TBC doména - TBC domain
![]() | Tento článek obsahuje seznam obecných Reference, ale zůstává z velké části neověřený, protože postrádá dostatečné odpovídající vložené citace.Říjen 2015) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) ( |
The TBC (Tre-2 / Bub2 / Cdc16) je identifikován jako a doména některých bílkoviny nebo jako proteinový motiv a široce uznávaný jako konzervovaný, který zahrnuje přibližně 200 aminokyseliny celkově eukaryoty.
Přehled
TBC byla původně identifikována jako konzervovaná doména mezi onkogenním produktem tre-2 a kvasinkami buňka regulátory cyklu. Bylo prokázáno, že lidé mají téměř 42 různých TBC proteinů, které se navzájem liší tím, že mají další motivy a domény (GRAM, BĚH, PTB …) A přidat do rodiny funkční diverzifikaci. Nejznámější z této skupiny proteinů jsou TBC1D1 a TBC1D4 které jsou přímo spojeny s funkčními nemoci. Navíc většina z nich má opravdu blízké vztahy s ostatními proteinové domény. Ukázalo se například, že některé z nich fungují jako a GAP (protein aktivující GTPázu) pro malé GTPasy: Rab aktivita je částečně modulována proteiny aktivujícími GTPázu (GAP) a mnoho z těchto RabGAP sdílí architekturu domény Tre2 / Bub2 / Cdc16 (TBC). Je to však zapotřebí hodně výzkum o tomto druhu proteinů a v tomto článku vysvětluje, co je již známo.
Obrázek 1. Rabův cyklus v obchodování s membránami: Cyklus mezi GTP-vázaný neaktivní stát a Vázané na GTP aktivní stav je veden proteinem Rab a regulován aktivačním enzymem GEF[1] a inaktivující enzym MEZERA což by v tomto případě mohl být protein TBC. Dále je aktivovaná forma Rab, vázaná na GTP, začleněna do specifické organela nebo váček a podporuje jeho transport interakcí s konkrétním efektor molekula. Proteiny aktivující GTPázu (GAP) omezují trvání aktivního stavu a urychlují pomalou vnitřní rychlost GTP hydrolýza.
Funkce
TBC funguje hlavně jako specifický Rab GAP (proteiny aktivující GTPázy) tím, že se používají jako nástroje k deaktivaci konkrétních obchodování s membránami Události. Mezery sloužit ke zvýšení GTPáza aktivitou přispíváním reziduí k aktivnímu místu a podporou konverze z GTP na HDP formulář. Taková aktivita TBC bílkoviny nemusí vždy vyžadovat fyzickou blízkost interakce ačkoli málo TBC proteinů vykázalo jasnou GAP aktivitu směrem k jejich vazbě Rabs.[2] Rodiny Rab přispívají k definování organely a řízení specificity a rychlosti dopravy jednotlivými cestami. Proto jsou TBC Rab-GAPS zásadní regulátory intracelulárních a membrána transporty stejně jako ústřední účastníci signálu transdukce. Ne všechny TBC však mohou mít primární roli jako Rab-GAP a naopak, ne všechny Rab-GAP obsahují TBC. Skutečnost, že tato rodina byla špatně studována, ji dále komplikuje.
Evoluce a výzkum
Fylogenetická analýza poskytla vhled do vývoj rodiny TBC. ScrollSaw byl implementován jako nedávná strategie k překonání špatného rozlišení mezi TBC geny nalezené ve standardních fylogenetických strategiích během počátečních rekonstrukcí.[3] Je příznačné, že doména TBC je téměř vždy menší než doména TBC Rab kohorta u každého jednotlivce genom, což naznačuje koevoluci Rab / TBC. Bylo založeno dvacet jedna domnělých podtříd TBC a identifikováno jako sedm robustních a dvě mírně podporované subtypy.
Kromě toho také došlo systematická analýza za účelem identifikace cílových Rabs TBC proteinů. Bylo to zpočátku na základě fyzické interakce mezi doménou TBC a jejím substrátem Rab. Například Barr a jeho spolupracovníci našli konkrétní interakci mezi nimi RUTBC3 / RabGAP-5 a Rab5A který aktivuje aktivitu GTPázy izoformy Rab5. Podobně další výzkum ukázal, že kromě dalších důležitých aspektů samotná interakce TBC-Rab nestačí k určení cílová TBC proteinů. K identifikaci cíle však existuje druhý přístup Rabs TBC vyšetřováním jejich in vitro MEZERA aktivita. Přesto existují podobné nesrovnalosti mezi těmito nálezy různých vyšetřovatelů, které lze najít v literatuře a lze je přičíst rozdílům mezi metodami in vitro. Výzkum navíc ukázal, že proteiny TBC jsou spojeny s nějakým člověkem nemoci. Například dysfunkce TBC1D1 a TBC1D4 přímo ovlivňuje inzulín akce a glukóza absorpce. Příčina nadváha nebo štíhlost kvůli skutečnosti, že tito dva členové rodiny TBC regulují inzulínem stimulovaný GLUT4 přemístění do plazmatická membrána v savci. Navíc se ukázalo, že mnoho z nich je spojeno s rakovina, ale přesný mechanismus, jakým jsou spojeny s touto nemocí, zůstává do značné míry neznámý. Z tohoto důvodu je ještě třeba provést hodně výzkumu tohoto biologického tématu.
