TMEM81 - TMEM81 - Wikipedia

TMEM81
Identifikátory
AliasyTMEM81, HC3107, KVLA2788, UNQ2788, transmembránový protein 81
Externí IDMGI: 1921876 HomoloGene: 12579 Genové karty: TMEM81
Umístění genu (člověk)
Chromozom 1 (lidský)
Chr.Chromozom 1 (lidský)[1]
Chromozom 1 (lidský)
Genomické umístění pro TMEM81
Genomické umístění pro TMEM81
Kapela1q32.1Start205,083,129 bp[1]
Konec205,084,460 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

388730

74626

Ensembl

ENSG00000174529

ENSMUSG00000048174

UniProt

Q6P7N7

Q9D5K1

RefSeq (mRNA)

NM_203376

NM_029025

RefSeq (protein)

NP_976310

NP_083301

Místo (UCSC)Chr 1: 205,08 - 205,08 MbChr 1: 132,51 - 132,51 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš
Předpokládaná terciární struktura TMEM81 (pouze extracelulární oblast) z I-TASSER.[5] Struktura byla vizualizována pomocí PyMol.

Transmembránový protein 81 nebo TMEM81 je a protein že v lidé je kódován genem TMEM81. TMEM81 je špatně charakterizovaný transmembránový protein který obsahuje extracelulární imunoglobulinová doména.[6]

Gen

TMEM81 je také známý jako HC3107, UNQ2788, KVLA2788,[6] nebo MGC75217.[7] U lidí se TMEM81 nachází na chromozomálním pásmu 1q32.1 mezi geny CNTN2 a RBBP5 na zadní straně.[8] Gen TMEM81 je 1332 základní páry dlouhý a kóduje jeden přepis obsahující jeden exon.[6][9]

Předpovězeno promotér oblast (GXP_180875) pro TMEM81 je dlouhá 1158 bp a sahá od 205 084 360 do 205 085 517 na opačném řetězci.[10]

Protein

Schematické znázornění peptidu TMEM81

Prekurzorový peptid TMEM81 je 255 aminokyseliny dlouhý s předpokládanou molekulovou hmotností 28,5 kDa a pI = 8,92.[11]

Protein obsahuje a spirálovitý transmembránová oblast, extracelulární imunoglobulinová doména a N-vázaná glykosylace stránky. A disulfid Předpokládá se, že se můstek vytvoří mezi zbytky Cys104 a Cys156.[11]

Složení bílkovin

Ilustrace lidského peptidu TMEM81 vytvořeného pomocí Protter[12]

Zralá forma (odstraněný signální peptid) TMEM81 má mírně zvýšenou valin a poněkud poklesla methionin složení vzhledem k průměrným proteinům.[13] TMEM81 také obsahuje tři nabíjecí cykly, z nichž každý má tři aminokyseliny dlouhé:

NabítAminokyselinyUmístění
+Arg -Arg-Lys71–73
-Asp -Asp-Glu131–133
+Lys-Lys-Lys221–223

Sekundární struktura

Předpokládá se, že extracelulární oblast TMEM81 je složena z beta listy zatímco intracelulární oblast pravděpodobně předpokládá alfa šroubovice konformace. Transmembránová oblast TMEM81 je spirálovitá.[14] An zarovnání zralých peptidových sekvencí TMEM81 v H. sapiens, M. musculus a G. gallus byl použit k předpovědi sekundární struktury TMEM81 pomocí Ali2D.[15]

Sekundární struktura TMEM81 (předpovězeno Ali2D)

Ve výsledcích predikce uvedených výše modrá označuje beta vlákna, zatímco červená označuje alfa helixy. Sytost barev je úměrná spolehlivosti predikce.

Terciární struktura

TMEM81 předpovídaná terciární struktura (Phyre2)

The terciární struktura TMEM81 bylo předpovězeno s použitím izumo fúzního proteinu spermie a vajíčka 1 jako templátu. Obrázek vpravo zobrazuje model reziduí 19 až 152 s 97,3% spolehlivostí s 56% pokrytím získaným pomocí Phyre2.[16] Gradace červeno-modré barvy označuje N- na C-konec směrovost struktury.

Posttranslační úpravy

Byly nalezeny experimentální důkazy pro místo N-glykosylace umístěné na Asn45, což naznačuje, že TMEM81 je glykoprotein.[14] Několik tyrosin Předpokládá se, že zbytky v TMEM81 podstoupí sulfatace.[17]

Subcelulární umístění

Předpokládá se, že TMEM81 bude lokalizován do plazmatická membrána.[6] Nicméně, imunohistochemie experimenty využívající TMEM81 specifické protilátky nalezena lokalizace do mezilehlá vlákna a mikrofilamenta.[18][19]

Výraz

Vyjádření u lidí

RNA sekvence experimenty z Projekt GTEx zjistili, že TMEM81 je všudypřítomně exprimován u lidí, ale vykazuje zvýšenou expresi v mozeček a cerebelární hemisféra.[18][20] Mezi další tkáně a orgány vykazující poněkud zvýšenou expresi mRNA patří varle a slezina.

Vyjádření u hlodavců

U myší (M. musculus) a krysy (R. norvegicus), TMEM81 vykazuje zvýšenou expresi ve varlatech a relativně nízkou expresi v jiných tkáních.[21][22] Exprese TMEM81 navíc není lokalizována v mozečku u myší.[23]

TMEM81 ukazuje monoallelickou expresi jak u H. sapiens, tak u M. musculus.[24]

Exprese proteinů

V obou H. sapiens a M. musculusTMEM81 je přítomen v koncentraci těsně pod 1 ppm.[25][26] Ve srovnání s jinými proteiny je TMEM81 přítomen mírně pod střední úrovní koncentrace proteinu.

