Screening interakce protein-protein - Protein–protein interaction screening

Screening interakce protein-protein odkazuje na identifikaci Interakce protein-protein s vysoce výkonný screening metody, jako je čtení desek pomocí počítače a / nebo robota, analýza průtokové cytometrie.

Interakce mezi proteiny jsou ústřední pro prakticky každý proces v živé buňce. Informace o těchto interakcích zlepšují porozumění chorobám a mohou poskytnout základ pro nové terapeutické přístupy.

Metody screeningu interakcí protein-protein

Ačkoli existuje mnoho metod k detekci interakcí protein-protein,[Citace je zapotřebí ] většina z těchto metod - jako např koimunoprecipitace, přenos energie fluorescenční rezonance (FRET) a duální polarizační interferometrie —Nehledají přístupy.

Ex vivo nebo in vivo metody

Metody, které skrínují interakce protein-protein v živých buňkách.

Bimolekulární fluorescenční komplementace (BiFC) je technika pro pozorování interakcí proteinů. Kombinace s dalšími novými technikami DERB může umožnit screening interakcí protein – protein a jejich modulátorů.[1]

The kvasnicový dvouhybrid obrazovka zkoumá interakci mezi umělými fúzními proteiny uvnitř jádra kvasinek. Tento přístup může identifikovat vazebné partnery proteinu bez zkreslení. Metoda má však notoricky vysokou míru falešně pozitivních výsledků, což vyžaduje ověřit identifikované interakce pomocí koimunoprecipitace.[2]

In vitro metody

The tandemové afinitní čištění Metoda (TAP) umožňuje vysoce výkonnou identifikaci interakcí proteinů. Na rozdíl od přístupu Y2H lze přesnost metody srovnávat s přesností experimentů v malém měřítku (Collins et al., 2007) a interakce jsou detekovány ve správném buněčném prostředí jako koimunoprecipitace. Metoda značky TAP však vyžaduje dva po sobě jdoucí kroky čištění proteinu, a proto nemůže snadno detekovat přechodné interakce protein - protein. Nedávné experimenty TAP v celém genomu provedly Krogan et al., 2006,[3] a Gavin a kol., 2006,[4] poskytování aktualizovaných údajů o interakci proteinů pro kvasinkové organismy.

Chemické zesíťování se často používá k "fixaci" proteinových interakcí na místě před pokusem o izolaci / identifikaci interagujících proteinů. Běžné zesíťovací prostředky pro tuto aplikaci zahrnují neštěpitelný [NHS-ester] zesíťovací prostředek, [bis-sulfosukcinimidyl suberát] (BS3); štěpitelná verze BS3, [dithiobis (sulfosukcinimidylpropionát)] (DTSSP); a [imidoester] síťovadlo [dimethyl dithiobispropionimidát] (DTBP), který je populární pro fixaci interakcí v Čip testy.[5]

Reference

  1. ^ Lu JP, Beatty LK, Pinthus JH (2008). „Dual single system recombinase based (DERB) single vector system for high throughput screening and verification of protein interactions in living cells“. Předchůdci přírody. doi:10.1038 / npre.2008.1550.1. hdl:10101 / npre.2008.1550.2.
  2. ^ Fields S (2005). „Vysoce výkonná dvouhybridní analýza: příslib a nebezpečí“. FEBS Journal. 272 (21): 5391–5399. doi:10.1111 / j.1742-4658.2005.04973.x. PMID  16262681. S2CID  18331797.
  3. ^ Krogan NJ, Cagney G, Yu H, Zhong G, Guo X, Ignatchenko A, Li J, Pu S, Datta N, Tikuisis AP, Punna T, Peregrín-Alvarez JM, Shales M, Zhang X, Davey M, Robinson MD, Paccanaro A, Bray JE, Sheung A, Beattie B, Richards DP, Canadien V, Lalev A, Mena F, Wong P, Starostine A, Canete MM, Vlasblom J, Wu S, Orsi C, Collins SR, Chandran S, Haw R , Rilstone JJ, Gandi K, Thompson NJ, Musso G, St Onge P, Ghanny S, Lam MH, Butland G, Altaf-Ul AM, Kanaya S, Shilatifard A, O'Shea E, Weissman JS, Ingles CJ, Hughes TR Parkinson J, Gerstein M, Wodak SJ, Emili A, Greenblatt JF (21. března 2006). "Globální krajina proteinových komplexů v kvasinkách Saccharomyces cerevisiae". Příroda. 440 (7084): 637–643. doi:10.1038 / nature04670. PMID  16554755. S2CID  72422.
  4. ^ Gavin AC, Aloy P, Grandi P, Krause R, Boesche M, Marzioch M, Rau C, Jensen LJ, Bastuck S, Dümpelfeld B, Edelmann A, Heurtier MA, Hoffman V, Hoefert C, Klein K, Hudak M, Michon AM , Schelder M, Schirle M, Remor M, Rudi T, Hooper S, Bauer A, Bouwmeester T, Casari G, Drewes G, Neubauer G, Rick JM, Kuster B, Bork P, Russell RB, Superti-Furga G (21. ledna 2006). „Průzkum Proteome odhaluje modularitu mechanismu kvasinkových buněk“. Příroda. 440 (7084): 631–636. doi:10.1038 / nature04532. PMID  16429126. S2CID  4335436.
  5. ^ Chen CS, Zhu H (2006). „Proteinové mikročipy“. Biotechniky. 40 (4): 423–429. doi:10.2144 / 06404TE01. PMID  16629388.

externí odkazy