CCDC186 - CCDC186
| CCDC186 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | CCDC186, C10orf118, doména coiled-coil obsahující 186, CCCP-1, golgin104 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | MGI: 2445022 HomoloGene: 9963 Genové karty: CCDC186 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 10: 114,12 - 114,17 Mb | Chr 19: 56,79 - 56,82 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
CCDC186 je protein že u lidí je kódován CCDC186 gen [6] Gen CCDC186 je také známý jako CTCL - spojený s nádorem antigen s přístupovým číslem NM_018017.[7]
Gen
Umístění
CCDC186 má chromozóm umístění 10q25,3 a je 53 750 základen o velikosti orientované na minus vlákno. PSORTII Protein k-NN Predikce naznačila, že C10orf118 je 65,2% času jaderný, 17.4% cytosolický, 8.7% mitochondriální, 4,3% vezikuly sekrečního systému a 4,3% endoplazmatický retikulum.[8]
Výraz
Analýza gen exprese u lidí a jiných druhů naznačuje, že C10orf118 je všudypřítomně exprimován ve všech typech tkání v různých vývojových stádiích. Profil EST od NCBI zobrazoval největší výraz v kostní dřeň, ledviny a prostata buněčné linie. Rozdělení podle zdravotního stavu naznačuje vysokou expresi C10orf118 u karcinomu močového měchýře a rakoviny prostaty.[11]
Protein
Obecné vlastnosti
Protein CCDC186 (NP_060487) je 898 aminokyseliny v délce. Předpovězeno molekulární váha je 103,7 kdal a izoelektrický bod se předpokládá 5,92.[12]
Složení
A serin bohatá oblast je pozorována v aminokyselinách 710-747. Kompoziční analýza odhalila, že C10orf118 je Prolin (1,1%) chudý a Kyselina glutamová (14,1%) a Lysin (12,0%) bohatý.[12]
Interakce
Bylo zjištěno, že protein CCDC186 interaguje s proteiny PLEKAH5, Ezra, GAMMAHV.ORF23 a SMAD3.[13][14]
Homologie
Nebylo zjištěno, že by ortologní sekvence CCDC186 byly v bakterie, archea, protist nebo rostliny. CCDC186 nemá žádného člověka paralogy. Datum odchylky pro ortologický sekvence vysoce korelují s podobností sekvencí v tom, že procento identity klesá, jak se vracíte v čase. Blízce příbuzné ortology zahrnují savci a ptactvo a středně příbuzné ortology zahrnují další obratlovce, jako jsou Ryba, plazi, a obojživelníci. Vzdáleně příbuzné ortologické sekvence jsou primárně pozorovány v bezobratlých.[12][16]
| Pořadové číslo | Rod a druh | Běžné jméno | Datum odchylky (MYA) | Přístupové číslo | Sekvenční délka | Sekvenční identita | Sekvenční podobnost | E-hodnota |
| 1 | Homo sapiens | C10orf118 | 0 | NM_018017 | 898 aa | 100% | 100% | 0% |
| 2 | Nomascus leucogenys | Gibbon severní s bílou tváří | 19.9 | XP_003255542 | 898 aa | 98% | 98% | 0% |
| 3 | Chinchilla lanigera | činčila dlouhoocasá | 90.9 | XP_013371303 | 906 aa | 90% | 94% | 0% |
| 4 | Mus musculus | domácí myš | 90.9 | NP_739563 | 917 aa | 84% | 91% | 0% |
| 5 | Tursiops truncatus | delfín skákavý | 97.5 | XP_004318425 | 599 aa | 60% | 68% | 0% |
| 6 | Loxodonta africana | Slon africký Bush | 105 | XP_010596062 | 805 aa | 90% | 91% | 0% |
| 7 | Egretta garzetta | volavka stříbřitá | 320.5 | XP_009634185 | 914 aa | 75% | 83% | 0% |
| 9 | Chelonia mydas | mořská želva | 320.5 | XP_007056391 | 920 aa | 76% | 83% | 0% |
| 10 | Xenopus tropicalis | západní dráp žába | 355.7 | XP_004919435 | 878 aa | 71% | 83% | 0% |
| 11 | Astyanax mexicanus | Mexická tetra | 429.6 | XP_007259323 | 987 aa | 71% | 82% | 5.00E-09 |
| 12 | Oryzias latipes | Japonská rýžová ryba | 429.6 | XP_011486278 | 991 aa | 58% | 71% | 0% |
| 13 | Callorhinchus milii | Australský ghostshark | 482.9 | XP_007903851 | 931 aa | 65% | 79% | 0% |
| 14 | Strongylocentrotus purpuratus | Mořský ježek | 747.8 | XP_011675415 | 884 aa | 39% | 58% | 7.00E-84 |
| 15 | Octopus bimaculoides | Kalifornie Octupus se dvěma místy | 847 | XP_014782587 | 1221 aa | 42% | 60% | 3.00E-127 |
| 16 | Aplysiomorpha | mořský zajíc | 847 | Nebylo nalezeno v BLAST | 1384 aa | 42% | 63% | 3.00E-145 |
| 17 | Orussus abietinus | vosa | 847 | XP_012288999 | 1057 aa | 36% | 55% | 5,00 E-100 |
| 18 | Atta cephalotes | ořezávač mravenců | 847 | XP_012054311 | 1154 aa | 35% | 55% | 9.00E-93 |
| 19 | Helobdella robusta | pijavice | 847 | ESO07814 | 997 aa | 29% | 47% | 1,00E-50 |
| 20 | Caenorhabditis elegans | hlístice | 847 | NP_871700 | 743 aa | 26% | 34% | 1,00E-25 |
| 21 | Trichoplax adhaerens | NA | 936 | EDV25816 | 976 aa | 26% | 46% | 2,00 E-11 |
Motivy
| Informace o motivu[17] | Pozice |
| Místo N-glykosylace | 33-36, 40-43, 109-112, 867-870 |
| Místo fosforylace protein-kinázy závislé na cAMP a cGMP. | 238-241, 583-586, 794-797 |
