Mononegavirales - Mononegavirales

Mononegavirales
Fmicb-10-01490-g001.jpg
Virion viru vezikulární stomatitidy (VSV) a Mononegavirales genomy
Klasifikace virů E
(bez hodnocení):Virus
Oblast:Riboviria
Království:Orthornavirae
Kmen:Negarnaviricota
Třída:Monjiviricetes
Objednat:Mononegavirales
Rodiny

viz text

Mononegavirales je řád RNA-viry s negativním řetězcem které mají nesegmentované genomy. Někteří běžní členové řádu jsou Virus ebola, lidský respirační syncyciální virus, virus spalniček, virus příušnic, Virus Nipah, a virus vztekliny. Všechny tyto viry způsobují u lidí významné onemocnění. Mnoho dalších důležitých patogenů nelidských zvířata a rostliny jsou také ve skupině. Objednávka zahrnuje jedenáct virus rodiny: Artoviridae, Bornaviridae, Filoviridae, Lispiviridae, Mymonaviridae, Nyamiviridae, Paramyxoviridae, Pneumoviridae, Rhabdoviridae, Sunviridae, a Xinmoviridae.[1]

Použití termínu

Objednávka Mononegavirales (výrazný: /ˌmɒnəˌnɛɡəprotiiˈrɑːlɪz/ PO-ə-NEG-ə-vee-RAH-liz ) [poznámka 1][2][3] je virologický taxon, který byl vytvořen v roce 1991[4][5] a pozměněno v roce 1995,[6] 1997,[7] 2000,[8] 2005,[9] 2011,[2] 2016,[10] 2017,[11] a 2018.[1] Název Mononegavirales je odvozen z Starořečtina přídavné jméno μóνος monos (narážka na monopartit a jednovláknové genomy většiny mononegavirů), latinský sloveso negare (narážka na negativní polarita těchto genomů) a taxonomické přípona -virales (označující virovou objednávku).[3]

Kritéria pro zařazení objednávky

Organizace genomu a syntéza RNA řádu Mononegavirales

Členem řádu je virus Mononegavirales -li[2][3]

  • jeho genom je lineární, obvykle (ale ne vždy) nesegmentovaný, jednořetězcový, neinfekční RNA negativní polarita; má inverzně komplementární 3 'a 5' konce; a není kovalentně spojené s a protein;
  • jeho genom má charakteristiku gen objednat 3'-UTR –Základní proteinové geny - obalové proteinové geny - RNA-dependentní RNA polymerázový gen–5'-UTR (3'-N-P-M-G-L-5 ') (existují však určité výjimky);
  • produkuje 5–10 odlišných mRNA ze svého genomu polární sekvenční transkripcí z jednoho promotér umístěný na 3 'konci genomu; mRNA jsou 5 'čepice a polyadenylovaný;
  • to replikuje syntézou úplných antigenomů;
  • tvoří se infekční spirálovitý ribonukleokapsidy jako templáty pro syntézu mRNA, antigenomů a genomů;
  • kóduje RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp, L) to je velmi homologní k těm z jiných mononegavirů; a / nebo
  • obvykle (ale ne vždy) produkuje obaleno viriony s a molekulová hmotnost 300–1 000×106; an S20 W. 550–> 1 045; a a hustota vztlaku v CsCl 1,18–1,22 g / cm3.

Životní cyklus

Životní cyklus vesikuloviry

Mononegavirus životní cyklus začíná připojením virionu ke specifickému povrchu buňky receptory, následován fúze virionového obalu s buněčnými membránami a současného uvolnění viru nukleokapsid do cytosol. Virus RdRp částečně oddělí nukleokapsid a přepisuje the geny do pozitivního vlákna mRNA, které jsou pak přeloženo na strukturní a nestrukturální proteiny.[9]

Mononegavirové RdRps se vážou na jeden promotér nachází se na 3 'konci genomu. Transkripce buď končí za genem, nebo pokračuje do dalšího genu po směru. To znamená, že geny blízko 3 'konce genomu jsou transkribovány v největším množství, zatímco ty směrem k 5' konci jsou nejméně pravděpodobně transkribovány. Pořadí genů je proto jednoduchá, ale účinná forma transkripční regulace. Nejhojněji vyráběným proteinem je nukleoprotein, jehož koncentrace v buňce určuje, kdy RdRp přepne z genové transkripce na genomovou replikaci.[9]

Výsledkem replikace jsou antigeny s pozitivním řetězcem v plné délce, které jsou zase transkribovány do kopií genomu potomstva s negativním řetězcem viru. Nově syntetizované strukturní proteiny a genomy se samy shromažďují a hromadí uvnitř nitra buněčná membrána. Viriony pupen pryč z buňky a získávat své obálky z buněčné membrány, ze které budují. Zralé částice potomstva pak infikují další buňky, aby cyklus opakovaly.[9]

