PhyloCode - PhyloCode

The Mezinárodní kodex fylogenetické nomenklatury, známý jako PhyloCode zkráceně, je to formální sada pravidel, která mají vládnout fylogenetická nomenklatura. Jeho aktuální verze je speciálně navržena k regulaci pojmenování klady, opouští správu druh jména až do pořadí kódy nomenklatury (ICN, ICZN, ICNB, ICTV ).

The PhyloCode je spojen s Mezinárodní společnost pro fylogenetickou nomenklaturu (ISPN).[1] Objem společníka, Fylonymy stanoví 300 názvů taxonů pod PhyloCode, sloužící jako příklady pro ty, kteří kód neznají.[2] RegNum je přidružená online databáze fylogenických jmen.[3]

The PhyloCode navrhuje regulovat fylogenetickou nomenklaturu stanovením pravidel, jak rozhodnout, která sdružení jmen a definic budou považována za zavedená,[4] které z nich budou považovány za homonyma[5] nebo synonyma,[6] a které z množiny synonym nebo homonym bude považováno za přijaté (obecně to registrovaný za prvé; viz. níže). The PhyloCode povoluje pouze pojmenování klady,[7] ne z paraphyletic nebo polyfyletický skupiny a umožňuje pouze použití vzorky, druh, a apomorfie jako specifikátory (kotvy).[8]

Fylogenetická nomenklatura

Hlavní článek: Fylogenetická nomenklatura

Na rozdíl od hodnosti nomenklaturní kódy (ICN, ICZN, ICNB), PhyloCode nevyžaduje použití hodnosti, i když volitelně umožňuje jejich použití.[9][10] Kódy založené na hodnocení definují taxony pomocí hodnosti (např rod, rodina atd.) a v mnoha případech a typový vzorek nebo typový podtaxon. Přesný obsah taxonu, jiného než jeho typ, není určen kódy založenými na hodnostech.

Naproti tomu podle fylogenetické nomenklatury je obsah taxonů vymezen pomocí definice založené na fylogeneze (tj. původ a původ) a k označení skutečných používá specifikátory (např. druhy, exempláře, apomorfie) organismy. Vzorec definice označuje předka. Definovaným taxonem je tedy ten předek a všichni jeho potomci. Obsah fylogeneticky definovaného taxonu tedy závisí na fylogenetické hypotéze.

Následují příklady typů fylogenetické definice (velká písmena označují specifikátory):[11]

  • Node-based: "clade pocházející z poslední společný předek A a B "nebo" nejméně inkluzní klade obsahující A a B "
  • Pobočkové: „clade skládající se z A a všech organismů nebo druhů, které sdílejí novějšího společného předka s A než se Z“ nebo „nejvíce zahrnující clade obsahující A, ale ne Z. Další termín pro definice tohoto druhu je na základě kmene.
  • Na základě apomorfie: „clade pocházející z prvního organismu nebo druhu, který vlastní apomorfii M zděděnou A“.

Jsou možné i jiné typy definic, které berou v úvahu nejen fylogenetické vztahy a apomorfie organismů, ale také to, zda příbuzné organismy jsou či nejsou existující.

Následující tabulka uvádí příklady fylogenetických definic subtypů, které mají také hodnosti v tradiční nomenklatuře. Pokud jsou všechny specifikátory v definici založené na uzlech existujícími exempláři nebo druhy, jako v následující definici Mammalia, skupina korun je definováno. (Tradiční definice Mammalia je méně omezující, včetně některých fosilních skupin mimo skupinu korun.)[12]

názevHodnostTypMožná fylogenetická definice
TyrannosauridaeRodinaTyranosaurus
Osborn 1905		Nejméně obsahující clade Tyrannosaurus rex Osborn 1905, Gorgosaurus libratus Lambe 1914 a Albertosaurus sarkofág Osborn 1905
MammaliaTřídaN / AClade pocházející z posledního společného předka člověka, Homo sapiens Linnaeus 1758 a ptakopyskové, Ornithorhynchus anatinus Shaw 1799
RodentiaObjednatN / ANejobsáhlejší clade obsahující domácí myš, Mus musculus Linnaeus 1758, ale ne východní bavlník, Sylvilagus floridanus Allen 1890
Neornithes
(Moderní ptáci)		PodtřídaN / AClade pocházející z posledního společného předka existujících členů nejinkluzivnějšího kladu obsahujícího vrabce domácího Passer domesticus Linnaeus 1758, ale ne dinosaurus Stegosaurus armatus Marsh 1887
TetrapodaNadtřídaN / AClade pocházející z nejstaršího předka, z něhož Homo sapiens Linné 1758 zdědil končetiny prsty nebo prsty

