Vinod Scaria - Vinod Scaria

Dr. Vinod Scaria
narozený (1981-03-09) 9. března 1981 (věk 39)
Mbinga, Tanzanie
Národnostindický
Státní občanstvíindický
Alma materCalicut Medical College
University of Pune
Ocenění
  • CSIR Cena mladého vědce (2012)
  • FRSB (2017)
Vědecká kariéra
PoleBioinformatika, Výpočetní biologie
InstituceIndraprastha Institute of Information Technology Delhi,
Ústav genomiky a integrační biologie,
Akademie vědeckého a inovativního výzkumu
Doktorský poradceSamir K. Brahmachari
webová stránkavinodscaria.rabiologie.org

Dr. Vinod Scaria FRSB (narozen 9. března 1981) je indický výzkumník, který je průkopníkem v oblasti přesné medicíny a klinické genomiky v Indii. On je nejlépe známý pro sekvenování prvního Inda genom.[1][2][3] Pomohl také při sekvenování prvního srílanského genomu, analýzy prvního malajského genomu[4] sekvenování a analýza kmene divokého typu kmene Zebrafish[5] a program IndiGen o genomice pro veřejné zdraví v Indii[6][7][8]

V současné době je vědeckým pracovníkem CSIR Ústav genomiky a integrační biologie a doplňková fakulta v Indraprastha Institute of Information Technology, Dillí.[9]

Spolu se svým kolegou a spolupracovníkem Sridharem Sivasuubuem jsou všeobecně považováni za průkopníky v oblasti klinické genomiky v Indii. Jsou také spoluzakladateli rozsáhlé klinické sítě Genomics for Understanding Rare Diseases India Alliance Network (GUaRDIAN) působící v oblasti genomiky vzácných chorob v Indii. Pomohli také při vytváření komplexního stipendijního programu pro genomiky pro klinické pracovníky[10]

Jeho výzkum také přispěl k řadě komerčně životaschopných technologií pro zdravotnictví a veřejné zdraví[11]. To zahrnuje jednu z metod rychlé a přesné diagnostiky a screeningu mitochondriálních genetických chorob[12].

Časný život

Scaria se narodil v roce Tanzanie v roce 1981. Učil se v roce Veřejná škola Silver Hills, Kozhikode, Indie. Studoval na pregraduální kurz v St. Joseph's College, Devagiri a absolvoval vysokoškolské studium medicíny a chirurgie z Calicut Medical College se zlatými medailemi v biochemii a fyziologii. Pracoval jako konzultant pro informační technologie ve společnosti Pain and Palliative Care Society v Kozhikode. Později nastoupil do CSIR Ústav genomiky a integrační biologie V Dillí, kde zahájil svou kariéru jako výzkumný pracovník.[13]

Výzkum

Scaria zahájil svou výzkumnou kariéru v Calicut Medical College v oblasti lékařské etiky a zdravotnických informací na internetu. Po vstupu do CSIR Ústav genomiky a integrační biologie v roce 2005 přešel na výpočetní biologie a genomová informatika. Mezi jeho významné výzkumy patří identifikace člověka mikro-RNA který může cílit Virus HIV. V roce 2009 on a jeho kolegové na Ústav genomiky a integrační biologie oznámila sekvenování divokého typu kmene zebrafish[14] a sekvenování prvního lidského genomu z Indie. Rovněž propagoval použití sociálního webu pro anotaci genomu prostřednictvím mapování genomu TB.[15] Scaria a kolegové také objevili a navrhli tlumiče enzymů pro mRNA dabované antagomirzymy. Jeho skupina také propagovala využití sociálního webu, cloud computingu a studentů pro řešení komplexních problémů s objevováním drog pro zanedbávané nemoci.[16] Dr. Scaria se také podílí na popularizaci osobní genomiky prostřednictvím meragenome.com[17] a OpenPGx.[18]

V roce 2009 se jeho výzkum posunul ke klinické genomice, počínaje sekvenováním prvního indického genomu v roce 2009[19]. V průběhu let vytvořil s kolegou Sridhar Sivasubbu rozsáhlou výzkumnou síť v oblasti klinické genomiky se zaměřením na vzácná genetická onemocnění a farmakogenomiku. Důraz byl kladen na využití genomických nástrojů k pochopení molekulárního základu genetických chorob v Indii a využití této znalostní báze k vývoji cenově dostupných a přístupných genetických testů[20]. Tato iniciativa pomohla odhalit genetický základ mnoha dědičných chorob v Indii[21]

Jeho výzkum také vedl k know-how, které bylo úspěšně licencováno řadě komerčních diagnostických entit a bylo k dispozici klinikům po celé Indii[22].

