Archeopteryx (vizualizace a analýza evolučního stromu) - Archaeopteryx (evolutionary tree visualization and analysis)

Archeopteryx
VývojářiChristian M. Zmasek
Stabilní uvolnění
0,972+ beta 9M / 2012.08.08
Úložiště
Upravte to na Wikidata
Operační systémWindows, Linux, Mac OS X
TypBioinformatika, fylogenomika
LicenceLGPL
webová stránkahttps://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx

Archeopteryx je interaktivní počítačový software program, napsaný v Jáva, pro prohlížení, úpravy a analýzy fylogenetické stromy. Tento typ programu lze použít pro různé analýzy z soubory molekulárních dat, ale je speciálně navržen pro fylogenomika. Kromě formátů popisu stromu s omezenou expresivitou (například Newick / New Hamphshire, Nexus) implementuje také phyloXML[1] format.Archaeopteryx je nástupcem programu Java Prohlížeč stromů (ATV).[2]

Reference

  1. ^ Han, Mira V .; Zmasek, Christian M. (2009). „phyloXML: XML pro evoluční biologii a srovnávací genomiku“. BMC bioinformatika. 10: 356. doi:10.1186/1471-2105-10-356. PMC  2774328. PMID  19860910.
  2. ^ Zmasek, Christian M .; Eddy, Sean R. (2001). "ATV: zobrazení a manipulace s anotovanými fylogenetickými stromy". Bioinformatika. 17 (4): 383–384. doi:10.1093 / bioinformatika / 17.4.383. PMID  11301314.

externí odkazy