Streptomyces sp. myrophorea - Streptomyces sp. myrophorea - Wikipedia
| Streptomyces sp. myrophorea | |
|---|---|
 | |
| Zralý Streptomyces sp myrophorea ukazující zaprášené zelené kolonie s fintovými soustřednými prstenci | |
| Vědecká klasifikace | |
| Doména: | |
| Kmen: | |
| Objednat: | |
| Rodina: | |
| Rod: | |
| Druh: | Streptomyces druh |
| Odrůda: | Streptomyces sp. Myrophorea izolovat McG1 |
Streptomyces sp. Myrophorea, izolovat McG1 je druh Streptomyces, který pochází z (etnofarmakologie ) lidová léčba v městečku Toneel North v Boho, hrabství Fermanagh.[1] Tato oblast byla dříve obsazena Druidové (~ Před 1500 lety) a dříve neolitický lidé (před 3700 lety), kteří vyryli blízké okolí Reyfad kameny.[2] Streptomyces sp. myrophorea inhibuje mnoho druhů ESKAPE patogeny, může růst při vysokém pH (10,5) a může tolerovat relativně vysoké úrovně radioaktivity.[1]
Fyziologie a morfologie
Streptomyces sp. izolát myrophorea McG1 má při kultivaci na agaru SFM světle zelené až bílé výtrusy a hyfy.[1]
Kolonie Streptomyces sp. myrophorea mají zřetelně prašný vzhled a při zrání produkují aroma podobné germaline.[1] Tato bakterie produkuje mnoho spor, jejichž šířka je přibližně 0,5 až 1,0 mikrometru a které se tvoří v přímých řetězcích.[1]
Ekologie
Streptomyces sp. izolát myrophorea McG1 byl objeven v alkalickém prostředí bohatém na druhy.
Tato bakterie roste při maximálním pH 10,5, a proto je alkalifilní. Bakterie tolerují vyšší úroveň alkality, ale nedaří se jim.[1]
Streptomyces sp. myrophorea vydrží také relativně vysoké úrovně radiace (až 4 kGy. To může souviset s podkladovými vápencovými a břidlicovými substráty, které emitují radonový plyn.[1]
Produkce antibiotik
V roce byly identifikovány pouze klastry pro syntézu genů antibiotik Streptomyces sp. myrophorea; antibiotika skutečně vyrobená in-situ ještě musí být identifikována.[1] Streptomyces sp. McG1 je obecně inhibiční vůči grampozitivním i gramnegativním bakteriím včetně karbapenem odolný Acinetobacter baumannii, (kritický patogen na Světová zdravotnická organizace seznam prioritních patogenů), vankomycin odolný Enterococcus faecium, meticilin odolný Zlatý stafylokok (uvedeno jako vysoká priorita) a Klebsiella pneumoniae.[1][3] Streptomyces sp. myrophorea má omezené účinky proti kmenům Enterococcus faecium a Pseudomonas aeruginosa.[1]
Alkalická tolerance
Streptomyces sp. myrophorea může být schopná vzkvétat v alkalickém prostředí, protože obsahuje mnoho genů podobných genům spojeným s alkalickou tolerancí u jiných bakteriálních druhů.[4][5]
Streptomyces sp. myrophorea seznam genů pro alkalickou toleranci:[1]
| Gen | Protein |
|---|---|
| 504 | Alkalický šokový protein 23 |
| 6561 | Alkalický šokový protein 23 |
| 1049 | Amoniak / H + antiporter podjednotka amhM |
| 2800 | Antiporter aspartát / alanin |
| 2801 | Antiporter aspartát / alanin |
| 6218 | Antiporter aspartát / alanin |
| 3284 | Vylepšený protein pro intracelulární přežití |
| 159 | Antiporter K + / H + nhaP |
| 3788 | K + / H + antiporter nhaP2 |
| 1050 | Antiporter K + / H + yhaU |
| 2193 | Antiporter K + / H + yhaU |
| 1325 | K + necitlivá pyrofosfátová protonová pumpa |
| 923 | Protein mdtH odolný proti více lékům |
| 3240 | Protein mdtH pro více léků |
| 3252 | Protein mdtH odolný proti více lékům |
| 6781 | Protein mdtH pro více léků |
| 1282 | Na + / H + antiporter nhaA |
| 4210 | Na + / H + antiporter podjednotka A |
| 4211 | Na + / H + antiporter podjednotka C. |
| 4212 | Na + / H + antiporter podjednotka D |
| 4215 | Na + / H + antiporter podjednotka G |
| 660 | Na + / (H + nebo K +) antiporter gerN |
| 3425 | Na + / (H + nebo K +) antiporter gerN |
| 7210 | domnělý výměník Na + / H + |
| 1727 | Antiporter sodík, draslík, lithium a rubidium / H + |
In-vitro rezistence na antibiotika
Přítomnost genů rezistence na antibiotika je často spojena s produkcí antibiotik.[6] Stretpomyces sp. myrophorea byla zaznamenána jako rezistentní na 28 antibiotik a citlivá na osm antibiotik v jedné sérii testů. Antibiotika byla testována v mezních koncentracích doporučených Evropským výborem pro testování antimikrobiální citlivosti - EUCAST, pro testování antimikrobiální citlivosti.[1][7]
Citlivost na antibiotika z Streptomyces sp. myrophorea:[1]Citlivost zaznamenaná jako: citlivost (S), rezistence (R) nebo meziprodukt (I).