Publikoval více než 150 článků v mezinárodních časopisech.[23] Je také členem redakční rady mnoha renomovaných mezinárodních časopisů včetně PLOS ONE, PeerJ , Mezinárodní žurnál revmatických nemocí a Journal of Translational Medicine. Byl členem senátu Akademie vědeckého a inovativního výzkumu (AcSIR).

Ocenění

Byl mu udělen titul CSIR Cena mladého vědce za biologické vědy za vývoj výpočetních nástrojů pro analýzu genomových dat, kterou udělil indický předseda vlády v září 2012.[24][25][26]

Je členem Kavli Frontiers of Science Fellow na Americké národní akademii věd[27] a zvolený člen Královské biologické společnosti.[28]

Přesná medicína a farmakogenomika

Specializuje se na data v měřítku genomu pro Přesná medicína s odvoláním na Farmakogenetika. Byl jedním z průkopníků, kteří byli schopni systematicky analyzovat osobní údaje genomu a odvodit farmakogenetické mapy.[29] Jeho výzkum populačně specifických dat genomové škály poskytl jednu z počátečních farmakepigenetických map pro Malajsie [30] a Katar.[31]

Genomics for Understanding Rare Diseases India Alliance Network (GUaRDIAN)

Scaria je průkopníkem v používání genomiky k diagnostice a řešení vzácných genetických chorob v Indii, včetně objevování nových variant.[32] On, se svým kolegou Sridhar Sivasubbu spoluzaložil národní síť (GUaRDIAN)[33] lékařů a vědců pracujících na genomice vzácných onemocnění. Je také spoluautorem příručky o sekvenování a analýze exome pro klinické pracovníky.[34] Konsorcium GUaRDIAN zahrnuje více než 250 lékařů a výzkumných pracovníků z více než 70 lékařských a výzkumných center, což z něj činí jednu z největších sítí klinické klinické genomiky v Indii působících v oblasti vzácných genetických chorob.[35]Výzkumná síť byla docela úspěšná v porozumění variantám spojeným se vzácnými genetickými chorobami a dokázala jim zabránit.[36]

Genomika a další technologie Omics umožňující lékařská rozhodnutí (GOMED)Scaria se podílel na vytvoření jedinečného programu spolu se svým kolegou Dr. Mohammedem Faruqem, který umožňuje lékařům z celé země proniknout do bohaté odbornosti CSIR Institute of Genomics and Integrative Biology v oblasti genomiky umožnit rychlou a efektivní diagnostiku genetických chorob.[37] Tento program je dnes široce využíván nemocnicemi po celé zemi.[38]

Program IndiGen o populační genomice pro veřejné zdraví

Program IndiGen[39] o populační genomice pro veřejné zdraví byla zahájena v roce 2019 pokusem začít chápat genetickou rozmanitost země sekvenováním přes tisíc indických jedinců[40]„Výsledky programu IndiGen se uplatní v řadě oblastí, včetně rychlejší a účinnější diagnostiky vzácných genetických chorob,“ uvedl ministr pro vědu Unie, Drsný Vardhan, na tiskové konferenci oznamující program[41]. Program urychlil komerční adaptaci a aplikaci genomiky v Indii úzkou spoluprací s různými průmyslovými partnery[11]. Souhrnná data z programu jsou k dispozici vědcům a lékařům[42].

Genomika arabských a středovýchodních populací

Scaria je průkopníkem v analýze genomových dat od arabských populací ze Středního východu. Jeho laboratoř přispěla k pochopení genetické krajiny farmakogenetiky v Kataru.[43][44] Rovněž propagoval využití údajů o celém genomu k pochopení genetické epidemiologie převládajících nemocí v regionu, včetně familiární středomořské horečky.[45]

Jeho laboratoř také vytvořila jeden z největších a nejkomplexnějších zdrojů frekvencí alel pro arabské populace.[46] Tato databáze al mena [47](alely pro Střední východ a severní Afriku) poskytuje informace o více než 26 milionech variant indexujících řadu datových souborů celého genomu a exomu z regionu. Rovněž je průkopníkem ve vytváření komplexního zdroje pro varianty onemocnění v arabské populaci ve spolupráci s několika výzkumnými pracovníky z regionu.[48]