Verze

Návrh PhyloCode prošel několika revizemi. Všechny starší verze najdete na webové stránce. Od ledna 2020, aktuální verze je 5, dokončena v lednu 2014 a vydána 21. ledna 2019.

Organizace

Stejně jako u jiných nomenklaturních kódů platí pravidla PhyloCode jsou organizovány jako články, které jsou zase organizovány jako kapitoly. Každý článek může také obsahovat poznámky, příklady a doporučení.

Obsah

Registrační databáze

Jakmile je implementován, PhyloCode bude spojeno s registrací databáze, volala RegNum, který uloží všechny názvy a definice klade, které budou považovány za přijatelné.[13] Doufáme, že to poskytne veřejně použitelný nástroj pro přidružení názvů klade k definicím, které by pak mohly být spojeny se sadami subtaxa nebo vzorky skrz fylogenetické stromové databáze (např TreeBASE ).

Jak je v současné době plánováno, nejdůležitějším použitím RegNum však bude rozhodnutí, které jedno z řady synonym nebo homonym bude považováno za přijaté: s nejnižším registračním číslem, s výjimkou případů ochrany.

Dějiny

(Zhuštěné z PhyloCode 's Předmluva.[14])

The PhyloCode vyrostl z dílny v Harvardská Univerzita v srpnu 1998, kde bylo rozhodnuto o jeho rozsahu a obsahu. Mnoho účastníků workshopu spolu s několika dalšími lidmi, kteří se následně k projektu připojili, sloužili jako poradní skupina. V dubnu 2000 byl na internetu zveřejněn návrh web a připomínky byly vyžádány od vědecké komunity.

Druhý workshop se konal v univerzita Yale v červenci 2002, kdy došlo k určitým změnám v pravidlech a doporučeních EU PhyloCode. Občas byly provedeny i další revize.

První mezinárodní setkání fylogenetické nomenklatury, které se konalo od 6. července 2004 do 9. července 2004 v Paříž, Francie, se zúčastnilo asi 70 systematický a evoluční biologové od 11 národů.[15] Jednalo se o první otevřenou vícedenní konferenci, která byla zcela zaměřena na fylogenetické nomenklatury a poskytla místo pro otevření nového sdružení, Mezinárodní společnost pro fylogenetickou nomenklaturu (ISPN). Členství v ISPN volí Výbor pro fylogenetickou nomenklaturu (CPN), která převzala roli poradní skupiny, která dohlížela na dřívější fáze vývoje PhyloCode.

Druhé mezinárodní setkání fylogenetické nomenklatury se konalo od 28. Června 2006 do 2. Července 2006 v univerzita Yale (Nové nebe, Connecticut, USA).[16]

Třetí mezinárodní setkání fylogenetické nomenklatury se konalo od 21. Července 2008 do 22. Července 2008 v Dalhousie University (Halifax, nové Skotsko, Kanada).[17]

PhyloCode vstoupil v platnost vydáním doprovodného svazku, Fylonymyv roce 2020.[18]

Vlivy

Teoretický základ PhyloCode byl vyvinut v sérii článků od de Queiroz a Gauthier,[19][20][21] což bylo předzvěstí dřívějších návrhů, že název taxonu lze definovat odkazem na část a fylogenetický strom.[22]

Kdykoli je to možné, autoři PhyloCode použil koncept Biokód,[23] který se pokusil sjednotit přístup založený na hodnostech do jediného kódu jako modelu. Organizace tedy PhyloCode, část jeho terminologie a formulace určitých pravidel jsou odvozeny z Biokód. Další pravidla jsou odvozena z jednoho nebo více kódů založených na hodnostech, zejména botanických[24][25][26] a zoologické[27][28] kódy. Nicméně, mnoho pravidel v PhyloCode nemají žádný protějšek v žádném kódu založeném na taxonomických řadách kvůli zásadním rozdílům v definičních základech alternativních systémů.