| Antibiotikum | Množství (µg) | Citlivost |
|---|---|---|
| Amikacin | 30 | S |
| Ampicilin | 30 | R |
| Ampicilin + sulbaktam | 20 | R |
| Augmentin | 30 | R |
| Apromycin | 20 | R |
| Karbenicilin | 20 | R |
| Cefepime | 30 | R |
| Ceftazidim | 10 | R |
| Ceftibuten | 30 | R |
| Cefoxitin | 30 | R |
| Ceftriaxon | 30 | R |
| Cefuroxim | 30 | R |
| Cefurin | 5 | R |
| Ciprofloxacin | 5 | R |
| Kyselina klavuranová | 10 | R |
| Ertapenem | 10 | R |
| Erytromycin | 15 | Já |
| Gentamicin | 10 | S |
| Imipenem | 10 | R |
| Kanamycin | 20 | R |
| Linezolid | 10 | Já |
| Meropenem | 10 | R |
| Mupiricin | 200 | R |
| Netilmicin | 10 | S |
| Nitrofurantoin | 100 | R |
| Novobiocin | 5 | R |
| Piperacilin + tazobaktam | 36 | R |
| Chinpristin + dalropristin | 5 | R |
| Rifampicin | 5 | R |
| Streptomycin | 20 | R |
| Tigecyklin | 15 | R |
| Tetracyklin | 20 | R |
| Trimethoprim + sulfamethoxazol | 25 | R |
| Vankomycin | 5 | R |
Sekvenování celého genomu
Sekvence genomu Streptomyces sp. myrophorea, izolát McG1 byl uložen v NCBI (TaxID 2099643), přístupové číslo Biosample SAMN08518548, přístupové číslo BioProject PRJNA433829, ID podání: SUB3653175 Předpona značky zaostření: C4625. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/433829.[1]Odkaz na archiv čtení sekvence NCBI (SRA) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?LinkName=biosample_sra&from_uid=8518548 Kopie této bakterie jsou uloženy v Národní sbírka typových kultur (NCTC), UK[8] a Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) GmbH, Německo.[9]
Reference
- ^ A b C d E F G h i j k l m n Terra, L .; et al. (2018). „Román Alkalifilní Streptomyces inhibuje patogeny ESKAPE“. Hranice v mikrobiologii. 9: 2458. doi:10.3389 / fmicb.2018.02458. PMC 6232825. PMID 30459722.
- ^ Andrew Halpin; Conor Newman (2006). Irsko: Oxfordský archeologický průvodce po lokalitách od nejstarších dob do roku 1600. Oxford University Press. p.8. ISBN 978-0-19-280671-0.
- ^ „Seznam globálních priorit bakterií rezistentních na antibiotika, který má vést při výzkumu, objevování a vývoji nových antibiotik“. Světová zdravotnická organizace.
- ^ Holdsworth, S. R .; Law, C. J. (2013). „Protein MdtM rezistence na více léčiv přidává do repertoáru antiporterů zapojených do homeostázy alkalického pH v Escherichia coli“. Mikrobiologie BMC. 13: 113. doi:10.1186/1471-2180-13-113. PMC 3668916. PMID 23701827.
- ^ Krulwich, T. A .; Sachs, G .; Padan, E. (2011). „Molekulární aspekty snímání bakteriálního pH a homeostázy“. Příroda Recenze Mikrobiologie. 9 (5): 330–343. doi:10.1038 / nrmicro2549. PMC 3247762. PMID 21464825.
- ^ Nodwell, J. R. (2007). „Nové vazby mezi rezistencí na antibiotika a produkcí antibiotik“. Journal of Bacteriology. 189 (10): 3683–3685. doi:10.1128 / JB.00356-07. PMC 1913332. PMID 17384190.
- ^ „Evropský výbor pro testování antimikrobiální citlivosti - EUCAST“. Citováno 2018-10-13.
- ^ „Národní sbírka typových kultur (NCTC)“. Public Health England. Citováno 2018-10-13.
- ^ "Leibnizův institut DSMZ-německá sbírka mikroorganismů a buněčných kultur". Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH. Citováno 2018-10-13.
externí odkazy
- Terra, Luciana; Dyson, Paul J .; Hitchings, Matthew D .; Thomas, Liam; Abdelhameed, Alyaa; Banat, Ibrahim M .; Gazze, Salvatore A .; Vujaklija, Dušica; Facey, Paul D .; Francis, Lewis W .; Quinn, Gerry A. (2018). „Román Alkalifilní Streptomyces inhibuje patogeny ESKAPE“. Hranice v mikrobiologii. 9: 2458. doi:10.3389 / fmicb.2018.02458. PMC 6232825. PMID 30459722.
- „Streptomyces McG # 1 from Boho in Northern Ireland“.
- Terra, Luciana; Dyson, Paul J .; Hitchings, Matthew D .; Thomas, Liam; Abdelhameed, Alyaa; Banat, Ibrahim M .; Gazze, Salvatore A .; Vujaklija, Dušica; Facey, Paul D .; Francis, Lewis W .; Quinn, Gerry A. (2018). „Román Alkalifilní Streptomyces inhibuje patogeny ESKAPE“. Hranice v mikrobiologii. 9: 2458. doi:10.3389 / fmicb.2018.02458. PMC 6232825. PMID 30459722.