COVID-19 Otevřený výzkum, data a zdroje

Otevřený výzkum, data a zdroje COVID-19 je iniciativa za účelem vytvoření příslušných dat, výzkumu a zdrojů[49] v laboratoři Vinod Scaria v CSIR Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB) v otevřeném formátu, aby bylo zajištěno, že jsou široce dostupné a relevantní. Iniciativa poskytuje snadný přístup k genomovým[50][51][52]soubory epidemiologických údajů[53] a protokoly[54] týkající se epidemie COVID-19 v Indii. Výzkum také přispěl k pochopení nové třídy (I / A3i) genomů SARS-CoV-2 z Indie[55][56]. Jeho skupina rovněž přispěla k odhalení prvních zpráv o reinfekci COVID-19 v Indii[57] a komplexní zdroj pro reinfekce[58]

Reference

  1. ^ Manoj CG (10. prosince 2009). „Po sekvenci lidského genomu se vědecké duo dívá dopředu“. Indický expres. Citováno 10. února 2013.
  2. ^ Prasanth GN (10. prosince 2009). „Sekvenování genomu lze použít v klinickém prostředí“. Časy Indie. Citováno 10. února 2013.
  3. ^ Jingjing H (9. prosince 2009). „Vědci poprvé v Indii dekódují lidský genom“. Čína News. Citováno 10. února 2013.
  4. ^ Salleh MZ, Teh LK, Lee LS, Ismet RI, Patowary A, Joshi K a kol. (2013). „Systematická farmakogenomická analýza malajského celého genomu: důkaz koncepce personalizované medicíny“. PLOS ONE. 8 (8): e71554. Bibcode:2013PLoSO ... 871554S. doi:10.1371 / journal.pone.0071554. PMC  3751891. PMID  24009664.
  5. ^ Patowary A, Purkanti R, Singh M, Chauhan R, Singh AR, Swarnkar M a kol. (Březen 2013). "Variační mapa sekvence zebrafish". Zebrafish. 10 (1): 15–20. doi:10.1089 / zeb.2012.0848. PMC  3629779. PMID  23590399.
  6. ^ „The Gene Business- Business News“. www.businesstoday.in. Citováno 22. června 2020.
  7. ^ Koshy, Jacob (25. října 2019). „CSIR nabízí bezplatné mapování indických genomů“. Hind. ISSN  0971-751X. Citováno 22. června 2020.
  8. ^ „Genomika pro veřejné zdraví“. sites.google.com. Citováno 22. června 2020.
  9. ^ „Hostující a doplňková fakulta na IIIT-D“.
  10. ^ „Genomické školení pro lékaře - CSIR-IGIB Sanofi Genzyme přátelství: Od laboratoří k pacientům“. Genomické školení pro klinické pracovníky - stipendium CSIR-IGIB Sanofi Genzyme. Citováno 14. března 2020.
  11. ^ A b „The Gene Business- Business News“. www.businesstoday.in. Citováno 14. března 2020.
  12. ^ Prasad, R. (10. července 2016). „Screening pro vzácné genetické poruchy v místě kliknutí“. Hind. ISSN  0971-751X. Citováno 14. března 2020.
  13. ^ "Profil Vinod Scaria". Ústav genomiky a integrační biologie. Citováno 10. února 2013.
  14. ^ „Genome of Zebrafish Wild-type Strain (ASWT)“. IGIB.in. Citováno 17. dubna 2013.
  15. ^ "Podrobná mapa genomu tuberkulózy jako pomoc při léčbě". Hindustan Times. 12. dubna 2010. Citováno 10. února 2013.
  16. ^ „Crowd Computing for Cheminformatics“. RNA Biology. Archivovány od originál dne 12. ledna 2013. Citováno 17. února 2013.
  17. ^ „meragenome.com: Personal Genomics for All“. Citováno 10. dubna 2013.
  18. ^ „OpenPGx“. Citováno 10. dubna 2013.
  19. ^ „Po sekvenci lidského genomu se vědecké duo dívá dopředu - Indian Express“. archive.indianexpress.com. Citováno 14. února 2020.
