Faktor hostitelské buňky C1 - Host cell factor C1

HCFC1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	4GO6, 4N39, 4N3A, 4N3B, 4N3C
Identifikátory
Aliasy	HCFC1, CFF, HCF-1, HCF1, HFC1, MRX3, PPP1R89, VCAF, HCF, faktor hostitelské buňky C1
Externí ID	OMIM: 300019 MGI: 105942 HomoloGene: 3898 Genové karty: HCFC1
Umístění genu (člověk)
Chr.	X chromozom (lidský)
Konec	153,971,818 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	X chromozom (myš)
Konec	73,966,357 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • vazba chromatinu; • aktivita histon acetyltransferázy (specifická pro H4-K8); • aktivita histon acetyltransferázy (specifická pro H4-K5); • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Aktivita aktivátoru transkripce vázající DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • identická vazba na protein; • aktivita histon acetyltransferázy (specifická pro H4-K16); • kadherinová vazba; • aktivace vazby transkripčního faktoru; • vazba na bílkoviny, přemostění; • sekvenčně specifické dvouřetězcové vázání DNA;
Buněčná složka	• cytoplazma; • Komplex aktivátoru transkripce Ada2 / Gcn5 / Ada3; • membrána; • Komplex typu SAGA; • Komplex Set1C / COMPASS; • axon; • tělo neuronových buněk; • MLL1 komplex; • dendrit; • komplex histon-acetyltransferáza; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • makromolekulární komplex;
Biologický proces	• regulace transkripce, DNA-šablony; • uvolnění z virové latence; • buněčná odpověď na organickou cyklickou sloučeninu; • stabilizace bílkovin; • organizace mitochondrií; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • acetylace histonu H4-K5; • pozitivní regulace genové exprese; • pozitivní regulace buněčného cyklu; • buněčný cyklus; • acetylace histonu H4-K16; • GO: virový proces 0022415; • acetylace histonu H4-K8; • regulace sestavování proteinového komplexu; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • kovalentní modifikace chromatinu; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • deubikvitinace bílkovin; • líhnutí blastocysty; • organizace chromatinu; • pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	3054
	15161
	ENSG00000172534
	ENSMUSG00000031386
	P51610
	Q61191
	NM_005334
	NM_008224
	NP_005325
	NP_032250
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Faktor hostitelské buňky 1 (HCFC1, HCF1nebo HCF-1), také známý jako Doplňkový protein VP16,^[5] je protein že u lidí je kódován HCFC1 gen.^[6]^[7]

Struktura

HCF1 je členem vysoce konzervované rodiny faktorů hostitelských buněk a kóduje protein pěti Kelch se opakuje, a motiv podobný fibronektinu a šest HCF se opakuje, z nichž každý obsahuje vysoce specifický štěpný signál. Tato jaderná transkripční koregulátor je proteolyticky štěpen na jednom nebo více ze šesti možných míst, což vedlo k vytvoření N-terminál řetěz a odpovídající C-terminál řetěz. Konečná forma tohoto proteinu se skládá z nekovalentně vázaných N- a C-koncových řetězců, které interagují prostřednictvím elektrostatických sil.

Funkce

HCF1 se podílí na řízení buněčný cyklus stejně jako mít regulační role v mnoha procesech souvisejících s transkripce. Práce na modelových organismech navíc ukazuje na HCF1 jako na domnělou domněnku dlouhověkost určující.^[8] Alternativně spojené byly popsány varianty, které kódují různé proteinové izoformy; ne všechny varianty však byly plně charakterizovány.^[7]

Mutace v tomto genu byly spojeny s poruchami kobalamin metabolismus.^[9]

