Biologický vzorek - Biological specimen

Biologické vzorky od studia Exploration Architecture
Viz také: zoologický exemplář

A biologický vzorek (také nazývaný a biospecimen) je biologický laboratorní vzorek v držení a biorepozitář pro výzkum. Takový exemplář by vzal vzorkování tak, aby byla reprezentativní pro jakýkoli jiný exemplář odebraný ze zdroje exempláře. Pokud jsou biologické vzorky skladovány, v ideálním případě zůstávají pro účely výzkumu ekvivalentní čerstvě shromážděným vzorkům.

Lidské biologické vzorky jsou uloženy v typu biorepozitáře zvaného a biobanka a věda o uchování biologických vzorků je nejaktivnější v oblasti biobankingu.

Kontrola kvality

Stanovení širokých standardů pro kvalitu biologických vzorků bylo zpočátku nedostatečně rozvinutým aspektem růstu biobank.[1] V současné době se diskutuje o tom, jaké standardy by měly být zavedeny a kdo by měl tyto standardy spravovat. Jelikož mnoho organizací stanoví své vlastní standardy a protože biobanky jsou nutně využívány více organizacemi a jsou obvykle směřovány k expanzi, harmonizace standardní provozní postupy pro laboratorní cvičení jsou vysokou prioritou.[1] Postupy musí být podloženy důkazy a budou se časem měnit, až bude k dispozici nový výzkum a technologie.[1]

Tvůrci pravidel

Určitý pokrok při vytváření organizací vytvářejících politiku zahrnuje Národní onkologický institut Vytvoření Úřadu pro biobanking a výzkum biologických vzorků (OBBR) v roce 2005[1] a každoroční symposia pro výzkum v oblasti biologických vzorků.[2] The Mezinárodní společnost pro biologické a environmentální úložiště, Mezinárodní agentura pro výzkum rakoviny, Organizace pro hospodářskou spolupráci a rozvoj a Australasian Biospecimen Network rovněž navrhly zásady a standardy.[1] V roce 2008 AFNOR, francouzská organizace pro standardizaci, zveřejnila první standard kvality specifický pro biobanky.[1] Aspekty ISO 9000 byly použity na biobanky.[1]

Cíle kvality

Kritéria kvality vzorků závisí na zvažované studii a neexistuje univerzální standardní typ vzorku.[1] Integrita DNA je důležitým faktorem pro studie, které zahrnují amplifikaci celého genomu.[3] Integrita RNA je pro některé studie zásadní a lze ji posoudit pomocí Gelová elektroforéza.[4] Také biobanky, které uchovávají vzorky, nemohou převzít plnou odpovědnost za integritu vzorků, protože předtím, než vzorky odeberou, musí je někdo shromáždit a zpracovat a je pravděpodobnější, že dojde ke zpoždění zpracování vzorků než k nedostatečnému skladování, a to k účinkům, jako je degradace RNA.[5]

Uložené vzorky

Biorepozitáře ukládají různé druhy vzorků.[Citace je zapotřebí ] Různé vzorky jsou užitečné pro různé účely.[Citace je zapotřebí ]

Vzorky biobank
vzorekpoužíváextrakční technikaúložný prostorcharakteristiky
tvář tkáňProfilování DNAbukální výtěrúčastníci se mohou sebrat; lze vyzvednout poštou; je tak snadné shromáždit, že informovaný souhlas může být nedostatečně řešen
plná krevvenepunkcivyžaduje flebotomista sbírat
Zaschlá krevposkytuje vysoce kvalitní DNA a RNAPrstlze snadno skladovat roky při pokojové teplotě
orgán tkáňdává vysokou kvalitu DNA, RNA, Mitochondriální DNA a zdroj nemociBiopsiemnoho použití sdílených s krví; vhodné i pro proteomický analýza; může být obtížné získat
Plazmaomezený obsah DNA a RNAFrakce krevní plazmyvyžaduje flebotomista sbírat
Močmarker pro některé diagnostické testyMočeníneinvazivní
Výkalyznačka pro některé diagnostické testyVzorek stoliceneinvazivní
KůžeVětšinou využívají forenzní týmy vyšetřující trestné činyv trestních věcech shromažďovány bez souhlasu dárce
VlasyVětšinou využívají forenzní týmy vyšetřující trestné činyAnalýza vlasův trestních věcech shromažďovány bez souhlasu dárce

Skladovací techniky

Mnoho vzorků v biobankách je konzervovaný.[Citace je zapotřebí ] Ostatní vzorky jsou uloženy jinými způsoby.[6]

Techniky spojené s biobankami

Některé z laboratorních technik spojených s ukládáním biologických vzorků zahrnují extrakce fenol-chloroformem, PCR, a RFLP.[Citace je zapotřebí ]

Reference

  1. ^ A b C d E F G h Hewitt, R. E. (2011). „Biobanking: základ personalizované medicíny“. Aktuální názor na onkologii. 23 (1): 112–119. doi:10.1097 / CCO.0b013e32834161b8. PMID  21076300.
  2. ^ Moore, H. M .; Compton, C. C .; Lim, M. D .; Vaught, J .; Christiansen, K. N .; Alper, J. (2009). „Sympózium pro výzkum biospecimenů 2009: Pokrok ve výzkumu rakoviny prostřednictvím vědy o biologických vzorcích“. Výzkum rakoviny. 69 (17): 6770–6772. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-09-1795. PMC  2782665. PMID  19706749.
  3. ^ Yuille, M .; Illig, T .; Hveem, K .; Schmitz, G .; Hansen, J .; Neumaier, M .; Tybring, G .; Wichmann, E .; Ollier, B. (2010). „Laboratorní správa vzorků v biobankách: zpráva skupiny odborníků na evropský konsenzus“. Biokonzervace a biobanking. 8 (1): 65–9. doi:10.1089 / bio.2010.8102. PMID  24836342.
  4. ^ Guerin, J. S .; Murray, D. W .; McGrath, M. M .; Yuille, M. A .; McPartlin, J. M .; Doran, P. P. (2010). „Směrnice Molecular Medicine Ireland pro standardizované biobanking“. Biokonzervace a biobanking. 8 (1): 3–63. doi:10.1089 / bio.2010.8101. PMID  24836341.
  5. ^ Barnes, M. G .; Grom, A. A .; Griffin, T. A .; Colbert, R. A .; Thompson, S. D. (2010). „Profily genové exprese z mononukleárních buněk periferní krve jsou citlivé na krátké zpoždění zpracování“. Biokonzervace a biobanking. 8 (3): 153–162. doi:10.1089 / bio.2010.0009. PMC  3129811. PMID  21743826.
  6. ^ Elliott, P .; Peakman, T. C .; Uk, B. (2008). „Protokol o zpracování a skladování vzorků britské biobanky pro sběr, zpracování a archivaci lidské krve a moči“. International Journal of Epidemiology. 37 (2): 234–244. doi:10.1093 / ije / dym276. PMID  18381398.

externí odkazy