| Kasein kináza II místo fosforylace. | 2-5, 10-13, 31-34, 36-39, 126-129, 130-133, 135-138, 139-142, 157-160, 228-231, 241-244, 256-259, 405-408, 440-443, 459-462, 490-493, 515-518, 611-614, 617-620, 625-628, 671-674, 690-693, 734-737, 869-872, 879-882 |
| Leucinový zip Vzor | 588-609, 870-891 |
| Místo N-myristoylace | 32-37, 75-80, 86-91, 183-188, 721-726, 728-733, 745-750, 810-815, 828-833 |
| Protein kináza C. místo fosforylace | 12-14, 35-37, 49-51, 146-148, 228-230, 243-245, 250-252, 278-280, 347-349, 371-373, 405-407, 417-419, 490-492, 500-502, 581-583, 592-594, 596-598, 682-684, 690-692, 825-827, 869-871, 895-897 |
| Tyrosinkináza místo fosforylace | 134-141, 514-522 |
| Rodinný profil Cullen | 443-552 |
| Profil domény K-Box | 526-619 |
| Nebulin Opakujte profil | 521-531 |
| Serine Rich Region | 710-747 |
| Profil domény Rad50 se zinkovým háčkem | 460-562 |
| ATP syntáza B / B 'CF (0) | 405-433 |
| Alfa-2-makroglobulin RAP, C-koncová doména | 524-705 |
| Tropomyosin | 334-577 |
Posttranslační úprava
Předpokládá se, že CCDC186 podstoupí několikanásobek posttranslační úpravy včetně předpokládaného připojení O-beta-GlcNAc, fosforylace, a jaderný exportní signál, glykace lysinů, GlcNAc O-glykosylace, N-glykosylace a stránky NetCorona.[18]
Klinický význam
Předchozí výzkum naznačuje, že otevřený čtecí rámec C10orf118 je spojen s kožním T-buněčný lymfom nádorovým antigenem L14-2.[19] Protein CCDC186 se také nachází na vyšší než normální úrovni v buněčné linii rakoviny prsu BC 8701.[20]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000165813 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000035173 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ http://ibs.biocuckoo.org/online.php
- ^ Oduru S, Campbell JL, Karri S, Hendry WJ, Khan SA, Williams SC (červen 2003). „Genový objev u křečka: komparativní genomický přístup k anotaci genu sekvenováním cDNA křečků varlat“. BMC Genomics. 4 (1): 22. doi:10.1186/1471-2164-4-22. PMC 161800. PMID 12783626.
- ^ „Entrez Gene: C10orf118 chromozom 10, otevřený čtecí rámec 118“.
- ^ „Predikce PSORT II“. psort.hgc.jp. Citováno 2016-04-24.
- ^ „Genové karty“.
- ^ geo. „Home - GEO - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-05-08.
- ^ „Home - UniGene - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-04-24.
- ^ A b C „SDSC Biology Workbench“. seqtool.sdsc.edu. Archivovány od originál dne 11. 8. 2003. Citováno 2016-04-24.
- ^ „* v citacích literatury“. www.uniprot.org. Citováno 2016-04-24.
- ^ https://www.uniprot.org/uniprot/Q7Z3E2
- ^ „Biology WorkBench 3.2“.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ „BLAST: Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“. blast.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-04-24.
- ^ "Motif Scan". myhits.isb-sib.ch. Citováno 2016-05-08.
- ^ „Vítejte v CBS“. www.cbs.dtu.dk. Citováno 2016-04-24.
- ^ de la Peña M, García-Robles I (září 2010). „Intronické ribozymy kladivounů jsou v lidském genomu ultrakonzervační. Zprávy EMBO. 11 (9): 711–6. doi:10.1038 / embor.2010.100. PMC 2933863. PMID 20651741.
- ^ D’Angelo, M. L. (2013). "Identifikace" necharakterizovaného proteinu C10orf118 "v buňkách rakoviny prsu a jeho role v metabolismu hyaluronanu". Maticová patobiologie, signalizace a molekulární cíle.
- ^ „Výsledky Phyre 2 pro C10orf118_Protein_Structure_“. www.sbg.bio.ic.ac.uk. Citováno 2016-05-08.[trvalý mrtvý odkaz ]
externí odkazy
- Člověk CCDC186 umístění genomu a CCDC186 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
Další čtení
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (listopad 2000). „Klonování DNA pomocí in vitro místně specifické rekombinace“. Výzkum genomu. 10 (11): 1788–95. doi:10,1101 / gr. 143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- Hartmann TB, Thiel D, Dummer R, Schadendorf D, Eichmüller S (únor 2004). "SEREX identifikace nových antigenů asociovaných s nádorem v kožním T-buněčném lymfomu". British Journal of Dermatology. 150 (2): 252–8. doi:10.1111 / j.1365-2133.2004.05651.x. PMID 14996095. S2CID 42495130.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (říjen 2004). „Od ORFeome k biologii: funkční plynovod genomiky“. Výzkum genomu. 14 (10B): 2136–44. doi:10,1101 / gr. 2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, del Val C, Arlt D, Hahne F, Bechtel S, Simpson J, Hofmann O, Hide W, Glatting KH, Huber W, Pepperkok R, Poustka A, Wiemann S (leden 2006). „Databáze LIFEdb v roce 2006“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D415-8. doi:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.