RNF113A - RNF113A

Prstencový protein 113A je protein, který je u lidí kódován genem RNF113A. Nachází se u lidí na X chromozom. RNF113A obsahuje dvě vysoce konzervované domény, Prstová doména RING (Really Interesting New Gene) a Zinkový prst doména.[1] Vyzváněcí prstové domény byly spojeny s některými potlačující nádory a molekuly spojené s cytokinovým receptorem. Tyto domény také působí v Oprava DNA a zprostředkování interakcí protein-protein.[1][2] Aliasy RNF113A napříč taxony zahrnují RNF113, CWC24 a ZNF183.

Gen

Gen se nachází na člověku X chromozom a reverzní vlákno. Specifický lokus u lidí je Xq24.[1] RNF113A obsahuje 1312 nukleotidy.

Červený pruh v bílém pruhu q24 představuje umístění genu RFN113A na lidském X chromozomu.

Genová struktura

Upstream in-frame stop kodon se nachází uvnitř 5 'UTR. RNF113A je intronless gen s jedním izoforma u lidí.[1]

Protein

RNF113A překládá lidský protein 343 aminokyseliny dlouhá a molekulová hmotnost 38,8 kilo Daltonů.[3] Protein se nachází všudypřítomně v lidském těle.[4][5]

Kvasinky dvě hybridní obrazovky spojit RNF113A s jinými proteiny. O většině těchto proteinů je v současné době známo, že fungují u člověka Spliceosome.[6] Některé z těchto asociací jsou v rámci U4, U5 a U6 snRNP stejně jako u kvasinkových modelů.[7]

Struktura bílkovin

RNF113A také obsahuje jedno místo pro acetylaci a čtyři místa pro fosforylaci.[1] Protein má jak acetylace a čtyři fosforylace stránky, které byly experimentálně potvrzeny.[8][9][10][11][12] Předpovídají se také další fosforylační místa a jedno glykosylační místo.[13] The N konec nebo 3' konec genu obsahuje konzervovaný PRSTEN a Zinkový prst domén. The Prst doména prsten obsahuje křížek složený z 6 Cystiny a 1 Histidin.v Zinkový prst je tvořen 3 Cystiny a 1 Histidin[14][15][16][17][18][19] Typicky, Vyzváněcí prstové domény se nacházejí v blízkosti C konec nebo 5' konec proteinu spíše než N konec čímž je RNF113A jedinečný. Prstové proteiny RING také obvykle mají více typů domén mimo Zinkový prst rodina.[5]

Konec C časného izolovaného paralogu RNF113B, dříve známého jako Zing Finger Protein 183 podobný 1, obsahuje doménu RING žlutě až C-konec. Známé alfa-šroubovice a beta-listy jsou viditelné. Dvě šedé koule představují atomy zinku.

Sekundární struktura domény RING bylo potvrzeno pro paralog, RNF113B. Dva Beta listy a jeden Alfa šroubovice jsou přítomny v doméně.[20] Vteřina Alfa šroubovice je přítomen na 5 'straně domény RING.

Funkce

Člověk

Protein RNF113A byl identifikován jako a fosfoprotein v buněčné linii lidské rakoviny prostaty, ale funkce nebyla testována.[21] Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) spojuje mutaci RNF113A s trichothiodystrofie 5, nefotosenzitivní.[22] Jedna případová studie uváděla a nesmyslná mutace vyplývající ze změny a cytosin do a thymidin v RNF113A, který způsobuje X-vázaný recesivní trichothiodystrofie. Matky jsou nositeli nemoci a projevují se jen mírně pozměněné fenotypy které byly spojeny s mutace ve srovnání s jejich více postiženými syny.[23] Myelodysplastický syndrom a 5q-syndrom byly také spojeny s nadregulací ZNF183, alias RNF113A.[24] Zdá se, že RNF113A může umožnit stabilnější aktivaci spliceosome a post-katalytické spliceosome.[25][26]

