Cystovirus - Cystovirus

Cystovirus
ODR.Cysto.Fig1.v2.L.M.png
ODR.Cysto.Fig2.v4.png
Pseudomonas phage phi6 částice, rekonstrukce a genom
Klasifikace virů E
(bez hodnocení):Virus
Oblast:Riboviria
Království:Orthornavirae
Kmen:Duplornaviricota
Třída:Vidaverviricetes
Objednat:Mindivirales
Rodina:Cystoviridae
Rod:Cystovirus
Druh

Viz text

Cystovirus je rod dvouvláknové RNA viry který infikuje Pseudomonas bakterie. Je to jediný rod v rodině Cystoviridae. Název skupiny cysto pochází z řecký kystis což znamená močový měchýř nebo pytel. V současné době existuje sedm druhů tohoto rodu, včetně druhů druhů Virus Pseudomonas phi6.[1][2][3]

Objev

Virus Pseudomonas phi6 byl první virus v této rodině, který byl objeven, a byl původně charakterizován v roce 1973 Anne Vidaver v University of Nebraska. Zjistila, že když kultivovala bakteriální kmen Pseudomonas phaseolicola HB1OY s halo plíseň infikovaná fazolová sláma, byly na kultivovaných trávnících detekovány cytopatické účinky, což naznačuje, že tam byl lytický mikrob nebo bakteriofág současnost, dárek.[4]

V roce 1999 byly phi7–14 identifikovány laboratoří Leonarda Mindicha z Výzkumného ústavu veřejného zdraví spojeného s Newyorská univerzita. Udělali to kultivací různých listů Lysogeny vývar a poté pokládat vývar na trávníky Pseudomonas syringae pv phaseolicola. Byli schopni identifikovat virové plaky z toho a následně sekvenovat jejich genomy.[5]

Mikrobiologie

Struktura

Sestavení Virionu a předgenomové balení rodiny Cystoviridae

Částice cystoviru jsou obaleno, s icosahedral a sférické geometrie a T = 13, T = 2 symetrie. Průměr virionu je kolem 85 nm. Cystoviry se vyznačují svou vnější vrstvou protein a lipid obálka. Žádná jiná bakteriofág má ve vnějším plášti nějaký lipid, i když Tectiviridae a Corticoviridae mají v sobě lipidy kapsidy.[1][2]

Genom

Cystoviry mají tripartitní dvouvláknový genom RNA, který je přibližně 14 kbp v celkové délce. Genom je lineární a segmentovaný a je označen jako velký (L) 6,4 kbp, střední (M) 4 kbp a malý (S) 2,9 kb dlouhý. Genom kóduje dvanáct proteinů.[1][2]

Životní cyklus

Životní cyklus cystovirů

Cytoviry vstupují do bakterií adsorpcí pilus a potom fúze membrány. Virová replikace je cytoplazmatická. Replikace sleduje model replikace dvouvláknového viru RNA. Transkripce dvouvláknového viru RNA je metoda transkripce. Potomstvo viry jsou uvolňovány z buňky lýza.[1][2]

Většina identifikovaných cystovirů infikuje Pseudomonas druhů, ale toto je pravděpodobně předpojaté kvůli metodě screeningu a obohacování.[6] Typový typ je Virus Pseudomonas phi6, ale existuje mnoho dalších navrhovaných členů této rodiny. Byly identifikovány a pojmenovány viry Pseudomonas φ7, φ8, φ9, φ10, φ11, φ12 a φ13,[5] ale byly také izolovány další viry podobné cystovirům.[6] Těchto sedm domnělých příbuzných je klasifikováno jako blízcí (φ7, φ9, φ10, φ11) nebo vzdálení (φ8, φ12, φ13) příbuzní s φ6,[5] se vzdálenými příbuznými, o nichž se předpokládalo, že infikují prostřednictvím LPS spíše než pili.[7]

Taxonomie

Fylogenetický strom Cystovirus

Členové Cystoviridae se jeví jako nejtěsněji související s Reoviridae,[8] ale také sdílet homologie s Totiviridae. Zejména jsou strukturní geny cystovirů velmi podobné genům používaným řadou dsRNA virů, které infikují eukaryoty.[9] Rod Cystovirus má sedm druhů:[1]

Reference

  1. ^ A b C d E „Zpráva ICTV Cystoviridae“.
  2. ^ A b C d „Virová zóna“. EXPASY. Citováno 15. června 2015.
  3. ^ „Prohlížeč taxonomie NCBI: Cystoviridae“. NCBI. Citováno 19. června 2016.
  4. ^ Vidaver AK, Koski RK, Van Etten JL (květen 1973). "Bacteriophage Φ6 virus obsahující Pidomonas phaseolicola obsahující lipidy". Journal of Virology. 11 (15): 799–805.
  5. ^ A b C Mindich L, Qiao X, Qiao J, Onodera S, Romantschuk M, Hoogstraten D (srpen 1999). "Izolace dalších bakteriofágů s genomy segmentované dvouvláknové RNA". J. Bacteriol. 181 (15): 4505–8. PMC  103579. PMID  10419946.
  6. ^ A b Silander OK, Weinreich DM, Wright KM a kol. (Prosinec 2005). „Rozšířená genetická výměna mezi suchozemskými bakteriofágy“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (52): 19009–14. Bibcode:2005PNAS..10219009S. doi:10.1073 / pnas.0503074102. PMC  1323146. PMID  16365305.
  7. ^ Gottlieb P, Potgieter C, Wei H a Toporovsky I (2002). „Charakterizace φ12, bakteriofága souvisejícího s φ6: Nukleotidová sekvence velké dvouvláknové RNA“. Virologie. 295 (2): 266–271. doi:10.1006 / viro.2002.1436. PMID  12033785.
  8. ^ Butcher SJ, Dokland T, Ojala PM, Bamford DH, Fuller SD (červenec 1997). "Meziprodukty v montážní dráze dvouvláknového RNA viru phi6". EMBO J.. 16 (14): 4477–87. doi:10.1093 / emboj / 16.14.4477. PMC  1170074. PMID  9250692.
  9. ^ Koonin, Eugene V .; Dolja, Valerian V .; Krupovic, Mart (2015). „Počátky a vývoj virů eukaryot: nejvyšší modularita“. Virologie. 479-480: 2–25. doi:10.1016 / j.virol.2015.02.039. PMC  5898234. PMID  25771806.

externí odkazy