Reference
- ^ Rowlands AG, Panniers R, Henshaw EC (1988). „Katalytický mechanismus působení faktoru výměny guaninového nukleotidu a kompetitivní inhibice fosforylovaným eukaryotickým iniciačním faktorem 2“. The Journal of Biological Chemistry. 263 (12): 5526–33. PMID 3356695.
- ^ Bos JL, Rehmann H, Wittinghofer A (2007). „GEF a GAP: kritické prvky při kontrole malých G proteinů“. Buňka. 129 (5): 865–77. doi:10.1016 / j.cell.2007.05.018. PMID 17540168. S2CID 15798389.
- ^ Gabernet-Castello C, O'Reilly AJ, Dacks JB, Field MC (2013). „Vývoj proteinů aktivujících Tre-2 / Bub2 / Cdc16 (TBC) Rab GTPáza“. Molekulární biologie buňky. 24 (10): 1574–83. doi:10,1091 / mbc.E12-07-0557. PMC 3655817. PMID 23485563.
externí odkazy
- Fukuda M (2011). "TBC proteiny: GAP pro savčí malou GTPázu Rab?". Zprávy o biologických vědách. 31 (3): 159–68. doi:10.1042 / BSR20100112. PMID 21250943.
- Gabernet-Castello C, O'Reilly AJ, Dacks JB, Field MC (2013). „Vývoj proteinů aktivujících Tre-2 / Bub2 / Cdc16 (TBC) Rab GTPáza“. Molekulární biologie buňky. 24 (10): 1574–83. doi:10,1091 / mbc.E12-07-0557. PMC 3655817. PMID 23485563.
- Itoh T, Satoh M, Kanno E, Fukuda M (2006). "Screening na cílové Rabs z TBC (Tre-2 / Bub2 / Cdc16) proteinů obsahujících doménu na základě jejich Rab vazebné aktivity". Geny do buněk. 11 (9): 1023–37. doi:10.1111 / j.1365-2443.2006.00997.x. PMID 16923123.
- Jackson TR, Brown FD, Nie Z, Miura K, Foroni L, Sun J, Hsu VW, Donaldson JG, Randazzo PA (2000). „ACAP jsou arf6 proteiny aktivující GTPázu, které fungují na periferii buňky“. The Journal of Cell Biology. 151 (3): 627–38. doi:10.1083 / jcb.151.3.627. PMC 2185579. PMID 11062263.
- Pan X, Eathiraj S, Munson M, Lambright DG (2006). "GAP domény TBC pro Rab GTPasy urychlují hydrolýzu GTP mechanismem dvou prstů". Příroda. 442 (7100): 303–6. Bibcode:2006 Natur.442..303P. doi:10.1038 / nature04847. PMID 16855591. S2CID 4407126.
- Gabernet-Castello C, O'Reilly AJ, Dacks JB, Field MC (2013). „Vývoj proteinů aktivujících Tre-2 / Bub2 / Cdc16 (TBC) Rab GTPáza“. Molekulární biologie buňky. 24 (10): 1574–83. doi:10,1091 / mbc.E12-07-0557. PMC 3655817. PMID 23485563.
- Albert S, Will E, Gallwitz D (1999). „Identifikace katalytických domén a jejich funkčně kritických argininových zbytků dvou kvasinkových proteinů aktivujících GTPázu specifických pro transportní GTPasy Ypt / Rab“. Časopis EMBO. 18 (19): 5216–25. doi:10.1093 / emboj / 18.19.5216. PMC 1171592. PMID 10508155.
- Rueckert C, Haucke V (2012). „Onkogenní protein domény TBC USP6 / TRE17 reguluje buněčnou migraci a cytokinezi“. Biologie buňky. 104 (1): 22–33. doi:10.1111 / boc.201100108. PMID 22188517. S2CID 5167674.
- Rowlands AG, Panniers R, Henshaw EC (1988). „Katalytický mechanismus působení faktoru výměny guaninového nukleotidu a kompetitivní inhibice fosforylovaným eukaryotickým iniciačním faktorem 2“. The Journal of Biological Chemistry. 263 (12): 5526–33. PMID 3356695.
- Rangaraju NS, Harris RB (1993). „Enzym uvolňující GAP je členem rodiny pro-hormonálních konvertáz enzymů zpracovávajících prekurzorové proteiny“. Humanitní vědy. 52 (2): 147–53. doi:10.1016 / 0024-3205 (93) 90134-o. PMID 8394962.
- Lamarche N, hala A (1994). "Mezery pro GTPasy související s rho". Trendy v genetice. 10 (12): 436–40. doi:10.1016/0168-9525(94)90114-7. PMID 7871593.