Seznam softwaru pro hmotnostní spektrometrii - List of mass spectrometry software
![]() | tento článek obsahuje obsah, který je napsán jako reklama.Září 2019) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) ( |
Software pro hmotnostní spektrometrii je software používá se pro sběr dat,[1] analýza nebo reprezentace v hmotnostní spektrometrie.
Software Proteomics
V hmotnostní spektrometrii proteinů tandemová hmotnostní spektrometrie (také známý jako MS / MS nebo MS2) experimenty se používají pro protein /peptid identifikace. Algoritmy identifikace peptidů spadají do dvou širokých tříd: vyhledávání v databázi a de novo Vyhledávání. Předchozí hledání probíhá proti databázi obsahující všechny aminokyselina sekvence, u nichž se předpokládá přítomnost v analyzovaném vzorku, zatímco druhá odvozuje peptidové sekvence bez znalosti genomický data.
Algoritmy vyhledávání v databázi
název | Typ | Popis |
---|---|---|
ProSightPC a ProSightPD | proprietární | ProSightPC / PD jsou softwarové nástroje pro vyhledávání dat hmotnostní spektrometrie peptidů a proteinů proti databázím odvozeným od UniProt. Pomocí sady známých proteoforem může software efektivně prohledávat prostor známých proteoform, identifikovat a charakterizovat proteoformy. |
TopPIC | otevřený zdroj | TopPIC (identifikace a charakterizace proteinů na základě hmotnostní spektrometrie shora dolů) identifikuje a charakterizuje proteoformy na úrovni proteomu prohledáváním tandemového hmotnostního spektra shora dolů proti databázi proteinových sekvencí. TopPIC je nástupcem MS-Align +. Účinně identifikuje proteoformy s neočekávanými změnami, jako jsou mutace a posttranslační modifikace (PTM), přesně odhaduje statistickou významnost identifikací a charakterizuje hlášené proteoformy s neznámými hmotnostními posuny. Využívá několik technik, jako jsou indexy, spektrální zarovnání, metody generování funkcí a skóre identifikace modifikace (MIScore), ke zvýšení rychlosti, citlivosti a přesnosti.[2] |
TopMG | otevřený zdroj | TopMG (identifikace proteoformy založená na hmotnostní spektrometrii shora dolů pomocí Mass Graphs) je softwarový nástroj pro identifikaci ultramodifikovaných proteoformů prohledáváním tandemových hmotnostních spektra shora dolů proti databázi proteinových sekvencí. Je schopen identifikovat proteoformy s více variabilními PTM a neočekávanými změnami, jako jsou histonové proteoformy a fosforylované. Využívá hromadné grafy, které účinně představují kandidátské proteoformy s více proměnnými PTM, ke zvýšení rychlosti a citlivosti při identifikaci proteoform. Kromě toho se pro filtrování proteinových sekvencí používají přibližné filtrační metody založené na spektru a pro odhad statistické významnosti identifikací se používá metoda Markovova řetězce Monte Carlo (TopMCMC).[3] |
Andromeda (součást MaxQuant) | freeware | Andromeda je vyhledávač peptidů založený na pravděpodobnostním bodování. Co se týče dat proteomu, provádí Andromeda stejně jako Mascot, široce používaný komerční vyhledávač, jak je hodnoceno analýzou citlivosti a specificity na základě vyhledávání cílových návnad. Dokáže zpracovat data s libovolně vysokou přesností hmotnosti fragmentu, je schopen přiřadit a vyhodnotit složité vzory posttranslačních modifikací, jako jsou vysoce fosforylované peptidy, a pojme extrémně velké databáze. Andromeda může fungovat samostatně nebo integrovaná do MaxQuant. Tato kombinace umožňuje analýzu velkých datových sad na stolním počítači. Identifikace společně fragmentovaných peptidů zvyšuje počet identifikovaných peptidů. Vyvinut Jürgen Cox a další v Institut biochemie Maxe Plancka.[4] |
Byonic | proprietární | Algoritmus prohledávání databází vydaný v roce 2011 společností Protein Metrics Inc. s původním vývojem na PARC[5] který vyhledává MS / MS data ze všech typů přístrojů a interně využívá program Combyne,[6] který kombinuje identifikaci peptidů k produkci skóre bílkovin a pravděpodobnosti identifikace. |
Kometa | otevřený zdroj | Algoritmus prohledávání databáze vyvinutý na University of Washington k dispozici pro Windows a Linux. Všimněte si, že Comet je pouze jeden binární příkazový řádek, který vyhledává v databázi MS / MS. Zabývá se spektry v některých podporovaných vstupních formátech a zapisuje soubory .pep.xml, .pin.xml, .sqt a / nebo .out. Ke skutečnému využití výsledků komety budete potřebovat další podpůrné nástroje (k dispozici je pouze grafické uživatelské rozhraní pro Windows).[7] |
Příliv a odliv (přepsat Crux) | otevřený zdroj | Příliv a odliv je nástroj pro identifikaci peptidů z tandemových hmotnostních spekter. Jedná se o nezávislou reimplementaci algoritmu SEQUEST, který identifikuje peptidy porovnáním pozorovaných spekter s katalogem teoretických spekter odvozených in silico z databáze známých proteinů. Okamžitým předchůdcem Tide je Crux, ale Tide byl kompletně přepracován, aby dosáhl tisícinásobného zlepšení rychlosti při přesné replikaci skóre SEQUEST XCorr. Vyvinuto v University of Washington.[8] |
Greylag | otevřený zdroj | Algoritmus prohledávání databáze vyvinutý na Stowers Institute for Medical Research navržen k provádění velkých vyhledávání na výpočetní klastry se stovkami uzlů. |
Kontrolovat | otevřený zdroj | Algoritmus pro vyhledávání zarovnání MS k dispozici na Centrum pro výpočetní hmotnostní spektrometrii na Kalifornské univerzitě v San Diegu[9] |
Maskot | proprietární | Provádí analýzu dat hmotnostní spektrometrie prostřednictvím statistického vyhodnocení shody mezi pozorovanými a předpokládanými peptidovými fragmenty.[10] |
MassMatrix | freeware | MassMatrix je algoritmus pro vyhledávání v databázi pro tandemová hmotnostní spektrometrická data. Využívá pravděpodobnostní skórovací model citlivý na hmotnostní přesnost k hodnocení shody peptidů a proteinů. |
MassWiz | otevřený zdroj | Vyhledávací algoritmus vyvinutý na Ústav genomiky a integrační biologie k dispozici jako nástroj příkazového řádku systému Windows. |
MS-GF + | otevřený zdroj | MS-GF + (aka MSGF + nebo MSGFPlus) provádí identifikaci peptidu vyhodnocením MS / MS spekter proti peptidům odvozeným z databáze proteinových sekvencí. Podporuje standardní vstupní soubor HUPO PSI (mzML) a ukládá výsledky ve formátu mzIdentML, ačkoli výsledky lze snadno převést na TSV. ProteomeXchange podporuje kompletní odesílání dat pomocí výsledků vyhledávání MS-GF +. Vyvinuto v Centrum pro výpočetní hmotnostní spektrometrii na Kalifornské univerzitě v San Diegu, později pracoval v Pacific Northwest National Laboratory (PNNL) |
MSFragger | freeware | Rychlé vyhledávání v databázi založené na efektivní indexaci fragmentových iontů. Schopen otevřeného (hromadně tolerantního) vyhledávání posttranslační modifikace objev, propojený O a N glykoproteomika vyhledávání, semi-a neenzymatické vyhledávání kromě tradičních databázových vyhledávání. Vyvinuto v Michiganská univerzita.[11] |
MyriMatch | otevřený zdroj | Program pro vyhledávání databází vyvinutý na Vanderbilt University Medical Center navrženo pro běh v prostředí jednoho počítače nebo v celém shluku zpracovatelských uzlů.[12] |
MS-LAMP | Otevřený zdroj | Samostatný software schopný pomoci při interpretaci elektrosprejové ionizace (ESI) a / nebo matricové laserové desorpce a ionizace (MALDI) hmotnostní spektrometrické údaje lipidů.[13] |
OMSSA | freeware | Open Mass Spectrometry Search Algorithm (OMSSA) je efektivní vyhledávací modul pro identifikaci MS / MS peptidových spekter prohledáváním knihoven známých proteinových sekvencí. OMSSA hodnotí významné zásahy pomocí skóre pravděpodobnosti vyvinutého pomocí klasického testování hypotéz, což je stejná statistická metoda použitá v BLAST. Je vyvinut na Národní centrum pro biotechnologické informace.[14][15] |
PEAKS DB | proprietární | Databázový vyhledávač, který běží paralelně s de novo sekvenováním, aby automaticky ověřil výsledky hledání, což umožňuje vyšší počet nalezených sekvencí pro danou míru falešného zjišťování. Kromě poskytování nezávislého vyhledávání v databázi mohou být výsledky začleněny jako součást nástroje pro konsenzuální reporting softwaru inChorus v softwaru pro více motorů (Sequest, Mascot, X! Tandem, OMSSA, PEAKS DB).[16] Nástroj také poskytuje seznam sekvencí identifikovaných výhradně sekvenováním de novo. |
pFind | freeware | pFind Studio je výpočetní řešení pro proteomiku založenou na hmotnostní spektrometrii, které vyklíčilo v roce 2002 na Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China. |
Phenyx | proprietární | Vyvinutý společností Geneva Bioinformatics (GeneBio) ve spolupráci s Švýcarský institut pro bioinformatiku (SIB). Phenyx zahrnuje OLAV, rodinu statistických skórovacích modelů, pro generování a optimalizaci skórovacích schémat, která mohou být přizpůsobena pro všechny druhy nástrojů, instrumentální nastavení a obecné zpracování vzorků.[17] |
ProbID | otevřený zdroj | PI je výkonná sada pro analýzu tandemového hmotnostního spektra. ProbID se snaží naplnit potřebu hloubkové analýzy tandemového hmotnostního spektra, včetně pravidel fragmentace, preference štěpení, neutrálních ztrát atd. Vyvinuto ve společnosti Bioinformatics Group, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China.[18] |
ProLuCID | freeware | ProLuCID je rychlý a citlivý program identifikace proteinů založený na hmotnostních spektrech tandemu, který nedávno vytvořil Tao Xu a další v laboratoři Yates ve Výzkumném ústavu Scripps.[19] |
Software ProteinPilot | proprietární | Používá algoritmus pro vyhledávání v databázi Paragon, který kombinuje generování značek s krátkou sekvencí („taglets“) pro výpočet hodnot teploty sekvence a odhad pravděpodobnosti funkce, aby umožnil identifikaci peptidu s ohledem na stovky modifikací, netryptických štěpení a aminokyselinových substitucí. Používá algoritmus Pro Group pro analýzu odvození proteinů k hlášení minimální sady proteinů ospravedlněných na základě důkazů peptidů. Podporuje kvantifikaci pracovních postupů založených na štítcích (činidla iTRAQ, činidla mTRAQ a značení SILAC). Překladová vrstva převádí ovládací prvky uživatelského rozhraní v jazyce proteomického experimentálního vědce na základní složité parametry informatiky.[20] |
Prospektor bílkovin | otevřený zdroj | Protein Prospector je balíček asi dvaceti nástrojů pro proteomickou analýzu vyvinutých na Kalifornská univerzita v San Francisku. Software pro vyhledávání tandemové hmotnostní spektrometrie je Batch-Tag / Batch-Tag Web, přičemž výsledky jsou zpracovány a zobrazeny pomocí funkce Search Compare. Využívá skórovací systémy přizpůsobené nástroji a režim fragmentace k optimalizaci analýzy různých typů fragmentačních dat. |
Nálet | ztracený | Vyvinuto v Národním centru pro biotechnologické informace, Robust Accurate Identification (RAId)[21] je sada proteomických nástrojů pro analýzu dat tandemové hmotnostní spektrometrie s přesnými statistikami.[22] |
SEQUEST | proprietární | Identifikuje sbírky tandemových hmotnostních spekter k peptidovým sekvencím, které byly generovány z databází protein sekvence.[23] |
SIMS | otevřený zdroj | SIMS (Sequential Interval Motif Search) je design softwarového nástroje pro provádění neomezujícího vyhledávání PTM přes tandemová hmotnostní spektra; uživatelé nemusí charakterizovat potenciální PTM. Místo toho musí uživatelé pouze specifikovat rozsah modifikační hmoty pro každou jednotlivou aminokyselinu.[24] |
SimTandem | freeware | Databázový vyhledávač pro identifikaci peptidových sekvencí z dat LC / MS / MS; motor lze použít jako externí nástroj v OpenMS / TOPP.[25] |
SQID | otevřený zdroj | SeQuence IDentification (SQID) je algoritmus identifikace proteinu se zabudovanou intenzitou pro tandemovou hmotnostní spektrometrii. |
X! Tandem | otevřený zdroj | Porovnává tandemová hmotnostní spektra s peptidovými sekvencemi. |
WsearchVS2020 | freeware | Software pro analýzu dat, který dokáže zobrazit spektra získaná na komerčních přístrojích MS. Může také vyhledávat / porovnávat komerční databázi NIST |
Algoritmy sekvenování de novo
Algoritmy sekvenování peptidů de novo jsou obecně založeny na přístupu navrženém v Bartels et al. (1990).[26]
název | Typ | Popis |
---|---|---|
CycloBranch | otevřený zdroj | Samostatný, multiplatformní a open-source de novo engine pro identifikaci neribozomálních peptidů (lineárních, cyklických, rozvětvených a větvových cyklů) z přesných produktových iontových spekter.[27] |
DeNovoX | proprietární | De novo sekvenování na CID spektrech získaných hmotnostními spektrometry iontové pasti dodávajícími úplné a / nebo částečné peptidové sekvence (tagy sekvence).[28] |
DeNoS | Sekvenování peptidů s využitím všech informací z CAD a ECD spekter; část softwarového nástroje Proteinmatching Analysis Software (PAS), který je zase součástí softwarového balíčku Medicwave Bioinformatics Suite (MBS).[29] | |
Lutefisk | otevřený zdroj | Software pro de novo interpretaci peptidových CID spekter. |
Novorozenec | proprietární, zdarma pro akademický výzkum | Stroj pro sekvenování peptidů de novo v reálném čase, který je rychlý, přesný a snadno integrovatelný do výzkumných kanálů. Novor může na notebooku Macbook Pro de novo sekvenovat více než 300 MS / MS spekter za sekundu.[30] |
PEAKS | proprietární | Sekvenování de novo pro každý peptid, skóre spolehlivosti při přiřazení jednotlivých aminokyselin s ručně asistovaným režimem a automatizované sekvenování de novo na celém LC zpracovává data rychleji než 1 spektrum za sekundu.[31][32] |
Supernovo | proprietární | Unikátní hands-free řešení pro end-to-end de novo sekvenování monoklonálních protilátek |
Algoritmy prohledávání homologie
název | Typ | Popis |
---|---|---|
MS-homologie | otevřený zdroj | MS-Homology je program pro vyhledávání v databázi v balíčku Protein Prospector, který umožňuje vyhledávání pomocí řetězců, které kombinují hmoty a aminokyselinové úseky, kde lze určit počet povolených nesouladů aminokyselin. |
PAVOUK | proprietární | Algoritmus SPIDER spojuje sekvenční značky s chybami s databázovými sekvencemi za účelem identifikace proteinů a peptidů a lze jej použít ve spojení se softwarem pro analýzu dat PEAKS hmotnostní spektrometrií. |
Kvantifikace MS / MS peptidů
název | Typ | Popis |
---|---|---|
Software MarkerView | proprietární | Komerční software pro statistickou analýzu pro množinové datové soubory kvantitativních hmotností z aplikací metabolomiky a proteomického profilování. |
Maskot Distiller | proprietární | Software pro vychystávání špiček a předzpracování nezpracovaných dat. Má volitelnou sadu nástrojů pro kvantifikace bez označení stejně jako izobarické značení a izotopové značení. Podporuje nezpracované formáty souborů od všech hlavních dodavatelů nástrojů. |
Maskotový server | proprietární | Vyhledávač podporuje kvantifikaci založenou na izobarické značení pokud jsou všechny požadované informace součástí spektra MS / MS. |
MassChroQ | otevřený zdroj | Analýza kvantifikace peptidů štítek zdarma nebo různé izotopové značení metody (SILAC ICAT, N-15, C-13…), pracuje se spektrometrickými systémy s vysokým a nízkým rozlišením, podporuje komplexní zpracování dat jako peptidová nebo proteinová frakcionace před analýzou LC-MS (SCX, SDS-PAGE atd.). |
Max | freeware | Kvantitativní proteomický software vyvinutý Jürgenem Coxem a dalšími na Institut biochemie Maxe Plancka v Martinsried, Německo napsáno v C# , který umožňuje analýzu štítek zdarma a SILAC založené proteomické experimenty. |
Software MultiQuant | proprietární | Dokáže zpracovat kvantitativní datové sady ze systémů TripleTOF nebo QTRAP, včetně MRM a Akvizice SWATH. |
OpenMS / TOPP | otevřený zdroj | Softwarová knihovna C ++ pro správu a analýzu dat LC-MS / MS, která nabízí infrastrukturu pro vývoj softwaru souvisejícího s hmotnostní spektrometrií. Umožňuje kvantifikaci peptidů a metabolitů, podporuje bez štítků a kvantifikace založená na izotopové značce (např iTRAQ a TMT a SILAC ) stejně jako cílené SWATH-MS kvantifikace.[33] |
OpenPIP | otevřený přístup | OpenPIP je webový nástroj s otevřeným přístupem vyvinutý společností InterVenn Biosciences pro integraci špiček získaných při experimentech s monitorováním více reakcí (MRM). Software je napájen rekurentními neuronovými sítěmi a byl trénován na masivní kolekci ručně anotovaných chromatografických píku. |
ProtMax | freeware | ProtMAX[34] je softwarový nástroj pro analýzu datových souborů hmotnostní spektrometrie s brokovnicí proteomiky, vyvinutý Volkerem Egelhoferem na vídeňské univerzitě. |
Spectronaut | proprietární | Komerční software pro kvantitativní proteomiku vyvinutý společností Biognosys AG (Schlieren, Švýcarsko) na základě algoritmu mProphet[35] který umožňuje cílenou analýzu nezávislý sběr dat (DIA) datové sady pro kvantifikaci peptidů bez označení, nazývané také SWATH akvizice.[36] |
Panoráma | otevřený zdroj | Open source (Apache 2.0) klientský software Windows vyvinutý v laboratoři MacCoss na Washingtonské univerzitě[37] který podporuje budování Selected Reaction Monitoring (SRM) / Multiple Reaction Monitoring (MRM), Parallel Reaction Monitoring (PRM - Targeted MS / MS), Data Independent Acquisition (DIA / SWATH) a cílené DDA s kvantitativními metodami MS1 a analýzou výsledného hmotnostního spektrometru data. |
SWATH Software 2.0 | proprietární | Komerční nástroj pro zpracování softwaru v rámci PeakView, který umožňuje cílené zpracování dat SWATH data pořízení. Za použití proteinové / peptidové iontové knihovny se generují iontové chromatogramy extrahované fragmenty iontů (XIC), hodnotí se a kvantifikují se peptidy z knihovny. Po falešné analýze rychlosti objevu (FDR) jsou výsledky filtrovány a kvantitativní data peptidů / proteinů mohou být exportována pro statistickou analýzu. |
BACIQ | otevřený zdroj | BACIQ je matematicky přísný přístup, který integruje peptidové intenzity a shodu měření peptidů do intervalů spolehlivosti pro poměry proteinů (BACIQ). Hlavní výhody BACIQ jsou: 1) odstraňuje potřebu prahovat nahlášený peptidový signál na základě libovolného cut-off, čímž hlásí více měření z daného experimentu; 2) spolehlivost lze přiřadit bez replikátů; 3) pro opakované experimenty BACIQ poskytuje intervaly spolehlivosti pro sjednocení, nikoli prolínání, kvantifikovaných proteinů; 4) pro opakované experimenty jsou intervaly spolehlivosti BACIQ prediktivnější než intervaly spolehlivosti na základě dohody o měření bílkovin. |
Jiný software
název | Typ | Popis | |
---|---|---|---|
AHOJkvant | otevřený zdroj | Model a algoritmus prvního principu pro kvantifikaci stechiometrií proteoform z dat zdola nahoru.[38] | |
TopFD | otevřený zdroj | TopFD (Top-down mass spectral Feature Detection) je softwarový nástroj pro spektrální dekonvoluci shora a nástupce MS-Deconv. Seskupuje spektrální vrcholy shora dolů do izotopomerových obalů a převádí izotopomerové obálky na monoisotopické neutrální hmoty. Kromě toho extrahuje proteoformní funkce z dat LC-MS nebo CE-MS. | |
ArtIST od společnosti Clover Biosoft | proprietární | (Artificial Intelligence Straing Typing) MALDI-TOF MS analýza dat a nástroje pro zjišťování biomarkerů, založené na umělé inteligenci a algoritmech strojového učení. ArtIST je služba online. | |
Pokročilý vývoj chemie | proprietární | Komerční řešení pro interpretaci dat MS a xC / MS se shodou spektra / struktury, identifikaci známých a neznámých metabolitů, jakož i pro identifikaci sloučenin pomocí spektrálního srovnání. | |
Analytik | proprietární | Software společnosti AB Sciex, divize společnosti The Danaher Corporation. | |
AnalyzerPro | proprietární | Nezávislá softwarová aplikace od dodavatele SpectralWorks pro zpracování dat hmotnostní spektrometrie. Může zpracovávat data GC-MS i LC-MS pomocí kvalitativního a kvantitativního zpracování dat a používá se v metabolomice pomocí MatrixAnalyzer pro srovnání více datových sad. Nedávno rozšířeno o nástroje pro statistickou analýzu a vizualizaci (PCA). AnalyzerPro XD je 64bitová verze, která zahrnuje podporu pro dvourozměrné zpracování dat, jako je GCxGC-MS. | |
CFM-ID | otevřený zdroj | Software pro predikci spekter ESI-MS / MS in-silico, anotaci spekter MS / MS a identifikaci sloučenin na základě spektra MS / MS. Vyvinuto v Wishartlab[39][40][41][42] | |
Chromeleon | proprietární | Software od Thermo Fisher Scientific používá se jak s přístroji pro hmotnostní spektrometrii, tak s chromatografickými přístroji. | |
Crosslinx | otevřený zdroj | Identifikujte zesítěné peptidy ze souborů mzML. Skript Pythonu nebo samostatné spustitelné soubory pro Linux a Windows. Realizovatelné pro větší databáze s dvoustupňovým přístupem.[43] | |
DeNovoGUI | otevřený zdroj | Software s grafickým uživatelským rozhraním pro provoz paralelních verzí volně dostupných softwarových nástrojů pro sekvenování de novo Novor a PepNovo +.[44] | |
Easotop | otevřený zdroj | Software pro archivaci, organizaci a analýzu dat hmotnostního spektrometru. V současné době se orientuje na shlukovaný CO2 analýza, ale také užitečné pro hromadný CO2 fungující a rozšiřitelné na další izotopové systémy. | |
[El-MAVEN] | open-source | Desktopový software od Elucidata pro zpracování označených dat LC-MS, GC-MS a LC-MS / MS v otevřených formátech (mzXML, mzML, CDF). Tento software má grafické rozhraní a rozhraní příkazového řádku s integrací do cloudové platformy pro ukládání a další analýzy, jako je relativní tok a kvantifikace.[45] | |
ESIprot | Umožňuje stanovení stavu náboje a výpočet molekulové hmotnosti pro data hmotnostní spektrometrie (MS) elektrosprejové ionizace (ESI) proteinů s nízkým rozlišením.[46] | ||
Expresionistický | proprietární | Podnikové softwarové řešení od Genedata pro zpracování, analýzu a hlášení údajů hmotnostní spektrometrie v aplikačních oblastech, jako je charakterizace bioterapeutik, monitorování kvality a související aplikace proteomiky a metabolomiky. | |
KnowItAll Software pro spektroskopii a hromadná spektrální knihovna | proprietární | Software od Wiley s řešeními pro hmotnostní spektrometrii včetně: spektrální analýzy, prohledávání databáze (spektrum, struktura, pík, vlastnost atd.), zpracování, budování databáze (MS nebo více technik včetně IR, Raman, NMR, UV, chromatogramů), odečítání spektra, plus nástroje pro podávání zpráv a ChemWindow strukturní výkres. | |
LabSolutions LCMS | proprietární | Software od Společnost Shimadzu používá se s hmotnostní spektrometrií a HPLC přístroji. | |
Mass ++ | otevřený zdroj | Analytický software pro hmotnostní spektrometrii, který umí importovat a exportovat soubory v otevřených formátech (mzXML, mzML) a načítat některé formáty dodavatelů přístrojů; uživatelé mohou vyvíjet a přidávat originální funkce jako doplňky Mass ++. | |
MassBank.jp | webová stránka | web hostovaný Institutem pro pokročilé biologické vědy ve městě Keio University, Město Tsuruoka, Yamagata, Japonsko s hmotnostními spektrometrickými údaji pro organické sloučeniny. | |
MassBank.eu | webová stránka | Evropský server MassBank. Web je udržován a hostován Helmholtzovo centrum pro výzkum životního prostředí (Lipsko, Německo) | |
MassBank | otevřený zdroj | Vývojové webové stránky MassBank a RMassBank poskytované konsorciem MassBank. Data MassBank jsou sdílena pod licencí Creative Commons. | |
MassCenter | proprietární | Software od JEOL používá se s přístroji hmotnostní spektrometrie. | |
Mass Frontier | proprietární | Software od HighChem používá se pro interpretaci a správu hmotnostních spekter malých molekul. | |
MassLynx | proprietární | Software od Waters Corporation. | |
MassMap | proprietární | Univerzální softwarová sada pro automatické vyhodnocení dat MS pomocí MassMap GmbH & Co. KG, vhodný pro data LC / MS a GC / MS všech druhů molekul, analýzu intaktních hmotnostních spekter proteinů, analýzu obecných experimentů HDX a analýzu fragmentů HDX peptidů, se zvláštním způsobem identifikace neočekávaných / neznámých komponenty i ve velmi složitých směsích. | |
Hromadit | open-source | Utilita pro proteomiku určená k podpoře předzpracování a analýzy dat hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF, která načítá data ze souborů mzML, mzXML a CSV a umožňuje uživatelům použít základní korekci, normalizaci, vyhlazení, detekci špiček a porovnávání špiček. Kromě toho umožňuje použití různých strojového učení a statistických metod na předzpracovaná data pro zjišťování biomarkerů, bezobslužné shlukování a klasifikaci vzorků pod dohledem.[47] | |
massXpert | open source GPL | Grafický software založený na uživatelském rozhraní (GUI) pro simulaci a analýzu hmotnostních spektrometrických dat získaných ze známých biopolymerních sekvencí.[48] Nástupce polyxmasy. Program msxpertsuite.org softwarová sada. | |
zápalky | otevřený zdroj | Knihovna Pythonu pro import, čištění, zpracování a kvantitativní srovnání spektra MS / MS. Vyvinuto v Nizozemské centrum eScience.[49] | |
Databázová a technologická platforma METLIN | proprietární | Společnost METLIN, která byla vytvořena v roce 2003, nyní zahrnuje více než milion molekul od lipidů, steroidů, rostlinných a bakteriálních metabolitů, malých peptidů, sacharidů, exogenních léčiv / metabolitů, centrálních metabolitů uhlíku a toxických látek. Metabolity a další malé molekuly byly jednotlivě analyzovány, aby poskytly jak empirické údaje, tak údaje in silico MS / MS. | |
mineXpert | open source GPL | Software založený na grafickém uživatelském rozhraní (GUI) pro vizualizaci / těžbu hmotnostních spektrálních dat. Podporuje hmotnostní spektrometrii iontové mobility. [50]. Program msxpertsuite.org softwarová sada. | |
mMass | otevřený zdroj | Multiplatformní balíček nástrojů pro analýzu a interpretaci hmotnostních spektrometrických dat napsaný v Krajta (není rozvinutější). | |
MolAna | MolAna byla vyvinuta společností Phenomenome Discoveries Inc (PDI) pro použití ve 3Q molekulárním analyzátoru IONICS Mass Spectrometry Group, Trojitý kvadrupólový hmotnostní spektrometr | ||
ms2mz | freeware | Nástroj pro převod mezi formáty souborů hmotnostního spektrometru, např. převést proprietární binární soubory na soubory seznamu špiček MGF a připravit soubory pro nahrání do Proteome Cluster. | |
MSGraph | otevřený zdroj | ||
MSight | freeware | Software pro zobrazování hmotnostní spektrometrií vyvinutý společností Švýcarský institut pro bioinformatiku.[51] | |
MSiReader | freeware | Vendor-neutrální rozhraní postavené na platformě Matlab určené k prohlížení a provádění datové analýzy dat z hmotnostní spektrometrie (MSI).[52] Matlab nemusí používat MSiReader. | |
mspire | open-source | Panel nástrojů pro vývojáře informatiky s hmotnostní spektrometrií napsaný v ruby, který zahrnuje čtečku / zapisovačku mzML, digesci in-silico a výpočet izotopových vzorů atd .; funkčnost rozšiřují dílčí moduly jako mspire-lipidomics, mspire-sequest a mspire-simulator.[53] | |
MSqRob | open-source | Balíček R s grafickým uživatelským rozhraním pro robustní analýzu diferenciální hojnosti kvantitativních proteomických dat bez označení.[54][55][56] | |
Multimaging | proprietární | Software pro zobrazování pomocí hmotnostní spektrometrie určený k normalizaci, validaci a interpretaci obrazů MS. | |
multiMS-Toolbox | otevřený zdroj | ms-alone a multiMS-toolbox je řetěz nástrojů pro extrakci špiček dat hmotnostní spektrometrie a statistickou analýzu. | |
mzCloud | webová stránka | Webová hmotnostní spektrální databáze, která obsahuje soubor dat tandemové hmotnostní spektrometrie s vysokým a nízkým rozlišením získaných za řady experimentálních podmínek. | |
MZmine 2 | otevřený zdroj | Software s otevřeným zdrojovým kódem pro zpracování dat hmotnostní spektrometrií s hlavním zaměřením na data LC-MS. | |
OmicsHub Proteomics | OmicsHub Proteomics kombinuje LIMS pro správu informací o hromadných specifikacích s funkcemi analýzy dat na jedné platformě. | ||
OpenChrom | otevřený zdroj | Software pro chromatografii a hmotnostní spektrometrii, který lze rozšířit pomocí zásuvných modulů a je k dispozici pro několik operačních systémů (Microsoft Windows, Linux, Unix, Mac OS X) a procesorových architektur (x86, x86_64, ppc). s převaděči pro nativní přístup k různým datovým souborům, např. převaděče pro formáty souborů mzXML, netCDF, Agilent, Finnigan a Varian. | |
ORIGAMI | otevřený zdroj | Softwarová sada pro analýzu souborů hmotnostní spektrometrie hmotnostní spektrometrie a iontové mobility. ORIGAMI byl původně vyvinut za účelem zlepšení pracovních postupů analýzy aktivovaných datových sad aktivovaných IM-MS / kolizí vyvolaných (CIU) a umožnění bezproblémové vizualizace výsledků. Nedávno byl ORIGAMI upraven tak, aby více akceptoval non-MS centric a umožňuje vizualizaci výsledků z jiných zdrojů, stejně jako umožňuje export všech výsledků v interaktivním formátu, kde může uživatel sdílet libovolnou datovou sadu a vizualizovat v internetovém prohlížeči.[57] | |
PatternLab | freeware | Software pro následnou analýzu výsledků vyhledávání v databázi SEQUEST, ProLuCID nebo Comet filtrovaný pomocí DTASelect nebo Census.[58] | |
pyOpenMS | otevřený zdroj | pyOpenMS je open-source knihovna Pythonu pro hmotnostní spektrometrii, konkrétně pro analýzu dat proteomiky a metabolomiky v Pythonu. | |
SIM-XL | freeware | Spektrální identifikační stroj pro zesítěné peptidy (SIM-XL) je rychlý a citlivý vyhledávací modul XL, který je součástí prostředí PatternLab pro proteomické prostředí k analýze dat tandemové hmotnostní spektrometrie odvozených ze zesítěných peptidů.[59] | |