Interakce

Bylo prokázáno, že faktor C1 hostitelské buňky je komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000172534 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031386 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Položka GeneCards pro HCFC1, http://genecards.org Archivováno 14.10.2013 na Wayback Machine
^ Wilson AC, LaMarco K, Peterson MG, Herr W (červenec 1993). „Doplňkový protein VP16 HCF je rodina polypeptidů zpracovaných z velkého prekurzorového proteinu.“ Buňka. 74 (1): 115–25. doi:10.1016/0092-8674(93)90299-6. PMID 8392914.
^ ^A ^b "Entrez Gene: HCFC1 hostitelská buněčná faktor C1 (VP16-doplňkový protein)" ".
^ Li J, Ebata A, Dong Y, Rizki G, Iwata T, Lee SS (září 2008). „Caenorhabditis elegans HCF-1 funguje při údržbě dlouhověkosti jako regulátor DAF-16“. PLoS Biology. 6 (9): e233. doi:10.1371 / journal.pbio.0060233. PMC 2553839. PMID 18828672.
^ Yu HC, Sloan JL, Scharer G, Brebner A, Quintana AM, Achilly NP, Manoli I, Coughlin CR, Geiger EA, Schneck U, Watkins D, Suormala T, Van Hove JL, Fowler B, Baumgartner MR, Rosenblatt DS, Venditti CP, Shaikh TH (září 2013). „Porucha kobalaminu vázaná na X způsobená mutacemi v transkripčním koregulátoru HCFC1“. American Journal of Human Genetics. 93 (3): 506–14. doi:10.1016 / j.ajhg.2013.07.022. PMC 3769968. PMID 24011988.
^ Machida YJ, Machida Y, Vashisht AA, Wohlschlegel JA, Dutta A (prosinec 2009). „Deubikvitinační enzym BAP1 reguluje růst buněk interakcí s HCF-1“. The Journal of Biological Chemistry. 284 (49): 34179–88. doi:10.1074 / jbc.M109.046755. PMC 2797188. PMID 19815555.
^ Lu R, Yang P, Padmakumar S, Misra V (srpen 1998). „Herpesvirový transaktivátor VP16 napodobuje lidský leucinový zipový protein lidské domény, lumán, v interakci s HCF“. Journal of Virology. 72 (8): 6291–7. PMC 109766. PMID 9658067.
^ Freiman RN, Herr W (prosinec 1997). „Virová mimika: běžný způsob asociace s HCF pomocí VP16 a buněčného proteinu LZIP“. Geny a vývoj. 11 (23): 3122–7. doi:10.1101 / gad.11.23.3122. PMC 316754. PMID 9389645.
^ Vogel JL, Kristie TM (únor 2000). „Nový koaktivátor C1 (HCF) koordinuje tvorbu zesilovače multiproteinů a zprostředkovává aktivaci transkripce pomocí GABP“. Časopis EMBO. 19 (4): 683–90. doi:10.1093 / emboj / 19.4.683. PMC 305606. PMID 10675337.
^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F ^G Wysocka J, MP Myers, Laherty CD, Eisenman RN, Herr W (duben 2003). „Lidská sin3 deacetyláza a trithorax související s Set1 / Ash2 histonem H3-K4 methyltransferáza jsou spolu vázány selektivně faktorem buněčné proliferace HCF-1“. Geny a vývoj. 17 (7): 896–911. doi:10,1101 / gad.252103. PMC 196026. PMID 12670868.
^ ^A ^b ^C Yokoyama A, Wang Z, Wysocka J, Sanyal M, Aufiero DJ, Kitabayashi I, Herr W, Cleary ML (červenec 2004). „Leukemický protoonkoprotein MLL tvoří komplex histonmethyltransferázy podobný SET1 s meninem k regulaci exprese genu Hox“. Molekulární a buněčná biologie. 24 (13): 5639–49. doi:10.1128 / MCB.24.13.5639-5649.2004. PMC 480881. PMID 15199122.
^ Scarr RB, Sharp PA (srpen 2002). „PDCD2 je negativní regulátor HCF-1 (C1)“. Onkogen. 21 (34): 5245–54. doi:10.1038 / sj.onc.1205647. PMID 12149646.
^ La Boissière S, Hughes T, O'Hare P (leden 1999). „Jaderný import VP16 závislý na HCF“. Časopis EMBO. 18 (2): 480–9. doi:10.1093 / emboj / 18.2.480. PMC 1171141. PMID 9889203.
^ Kristie TM, Sharp PA (březen 1993). „Čištění buněčného faktoru C1 vyžadovaného pro stabilní rozpoznání homeodomény Oct-1 alfa-transindukčním faktorem viru herpes simplex (VP16)“. The Journal of Biological Chemistry. 268 (9): 6525–34. PMID 8454622.
^ Ajuh PM, Browne GJ, Hawkes NA, Cohen PT, Roberts SG, Lamond AI (únor 2000). „Sdružení aktivity proteinové fosfatázy 1 s komplexem lidského faktoru C1 (HCF)“. Výzkum nukleových kyselin. 28 (3): 678–86. doi:10.1093 / nar / 28.3.678. PMC 102561. PMID 10637318.
^ Gunther M, Laithier M, Brison O (červenec 2000). "Sada proteinů interagujících s transkripčním faktorem Sp1 identifikovaných při dvouhybridním screeningu". Molekulární a buněčná biochemie. 210 (1–2): 131–42. doi:10.1023 / A: 1007177623283. PMID 10976766.
^ Piluso D, Bilan P, Capone JP (listopad 2002). „Faktor 1 hostitelské buňky interaguje s a antagonizuje transaktivaci regulačním faktorem buněčného cyklu Miz-1“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (48): 46799–808. doi:10,1074 / jbc.M206226200. PMID 12244100.

