RIOK1 - RIOK1
Serin / threonin-protein kináza RIO1 je enzym že u lidí je kódováno pomocí RIOK1 gen.[5]
RIOK1 je atypický protein, který existuje ve většině archaea a eukaryoty. Patří k rodina proteinových kináz specifických pro serin / threonin.[6][7]
Bylo intenzivně studováno, aby se porozumělo dozrávání, které podporují na malých ribozomálních podjednotkách (SSU). Navrhuje se, aby nadměrný výraz nebo mutace genu RIOK 1 může způsobit chybnou regulaci jeho sítě (u metazoanů - velká signální síť na úrovni proteinů a genů, kterými stimuluje nebo omezuje růst a dělení v reakci na dostupnost živin). To bylo pozorováno primárně rakovinné buňky a může přispívat k iniciaci a progresi rakoviny.[8]
Vlastnosti
RIOK 1 má molekulovou hmotnost 65 583 Da, bazální izoelektrický bod 5,84 (předpovídat pI pro různé fosforylace státy; pI pro nefosforylovaný stav = 5,84) a chromozomální umístění lidské ortodoxní 6p24.3. (6:7,389,496-7,418,037 )
PTM efekty
Účinky na modifikovanou bílkovinu - degradaci bílkovin vyvolanou K411-m1; stabilizace proteinů vyvolaná T410-str; ubikvitinace, vyvolaná K411-m1.
Účinky na biologický pokrok - růst buněk, inhibovaný, vyvolaný K411-m1. [9]
Mutageneze
Účinek experimentální mutace jedné nebo více aminokyselina s) o biologických vlastnostech proteinu. Když jsou aminokyselinové zbytky pozměněny, hlásíme změnu, název mutantu (pokud je znám) a účinky mutace na protein, buňka nebo kompletní organismus. Příklady: Q1LCS4, P04395, Q38914.
Pokud je mutace spojena s několika bodovými mutacemi, přidáme přesnou kombinaci mutací (polohy a modifikace aminokyselin). Příklady: P62166, O14776.[10]
Mutace (D324A) v RIOK1 ruší autofosforylační aktivitu, zvyšuje asociaci s pre-40S ribozomálními podjednotkami a inhibuje zpracování 18S-E pre-rRNA na zralou 18S rRNA. [11]
Zachování
Při pohledu na vícenásobné seřazení sekvencí (seřazené pomocí Clustal Omega) je možné porovnat modifikované zbytky v červených polích ze tří různých RIOK 1: člověk, myš a krysa.[9]
Funkce
Inmunne represor
Navzdory skutečnosti, že funkce RIOK1 zůstávají nejasné, bylo zjištěno, že nedostatek tohoto proteinu zajišťuje odolnost vůči určitému typu bakterií nazývaných Aeromonas, který ukazuje jeho funkci jako imunitní represor.[12]
Zpětnovazební smyčka je model, který RIOK1 umožňuje inhibici našeho imunitního systému proti bakteriím mezi p38 MAPK a SKN-1. Mikroorganismus přítomnost aktivní dráhy p38 MAPK zvyšující koncentraci SKN-1, která nakonec produkuje potřebné množství RIOK1 k zastavení této dráhy.
Maturace RNA
Kromě toho má RIOK1 také potenciální roli v metabolismu ribozomální podjednotky 40S, přesně víme, že se podílí na zrání ribozomální podjednotky 40S a je potřebná pro recyklaci PNO1 a NOB1, které jsou obě proteiny vázající RNA z 40S prekurzory.[11]
Vazba na bílkoviny
Kromě toho funkce vazby na protein RIOK1 vyniká mezi ostatními proteiny podílejícími se na stejné aktivitě. Například ve vazbě PRMT5 ve kterém jsou zapojeny RIOK1 a PICln, naznačují, že RIOK1 je obecnější adaptér než PICln. RIOK1 také interaguje s NCL prostřednictvím svého C-konce, který cílí NCL pro PRMT5 methylace.[13].
seznamy hlavních funkcí a procesů RIOK1:[14]
Funkce
- ATP vazba
- Hydroláza aktivita
- Vazba kovových iontů
- Vazba na bílkoviny
- Aktivita proteinové serin / kerotoninkinázy
Procesy, kterých se to týká
- Zrání SSUU-rRNA
- Pozitivní regulace zpracování rRNA
- Protein Fosforylace
- Biogeneze ribozomální malé podjednotky
Umístění a struktura
RIOK1 je jedinou součástí PRMT5 komplex nacházející se výlučně v cytoplazma [13].