Droždí

Kvasinky ortolog Předpokládá se, že Cwc24p bude mít spliceosome funkce.[27] Protein působí v komplexu s Cef1p na zpracování pre-rRNA. Spojení je závislé na Zinkový prst a Vyzváněcí prstové domény.[28]

Drosophila

The ortolog v ovocné mušky bylo navrženo jednat jako spliceosome. Na základě pozorovaného fenotypu neúplného neuroblast diferenciace ortolog se předpokládá, že bude zapojen do sestřih jmenovitě v centrální nervové soustavě.[29] Další výzkum uzavírá a cytosin na thymidin nesmyslná mutace jako například z trichothiodystrofie diskutované výše mělo za následek abnormální vývoj, ve kterém tkáně ektoderm zárodečná vrstva jsou ovlivněny.[23]

Nematody

The Caenorhabditis elegans Značka-331 ortolog byla spojena se zatčením larev a zákonností, když je vytvořen knock-out[30] Předpovídalo se, že ortolog RNF-113 bude fungovat jako ubikvitin ligáza který se podílí na opravě DNA meziřetězcových síťovacích vazeb[31]

Paralog

RNF113B je specifický pro primáty retrogen RNF113A.[32] Gen je vzácným příkladem intron zisk do genu. U lidí se RNF113B nachází na chromozomu 13.[33] RNF113B mRNA přepis obsahuje upstream v rámci stop kodon. Protein má jak a Prst doména prsten (opravdu zajímavý nový gen) a a zinkový prst motiv.[34]

RNF113B v současné době není spojena s žádnými lidskými chorobami podle Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) databáze. Předběžný výzkum naznačil, že gen má souvislost s vývojem a diferenciace.[35] Předpokládá se také, že RNF113B bude součástí ubikvitin ligáza rodiny a zapojené do mechanismů opravy DNA po léčbě cisplatina, chemoterapeutický lék, který indukuje Meziřetězcové síťování DNA.[32][36] Další výzkum naznačuje, že RNF113B je přepsal v širokém sortimentu tkání. Přepisy mohou být sestříhané nebo neřezané a tato akce je specifická pro tkáň exprese. Mechanismy a funkce tohoto genu, zejména v těchto tkáních, však stále nejsou známy.

Homologie

Ortology byly nalezeny v savci, ptactvo, plazi, obojživelníci, Ryba, a bezobratlých. Vzdálené ortology byly rozpoznány v houby, droždí a rostliny. The zinkový prst doména a Prst doména prsten jsou regiony nejvyšší zachování. Upstream region vykazuje největší ochranu u savců.

Odborný názevBěžné jménoHodnota E.Obálka dotazuIdentitaPřistoupeníDélka bílkovinTaxonyDivergence (myr )
Macaca mulattaRhesus opice01.000.98NP_001185630.1344Savec26.8
Equus caballusKůň01.000.93XP_001491864.1344Savec96.2
Chrymsemys picta belliiZápadní malovaná želva00.940.80XP_005309675.1323Plaz322.4
Gallus gallusKuře9E-1770.930.77NP_001004396.1328Pták322.4
Xenopus laevisAfrické drápy žába5E-1570.900.71AAR97523.1319Obojživelník359.1
Danio rerioZebrafish5E-1600.980.71NP_001004536.1321Ryba436.8
Echinococcus multilocularisPlochý červ2E-1000.900.5CDI98689.1389Plochý červ625
Apis floreaMalá včelka2E-1300.880.62XP_003695009.1325Hmyz725.5
Ciona intestinalisVáza Tunicate2E-1270.920.61NP_001027830.1325Tunikovat763.5
Saccharomyces cerevisiaeHouba4E-400.590.44NP_013427.1259Droždí1211
Amorella trichopodaKeř4E-620.920.40XP_006842511.1322Rostlina1375

Tabulka výše zobrazuje výsledky NCBI Výbuch od roku 2015 s vybranými taxony z hlavních větví obratlovců a bezobratlých. Toto není úplný seznam.