Další čtení

Oehler T, Angel P (prosinec 1992). „Pro transkripční aktivaci Jun proteiny je vyžadován běžný zprostředkující faktor (p52 / 54), který rozpoznává domény typu„ acidic blob “.“. Molekulární a buněčná biologie. 12 (12): 5508–15. doi:10,1128 / mcb.12.12.5508. PMC 360488. PMID 1448082.
Wilson AC, Peterson MG, Herr W (říjen 1995). „Opakování HCF je neobvyklý signál proteolytického štěpení“. Geny a vývoj. 9 (20): 2445–58. doi:10,1101 / gad. 9.20.2445. PMID 7590226.
Klemm RD, Goodrich JA, Zhou S, Tjian R (červen 1995). „Molekulární klonování a exprese 32-kDa podjednotky lidského TFIID odhaluje interakce s VP16 a TFIIB, které zprostředkovávají transkripční aktivaci“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 92 (13): 5788–92. doi:10.1073 / pnas.92.13.5788. PMC 41586. PMID 7597030.
Frattini A, Faranda S, Redolfi E, Zucchi I, Villa A, Patrosso MC, Strina D, Susani L, Vezzoni P (září 1994). "Genomická organizace lidského doplňkového proteinu VP16, housekeeping gen (HCFC1) mapovaný na Xq28". Genomika. 23 (1): 30–5. doi:10.1006 / geno.1994.1455. PMID 7829097.
Kristie TM, Pomerantz JL, Twomey TC, Parent SA, Sharp PA (březen 1995). „Buněčný faktor C1 komplexu na zesílení viru herpes simplex je rodina polypeptidů“. The Journal of Biological Chemistry. 270 (9): 4387–94. doi:10.1074 / jbc.270.9.4387. PMID 7876203.
Kristie TM, Sharp PA (březen 1993). „Čištění buněčného faktoru C1 vyžadovaného pro stabilní rozpoznání homeodomény Oct-1 alfa-transindukčním faktorem viru herpes simplex (VP16)“. The Journal of Biological Chemistry. 268 (9): 6525–34. PMID 8454622.
Zoppè M, Frattini A, Faranda S, Vezzoni P (květen 1996). „Kompletní sekvence genu faktoru 1 hostitelské buňky (HCFC1) a jeho promotoru: role transkripčního faktoru YY1 v regulaci jeho exprese“. Genomika. 34 (1): 85–91. doi:10.1006 / geno.1996.0244. PMID 8661027.
Wilson AC, Freiman RN, Goto H, Nishimoto T, Herr W (říjen 1997). „VP16 cílí na aminoterminální doménu HCF zapojenou do progrese buněčného cyklu“. Molekulární a buněčná biologie. 17 (10): 6139–46. doi:10,1128 / mcb.17.10.6139. PMC 232464. PMID 9315674.
Freiman RN, Herr W (prosinec 1997). „Virová mimika: běžný způsob asociace s HCF pomocí VP16 a buněčného proteinu LZIP“. Geny a vývoj. 11 (23): 3122–7. doi:10.1101 / gad.11.23.3122. PMC 316754. PMID 9389645.
Lu R, Yang P, Padmakumar S, Misra V (srpen 1998). „Herpesvirový transaktivátor VP16 napodobuje lidský leucinový zipový protein lidské domény, lumán, v interakci s HCF“. Journal of Virology. 72 (8): 6291–7. PMC 109766. PMID 9658067.
Ge H, Si Y, Roeder RG (listopad 1998). „Izolace cDNA kódujících nové transkripční koaktivátory p52 a p75 odhaluje alternativní regulační mechanismus aktivace transkripce“. Časopis EMBO. 17 (22): 6723–9. doi:10.1093 / emboj / 17.22.6723. PMC 1171017. PMID 9822615.
La Boissière S, Hughes T, O'Hare P (leden 1999). „Jaderný import VP16 závislý na HCF“. Časopis EMBO. 18 (2): 480–9. doi:10.1093 / emboj / 18.2.480. PMC 1171141. PMID 9889203.
Lu R, Misra V (leden 2000). „Potenciální role lumana, buněčného homologu viru herpes simplex VP16 (transindukující faktor genu alfa), v latenci herpesviru“. Journal of Virology. 74 (2): 934–43. doi:10.1128 / JVI.74.2.934-943.2000. PMC 111614. PMID 10623756.
Mahajan SS, Wilson AC (únor 2000). „Mutace v hostitelském buněčném faktoru 1 oddělují jeho roli v buněčné proliferaci od náboru VP16 a LZIP“. Molekulární a buněčná biologie. 20 (3): 919–28. doi:10.1128 / MCB.20.3.919-928.2000. PMC 85209. PMID 10629049.
Ajuh PM, Browne GJ, Hawkes NA, Cohen PT, Roberts SG, Lamond AI (únor 2000). „Sdružení aktivity proteinové fosfatázy 1 s komplexem lidského faktoru C1 (HCF)“. Výzkum nukleových kyselin. 28 (3): 678–86. doi:10.1093 / nar / 28.3.678. PMC 102561. PMID 10637318.
Vogel JL, Kristie TM (únor 2000). „Nový koaktivátor C1 (HCF) koordinuje tvorbu zesilovače multiproteinů a zprostředkovává aktivaci transkripce pomocí GABP“. Časopis EMBO. 19 (4): 683–90. doi:10.1093 / emboj / 19.4.683. PMC 305606. PMID 10675337.
Scarr RB, Smith MR, Beddall M, Sharp PA (květen 2000). „Nový 50kilodaltonový fragment faktoru 1 (C1) hostitelské buňky v buňkách G (0)“. Molekulární a buněčná biologie. 20 (10): 3568–75. doi:10.1128 / MCB.20.10.3568-3575.2000. PMC 85649. PMID 10779346.
Choi Y, Asada S, Uesugi M (květen 2000). „Odlišné motivy vázající hTAFII31 skryté v aktivačních doménách“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (21): 15912–6. doi:10.1074 / jbc.275.21.15912. PMID 10821850.
Lu R, Misra V (červen 2000). „Zhangfei: druhý buněčný protein interaguje s doplňkovým faktorem viru herpes simplex HCF podobným způsobem jako Luman a VP16“. Výzkum nukleových kyselin. 28 (12): 2446–54. doi:10.1093 / nar / 28.12.2446. PMC 102720. PMID 10871379.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000172534 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031386 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[5] Položka GeneCards pro HCFC1, http://genecards.org Archivováno 14.10.2013 na Wayback Machine

