Caudovirales - Caudovirales
Caudovirales | |
---|---|
![]() | |
Zleva doprava: Myoviridae, Podoviridae, a Siphoviridae | |
Klasifikace virů ![]() | |
(bez hodnocení): | Virus |
Oblast: | Duplodnaviria |
Království: | Heunggongvirae |
Kmen: | Uroviricota |
Třída: | Caudoviricetes |
Objednat: | Caudovirales |
Rodiny | |
Viz text |



Caudovirales je řád viry známý jako sledoval bakteriofágy (cauda je latina pro „ocas“).[1] Pod Baltimore klasifikace schéma, Caudovirales jsou viry skupiny I, protože mají dvouvláknové vlákno DNA (dsDNA) genomy, které mohou mít délku od 18 000 párů bází do 500 000 párů bází.[2] Virové částice mají odlišný tvar; každý virion má icosahedral hlava, která obsahuje virový genom a je spojena s pružným ocasem pomocí spojovacího proteinu.[2] Pořadí zahrnuje širokou škálu virů, z nichž mnohé obsahují geny podobné nukleotidové sekvence a funkce. Některé sledované bakteriofágové genomy se však mohou značně lišit v nukleotidové sekvenci, a to i mezi stejným rodem. Vzhledem ke své charakteristické struktuře a potenciálnímu držení homologní geny, předpokládá se, že tyto bakteriofágy mají společný původ.[2]
V současné době je v pořadí devět rodin, 44 podskupin, 671 rodů a 1 967 druhů. To dělá Caudovirales nejlidnatější pořadí mezi viry, což představuje přibližně 30% všech uznávaných druhů virů a téměř polovinu všech rodů virů.[3]
Infekce
Při setkání s hostitelskou bakterií se ocasní část virionu váže receptory na buněčném povrchu a dodává DNA do buňky pomocí mechanismu podobného injekci (injekcí) je nanomachin, který se vyvinul pro dodávání proteinů sekrece typu III ). Ocasní část viru prorazí otvor skrz bakteriální buněčná stěna a plazmatická membrána a genom prochází ocasem do buňky. Jakmile jsou geny uvnitř, jsou exprimovány z transkriptů vytvořených hostitelskou technikou pomocí hostitele ribozomy. Genom se obvykle replikuje použitím dobyvatelé, ve kterém se vytvářejí překrývající se segmenty DNA a poté se skládají dohromady a tvoří celý genom.[2]
Sestavení a zrání
Virový kapsid bílkoviny se spojí a vytvoří předchůdce postup, do kterého genom vstupuje. Jakmile k tomu dojde, prohead podstoupí zrání štěpením kapsidových podjednotek a vytvoří ikosahedrální fág hlava s 5násobnou symetrií. Po zrání hlavy je ocas spojen jedním ze dvou způsobů: Buď je ocas zkonstruován samostatně a je spojen s konektorem, nebo je ocas zkonstruován přímo na fágovou hlavu. Ocasy se skládají z proteinů na bázi šroubovice se 6násobnou symetrií. Po zrání virových částic je buňka lyžována pomocí lysiny, holiny nebo jejich kombinace.[2]
Taxonomie
Kvůli nedostatku homologie mezi aminokyselinovými a DNA sekvencemi těchto virů je vyloučeno použití těchto faktorů jako taxonomických markerů, jak je to běžné u jiných organismů, tři rodiny diskutované níže (Myoviridae, Podoviridae, a Siphoviridae ) jsou definovány na základě morfologie. Tento klasifikační systém vytvořil Bradley v roce 1969 a od té doby byl rozšířen.[2]
Všechny viry v tomto pořadí mají ikosahedrální nebo zploštělé hlavy, liší se však délkou a kontraktilitou svých ocasů. The Myoviridae mají dlouhé ocasy, které jsou kontraktilní; the Podoviridae mít krátké nekontraktivní ocasy; a Siphoviridae mají dlouhé nekontraktivní ocasy.[4] Siphoviridae tvoří většinu známých sledovaných virů.[2][5]
Bradley odkazoval na to, co je nyní známé jako Myoviridae jako typ A, Siphoviridae jako typ B a Podoviridae jako typ C. Rozdělil také své skupiny na základě morfologie hlavy: Ve skupině A mají A1 malé izometrické hlavy; A2 mají prolátové hlavy; a A3 mají podlouhlé hlavy. Ve skupinách B a C byla čísla přiřazena podobně: B1 a C1 mají malé izometrické hlavy; B2 a C2 mají prolátové hlavy; a B3 a C3 mají podlouhlé hlavy.
Kromě výše zmíněných tří rodin celkem devět rodin a jedna incertae sedis rod existuje v pořadí:[3]
- Ackermannviridae
- Autographiviridae
- Chaseviridae
- Demerecviridae
- Drexlerviridae
- Herelleviridae
- Myoviridae
- Podoviridae
- Siphoviridae
- Lilyvirus, nepřiřazený rod
Vývoj bakteriofágů
Bakteriofágy se vyskytují ve více než 195 bakteriálních nebo archaálních rodech. Vznikali opakovaně u různých hostitelů a existuje nejméně 11 samostatných linií původu. Od roku 1959 bylo v elektronovém mikroskopu vyšetřeno více než 6300 bakteriofágů. Z nich více než 96 procent má ocasy. Z ocasních fágů má asi 57 procent dlouhé, nekontraktivní ocasy (Siphoviridae). Ocasní fágy se zdají být monofyletické a jsou nejstarší známou virovou skupinou.[5][6]
Reference
- ^ Ackermann HW (1998). Ocasní bakteriofágy: řád caudovirales. Pokroky ve výzkumu virů. 51. str. 135–201. doi:10.1016 / S0065-3527 (08) 60785-X. ISBN 9780120398515. PMC 7173057. PMID 9891587.
- ^ A b C d E F G „Double-Stranded DNA Bacteriophages“. Bez hranic. 11. 11. 2017. Archivovány od originál dne 28. 06. 2013.
- ^ A b „Virus Taxonomy: 2019 Release“. talk.ictvonline.org. Mezinárodní výbor pro taxonomii virů. Citováno 3. května 2020.
- ^ Maniloff, J .; Ackermann, H.W. (1998). "Taxonomie bakteriálních virů: zřízení sledovaných rodů virů a ostatních Caudovirales". Archivy virologie. 143 (10): 2051–2063. doi:10,1007 / s007050050442. PMID 9856093. S2CID 34921877.
- ^ A b Ackermann, H.W. (2003). "Pozorování a vývoj bakteriofágů". Výzkum v mikrobiologii. 154 (4): 245–251. doi:10.1016 / S0923-2508 (03) 00067-6. PMID 12798228.
- ^ Ackermann, HW; Prangishvili, D (říjen 2012). "Prokaryotické viry studovány elektronovou mikroskopií". Archivy virologie. 157 (10): 1843–9. doi:10.1007 / s00705-012-1383-r. PMID 22752841. S2CID 16699662.
Další čtení
- Xu J, Hendrix RW, Duda RL (2004). "Zachovalý translační posun snímků v genech ocasu sestavy bakteriofága ocasu dsDNA". Mol. Buňka. 16 (1): 11–21. doi:10.1016 / j.molcel.2004.09.006. PMID 15469818.
- Casjens SR (2005). "Srovnávací genomika a vývoj sledovaných bakteriofágů". Curr. Opin. Microbiol. 8 (4): 451–8. doi:10.1016 / j.mib.2005.06.014. PMID 16019256.