Budoucnost

The PhyloCode je kontroverzní a inspiroval značnou kritiku některých taxonomů.[29] I když byl slavnostně otevřen před desítkami let, počet příznivců pro široké přijetí PhyloCode je stále malý. Zatímco Phylonyms byly zveřejněny na jaře 2020, zůstává nejasné, jak bude kodex implementován a jak široce se bude dodržovat.[30] Někteří příznivci se domnívají, že by to mělo být provedeno, alespoň zpočátku, jako soubor pravidel doprovázející přidruženou registrační databázi, RegNum, a že přijetí vědeckou komunitou může vycházet z popularizace RegNum jako nástroje pro hledání názvů a definic kladu.

Seznam publikovaných kritik PhyloCode najdete na Web ISPN, stejně jako seznam vyvrácení.

Reference

  1. ^ „International Society for Phylogenetic Nomenclature (website)“. Phylonames.org. Citováno 2010-07-07.
  2. ^ Laurin, M .; Bryant, H. N. (2009). „Třetí zasedání Mezinárodní společnosti pro fylogenetickou nomenklaturu: zpráva“. Zoologica Scripta. 38 (3): 333–337. doi:10.1111 / j.1463-6409.2008.00379.x.
  3. ^ „RegNum“. Florida muzeum. Citováno 4. dubna 2019.
  4. ^ „Mezinárodní kodex fylogenetické nomenklatury, verze 4b - kapitola II. Publikace“. Ohiou.edu. Citováno 2010-07-07.
  5. ^ „Mezinárodní kodex fylogenetické nomenklatury, verze 4b - článek 13: homonymie“. ohiou.edu. Citováno 2010-07-07.
  6. ^ „Mezinárodní kodex fylogenetické nomenklatury verze 4b, článek 14: Synonymie“. Ohiou.edu. Citováno 2010-07-07.
  7. ^ „Mezinárodní kodex fylogenetické nomenklatury, verze 4b - pravidlo 1.1“. Ohiou.edu. Citováno 2010-07-07.
  8. ^ „Mezinárodní kodex fylogenetické nomenklatury, verze 4b - článek 11. Specifikátoři a kvalifikační doložky“. Ohiou.edu. Citováno 2010-07-07.
  9. ^ „Mezinárodní kodex fylogenetické nomenklatury, verze 4b - článek 3. Hierarchie a hodnost“. Ohiou.edu. Citováno 2010-07-07.
  10. ^ Ačkoli si všimněte, že PhyloCode neumožňuje změnu názvu taxonu, když se změní jeho hodnost, zatímco kódy založené na hodnostech to vyžadují alespoň u některých jmen.
  11. ^ „Mezinárodní kodex fylogenetické nomenklatury, verze 4b - článek 9. Obecné požadavky na stanovení názvů kladu“. Ohiou.edu. Citováno 2010-07-07.
  12. ^ Anderson, Jason S. (2002). „Používání známých jmen ve fylogenetické nomenklatuře: odpověď Laurinovi“ (PDF). Systematická biologie. 51 (5): 822–827. doi:10.1080/10635150290102447. PMID  12396594. Citováno 28. prosince 2011.
  13. ^ „The PhyloCode: Article 8“.
  14. ^ „Mezinárodní kodex fylogenetické nomenklatury, verze 4b - předmluva“. Ohiou.edu. Citováno 2010-07-07.
  15. ^ Laurin, M .; P. D. Cantino (2004). "První mezinárodní setkání fylogenetické nomenklatury: zpráva". Zool. Scr. 33 (5): 475–479. doi:10.1111 / j.0300-3256.2004.00176.x.
  16. ^ Laurin, M .; P. D. Cantino (2007). „Druhé zasedání Mezinárodní společnosti pro fylogenetickou nomenklaturu: zpráva“. Zool. Scr. 36: 109–117. doi:10.1111 / j.1463-6409.2006.00268.x.