[pmid8392914-6] Wilson AC, LaMarco K, Peterson MG, Herr W (červenec 1993). „Doplňkový protein VP16 HCF je rodina polypeptidů zpracovaných z velkého prekurzorového proteinu.“ Buňka. 74 (1): 115–25. doi:10.1016/0092-8674(93)90299-6. PMID 8392914.

[entrez-7] A ^b "Entrez Gene: HCFC1 hostitelská buněčná faktor C1 (VP16-doplňkový protein)" ".

[HCF-1_in_C._elegans_aging-8] Li J, Ebata A, Dong Y, Rizki G, Iwata T, Lee SS (září 2008). „Caenorhabditis elegans HCF-1 funguje při údržbě dlouhověkosti jako regulátor DAF-16“. PLoS Biology. 6 (9): e233. doi:10.1371 / journal.pbio.0060233. PMC 2553839. PMID 18828672.

[9] Yu HC, Sloan JL, Scharer G, Brebner A, Quintana AM, Achilly NP, Manoli I, Coughlin CR, Geiger EA, Schneck U, Watkins D, Suormala T, Van Hove JL, Fowler B, Baumgartner MR, Rosenblatt DS, Venditti CP, Shaikh TH (září 2013). „Porucha kobalaminu vázaná na X způsobená mutacemi v transkripčním koregulátoru HCFC1“. American Journal of Human Genetics. 93 (3): 506–14. doi:10.1016 / j.ajhg.2013.07.022. PMC 3769968. PMID 24011988.