  20. ^ Garari, Kaniza (26. prosince 2018). „CSIR stojí vysoký s 10 inovacemi v roce 2018“. Deccan Chronicle. Citováno 14. února 2020.
  21. ^ Koshy, Jacob (15. dubna 2017). „Výklad nemoci: jak se vědci zaměřili na vzácnou a ochromující chorobu jedné rodiny“. Hind. ISSN  0971-751X. Citováno 14. února 2020.
  22. ^ Prasad, R. (10. července 2016). „Screening pro vzácné genetické poruchy v místě kliknutí“. Hind. ISSN  0971-751X. Citováno 14. února 2020.
  23. ^ „Publikace Vinod Scaria“. RNA Biology. Citováno 10. února 2013.
  24. ^ „Ceny mladých vědců“ (PDF). CSIR, Indie. Citováno 10. února 2013.
  25. ^ „PM rozdává ceny vědcům“. MBCTV. 26. září 2012. Citováno 10. února 2013.
  26. ^ „PM uděluje cenu Swaroop Bhatnagar 11 vědcům“. Outlook.com. 26. září 2012. Citováno 10. února 2013.
  27. ^ „Vinod Scaria“.
  28. ^ „Vinod Scaria - Vinod Scaria MBBS, PHD“.
  29. ^ Salleh MZ, Teh LK, Lee LS, Ismet RI, Patowary A, Joshi K a kol. (2013). „Systematická farmakogenomická analýza malajského celého genomu: důkaz koncepce personalizované medicíny“. PLOS ONE. 8 (8): e71554. Bibcode:2013PLoSO ... 871554S. doi:10.1371 / journal.pone.0071554. PMC  3751891. PMID  24009664.
  30. ^ Prasad R (12. června 2016). „Proč indiáni, jihovýchodní asijské Malajci reagují odlišně na některé drogy“. Hind. Citováno 10. října 2016.
  31. ^ Sarant L (2016). „Katarská exome studie: Pokrok v přesné medicíně“. Příroda na Středním východě. doi:10.1038 / nmiddleeast.2016.137.
  32. ^ Vellarikkal SK, Patowary A, Singh M, Kumari R, Faruq M, Master DC a kol. (2014). „Exome sekvenování odhaluje novou mutaci, p.L325H, v genu KRT5 spojenou s autozomálně dominantním typem Epidermolysis Bullosa Simplex Koebner ve velké rodině ze západní Indie“. Variace lidského genomu. 1: 14007. doi:10.1038 / hgv.2014.7. PMC  4785511. PMID  27081501.
  33. ^ „Genomics for Understanding Rare Diseases India Alliance Network“. Citováno 25. prosince 2014.
  34. ^ Scaria V, Sivasubbu S (11. února 2015). Exome sekvenování, analýza a interpretace: Příručka pro klinické lékaře. Indie: Výzkum v genomice. p. 126. Citováno 5. dubna 2015.
  35. ^ Sivasubbu S, Scaria V (září 2019). „Genomika vzácných genetických chorob - zkušenosti z Indie“. Lidská genomika. 14 (1): 52. doi:10.1186 / s40246-019-0215-5. PMC  6760067. PMID  31554517.
  36. ^ Isalkar U (6. října 2016). „Výzkum genů vylučuje onemocnění u nejmladšího sourozence“. The Times of India. TNN. Citováno 10. října 2016.
  37. ^ „Genomika a další technologie omics umožňující lékařská rozhodnutí“.
  38. ^ „Statistika doporučení GOMED“.
  39. ^ „Genomika pro veřejné zdraví“. sites.google.com. Citováno 13. listopadu 2019.
  40. ^ Koshy, Jacob (19. dubna 2019). „Sekvenování genomu pro mapování rozmanitosti populace“. Hind. ISSN  0971-751X. Citováno 13. listopadu 2019.
  41. ^ Koshy, Jacob (25. října 2019). „CSIR nabízí bezplatné mapování indických genomů“. Hind. ISSN  0971-751X. Citováno 13. listopadu 2019.
  42. ^ „IndiGenomes - zdroj populačních genomů z Indie“. clingen.igib.res.in. Citováno 14. března 2020.
  43. ^ Sivadas A, Sharma P, Scaria V (listopad 2016). "Krajina warfarinu a klopidogrelu farmakogenetických variant v katarské populaci z celých souborů dat exome". Farmakogenomika. 17 (17): 1891–1901. doi:10.2217 / pgs-2016-0130. PMID  27767380.
