Jalview - Jalview

Jalview
Vývojáři	Andrew Waterhouse, James Procter, David Martin a Geoffrey Barton v University of Dundee.; Původní verze: Michele Clamp, James Cuff, Stephen Searle, Geoffrey Barton.
Stabilní uvolnění	2.11 / 4. července 2019; Před 16 měsíci
Napsáno	Jáva
Operační systém	UNIX, Linux, Mac OS X, Microsoft Windows
Typ	Bioinformatický nástroj
Licence	GPL
webová stránka	http://www.jalview.org

Jalview je kousek bioinformatika software, který se používá k prohlížení a úpravám vícenásobné zarovnání sekvence. Program původně napsal Michele Clamp, když pracoval ve skupině Geoffa Bartona ve společnosti University of Oxford a Evropský bioinformatický institut (EBI).^[2] Jalview 2, přepracovaná verze produkovaná Andrewem Waterhouseem a Jimem Procterem během práce ve skupině Geoffa Bartona na School of Life Sciences, University of Dundee, byl propuštěn v roce 2005,^[3] a jeho rozvoj podporuje Rada pro výzkum v oblasti biotechnologií a biologických věd (BBSRC) a Wellcome Trust.

Je široce používán řadou webových serverů (např. EBI ClustalW server a Pfam databáze proteinových domén), ale je k dispozici také jako editor pro všeobecné použití.

Jalview má kromě generování vícenásobného zarovnání sekvence, prohlížení a editace, včetně výpočtu, širokou škálu funkcí fylogenetické stromy a prohlížení molekulárních struktur. Poslední verze Jalview obsahují funkce pro analýzu genetických variací z veřejných databází nebo místních Varianta formátu volání (VCF) soubory. Jalview se připojuje k mnoha externím webové služby importovat data a provádět výpočty.

Viz také

Jpred

Reference

^ „Historie vydání“.
^ Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ (únor 2004). „Jalview Java alignment editor“. Bioinformatika. 20 (3): 426–7. doi:10.1093 / bioinformatika / btg430. PMID 14960472.
^ Waterhouse AM, Procter JB, Martin DM, Clamp M, Barton GJ (květen 2009). „Jalview verze 2 - editor zarovnání více sekvencí a pracovní stůl pro analýzu“. Bioinformatika. 25 (9): 1189–91. doi:10.1093 / bioinformatika / btp033. PMC 2672624. PMID 19151095.

[1] „Historie vydání“.

[pmid14960472-2] Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ (únor 2004). „Jalview Java alignment editor“. Bioinformatika. 20 (3): 426–7. doi:10.1093 / bioinformatika / btg430. PMID 14960472.

[pmid19151095-3] Waterhouse AM, Procter JB, Martin DM, Clamp M, Barton GJ (květen 2009). „Jalview verze 2 - editor zarovnání více sekvencí a pracovní stůl pro analýzu“. Bioinformatika. 25 (9): 1189–91. doi:10.1093 / bioinformatika / btp033. PMC 2672624. PMID 19151095.

[1]

[2]

[3]