Virus Pseudomonas phi6 - Pseudomonas virus phi6 - Wikipedia
 | tento článek potřebuje další citace pro ověření. (Květen 2012) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
| Virus Pseudomonas phi6 | |
|---|---|
 | |
| RNA zabalený procapsid (proteinový obal) Virus Pseudomonas phi6 | |
 | |
| Genom viru pseudomonas phi6 | |
Klasifikace virů  | |
| (bez hodnocení): | Virus |
| Oblast: | Riboviria |
| Království: | Orthornavirae |
| Kmen: | Duplornaviricota |
| Třída: | Vidaverviricetes |
| Objednat: | Mindivirales |
| Rodina: | Cystoviridae |
| Rod: | Cystovirus |
| Druh: | Virus Pseudomonas phi6 |
| Synonyma | |
Φ6 (Phi 6) je nejlépe studovaný bakteriofág z virus rodina Cystoviridae. Infikuje Pseudomonas bakterie (obvykle rostlinně patogenní P. syringae ). Má třídílný, segmentovaný, dvouvláknová RNA genom, celkem ~ 13.5 kb v délce. Φ6 a jeho příbuzní mají lipidová membrána kolem jejich jádrakapsid, vzácný znak mezi bakteriofágy. Je to lytický fág, i když za určitých okolností bylo pozorováno zpoždění lýzy, které lze popsat jako „stav nosiče“.
Životní cyklus
Φ6 se obvykle připojuje k typu IV pilus z P. syringae s jeho připojovacím proteinem, P3. Předpokládá se, že buňka poté zatáhne pilus a přitáhne fág směrem k bakterii. Fúze virová obálka s bakteriální vnější membrána je usnadněn fágem protein, P6. Muralytic (peptidoglykan - trávicí) enzym, P5, pak natráví část buněčná stěna a nukleokapsid vstupuje do buňky potažené bakteriální vnější membránou.
Kopie sense strand segmentu velkého genomu (6374 základny ) se poté syntetizuje (transkripce ) na vrcholech kapsid, se závislostí na RNA RNA polymeráza, P2, a uvolněny do hostitelské buňky cytosol. Čtyři proteiny přeloženo z velkého segmentu spontánně sestavit do prokapsidy, které pak zabalí velký segment snímacího řetězce a polymerují jeho doplněk při vstupu přes P2 polymeráza - obsahující vrcholy. Zatímco se velký segment překládá (vyjadřuje) a syntetizuje (replikuje), rodičovský fág uvolňuje kopie smyslových řetězců středního segmentu (4061 bází) a malého segmentu (2948 bází) do cytosol. Jsou přeloženy a zabaleny do procapsidů v pořadí: střední a malé. Plněné kapsidy jsou poté potaženy nukleokapsidovým proteinem P8 a potom proteiny vnější membrány nějakým způsobem přitahují bakterie vnitřní membrána, který pak obalí nukleokapsid.
Lytický protein, P5, je obsažen mezi nukleokapsidovým obalem P8 a virovým obalem. Dokončené potomstvo fágů zůstává v cytosolu, dokud dostatečné hladiny lytického proteinu P5 nedegradují stěnu hostitelské buňky. Cytosol poté praskne, naruší vnější membránu a uvolní fág. Tím je zabita bakterie lýza.
RNA-dependentní RNA polymeráza
RNA-dependentní RNA polymerázy (RdRP) jsou kritickými složkami v životním cyklu viry dvouřetězcové RNA (dsRNA). Není však zcela pochopeno, jak důležité enzymy funkce během virové replikace. Exprese a charakterizace purifikovaného rekombinantního RdRP -6 je první přímá demonstrace aktivity RdRP katalyzované jedinou protein od a virus dsRNA. Rekombinantní Φ6 RdRP je vysoce aktivní in vitro, má replikaci RNA a transkripce činnosti a je schopen využívat obojí homologní a heterologní RNA molekuly jako šablony. Krystalová struktura polymerázy Φ6, řešená komplexně s řadou ligandů, poskytuje poznatky o porozumění mechanismu iniciace nezávislé na primeru závislé na RNA Polymerace RNA. Zdá se, že tato RNA polymeráza funguje bez sigma faktoru / podjednotky. Vyčištěný Φ6 RdRP zobrazuje procesní prodloužení in vitro a samo se sestavuje spolu s proteiny komplexu polymerázy do subvirových částic, které jsou plně funkční.[3]
Výzkum
Φ6 byl studován jako model k pochopení segmentace RNA viry zabalit své genomy, jeho strukturu studovali vědci, kteří se zajímali lipid -obsahující bakteriofágy a byl použit jako modelový organismus k testování evoluční teorie jako Mullerova ráčna. Fág Φ6 byl široce používán v dalších fágová experimentální evoluce studie.
Viz také
Reference
- ^ 6. zpráva ICTV Murphy, F. A., Fauquet, C. M., Bishop, D. H. L., Ghabrial, S. A., Jarvis, A. W. Martelli, G. P. Mayo, M. A. & Summers, M. D. (eds) (1995). Taxonomie virů. Šestá zpráva Mezinárodního výboru pro taxonomii virů. Dodatek k archivu virologie 10 https://talk.ictvonline.org/ictv/proposals/ICTV%206th%20Report.pdf
- ^ Krupovic, Mart; et al. (Květen 2015). „Přejmenovat všechny (522) existující bakteriální viry a 2 druhy viru archaeal“ (PDF). Mezinárodní výbor pro taxonomii virů. Citováno 29. srpna 2019.
- ^ Koivunen; et al. (2008). "Structure-Function Insights Into the RNA-Dependent RNA Polymerase of the dsRNA Bacteriophage Φ6". Segmentované dvouvláknové RNA viry: Struktura a molekulární biologie. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-21-9.