Paleovirologie

Mononegaviry mají historii, která sahá několik desítek milionů let. Mononegavirus "fosilie "byly objeveny ve formě mononegavirových genů nebo genových fragmentů integrovaných do savčí genomy. Například v fosomech byly detekovány „fosilie“ genu Bornavirus netopýři, Ryba, hyraxes, vačnatci, primáti, hlodavci, přežvýkavci, a sloni.[12][13][14][15][16] „Fosílie“ genu pro filovirus byly detekovány v genomech netopýrů, hlodavců, rejsci, tenrecs, a vačnatci.[13][14][17][18] "Fosilní" virus Midway byl nalezen v genomu viru zebrafish.[13] Nakonec byly v genomech rhabdovirových „fosilií“ nalezeny korýši, komáři, klíšťata, a rostliny.[19][14][20][21]

Taxonomie

Mononegavirales fylogenetický strom

Řád má jedenáct rodin, které zahrnují četné rody, které se skládají z mnoha různých druhů:


Tabulka pořadí zobrazující všechny rodiny, rody, druhy a jejich viry:[1]

Legenda tabulky: „*“ označuje druhové druhy.

Poznámky

  1. ^ Podle pravidel pro pojmenování taxonů stanovených v Mezinárodní výbor pro taxonomii virů (ICTV), název Mononegavirales je vždy psáno velkými písmeny, kurzívou a nikdy nezkráceno. Jména fyzických členů řádu („mononegaviruses“ nebo „mononegavirads“) se mají psát malými písmeny, nejsou kurzívou a používají se bez článků.

