ne | Ne | Ne | Na konzole (bez grafického uživatelského rozhraní), přesto s barvami. Kódující DNA je zbarvena kodony. | FASTA, PHYLIP, Nexus, Clustal, Stockholm | Volný, uvolnit, GPL 3 | Ne | Cross-platform | Oficiální webové stránky, viz také alv na GitHub |
| oblouk | struktura upravitelná, zobrazit vazbu v oblastech sekvence šroubovice, prohlížeč 2D molekul | MUSCLE, MAFFT, ClustalW, ProbCons, FastAligner (region-align + auto-reference) | arb-parsimony & -NJ, RAxML, PHYML, Phylip, FastTree2, MrBayes | Úpravy obrovských zarovnání a stromů. Podporuje NUC + AA. Zobrazuje kodony pod DNA. Zvýraznění vlastního sloupce (např. Profily ochrany). Vzory, zápalky a vizualizuje sondy. | FASTA, GenBank, EMBL, Newick | Proprietární, freeware, arb licence, otevřený upravitelný zdroj | Ne | Linux, Mac OS (homebrew) | Oficiální webové stránky |
| Base-by-Base | Ne | SVAL | UPGMA, NJ, kompletní a jednoduché vazby, WPMGA | Vizuální shrnutí, tabulky procent identity, některé integrované nástroje pro pokročilou analýzu | Genbank, FASTA EMBEL, Clustal soubory „base-by-base“ | Proprietární, freeware, musí se zaregistrovat | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| BioEdit | Ne | Clustal Ž | Základní, umí číst PHYLIP | Plazmidové kreslení, ABI chromatogramy, | Genbank, FASTA, PHYLIP 3,2 a 4, NBRF-PIR | Proprietární, freeware | Ne | Windows (95/98 / NT / 2000 / XP) | Oficiální webové stránky |
| BioNumerika | Ne | Ano | Ano | ? | Genbank, FASTA | Proprietární, komerční | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| bioSyntax | Ne | Ne | Ne | Podpora zvýraznění nativní syntaxe pro Vim, méně, gedit a Sublimovat | FASTA, FASTQ, Clustal, SAM, VCF a více | Volný, uvolnit, GPL 3 | Ne | Vim, Less, GEdit a Sublime | Oficiální webové stránky |
| BoxShade | Ne | Ne | Ne | Konkrétně pro více zarovnání | Formát MSF tak, jak jej napsali PILEUP, READSEQ nebo SEQIO (fmtseq); Formát ALN tak, jak jej napsal Clustal Ž | Volný, uvolnit, veřejná doména | Ne | MSDOS, VMS | Oficiální webové stránky |
| KINO | Ne, ale může číst a zobrazit anotace 2D struktury | Clustal Ž | Ne | Dotplot, překlad 6 snímků, Blast | Nexus, Lékaři bez hranic, Clustal, FASTA, PHYLIP, PIR, TISKY | Proprietární, freeware | Ne | Cross-platform - Mac OS, Linux, Windows | Oficiální webové stránky |
| Prohlížeč CLC (bezplatná verze) | Pouze komerční verze | Clustal, MUSCLE, T-Coffee, MAFFT, Kalign, různé | UPGMA, NJ | Workflows, blast-genbank search | mnoho | Proprietární, freeware. Více možností je k dispozici v komerčních verzích. | Ne | ? | Oficiální webové stránky |
| Clustal X prohlížeč | Ne | Clustal Ž | NJ | Analýza kvality zarovnání | Nexus, Lékaři bez hranic, Clustal, FASTA, PHYLIP | Proprietární, freeware pro akademické použití | Ne | Příkazový řádek | Oficiální webové stránky |
| Cylindrical Alignment App | Ne | Ne | Ne | 3D, animace, drilldown, výběr legend | BLAST XML, proprietární XML, GFF3, Clustal W, INSDSet, uživatel rozšiřitelný o XSLT | Volný, uvolnit, CDDL 1. K dispozici pro duální licencování. | ? | Cross-platform - Mac OS, Linux, Windows | Oficiální webové stránky |
| Válcový prohlížeč BLAST | Ne | Ne | Ne | 3D, animace, drilldown, výběr legend | BLAST XML, proprietární XML, GFF3, Clustal W, INSDSet, uživatel rozšiřitelný o XSLT | Volný, uvolnit, GPL | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| ROZLUŠTIT | Ano | Ano | UPGMA, NJ, ML | Design primeru a sondy, nález Chimery | FASTA, FASTQ, GenBank | Volný, uvolnit, GPL | Ne | Mac OS, Windows | Oficiální webové stránky |
| Discovery Studio | Ano | Zarovnat123, Clustal W, S-ALIGN | UPGMA, NJ, s bootstrapem a nejlepším stromem | Visualizer podporuje 2D a 3D strukturu a sekvenci; plná verze obsahuje komplexní funkce pro bílkoviny, nukleotidy atd | BSML, EMBL, GB, HELM, Clustal, FASTA, GDE, PDB, SEQ, SPT, ... | Proprietární, komerční, Prohlížeč je Freeware | ? | Linux, Windows | Oficiální webové stránky |
| DnaSP | ? | ? | ? | Dokáže vypočítat několik statistik populační genetiky, rekonstruovat haplotypy pomocí FÁZE | FASTA, Nexus, MEGA, PHYLIP | Proprietární, komerční, freeware pro nekomerční použití | ? | Cross-platform - Mac OS, Linux, Windows | Oficiální webové stránky |
| DNASTAR Lasergene Molecular Biology Suite | Ano | Ano | Ano | Zarovnejte sekvence DNA, RNA, proteinu nebo DNA + proteinu pomocí různých algoritmů párového a vícenásobného seřazení sekvencí, generujte fylogenetické stromy pro předpovědi evolučních vztahů, prozkoumejte stopy sekvence a zobrazte obsah GC, zlomek mezery, loga sekvencí, překlad | ABI, DNA Multi-Seq, FASTA, GCG Pileup, GenBank, Phred | Proprietární, komerční, akademické licence k dispozici | ? | Mac OS, Windows | Oficiální webové stránky |
| emacs - biomód | ? | ? | ? | ? | ? | Volný, uvolnit, GPL | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| FLAK | Ne | Dokáže provést fuzzy zarovnání celého genomu | Ne | Velmi rychlá, vysoce přizpůsobitelná vizualizace je WYSIWYG s možnostmi filtrování a fuzzy | FASTA | Proprietární, komerční, freeware pro nekomerční použití | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| Genedoc | Ne, ale může číst a zobrazovat poznámky | Po párech | Ne, ale může číst a zobrazovat poznámky | gelová simulace, statistiky, více pohledů, jednoduché | mnoho | Proprietární, freeware | ? | ? | Oficiální webové stránky tabulka funkcí |
| Geniální | Ano - používá VYTEPAT nástroje | Clustal, SVAL, MAUVE, profil, překlad | UPGMA, NJ, Plugin PhyML, MrBayes, plugin PAUP * | Sestavení celého genomu, restrikční analýza, klonování, design primerů, dotplot, mnoho dalšího | > 40 importovaných a exportovaných formátů souborů | Proprietární, komerční; osobní, plovoucí | ? | Cross-platform - Mac, Windows, Linux | Oficiální webové stránky |
| Integrovaný prohlížeč genomu (IGB) | Ne | Ne | Ne | Sekvence a funkce ze souborů, adres URL a libovolných DAS a servery QuickLoad | BAM, FASTA, PSL | Volný, uvolnit, CPL | ? | Cross-platform - Mac, Windows, Linux | Oficiální webové stránky |
| interaktivní Tree of Life (iTOL) | Ne | Ne | ? | Fylogenetický nástroj pro prohlížení anotací stromu, který dokáže vizualizovat zarovnání přímo na stromu. Kromě zarovnání lze zobrazit různé další typy datových sad. | FASTA | Proprietární, bezplatné použití | Ano | Prohlížeč | Oficiální webové stránky |
| IVisTMSA | Ne | Clustal Omega, ClustalW2, MAFFT, SVAL, BioJava jsou integrovány do konstrukce zarovnání | Nástroj pro výpočet stromu vypočítá fylogenetický strom pomocí rozhraní BioJava API a umožňuje uživateli kreslit stromy pomocí Archeopteryx | Software je balíček 7 interaktivních vizuálních nástrojů pro více zarovnání sekvencí. Hlavní pozornost je manipulace s velkými zarovnáními. Zahrnuje MSApad, MSA komparátor, nástroj pro rekonstrukci MSA, FASTA generátor a kalkulačka matice MSA ID | Clustal Z, Lékaři bez hranic, PHYLIP, PIR, GDE, Nexus | Proprietární, freeware | ? | ? | www.ivistmsa.com |