  17. ^ Laurin, M .; Bryant, H.N. (květen 2009). „Třetí zasedání Mezinárodní společnosti pro fylogenetickou nomenklaturu: zpráva“. Zoologica Scripta. 38 (3): 333–337. doi:10.1111 / j.1463-6409.2008.00379.x.
  18. ^ de Queiroz. K., Cantino. P. D., Gauthier. J. A. eds. (2020). Phylonyms: A Companion to the PhyloCode. CRC Press Boca Raton, FL
  19. ^ de Queiroz, K .; J. Gauthier (1990). "Fylogeneze jako ústřední princip v taxonomii: Fylogenetické definice názvů taxonů". Syst. Zool. Společnost systematických biologů. 39 (4): 307–322. doi:10.2307/2992353. JSTOR  2992353.
  20. ^ de Queiroz, K .; J. Gauthier (1992). "Fylogenetická taxonomie". Annu. Rev.Ecol. Syst. 23: 449–480. doi:10.1146 / annurev.es.23.110192.002313.
  21. ^ de Queiroz, K .; J. Gauthier (1994). "Směrem k fylogenetickému systému biologické nomenklatury". Trendy Ecol. Evol. 9 (1): 27–31. doi:10.1016/0169-5347(94)90231-3. PMID  21236760.
  22. ^ Ghiselin, M. T. (1984). ""Definice, „„ znak “a další dvojznačné výrazy. Syst. Zool. Společnost systematických biologů. 33 (1): 104–110. doi:10.2307/2413135. JSTOR  2413135.
  23. ^ Greuter, W .; D. L. Hawksworth; J. McNeill; A. Mayo; A. Minelli; P. H. A. Sneath; B. J. Tindall; P. Trehane; P. Tubbs (1998). „Návrh BioCode (1997): budoucí mezinárodní pravidla pro vědecké názvy organismů“. Taxon. Mezinárodní asociace pro taxonomii rostlin (IAPT). 47 (1): 127–150. doi:10.2307/1224030. JSTOR  1224030.
  24. ^ Greuter, W .; F. R. Barrie; H. M. Burdet; W. G. Chaloner; V. Demoulin; D. L. Hawksworth; P. M. Jørgensen; J. McNeill; D. H. Nicolson; P. C. Silva; P. Trehane (1994). Mezinárodní kodex botanické nomenklatury (Tokijský kód). Vědecké knihy Koeltz, Königstein, Německo. ISBN  1-878762-66-4.
  25. ^ Greuter, W .; F. R. Barrie; H. M. Burdet; V. Demoulin; T. S. Filgueiras; D. L. Hawksworth; J. McNeill; D. H. Nicolson; P. C. Silva; J. E. Skog; P. Trehane; N. J. Turland (2000). Mezinárodní kód botanické nomenklatury (Saint Louis Code). Vědecké knihy Koeltz, Königstein, Německo.
  26. ^ McNeill, J .; F. R. Barrie; H. M. Burdet; V. Demoulin; D. L. Hawksworth; K. Marhold; D. H. Nicolson; J. Prado; P. C. Silva; J. E. Skog; J. H. Wiersema; N. J. Turland (2006). Mezinárodní kodex botanické nomenklatury (Vídeňský kodex). Gantner, Ruggell, Lichtenštejnsko. ISBN  3-906166-48-1.
  27. ^ Mezinárodní komise pro zoologickou nomenklaturu (1985). Mezinárodní kodex zoologické nomenklatury (3. vyd.). International Trust for Zoological Nomenclature. ISBN  0-85301-006-4.
  28. ^ Mezinárodní komise pro zoologickou nomenklaturu (1999). Mezinárodní kodex zoologické nomenklatury (4. vydání). International Trust for Zoological Nomenclature. ISBN  0-85301-006-4.
  29. ^ Nixon, K.C., Carpenter, J.M. & Stevenson, D.W. (2003): PhyloCode je fatálně vadný a systém „Linnaean“ lze snadno opravit. Botanická revize č. 69 (1): pp111-–120 článek
  30. ^ Queiroz, Kevin De; Cantino, Philip D .; Gauthier, Jacques A. (27. května 2020). Phylonyms: společník PhyloCode. ISBN  9781138332935.

Literatura

externí odkazy