SMARCC1 - SMARCC1

SMARCC1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2YUS
Identifikátory
Aliasy	SMARCC1, BAF155, CRACC1, Rsc8, SRG3, SWI3, související se SWI / SNF, asociované s matricí, aktinově závislý regulátor chromatinové podčeledi c člen 1
Externí ID	OMIM: 601732 MGI: 1203524 HomoloGene: 68296 Genové karty: SMARCC1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 3 (lidský)
Konec	47,782,106 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 9 (myš)
Konec	110,240,178 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0000980 RNA polymeráza II cis-regulační oblast sekvenčně specifická vazba DNA; • Vazba DNA; • vazba N-konce proteinu; • GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • vazba chromatinu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleosomální DNA; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • histonová vazba;
Buněčná složka	• komplex nBAF; • Komplex SWI / SNF; • intracelulární; • nukleoplazma; • Tělo XY; • npBAF komplex; • nukleární chromatin; • buněčné jádro; • cytoplazma; • makromolekulární komplex;
Biologický proces	• remodelace chromatinu; • signální dráha inzulínového receptoru; • regulace transkripce, DNA-šablony; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • vývoj prostaty; • transkripce, chráněná DNA; • vývoj nervového systému; • Remodelace chromatinu závislá na ATP; • pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • demontáž nukleosomu; • negativní regulace katabolického procesu proteinu závislého na proteinu ubikvitinu; • morfogeneze zvířecích orgánů; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • kovalentní modifikace chromatinu; • organizace chromatinu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6599
	20588
	ENSG00000173473
	ENSMUSG00000032481
	Q92922; Q58EY4
	P97496
	NM_003074
	NM_009211
	NP_003065; NP_003065.3
	NP_033237
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

SWI / SNF komplexní podjednotka SMARCC1 je protein že u lidí je kódován SMARCC1 gen.^[5]^[6]

Funkce

Protein kódovaný tímto genem je členem SWI / SNF rodina proteinů, jejíž členové se zobrazují helikáza a ATPáza aktivity, o nichž se předpokládá, že regulují transkripci určitých genů změnou struktury chromatinu kolem těchto genů. Kódovaný protein je součástí velké závislosti na ATP remodelace chromatinu komplexní SWI / SNF a obsahuje předpokládané leucinový zip motiv typický pro mnoho lidí transkripční faktory.^[6]

Interakce

SMARCC1 bylo prokázáno komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000173473 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000032481 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Wang W, Xue Y, Zhou S, Kuo A, Cairns BR, Crabtree GR (listopad 1996). „Rozmanitost a specializace savčích komplexů SWI / SNF“. Genes Dev. 10 (17): 2117–30. doi:10.1101 / gad.10.17.2117. PMID 8804307.
^ ^A ^b „Entrez Gene: SMARCC1 SWI / SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily c, member 1".
^ Kitagawa H, Fujiki R, Yoshimura K, Mezaki Y, Uematsu Y, Matsui D, Ogawa S, Unno K, Okubo M, Tokita A, Nakagawa T, Ito T, Ishimi Y, Nagasawa H, Matsumoto T, Yanagisawa J, Kato S (Červen 2003). „Komplex WINAC remodelační komplex WINAC se zaměřuje na jaderný receptor na promotory a je narušen Williamsovým syndromem“. Buňka. 113 (7): 905–17. doi:10.1016 / s0092-8674 (03) 00436-7. PMID 12837248.
^ ^A ^b Kuzmichev A, Zhang Y, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D (únor 2002). "Role komplexu Sin3-histon-deacetyláza v regulaci růstu kandidátem potlačujícím nádor p33 (ING1)". Mol. Buňka. Biol. 22 (3): 835–48. doi:10.1128 / mcb.22.3.835-848.2002. PMC 133546. PMID 11784859.
^ ^A ^b ^C ^d Sif S, Saurin AJ, Imbalzano AN, Kingston RE (březen 2001). "Čištění a charakterizace komplexů remodelace chromatinu Brg1 a hBrm obsahujících mSin3A". Genes Dev. 15 (5): 603–18. doi:10,1101 / gad.872801. PMC 312641. PMID 11238380.
^ ^A ^b ^C Wang W, Côté J, Xue Y, Zhou S, Khavari PA, Biggar SR, Muchardt C, Kalpana GV, Goff SP, Yaniv M, Workman JL, Crabtree GR (říjen 1996). „Čištění a biochemická heterogenita savčího komplexu SWI-SNF“. EMBO J.. 15 (19): 5370–82. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x. PMC 452280. PMID 8895581.
^ Otsuki T, Furukawa Y, Ikeda K, Endo H, Yamashita T, Shinohara A, Iwamatsu A, Ozawa K, Liu JM (listopad 2001). „Fanconiho anemický protein, FANCA, se asociuje s BRG1, složkou lidského komplexu SWI / SNF“. Hučení. Mol. Genet. 10 (23): 2651–60. doi:10,1093 / hmg / 10,23,2651. PMID 11726552.
^ Zhao K, Wang W, Rando OJ, Xue Y, Swiderek K, Kuo A, Crabtree GR (listopad 1998). „Rychlá a na fosfoinositolu závislá vazba komplexu BAF podobného SWI / SNF na chromatin po signalizaci T lymfocytárního receptoru“. Buňka. 95 (5): 625–36. doi:10.1016 / s0092-8674 (00) 81633-5. PMID 9845365. S2CID 3184211.