  44. ^ Sivadas A, Scaria V (červenec 2018). „Farmakogenomický průzkum katarských populací využívajících sekvence celého genomu a exomu“. The Pharmacogenomics Journal. 18 (4): 590–600. doi:10.1038 / s41397-018-0022-8. PMID  29720721. S2CID  24137943.
  45. ^ Koshy R, Sivadas A, Scaria V (leden 2018). „Genetická epidemiologie familiární středomořské horečky prostřednictvím integrativní analýzy celého genomu a exome sekvencí ze Středního východu a severní Afriky“. Klinická genetika. 93 (1): 92–102. doi:10.1111 / cge.13070. PMID  28597968. S2CID  27609668.
  46. ^ Koshy R, Ranawat A, Scaria V (říjen 2017). „al mena: komplexní zdroj lidských genetických variant integrujících genomy a exomes z arabských, středovýchodních a severoafrických populací“. Journal of Human Genetics. 62 (10): 889–894. doi:10.1038 / jhg.2017.67. PMID  28638141. S2CID  36515834.
  47. ^ "al mena". clingen.igib.res.in.
  48. ^ „Obsáhlý zdroj genetických variant souvisejících s chorobami u Arabů - Vinod Scaria MBBS, PhD“. vinodscaria.rnabiology.org.
  49. ^ „COVID-19 Open - Vinod Scaria MBBS, PhD“. vinodscaria.rnabiology.org. Citováno 16. dubna 2020.
  50. ^ „Indie bude mít vlastní genomovou databanku pro dekódování viru COVID-19“. Nový indický expres. Citováno 19. června 2020.
  51. ^ „INDICOV“. clingen.igib.res.in. Citováno 19. června 2020.
  52. ^ „COVID-19 Genomepedia, komplexní prohledávatelný zdroj genomů SARS-nCoV-2 | CSIR Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB) Dillí, Indie“. COVID-19 Genomepedia, komplexní prohledávatelný zdroj genomů SARS-nCoV-2 | CSIR Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB) Dillí, Indie. Citováno 16. dubna 2020.
  53. ^ „Genomy a genetická epidemiologie SARS-nCoV-2 - Vinod Scaria MBBS, PhD“. vinodscaria.rnabiology.org. Citováno 16. dubna 2020.
  54. ^ Poojary, Mukta; Shantaraman, Anantharaman; Jolly, Bani; Scaria, Vinod (2019). „Výpočetní protokol pro sestavení a analýzu genů SARS-nCoV-2“. Výzkumné zprávy.
  55. ^ Banu, Sofie; Jolly, Bani; Mukherjee, Payel; Singh, Priya; Khan, Shagufta; Zaveri, Lamuk; Shambhavi, Sakshi; Gaur, Namami; Mishra, Rakesh K .; Scaria, Vinod; Sowpati, Divya Tej (31. května 2020). „Výrazný fylogenetický shluk indických izolátů SARS-CoV-2“. bioRxiv: 2020.05.31.126136. doi:10.1101/2020.05.31.126136. S2CID  219535426.
  56. ^ Banu, Sofie; Jolly, Bani; Mukherjee, Payel; Singh, Priya; Khan, Shagufta; Zaveri, Lamuk; Shambhavi, Sakshi; Gaur, Namami; Reddy, Shashikala; Kaveri, K .; Srinivasan, Sivasubramanian (2020). „Výrazný fylogenetický shluk indických izolátů SARS-CoV-2“. Otevřené fórum infekčních nemocí. doi:10.1093 / ofid / ofaa434. S2CID  222209242.
  57. ^ Gupta, Vivek; Bhoyar, Rahul C .; Jain, Abhinav; Srivastava, Saurabh; Upadhayay, Rashmi; Imran, Mohamed; Jolly, Bani; Divakar, Mohit Kumar; Sharma, Disha; Sehgal, Paras; Ranjan, Gyan (2020). „Asymptomatická reinfekce u dvou zdravotnických pracovníků z Indie geneticky odlišným SARS-CoV-2“. Klinické infekční nemoci. doi:10.1093 / cid / ciaa1451. PMC  7543380. PMID  32964927.
  58. ^ „REFFEKCE COVID-19“. sites.google.com. Citováno 30. září 2020.