| Jalview | Predikce sekundární struktury pomocí JNET | Clustal, MUSCLE, MAFFT, Probcons, TCoffee prostřednictvím webových služeb | UPGMA, NJ | Sekvence a funkce z libovolných a veřejně registrovaných DAS servery, PFAM, PDB, EMBL, načítání přístupu Uniprot. | FASTA, PFAM, Lékaři bez hranic, Clustal, BLC, PIR, Stockholm | Volný, uvolnit, GPL | Applet | Cross-platform - Mac OS, Linux, Okna | Oficiální webové stránky |
| Jevtrace | Integrováno s prohlížečem struktur WebMol | Ne | Ne | Multivalentní prohlížeč pro zarovnání sekvence, fylogenezi a strukturu. Provede interaktivní Evoluční stopa a další analýza inspirovaná fylogenezí. | FASTA, Lékaři bez hranic, Clustal, PHYLIP, Newick, PDB | Proprietární, komerční, freeware pro akademické použití | ? | Cross-platform - Mac OS, Linux, Okna | Oficiální webové stránky manuál |
| JSAV | Ne | Ne | Ne | Komponenta JavaScript umožňující integraci prohlížeče zarovnání do webových stránek | Pole objektů JavaScriptu | Volný, uvolnit, GPL 2 | Ano | Prohlížeč | Oficiální webové stránky |
| Maestro | Ano | Clustal X | Ano | Mapování ze sekvence na 3D strukturu, úpravy a modelování sekvence struktury | Clustal, FASTA PDB | Proprietární, freeware pro akademické použití | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| MEGA | Ne | Rodák Clustal Ž | UPGMA, NJ, ME, MP, s bootstrapem a testem spolehlivosti | Rozšířená podpora pro fylogenetickou analýzu | FASTA, Clustal, Nexus, MEGA atd. | Proprietární, freeware, musí se zaregistrovat | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| Molekulární provozní prostředí (VOČKO) | Ano | Ano | Ano | Část rozsáhlé sbírky aplikací pro posloupnost ke struktuře, včetně modelování homologie; 3D vizualizace atd. | Clustal, FASTA, PDB EMBL, GCG, GCG_MSF, Genbank, PHYLIP, PIR, raw_seq | Proprietární | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| MSAReveal.org | Ne | Ne | Ne | Volitelné zbarvení. Dotykem AA se zobrazí třípísmenný kód a pořadové číslo. Dotyková shoda ukazuje frekvence AA v tomto sloupci. Počty a procenta aromatických látek, nabité, mezery. | FASTA | Volný, uvolnit, Creative Commons Attribution NonCommercial Sdílet podobně | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| Multiseq (VMD zapojit) | Ne, ale může zobrazit a zarovnat 3D struktury | Clustal W, MAFFT, razítko (strukturální) | Procento identity, Clustal, MAFFT, strukturální | Skriptování pomocí Tcl, mapování ze sekvence na 3D strukturu | FASTA, PDB, ALN, PHYLIP, NEXUS | Proprietární, freeware, ale VMD je zdarma pouze pro nekomerční použití | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| MView | Ne | Ne | Ne | Skládané zarovnání z balíků Blast a Fasta, různé převody formátu MSA, značky HTML, vzory konsensu | BLAST vyhledávání, FASTA Vyhledávání, Clustal, HSSP, FASTA, PIR, Lékaři bez hranic | Volný, uvolnit, GPL | Ne | Cross-platform - Mac OS, Linux, Windows | Oficiální webové stránky |