Reference

  1. ^ A b C d E „Homo sapiens ring finger protein 113A (RNF113A), mRNA“. NCBI nukleotid. Citováno 30. dubna 2015.
  2. ^ "RNF113A protein prstového prstu 113A [Homo sapiens (člověk)]" ". NCBI Gene. Citováno 30. dubna 2015.
  3. ^ „Prstový prstenový protein 113A [Homo sapiens]“. Protein NCBI. Citováno 2. května 2015.
  4. ^ Identifikace nového člena (ZNF183) rodiny genů prstového prstu v Xq24-25
  5. ^ A b Frattini, Annalisa; Faranda, Sara; Bagnasco, Luca; Patrosso, Cristina; Nulli, Paola; Zucchi, Ileana; Vezzoni, Paolo (červen 1997). "Identifikace nového člena (ZNF183) rodiny genů prstového prstu v Xq24-25". Gen. 192 (2): 291–298. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00108-X. PMID  9224902.
  6. ^ Hegele, Anna; Kamburov, Atanas; Grossmann, Arndt; Sourlis, Chrysovalantis; Wowro, Sylvia; Weimann, Mareike; Will, Cindy L .; Pena, Vlad; Lührmann, Reinhard; Stelzl, Ulrich (únor 2012). „Dynamické propojení proteinů a proteinů v lidském spliceosomu“. Molekulární buňka. 45 (4): 567–580. doi:10.1016 / j.molcel.2011.12.034. PMID  22365833.
  7. ^ Coltri, Patricia P .; Oliveira, Carla C .; Maas, Stefan (24. září 2012). „Cwc24p je obecný faktor sestřihu Saccharomyces cerevisiae vyžadovaný pro stabilní vazbu sn2NRNP U2 na primární přepisy“. PLOS ONE. 7 (9): e45678. doi:10.1371 / journal.pone.0045678. PMC  3454408. PMID  23029180.
  8. ^ Mayya, V .; Lundgren, D. H .; Hwang, S.-I .; Rezaul, K .; Wu, L .; Eng, J. K .; Rodionov, V .; Han, D. K. (18. srpna 2009). „Kvantitativní fosfoproteomická analýza signalizace receptoru T buněk odhaluje systémovou modulaci interakcí protein-protein“. Vědecká signalizace. 2 (84): ra46 – ra46. doi:10.1126 / scisignal.2000007.
  9. ^ Dephoure, N .; Zhou, C .; Villen, J .; Beausoleil, S. A .; Bakalarski, C.E .; Elledge, S. J .; Gygi, S. P. (31. července 2008). „Kvantitativní atlas mitotické fosforylace“. Sborník Národní akademie věd. 105 (31): 10762–10767. doi:10.1073 / pnas.0805139105. PMC  2504835. PMID  18669648.
  10. ^ Rigbolt, K. T. G .; Prokhorova, T. A .; Akimov, V .; Henningsen, J .; Johansen, P. T .; Kratchmarova, I .; Kassem, M .; Mann, M .; Olsen, J. V .; Blagoev, B. (15. března 2011). „Systémová časová charakterizace proteomu a fosfoproteomu diferenciace lidských embryonálních kmenových buněk“. Vědecká signalizace. 4 (164): rs3 – rs3. doi:10.1126 / scisignal.2001570.
  11. ^ Olsen, J. V .; Vermeulen, M .; Santamaria, A .; Kumar, C .; Miller, M.L .; Jensen, L. J .; Gnad, F .; Cox, J .; Jensen, T. S .; Nigg, E. A .; Brunak, S .; Mann, M. (12. ledna 2010). „Kvantitativní fosfoproteomika odhaluje rozsáhlé obsazení celého fosforylačního místa během mitózy“. Vědecká signalizace. 3 (104): ra3 – ra3. doi:10.1126 / scisignal.2000475. PMID  20068231.