Další čtení

Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
Wang W, Côté J, Xue Y, Zhou S, Khavari PA, Biggar SR, Muchardt C, Kalpana GV, Goff SP, Yaniv M, Workman JL, Crabtree GR (1996). „Čištění a biochemická heterogenita savčího komplexu SWI-SNF“. EMBO J.. 15 (19): 5370–82. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x. PMC 452280. PMID 8895581.
Fryer CJ, Archer TK (1998). „Remodelace chromatinu receptorem glukokortikoidů vyžaduje komplex BRG1“. Příroda. 393 (6680): 88–91. doi:10.1038/30032. PMID 9590696. S2CID 2208522.
Ring HZ, Vameghi-Meyers V, Wang W, Crabtree GR, Francke U (1998). „V lidském genomu je rozptýleno pět SWI / SNF, matricově spojený, na aktinu závislý regulátor chromatinových (SMARC) genů.“ Genomika. 51 (1): 140–3. doi:10.1006 / geno.1998.5343. PMID 9693044.
Cho H, Orphanides G, Sun X, Yang XJ, Ogryzko V, Lees E, Nakatani Y, Reinberg D (1998). „Komplex lidské RNA polymerázy II obsahující faktory, které mění strukturu chromatinu“. Mol. Buňka. Biol. 18 (9): 5355–63. doi:10.1128 / MCB.18.9.5355. PMC 109120. PMID 9710619.
Sif S, Stukenberg PT, Kirschner MW, Kingston RE (1998). "Mitotická inaktivace komplexu remodelace lidského SWI / SNF chromatinu". Genes Dev. 12 (18): 2842–51. doi:10.1101 / gad.12.18.2842. PMC 317164. PMID 9744861.
Shanahan F, Seghezzi W, Parry D, Mahony D, Lees E (1999). „Cyklin E se asociuje s BAF155 a BRG1, složkami savčího komplexu SWI-SNF a mění schopnost BRG1 indukovat zastavení růstu“. Mol. Buňka. Biol. 19 (2): 1460–9. doi:10.1128 / mcb.19.2.1460. PMC 116074. PMID 9891079.
Phelan ML, Sif S, Narlikar GJ, Kingston RE (1999). "Rekonstituce komplexu remodelace jádra chromatinu z podjednotek SWI / SNF". Mol. Buňka. 3 (2): 247–53. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80315-9. PMID 10078207.
Kowenz-Leutz E, Leutz A (2000). „Izoforma beta C / EBP získává komplex SWI / SNF k aktivaci myeloidních genů“. Mol. Buňka. 4 (5): 735–43. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80384-6. PMID 10619021.
Bochar DA, Wang L, Beniya H, Kinev A, Xue Y, Lane WS, Wang W, Kashanchi F, Shiekhattar R (2000). „BRCA1 je spojen s lidským komplexem souvisejícím se SWI / SNF: spojuje remodelaci chromatinu s rakovinou prsu“. Buňka. 102 (2): 257–65. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00030-1. PMID 10943845. S2CID 6500100.
Kadam S, McAlpine GS, Phelan ML, Kingston RE, Jones KA, Emerson BM (2000). "Funkční selektivita rekombinantních savčích podjednotek SWI / SNF". Genes Dev. 14 (19): 2441–51. doi:10,1101 / gad.828000. PMC 316972. PMID 11018012.
Xue Y, Canman JC, Lee CS, Nie Z, Yang D, Moreno GT, Young MK, Salmon ED, Wang W (2001). „Komplex lidské remodelace SWI / SNF-B chromatinu souvisí s kvasinkami Rsc a lokalizuje se na kinetochorech mitotických chromozomů“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 97 (24): 13015–20. doi:10.1073 / pnas.240208597. PMC 27170. PMID 11078522.
Sif S, Saurin AJ, Imbalzano AN, Kingston RE (2001). "Čištění a charakterizace komplexů remodelace chromatinu Brg1 a hBrm obsahujících mSin3A". Genes Dev. 15 (5): 603–18. doi:10,1101 / gad.872801. PMC 312641. PMID 11238380.
Otsuki T, Furukawa Y, Ikeda K, Endo H, Yamashita T, Shinohara A, Iwamatsu A, Ozawa K, Liu JM (2002). „Fanconiho anemický protein, FANCA, se asociuje s BRG1, složkou lidského komplexu SWI / SNF“. Hučení. Mol. Genet. 10 (23): 2651–60. doi:10,1093 / hmg / 10,23,2651. PMID 11726552.
Kato H, Tjernberg A, Zhang W, Krutchinsky AN, An W, Takeuchi T, Ohtsuki Y, Sugano S, de Bruijn DR, Chait BT, Roeder RG (2002). „SYT se asociuje s lidskými komplexy SNF / SWI a C-koncová oblast svého fúzního partnera SSX1 cílí na histony“. J. Biol. Chem. 277 (7): 5498–505. doi:10,1074 / jbc.M108702200. PMID 11734557.
Nie Z, Yan Z, Chen EH, Sechi S, Ling C, Zhou S, Xue Y, Yang D, Murray D, Kanakubo E, Cleary ML, Wang W (2003). „Nové komplexy remodelace chromatinu SWI / SNF obsahují chromozomálního translokačního partnera se smíšenou linií leukémie“. Mol. Buňka. Biol. 23 (8): 2942–52. doi:10.1128 / MCB.23.8.2942-2952.2003. PMC 152562. PMID 12665591.
Kitagawa H, Fujiki R, Yoshimura K, Mezaki Y, Uematsu Y, Matsui D, Ogawa S, Unno K, Okubo M, Tokita A, Nakagawa T, Ito T, Ishimi Y, Nagasawa H, Matsumoto T, Yanagisawa J, Kato S (2003). „Komplex WINAC remodelační komplex WINAC se zaměřuje na jaderný receptor na promotory a je narušen Williamsovým syndromem“. Buňka. 113 (7): 905–17. doi:10.1016 / S0092-8674 (03) 00436-7. PMID 12837248.
Hsiao PW, Fryer CJ, Trotter KW, Wang W, Archer TK (2003). „BAF60a zprostředkovává kritické interakce mezi nukleárními receptory a komplexem BRG1 remodelujícím chromatin pro transaktivaci“. Mol. Buňka. Biol. 23 (17): 6210–20. doi:10.1128 / MCB.23.17.6210-6220.2003. PMC 180928. PMID 12917342.