| PFAAT | Ne, ale může zobrazit 3D struktury | Clustal Ž | NJ | Ruční anotace, skóre zachování | Nexus, Lékaři bez hranic, Clustal, FASTA, PFAAT | Proprietární, freeware | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| Ralee (plugin emacs pro editaci RNA al.) | ? | Struktura RNA | ? | ? | Stockholm | Volný, uvolnit, GPL | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| Editor S2S RNA | 2D struktura | Rnalign | Ne | Interakce základna-základ, prohlížeč 2D-3D | FASTA, RnaML | Proprietární, freeware | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| Výhled na moře | Ne | místní SVAL -Clustal Ž | Šetrnost, distanční metody, PhyML | Tečka, vim - jako editační klávesy | Nexus, Lékaři bez hranic, Clustal, FASTA, PHYLIP, MASE | Proprietární, freeware | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| Seqotron | Ne | SVAL, MAFFT | UPGMA, NJ, ML (Fyzik) | Ruční zarovnání, vizualizace stromu | Nexus, Clustal, FASTA, PHYLIP, MEGA, Stockholm, NBRF /PIR, GDE ploché | Volný, uvolnit, GPL | ? | Mac OS X | Oficiální webové stránky vydání |
| Sequilab | Ano | Ano | Ne | Propojte výsledky zarovnání s analytickými nástroji (Primer design, Gel mobility and Maps, Plasmapper, siRNA design Epitope prediction), Uložit výzkumné protokoly, Vytvořit vlastní panely nástrojů | Přístupové číslo, GI číslo, PDB ID, FASTA, drag-drop z externího URL z uživatelského rozhraní | Proprietární, freeware | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| SeqPup | Ne | ? | ? | ? | ? | Proprietární, freeware | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| Sequlator | Ne | Párové zarovnání | Ne | snadná úprava zarovnání | Lékaři bez hranic | Proprietární, freeware | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| SnipViz | Ne | Ne | Ne (ale může je zobrazit) | Čistý Javascript a HTML; vhodné integrovat do webových stránek | FASTA, newick | Volný, uvolnit, Apache 2.0 | Ano | Prohlížeče | Oficiální webové stránky, vydání |
| Popruh | Jnet, NNPREDICT, vinutá cívka, 16 různých TM-šroubovice | 15 různých metod | NJ | Dot-plot, sousední struktury, 3D-superpozice, Blast-search, mutační-SNP analýza, sekvenční funkce, BioJava -rozhraní | Lékaři bez hranic Stockholm, Clustal W, Nexus, FASTA, PDB, Embl, GenBank, hssp, Pfam | Volný, uvolnit, GPL | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| Tableta | Ne | Ne | Ne | Vysoce výkonný grafický prohlížeč pro prohlížení sestav a posloupností sekvencí nové generace. | ESO, AFG, MAQ, SOAP2, SAM, BAM, FASTA, FASTQ, GFF3 | Volný, uvolnit, BSD 2-klauzule | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| UGENE | Ano | SVAL, Kalign, Clustal W, ClustalO, ClustalX, MAFFT, T-káva, Smith – Watermanův algoritmus | Ano | Mnoho | FASTA, FASTQ, GenBank, EMBL, ABIF, SCF, Clustal W, Stockholm, Newick, PDB, Lékaři bez hranic, GFF | Volný, uvolnit, GPL | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| Prohlížeč sekvenční struktury VISSA | Sekundární struktura DSSP | Clustal X | Ne | Mapování ze sekvence do 3D struktury | Clustal, FASTA | Proprietární, freeware | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| DNApy | Ne | SVAL | Ne | Úpravy souborů GenBank, kreslení plazmidů, ABI chromatogramy, | FASTA, FASTQ, GenBank | Volný, uvolnit, GPL 3 | ? | ? | Oficiální webové stránky |
| Anotátor zarovnání | Ano | Podle sekvence nebo smíšené sekvence a struktury | Zahrnuje Archeopteryx | DAS a uživatelem definované anotace. Zapisovatelný. Export do HTML, Word, Jalview. | Mnoho | Volný, uvolnit, GPL | Ano | iOS, Android, MS-Mobile, Prohlížeče | Oficiální webové stránky |