  12. ^ Gauci, Sharon; Helbig, Andreas O .; Slijper, Monique; Krijgsveld, Jeroen; Heck, Albert J. R .; Mohammed, Shabaz (červen 2009). „Lys-N a trypsin pokrývají doplňkové části fosfoproteomu v rafinovaném přístupu založeném na SCX“. Analytická chemie. 81 (11): 4493–4501. doi:10.1021 / ac9004309. PMID  19413330.
  13. ^ „NetPhos 2.0“. ExPasy. Citováno 2. května 2015.
  14. ^ Protein NCBI NP_008909.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_008909.1
  15. ^ „protein zinkového prstu 183 (prsten RING, typ C3HC4) [Homo sapiens]“. Protein NCBI. Citováno 30. dubna 2015.
  16. ^ „protein prstového prstu 113A [Homo sapiens]“. Protein NCBI. Citováno 30. dubna 2015.
  17. ^ „ZNF183 [Homo sapiens]“. Protein NCBI. Citováno 30. dubna 2015.
  18. ^ „Prstový protein 113A [Homo sapiens]“. Protein NCBI. Citováno 30. dubna 2015.
  19. ^ „Prstový protein 113A [Homo sapiens]“. Protein NCBI. Citováno 30. dubna 2015.
  20. ^ "Shrnutí struktury proteinů MMDB". Struktura NCBI. Citováno 2. května 2015.
  21. ^ Giorgianni, Francesco; Zhao, Yingxin; Desiderio, Dominic M .; Beranova-Giorgianni, Sarka (červen 2007). „Směrem ke globální charakterizaci fosfoproteomu v buňkách rakoviny prostaty: Identifikace fosfoproteinů v buněčné linii LNCaP“. Elektroforéza. 28 (12): 2027–2034. doi:10.1002 / elps.200600782.
  22. ^ „OMIM Entry - # 300953 - TRICHOTHIODYSTROPHY 5, NONPHOTOSENSITIVE; TTD5“. OMIM. Citováno 1. října 2015.
  23. ^ A b Corbett, M. A .; Dudding-Byth, T .; Crock, P. A .; Botta, E .; Christie, L. M .; Nardo, T .; Caligiuri, G .; Hobson, L .; Boyle, J .; Mansour, A .; Přítel, K. L .; Crawford, J .; Jackson, G .; Vandeleur, L .; Hackett, A .; Tarpey, P .; Stratton, M. R.; Turner, G .; Gecz, J .; Field, M. (22. ledna 2015). „Nová trichothiodystrofie vázaná na X spojená s nesmyslnou mutací v RNF113A“. Journal of Medical Genetics. 52 (4): 269–274. doi:10.1136 / jmedgenet-2014-102418. PMID  25612912.
  24. ^ Pellagatti, Andrea; Esoof, Noor; Watkins, Fiona; Langford, Cordelia F .; Vetrie, David; Campbell, Lisa J .; Fidler, Carrie; Cavenagh, James D .; Eagleton, Helen; Gordon, Peter; Woodcock, Barrie; Pushkaran, Beena; Kwan, Mark; Wainscoat, James S .; Boultwood, Jacqueline (červen 2004). "Profilování genové exprese v myelodysplastických syndromech pomocí technologie cDNA microarray". British Journal of Hematology. 125 (5): 576–583. doi:10.1111 / j.1365-2141.2004.04958.x.
  25. ^ Ilagan, J. O .; Chalkley, R. J .; Burlingame, A. L .; Jurica, M. S. (23. ledna 2013). „Přesmyky v lidských spliceosomech zachycené po ligaci exonu“. RNA. 19 (3): 400–412. doi:10.1261 / rna.034223.112. PMC  3677250. PMID  23345524.
  26. ^ Bessonov, S .; Anokhina, M .; Krasauskas, A .; Golas, M. M .; Sander, B .; Will, C. L .; Urlaub, H .; Stark, H .; Luhrmann, R. (27. října 2010). „Charakterizace purifikovaných spliceozomálních komplexů lidských Bactů odhaluje kompoziční a morfologické změny během aktivace spliceosomu a katalýzy prvního kroku“. RNA. 16 (12): 2384–2403. doi:10,1261 / rna.2456210. PMC  2995400. PMID  20980672.