Klinický význam

Methylace změny v TMEM81 jsou spojeny se zvýšeným rizikem přerušovaná výbušná porucha.[27] Dodatečně, SNP umístěný v TMEM81 ovlivnit trombopoéza, střední objem krevních destiček,[28] a byli zapojeni do Meniérová nemoc.[29]

Rakovina

Oblast 1q32.1 vykázala nárůst počtu kopií s frekvencí 68,9% ve studii 46 rakoviny prsu[30] a byl získán v případě extraventrikulární centrální neurocytom.[31] TMEM81 se také podílí na vývoji hepatocelulární karcinom.[32]

Homologie

Ne paralogy genu TMEM81 existují u lidí. Ortology genu byly nalezeny v různých liniích gnathostomes s nejvzdálenějšími ortology nalezenými mezi chondrichthyes. Nebyly zjištěny ortology TMEM81 Agnatha, lancelety, pláštěnci nebo bezobratlých.

Taxonomický názevBěžné jménoDatum odchylky (mya)[33]NCBI Přístupové čísloDélka (aa)Identita (%) [34]
Homo sapiensČlověk0NP_976310255100
Mus musculusMyš89NP_083301.125969.8
Tursiops truncatusDelfín94XP_019773842.125181.4
Loxodonta africanaSlon102XP_023404078.127670.6
Ornithorhynchus anatinusPtakopysk180XP_001507541.128154.4
Aptenodytes forsteriTučňák318XP_009271191.126445.7
Notechis scutatusHad318XP_026532625.124141.9
Mumesittacus undulatusAndulka318XP_005140927.229736.9
Microcaecilia unicolorCaecilian352XP_030077474.126638.1
Latimeria chalumnaeCoelacanth414XP_005989300.125434.4
Amphiprion ocellarisKlaun433XP_023128675.125624.9
Rhincodon typusŽralok velrybí465XP_020374416.125729.2

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000174529 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000048174 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Server I-TASSER (Iterative Threading ASSEmbly Refinement)[1]
  6. ^ A b C d Vstup GeneCards na TMEM81 [2]
  7. ^ Položka GeneNames na TMEM81 [3]
  8. ^ Položka databáze BioCyc na TMEM81 [4]
  9. ^ Vstup do databáze genomu ENSEMBL na TMEM81 [5]
  10. ^ ElDorado z Genomatix [6]
  11. ^ A b NextProt položka na TMEM81 [7]
  12. ^ Protter interaktivní nástroj pro vizualizaci proteinů[8]
  13. ^ Statistická analýza struktury proteinů [9]
  14. ^ A b Vstup NCBI nukleotidů na TMEM81 [10]
  15. ^ Ali2D z MPI Bioinformatics Toolkit [11]
  16. ^ Homologie bílkovin / analogový Y Recognition Engine V 2.0 (Phyre2) [12]
  17. ^ Sulfinátor ExPASy [13]
  18. ^ A b Vstup buňky atlasu lidského proteinu na TMEM81 [14]
  19. ^ Sigma Alderich anti-TMEM81 protilátky [15]
  20. ^ Vstup na portál GTEx na TMEM81 [16]
  21. ^ Vstup NCBI Gene na TMEM81 v roce M. musculus [17]
  22. ^ Vstup NCBI Gene na TMEM81 v roce R. norvegicus
  23. ^ Soubor dat Atlas Brain lidského proteinu na TMEM81 [18]
  24. ^ Výsledky databáze dbMAE pro TMEM81 [19]
  25. ^ Položka PaxDB na H. sapiens TMEM81 [20]
  26. ^ Položka PaxDB na H. sapiens TMEM81 [21]
  27. ^ Montalvo-Ortiz a kol. (2017). Změny methylace DNA v celém genomu spojené s občasnou výbušnou poruchou: Analýza funkčního obohacení na základě genů. International Journal of Neuropsychopharmacology, 21 (1). doi: 10,1093 / ijnp / pyx087
  28. ^ Shameer a kol. (2013). Studie asociace pro celou genom a fenom k ​​identifikaci genetických variant ovlivňujících počet a objem krevních destiček a jejich pleiotropní účinky. Human Genetics, 133 (1). doi: 10,1007 / s00439-013-1355-7
  29. ^ Campbell, C. A. (2010). Identifikace genetického příspěvku k Menierově chorobě. (Doktorská disertační práce, University of Iowa, USA). Citováno z https://ir.uiowa.edu/etd/2832/
  30. ^ Kawauchi a kol. (2010). Počet aberací počtu kopií DNA souvisejících s aneuploidií a chromozomální nestabilitou u karcinomů prsu. Publikace Spandidos. doi: 10,3892 / nebo_00000933
  31. ^ Myung a kol. (2012). Klinickopatologické a genetické vlastnosti extraventrikulárních neurocytomů. Neuropathology, 33 (2). doi: 10,1111 / j.1440-1789.2012.01330.x
  32. ^ Chen a kol. (2017). Integrativní analýza dat z mikročipu k odhalení regulačních vzorců v patogenezi hepatocelulárního karcinomu. Gut and Liver, 11 (1), 112-120. doi: 10,5009 / gnl16063
  33. ^ Strom času [22]
  34. ^ NCBI Standard Protein BLAST {https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome ]