Caulimoviridae - Caulimoviridae

Caulimoviridae
Klasifikace virů E
(bez hodnocení):Virus
Oblast:Riboviria
Království:Pararnavirae
Kmen:Artverviricota
Třída:Revtraviricetes
Objednat:Ortervirales
Rodina:Caulimoviridae

Caulimoviridae je rodina viry infikování rostlin. V současné době existuje v této rodině 85 druhů rozdělených mezi 10 rodů.[1]Viry patřící do rodiny Caulimoviridae se nazývají dvouřetězcové DNA (dsDNA) viry reverzní transkripce (nebo pararetroviry), tj. viry, které obsahují fázi reverzní transkripce ve svém replikačním cyklu. Tato rodina obsahuje vše rostlinné viry s genomem dsDNA, které mají během svého životního cyklu reverzní transkripční fázi.

Taxonomie

Rozpoznávají se tyto rody:

Struktura virových částic

Všechny viry této rodiny jsou neobalené. Virové částice jsou buď bacilární nebo izometrické. Typ nukleokapsidu zabudovaného do struktury viru určuje velikost virových částic. Bacilliformní částice mají průměr přibližně 35–50 nm a délku až 900 nm. Izometrické částice mají průměr v průměru 45–50 nm a vykazují ikosahedrickou symetrii.

Struktura a replikace genomu

Genomická mapa CaMV, dobře studovaný člen této rodiny. ORF: 1 - pohybový protein, 2 - faktor přenosu mšic, 3 - protein spojený s virionem, 4 - gag-Capsid, 5 - pro / pol-A3 proteáza a RT / RNáza H, 6 - transaktivátor / viroplasmin. MP, CP, PRO, POL jsou v této rodině běžné. Uspořádání se liší.

Genomy virů z této rodiny obsahují monopartitní, nekovalentně uzavřenou kruhovou dsDNA 7,2–9,3 kbp s diskontinuitami v obou genomových vláknech na konkrétních místech. Tyto genomy obsahují jeden otevřený čtecí rámec (ORF), jak je pozorováno u petuviry, na osm ORF, jako například v soymoviry. Mezi proteiny kódované virovými genomy patří reverzní transkriptáza -ribonukleáza H, aspartátové proteázy, nukleokapsidy a transaktivátory - existují další proteiny nezbytné pro replikaci, kterým je ještě třeba přiřadit určitou funkci.

RodStrukturaSymetrieCapsidGenomické uspořádáníGenomická segmentace
RosadnavirusIcosahedralT = 7NeobalenéOběžníkMonopartitní
CavemovirusIcosahedralT = 7NeobalenéOběžníkMonopartitní
PetuvirusIcosahedralT = 7NeobalenéOběžníkMonopartitní
CaulimovirusIcosahedralT = 7NeobalenéOběžníkMonopartitní
SoymovirusIcosahedralT = 7NeobalenéOběžníkMonopartitní
BadnavirusBacilliformT = 3NeobalenéOběžníkMonopartitní
SolendovirusIcosahedralT = 7NeobalenéOběžníkMonopartitní
TungrovirusBacilliformT = 3NeobalenéOběžníkMonopartitní

Replikace probíhá jak v cytoplazmě, tak v jádře hostitelských buněk. Za prvé, virový genom vstupuje do cytoplazmy. Virová DNA po vstupu do hostitelského jádra vytváří nadšroubovicové mini-chromozomové struktury, kde je přepsána do polyadenylovaného RNA který je terminálně nadbytečný (kvůli transkripci, která se u některých částí DNA vyskytuje dvakrát). Nově transkribovaná RNA vstupuje do cytoplazmy, kde je buď translatována do virových proteinů, nebo retrotransribována do nových kopií virového genomu dsDNA virovým reverzní transkriptáza. Nové dsDNA genomy jsou enkapsidovány v cytoplazmě a uvolněny.

Proces replikace zahrnuje krok retro transkripce a RNA meziprodukt, tedy viry z rodiny Caulimoviridae nejsou považovány za pravdivé dsDNA viry - místo toho se nazývají DNA reverzně přepisující viry. Sdílejí tuto vlastnost s retroviry. Na rozdíl od retrovirů však jde o viry z rodiny Caulimoviridae nevyžadují integraci virového genomu do genomu svých hostitelů, aby se replikovali, a proto jejich genom nekóduje enzymatický protein integráza.

Přítomnost endogenních virových prvků (EVE) v rostlinných genomech je velmi rozšířená.[2][3][4] a nejznámější rostlinné EVE pocházejí z virů s DNA genomy v rodině Caulimoviridae. Předpokládá se, že k integraci dochází prostřednictvím nehomologního spojování konců (nelegitimní rekombinace) během mechanismů opravy DNA. Většina rostlinných EVE není infekčních. Nicméně infekční Caulimoviridae EVE byly hlášeny v genomu petunie [5](Virus odstraňující žíly petunie ), banán [6](Virus OL banánů, Virus GF banánové řady, Banana streak IM virus) a Nicotiana edwardsonii [7](Virus odstraňující žíly tabáku).

RodPodrobnosti o hostiteliTkáňový tropismusReplikační webMísto montážePřenos
RosadnavirusRostlinyŽádnýJádroCytoplazmaMšice
CavemovirusRostlinyŽádnýJádroCytoplazmaMšice
PetuvirusRostlinyŽádnýJádroCytoplazmaRoubování, aktivace infekčních EVE
CaulimovirusRostlinyŽádnýJádroCytoplazmaMšice
SoymovirusRostlinyŽádnýJádroCytoplazmaMšice
BadnavirusRostlinyŽádnýJádroCytoplazmaMealybugs, aktivace infekčních EVE
SolendovirusRostlinyŽádnýJádroCytoplazmaAktivace infekčních EVE
TungrovirusRostlinyŽádnýJádroCytoplazmaMšice

Reference

  1. ^ "Taxonomie virů". Citováno 25. června 2018.
  2. ^ Nedávný pokrok ve virologii rostlin. Caranta, Carole. Norfolk, Velká Británie: Caister Academic Press. 2011. ISBN  9781904455752. OCLC  644654169.CS1 maint: ostatní (odkaz)
  3. ^ Geering, Andrew D. W .; Maumus, Florian; Copetti, Dario; Choisne, Nathalie; Zwickl, Derrick J .; Zytnicki, Matthias; McTaggart, Alistair R .; Scalabrin, Simone; Vezzulli, Silvia (10. listopadu 2014). „Endogenní florendoviry jsou hlavní složkou rostlinných genomů a charakteristickými znaky evoluce virů“. Příroda komunikace. 5 (1): 5269. Bibcode:2014NatCo ... 5,5269G. doi:10.1038 / ncomms6269. ISSN  2041-1723. PMC  4241990. PMID  25381880.
  4. ^ Diop, Seydina Issa; Geering, Andrew D. W .; Alfama-Depauw, Françoise; Loaec, Mikaël; Teycheney, Pierre-Yves; Maumus, Florian (12. ledna 2018). „Genomy tracheofytů sledují hluboký vývoj Caulimoviridae“. Vědecké zprávy. 8 (1): 572. Bibcode:2018NatSR ... 8..572D. doi:10.1038 / s41598-017-16399-x. ISSN  2045-2322. PMC  5766536. PMID  29330451.
  5. ^ Richert ‐ Pöggeler, Katja R .; Noreen, Faiza; Schwarzacher, Trude; Harper, Glyn; Hohn, Thomas (15. září 2003). „Indukce infekčního viru odstraňujícího žíly petunie (pararetro) z endogenního proviru v petunii“. Časopis EMBO. 22 (18): 4836–4845. doi:10.1093 / emboj / cdg443. ISSN  0261-4189. PMC  212712. PMID  12970195.
  6. ^ Gayral, Philippe; Noa-Carrazana, Juan-Carlos; Lescot, Magali; Lheureux, Fabrice; Lockhart, Benham E. L .; Matsumoto, Takashi; Piffanelli, Pietro; Iskra-Caruana, Marie-Line (1. července 2008). „Jediná událost integrace virů banánových pruhů v genomu banánů jako původ infekčního endogenního pararetroviru“. Journal of Virology. 82 (13): 6697–6710. doi:10.1128 / JVI.00212-08. ISSN  0022-538X. PMC  2447048. PMID  18417582.
  7. ^ Lockhart, B. E .; Menke, J .; Dahal, G .; Olszewski, N. E. (2000). „Charakterizace a genomová analýza viru odstraňujícího žíly tabáku, rostlinného pararetroviru, který se přenáší vertikálně a souvisí se sekvencemi integrovanými v genomu hostitele“. Journal of General Virology. 81 (6): 1579–1585. doi:10.1099/0022-1317-81-6-1579. PMID  10811941.

externí odkazy