Tkáňový výraz
Nejvyšší exprese proteinové kinázy RIO1 je ve varlatech, navíc RNA, která kóduje tento protein, má nízkou especifitu tkáně, protože je detekována v každém druhu tkáně, ale většinou v hypofýze, varlatách, kosterním svalu, brzlíku a NK buňkách (Exprese tkáně RIOK1 )
Sekvence a primární struktura
Gen RIOK1 má 5 různých transkriptů [5] ale pouze varianta přepisu 1 (mRNA ) (RIOK1-202) obsahuje ORF (NCBI GenBank ), jehož počátek sekvence je tvořen 17 kódujícími exony (znázorněnými červeně): [5]
Varianta 1 transkriptu RIOK1 kóduje proteinovou kinázu RIO1 (izoforma 1) který obsahuje 568 aminokyselin (NCBI GenPept ) [15]. Jako výsledek posttranslační úpravy protein kináza RIO1 má 2 fosfoseriny v pozicích 21 a 22[16]
Sekundární struktura
Jeho sekundární struktura se skládá z 9 alfa šroubovice (červená) a 7 beta vlákna (modrá) (Proteinová datová banka v Evropě ) [17]
Nativní stát
RIOK1 patří do rodina proteinových kináz specifických pro serin / threonin a proto má doména proteinkinázy na pozicích 180-479
Jedná se o holoenzym, který používá Mg (+2) kofaktor [11]
Weby
Tento enzym má 3 vazebná místa v polohách 208 (pro ATP), 278 (pro ATP přes karbonylový kyslík) a 280 (pro ATP přes amid dusíku); 2 kovová vazebná místa [Mg (+2)] v pozicích 329 a 349 a 2 aktivní místa v pozicích 324 (což je akceptor protonů) a 341 (meziprodukt 4-aspartylfosfátu) [11][17]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000124784 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000021428 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C „GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000124784“. Květen 2017.
- ^ „ES 2.7.11.1“. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes.
- ^ "Serin / threonin-protein kináza RIO1". Cílová vysvědčení. Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SD, Velká Británie: EMBL-EBI, Wellcome Genome Campus. Citováno 2019-10-24.CS1 maint: umístění (odkaz)
- ^ Berto G, Ferreira-Cerca S, De Wulf P (duben 2019). „Rio1 protein kinázy / ATPázy: konzervativní regulátory růstu, dělení a genomové stability“. Současná genetika. 65 (2): 457–466. doi:10.1007 / s00294-018-0912-r. PMID 30515528. S2CID 54445776.
- ^ A b „RIOK1 (člověk)“. www.phosphosite.org. Citováno 2019-10-24.
- ^ "Mutageneze". www.uniprot.org. Citováno 2019-10-24.
- ^ A b C d Barbara, Widmann (2012). „Kinázová aktivita lidského Rio1 je vyžadována pro závěrečné kroky cytoplazmatického zrání 40S podjednotek“. Molekulární biologie buňky. MboC. 23 (1): 22–35. doi:10,1091 / mbc.E11-07-0639. PMC 3248900. PMID 22072790.
- ^ CS, Chen (2018). „RIOK-1 je supresorem vrozené imunitní cesty p38 MAPK u Caenorhabditis elegans“. Hranice v imunologii. 9: 774. doi:10.3389 / fimmu.2018.00774. PMC 5913292. PMID 29719537.
- ^ A b Guderian G, Peter C, Wiesner J, Sickmann A, Schulze-Osthoff K, Fischer U, Grimmler M (leden 2011). „RioK1, nový interagující protein arginin methyltransferáza 5 (PRMT5), soutěží s pICln o vazbu a moduluje složení komplexu PRMT5 a specificitu substrátu“. The Journal of Biological Chemistry. 286 (3): 1976–86. doi:10.1074 / jbc.M110.148486. PMC 3023494. PMID 21081503.
- ^ „RIOK1 RIO kináza 1 [Homo Sapiens (člověk)]“. RIOK1-NCB1. NCBI. Citováno 26. října 2019.
- ^ „UniProtKB - Q9BRS2 (RIOK1_HUMAN)“.
- ^ Mayya V, Lundgren DH, Hwang SI, Rezaul K, Wu L, Eng JK, Rodionov V, Han DK (srpen 2009). „Kvantitativní fosfoproteomická analýza signalizace receptoru T buněk odhaluje systémovou modulaci interakcí protein-protein“. Vědecká signalizace. 2 (18): ra46. doi:10.1126 / scisignal.2000007. PMID 19690332. S2CID 206670149.
- ^ A b Ferreira-Cerca S, Kiburu I, Thomson E, LaRonde N, Hurt E (červenec 2014). „Dominantní katalytický mutant Rio1 kináza / ATPáza indukuje zachycení faktorů biogeneze pozdní pre-40S v ribosomech podobných 80S“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (13): 8635–47. doi:10.1093 / nar / gku542. PMC 4117770. PMID 24948609.