Reference

  1. ^ A b C Amarasinghe GK, Aréchiga Ceballos NG, Banyard AC, Basler CF, Bavari S, Bennett AJ a kol. (Duben 2018). "Taxonomie řádu Mononegavirales: aktualizace 2018". Archivy virologie. 163 (8): 2283–2294. doi:10.1007 / s00705-018-3814-x. PMC  6076851. PMID  29637429.
  2. ^ A b C Easton A, Pringle CR (2011). "Objednat Mononegavirales". V King AM, Adams MJ, Carstens EB, Lefkowitz EJ (eds.). Virová taxonomie - devátá zpráva Mezinárodního výboru pro taxonomii virů. Londýn, Velká Británie: Elsevier / Academic Press. str.653 –657. ISBN  978-0-12-384684-6.
  3. ^ A b C Kuhn JH, Becker S, Ebihara H, Geisbert TW, Johnson KM, Kawaoka Y a kol. (Prosinec 2010). „Návrh revidované taxonomie čeledi Filoviridae: klasifikace, názvy taxonů a virů a zkratky virů“. Archivy virologie. 155 (12): 2083–103. doi:10.1007 / s00705-010-0814-x. PMC  3074192. PMID  21046175.
  4. ^ Pringle, C. R. (1991). "Objednávka Mononegavirales". Archivy virologie. 117 (1–2): 137–40. doi:10.1007 / BF01310499. PMID  2006902. S2CID  312908.
  5. ^ Pringle CR (1991). "Objednat Mononegavirales". In Francki RI, Fauquet CM, Knudson DK, Brown F (eds.). Klasifikace a nomenklatura virů - pátá zpráva Mezinárodního výboru pro taxonomii virů. Archives of Virology Supplement, sv. 2. Vídeň, Rakousko: Springer. 239–41. ISBN  978-0-387-82286-0.
  6. ^ Bishop DH, Pringle CR (1995). "Objednat Mononegavirales". In Murphy FA, ​​Fauquet CM, Bishop DH, Ghabrial SA, Jarvis AW, Martelli GP, Mayo MA, Summers DM (eds.). Virová taxonomie - Šestá zpráva Mezinárodního výboru pro taxonomii virů. Dodatek k archivu virologie. 10. Vídeň, Rakousko: Springer. 265–267. ISBN  978-3-211-82594-5.
  7. ^ Pringle CR (1997). "Objednávka Mononegavirales - aktuální stav". Archivy virologie. 142 (11): 2321–6. PMID  9672597.
  8. ^ Pringle CR (2000). "Objednat Mononegavirales". In van Regenmortel MK, Fauquet CM, Bishop DH, Carstens EB, Estes MK, Lemon SM, Maniloff J, Mayo MA, McGeoch DJ, Pringle CR, Wickner RB (eds.). Virová taxonomie - sedmá zpráva Mezinárodního výboru pro taxonomii virů. San Diego, USA: Academic Press. str. 525–530. ISBN  978-0-12-370200-5.
  9. ^ A b C d Pringle CR (2005). "Objednat Mononegavirales". In Fauquet CM, Mayo M, Maniloff J, Desselberger U, Ball LA (eds.). Virová taxonomie - osmá zpráva Mezinárodního výboru pro taxonomii virů. San Diego, USA: Elsevier / Academic Press. 609–614. ISBN  978-0-12-370200-5.
  10. ^ Afonso CL, Amarasinghe GK, Bányai K, Bào Y, Basler CF, Bavari S a kol. (Srpen 2016). "Taxonomie řádu Mononegavirales: aktualizace 2016". Archivy virologie. 161 (8): 2351–60. doi:10.1007 / s00705-016-2880-1. PMC  4947412. PMID  27216929.
  11. ^ Amarasinghe GK, Bào Y, Basler CF, Bavari S, Beer M, Bejerman N a kol. (Srpen 2017). "Taxonomie řádu Mononegavirales: aktualizace 2017". Archivy virologie. 162 (8): 2493–2504. doi:10.1007 / s00705-017-3311-7. PMC  5831667. PMID  28389807.
  12. ^ Horie M, Honda T, Suzuki Y, Kobayashi Y, Daito T, Oshida T, Ikuta K, Jern P, Gojobori T, Coffin JM, Tomonaga K (leden 2010). „Endogenní neretrovirové prvky viru RNA v genomech savců“. Příroda. 463 (7277): 84–7. Bibcode:2010Natur.463 ... 84H. doi:10.1038 / nature08695. PMC  2818285. PMID  20054395.
  13. ^ A b C Belyi VA, Levine AJ, Skalka AM (červenec 2010). Buchmeier MJ (ed.). „Neočekávaná dědičnost: mnohonásobná integrace sekvencí starověkého narozeného viru a ebolaviru / marburgviru do genomu obratlovců“. PLOS patogeny. 6 (7): e1001030. doi:10.1371 / journal.ppat.1001030. PMC  2912400. PMID  20686665.
  14. ^ A b C Katzourakis A, Gifford RJ (listopad 2010). Malik HS (ed.). „Endogenní virové prvky ve zvířecích genomech“. Genetika PLOS. 6 (11): e1001191. doi:10.1371 / journal.pgen.1001191. PMC  2987831. PMID  21124940.
  15. ^ Cui J, Wang LF (listopad 2015). „Genomická těžba odhaluje hluboké evoluční vztahy mezi Bornaviry a netopýry“. Viry. 7 (11): 5792–800. doi:10,3390 / v7112906. PMC  4664979. PMID  26569285.
  16. ^ Horie M, Tomonaga K (duben 2018). „Paleovirologie narozených virů: Co se lze naučit z molekulárních fosilií narozených virů“. Virový výzkum. 262: 2–9. doi:10.1016 / j.virusres.2018.04.006. PMID  29630909.
  17. ^ Taylor DJ, Leach RW, Bruenn J (červen 2010). „Filoviry jsou staré a integrované do savčích genomů“. BMC Evoluční biologie. 10: 193. doi:10.1186/1471-2148-10-193. PMC  2906475. PMID  20569424.
  18. ^ Taylor DJ, Dittmar K, Ballinger MJ, Bruenn JA (listopad 2011). „Evoluční udržování genů podobných filovirům v genomech netopýrů“. BMC Evoluční biologie. 11: 336. doi:10.1186/1471-2148-11-336. PMC  3229293. PMID  22093762.
  19. ^ Metegnier G, Becking T, Chebbi MA, Giraud I, Moumen B, Schaack S, Cordaux R, Gilbert C (2015). „Srovnávací paleovirologická analýza korýšů identifikuje několik rozšířených virových skupin“. Mobilní DNA. 6: 16. doi:10.1186 / s13100-015-0047-3. PMC  4573495. PMID  26388953.
  20. ^ Chiba S, Kondo H, Tani A, Saisho D, Sakamoto W, Kanematsu S, Suzuki N (červenec 2011). Nagy PD (ed.). „Rozšířená endogenizace genomových sekvencí neretrovirových RNA virů do rostlinných genomů“. PLOS patogeny. 7 (7): e1002146. doi:10.1371 / journal.ppat.1002146. PMC  3136472. PMID  21779172.
  21. ^ Fort P, Albertini A, Van-Hua A, Berthomieu A, Roche S, Delsuc F, Pasteur N, Capy P, Gaudin Y, Weill M (leden 2012). „Fosilní rhabdovirové sekvence integrované do genomů členovců: ontogeneze, evoluce a potenciální funkce“. Molekulární biologie a evoluce. 29 (1): 381–90. doi:10.1093 / molbev / msr226. PMID  21917725.

externí odkazy