  27. ^ Fabrizio, Patrizia; Dannenberg, Julia; Dube, Prakash; Kastner, Berthold; Stark, Holger; Urlaub, Henning; Lührmann, Reinhard (listopad 2009). „Evolučně zachovaný základní design kroku katalytické aktivace kvasinkového spliceosomu“. Molekulární buňka. 36 (4): 593–608. doi:10.1016 / j.molcel.2009.09.040. PMID  19941820.
  28. ^ Goldfeder, M. B .; Oliveira, C. C. (1. listopadu 2007). „Cwc24p, nový nukleární prstenový protein Saccharomyces cerevisiae, ovlivňuje sestřih pre-snoRNA U3“. Journal of Biological Chemistry. 283 (5): 2644–2653. doi:10,1074 / jbc.M707885200. PMID  17974558.
  29. ^ Carney, T. D .; Struck, A. J .; Doe, C. Q. (11. září 2013). „Krize středního věku kóduje konzervovaný protein se zinkovým prstem potřebný k udržení neuronální diferenciace v Drosophile“. Rozvoj. 140 (20): 4155–4164. doi:10,1242 / dev.093781. PMC  3787755. PMID  24026126.
  30. ^ Haerty, Wilfried; Artieri, Carlo; Khezri, Navid; Singh, Rama S; Gupta, Bhagwati P (2008). „Srovnávací analýza funkce a interakce transkripčních faktorů u hlístic: Rozsáhlá ochrana ortologie spojená s rychlým vývojem sekvence“. BMC Genomics. 9 (1): 399. doi:10.1186/1471-2164-9-399. PMC  2533025. PMID  18752680.
  31. ^ Lee, Hyojin; Alpi, Arno F .; Park, Mi So; Rose, Ann; Koo, Hyeon-Sook; Leng, Fenfei (28. března 2013). „Protein prstu C. elegans RNF-113 se podílí na opravě crosslink DNA Interstrand a interaguje s homologem RAD51C“. PLOS ONE. 8 (3): e60071. doi:10.1371 / journal.pone.0060071. PMC  3610817. PMID  23555887.
  32. ^ A b Szczesniak, M. W .; Ciomborowska, J .; Nowak, W .; Rogozin, I. B .; Makalowska, I. (1. října 2010). „Primát a hlodavce specifické zisky intronů a původ retrogenů s variantami spojů“. Molekulární biologie a evoluce. 28 (1): 33–37. doi:10,1093 / molbev / msq260. PMC  3002245. PMID  20889727.
  33. ^ „Homo sapiens ring finger protein 113B (RNF113B), mRNA“. NCBI nukleotid. Citováno 2. května 2015.
  34. ^ „Prstový prstenový protein 113B [Homo sapiens]“. Protein NCBI. Citováno 2. května 2015.
  35. ^ Czugala, Marta; Karolak, Justyna A; Nowak, Dorota M; Polakowski, Piotr; Pitarque, Jose; Molinari, Andrea; Rydzanicz, Malgorzata; Bejjani, Bassem A; Yue, Beatrice Y J T; Szaflik, Jacek P; Gajecka, Marzena (2. listopadu 2011). "Nová mutace a tři další varianty sekvencí segregující s fenotypem na lokusu citlivosti na keratokonus 13q32". European Journal of Human Genetics. 20 (4): 389–397. doi:10.1038 / ejhg.2011.203. PMC  3306853. PMID  22045297.
  36. ^ Carrolle, Eilisi. „Vyšetřování signalizace ubikvitinu v reakci na cisplatinu“. Portál pro výzkum objevů. University of Dundee. Citováno 2. května 2015.