externí odkazy

FactorBook BAF155

Tento článek o gen na lidský chromozom 3 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000173473 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000032481 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8804307-5] Wang W, Xue Y, Zhou S, Kuo A, Cairns BR, Crabtree GR (listopad 1996). „Rozmanitost a specializace savčích komplexů SWI / SNF“. Genes Dev. 10 (17): 2117–30. doi:10.1101 / gad.10.17.2117. PMID 8804307.

[entrez-6] A ^b „Entrez Gene: SMARCC1 SWI / SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily c, member 1".

[pmid12837248-7] Kitagawa H, Fujiki R, Yoshimura K, Mezaki Y, Uematsu Y, Matsui D, Ogawa S, Unno K, Okubo M, Tokita A, Nakagawa T, Ito T, Ishimi Y, Nagasawa H, Matsumoto T, Yanagisawa J, Kato S (Červen 2003). „Komplex WINAC remodelační komplex WINAC se zaměřuje na jaderný receptor na promotory a je narušen Williamsovým syndromem“. Buňka. 113 (7): 905–17. doi:10.1016 / s0092-8674 (03) 00436-7. PMID 12837248.

[pmid11784859-8] A ^b Kuzmichev A, Zhang Y, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D (únor 2002). "Role komplexu Sin3-histon-deacetyláza v regulaci růstu kandidátem potlačujícím nádor p33 (ING1)". Mol. Buňka. Biol. 22 (3): 835–48. doi:10.1128 / mcb.22.3.835-848.2002. PMC 133546. PMID 11784859.

[pmid11238380-9] A ^b ^C ^d Sif S, Saurin AJ, Imbalzano AN, Kingston RE (březen 2001). "Čištění a charakterizace komplexů remodelace chromatinu Brg1 a hBrm obsahujících mSin3A". Genes Dev. 15 (5): 603–18. doi:10,1101 / gad.872801. PMC 312641. PMID 11238380.

[pmid8895581-10] A ^b ^C Wang W, Côté J, Xue Y, Zhou S, Khavari PA, Biggar SR, Muchardt C, Kalpana GV, Goff SP, Yaniv M, Workman JL, Crabtree GR (říjen 1996). „Čištění a biochemická heterogenita savčího komplexu SWI-SNF“. EMBO J.. 15 (19): 5370–82. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x. PMC 452280. PMID 8895581.

[pmid11726552-11] Otsuki T, Furukawa Y, Ikeda K, Endo H, Yamashita T, Shinohara A, Iwamatsu A, Ozawa K, Liu JM (listopad 2001). „Fanconiho anemický protein, FANCA, se asociuje s BRG1, složkou lidského komplexu SWI / SNF“. Hučení. Mol. Genet. 10 (23): 2651–60. doi:10,1093 / hmg / 10,23,2651. PMID 11726552.

[pmid9845365-12] Zhao K, Wang W, Rando OJ, Xue Y, Swiderek K, Kuo A, Crabtree GR (listopad 1998). „Rychlá a na fosfoinositolu závislá vazba komplexu BAF podobného SWI / SNF na chromatin po signalizaci T lymfocytárního receptoru“. Buňka. 95 (5): 625–36. doi:10.1016 / s0092-8674 (00) 81633-5. PMID 9845365. S2CID 3184211.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]