[pmid19815555-10] Machida YJ, Machida Y, Vashisht AA, Wohlschlegel JA, Dutta A (prosinec 2009). „Deubikvitinační enzym BAP1 reguluje růst buněk interakcí s HCF-1“. The Journal of Biological Chemistry. 284 (49): 34179–88. doi:10.1074 / jbc.M109.046755. PMC 2797188. PMID 19815555.

[pmid9658067-11] Lu R, Yang P, Padmakumar S, Misra V (srpen 1998). „Herpesvirový transaktivátor VP16 napodobuje lidský leucinový zipový protein lidské domény, lumán, v interakci s HCF“. Journal of Virology. 72 (8): 6291–7. PMC 109766. PMID 9658067.

[pmid9389645-12] Freiman RN, Herr W (prosinec 1997). „Virová mimika: běžný způsob asociace s HCF pomocí VP16 a buněčného proteinu LZIP“. Geny a vývoj. 11 (23): 3122–7. doi:10.1101 / gad.11.23.3122. PMC 316754. PMID 9389645.

[pmid10675337-13] Vogel JL, Kristie TM (únor 2000). „Nový koaktivátor C1 (HCF) koordinuje tvorbu zesilovače multiproteinů a zprostředkovává aktivaci transkripce pomocí GABP“. Časopis EMBO. 19 (4): 683–90. doi:10.1093 / emboj / 19.4.683. PMC 305606. PMID 10675337.

[pmid12670868-14] A ^b ^C ^d ^E ^F ^G Wysocka J, MP Myers, Laherty CD, Eisenman RN, Herr W (duben 2003). „Lidská sin3 deacetyláza a trithorax související s Set1 / Ash2 histonem H3-K4 methyltransferáza jsou spolu vázány selektivně faktorem buněčné proliferace HCF-1“. Geny a vývoj. 17 (7): 896–911. doi:10,1101 / gad.252103. PMC 196026. PMID 12670868.

[pmid15199122-15] A ^b ^C Yokoyama A, Wang Z, Wysocka J, Sanyal M, Aufiero DJ, Kitabayashi I, Herr W, Cleary ML (červenec 2004). „Leukemický protoonkoprotein MLL tvoří komplex histonmethyltransferázy podobný SET1 s meninem k regulaci exprese genu Hox“. Molekulární a buněčná biologie. 24 (13): 5639–49. doi:10.1128 / MCB.24.13.5639-5649.2004. PMC 480881. PMID 15199122.

[pmid12149646-16] Scarr RB, Sharp PA (srpen 2002). „PDCD2 je negativní regulátor HCF-1 (C1)“. Onkogen. 21 (34): 5245–54. doi:10.1038 / sj.onc.1205647. PMID 12149646.

[pmid9889203-17] La Boissière S, Hughes T, O'Hare P (leden 1999). „Jaderný import VP16 závislý na HCF“. Časopis EMBO. 18 (2): 480–9. doi:10.1093 / emboj / 18.2.480. PMC 1171141. PMID 9889203.

[pmid8454622-18] Kristie TM, Sharp PA (březen 1993). „Čištění buněčného faktoru C1 vyžadovaného pro stabilní rozpoznání homeodomény Oct-1 alfa-transindukčním faktorem viru herpes simplex (VP16)“. The Journal of Biological Chemistry. 268 (9): 6525–34. PMID 8454622.

[pmid10637318-19] Ajuh PM, Browne GJ, Hawkes NA, Cohen PT, Roberts SG, Lamond AI (únor 2000). „Sdružení aktivity proteinové fosfatázy 1 s komplexem lidského faktoru C1 (HCF)“. Výzkum nukleových kyselin. 28 (3): 678–86. doi:10.1093 / nar / 28.3.678. PMC 102561. PMID 10637318.

[pmid10976766-20] Gunther M, Laithier M, Brison O (červenec 2000). "Sada proteinů interagujících s transkripčním faktorem Sp1 identifikovaných při dvouhybridním screeningu". Molekulární a buněčná biochemie. 210 (1–2): 131–42. doi:10.1023 / A: 1007177623283. PMID 10976766.

[pmid12244100-21] Piluso D, Bilan P, Capone JP (listopad 2002). „Faktor 1 hostitelské buňky interaguje s a antagonizuje transaktivaci regulačním faktorem buněčného cyklu Miz-1“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (48): 46799–808. doi:10,1074 / jbc.M206226200. PMID 12244100.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]