Páv | otevřený zdroj | Aplikace pro Mac OS X vyvinutá Johan Kool které lze použít k interpretaci datových souborů plynové chromatografie / hmotnostní spektrometrie (GC / MS). | |
PeakInvestigator | proprietární | Vylepšení 3-4násobného efektivního rozlišení při následném zpracování výstupu surových dat profilu z hromadných specifikací. Pokročilý software pro zpracování signálu Veritomyx pro detekci špiček, dekonvoluci a centroidování surových dat profilu hromadného profilu odhaluje několik vrcholů skrytých v překrývajících se datech. Pozoruhodné rysy: řádová vylepšení v přesnosti hmotnosti a hojnosti pro dekonvolvované vrcholy; místní dynamické směrování; pokročilý algoritmus prahování zvyšuje citlivost v širokém dynamickém rozsahu; statisticky řízený a zcela automatizovaný (bez variací mezi uživateli). Úplnější a přesnější výsledné hromadné seznamy usnadňují rychlejší a nákladově efektivnější následné stanovení správných biomolekulárních identifikací. | |
Vrchol | Proprietární | Od komplexní kvantifikace mnoha tisíc proteinů napříč stovkami vzorků pomocí DDA, DIA, PRM nebo SRM s plně integrovanou statistikou a biologickou interpretací, přes kompletní rutinu identifikace glykoproteinů vázaných na N až po velmi hloubkovou analýzu charakterizace proteinů, včetně mapování peptidů, vyhledávání s tolerancí chyb a analýza disulfidů, to vše je k dispozici v jediném softwaru. Analýza stovek vzorků přináší velké problémy s variací LC a MS, když jsou spuštěny během měsíců akvizice, a software to může automaticky opravit. Možnosti vizualizace, úpravy a anotace mohou být přizpůsobeny tak, aby byly na vysoké úrovni proteinů nebo na mnohem nižší úrovni přechodů nebo izotopů. | |
PIQMIe | web | Služba správy a integrace dat Proteomics Identifikace / kvantifikace je webový nástroj, který pomáhá ve spolehlivé a škálovatelné správě dat, analýze a vizualizaci semikvantitativních (SILAC ) proteomické experimenty.[60] | |
POTAMOS | otevřený zdroj | Webová aplikace, která poskytuje vypočítaná data hmotnostní spektrometrie nezávisle na přístroji zaměřeném na dobře známou rodinu proteinů histonů, o nichž se předpokládá, že PTM hrají klíčovou roli v regulaci genů; vypočítá druh, počet a kombinace možných PTM odpovídajících dané peptidové sekvenci a dané hmotnosti. | |
ProMass | proprietární | ProMass je automatizovaný softwarový balíček pro dekonvoluci a hlášení biomolekul, který se používá ke zpracování dat ESI / LC / MS nebo jednotlivých hmotnostních spekter ESI. Využívá nový algoritmus dekonvoluce ZNova k výrobě dekonvolutovaných hmotnostních spekter bez artefaktů. ProMass je v současné době k dispozici pro platformy Thermo, Waters a Shimadzu. Je také k dispozici ve formátu „lite“ založeném na prohlížeči s názvem ProMass pro web, který nevyžaduje žádnou instalaci ani stahování softwaru. | |
PROTRAWLER | Aplikace pro redukci dat LC / MS, která čte data od dodavatele surové hmotnostní spektrometrie (od různých známých společností zabývajících se přístroji) a vytváří seznamy tripletů {mass, retention time, integrated signal intensity}, které shrnují LC / MS chromatogram. | ||
ProteoIQ | proprietární | Software pro následnou analýzu výsledků vyhledávání v databázi Mascot, SEQUEST nebo X! Tandem.[61][62][63] | |
Proteomatické | Freeware | Potrubí pro zpracování dat vytvořené za účelem vyhodnocení experimentů s hmotnostní spektrometrickou proteomikou.[64] | |
ProteomicsNástroje | otevřený zdroj | Software pro následnou analýzu výsledků vyhledávání v databázích MASCOT, SEQUEST, Comet, XTandem, PFind, PeptidePhophet, MyriMatch, MSGF, OMSSA, MSAmanda nebo Percolator.[65] | |
ProteoWizard | otevřený zdroj | Propojte knihovnu a nástroje, které jsou sadou modulárních a rozšiřitelných open-source nástrojů pro různé platformy a softwarových knihoven, které usnadňují analýzu dat proteomiky. | |
ProteoWorker | proprietární | Cloudový software pro analýzu proteomických dat včetně COMET, Peptide Prophet, ProteinProphet a rozsáhlých nástrojů pro třídění, filtrování a anotaci dat. | |
Ustanovení | otevřený zdroj | Cloudový software napsaný v R pro analýzu proteomických dat generovaných MaxQuant. Tento software je zaměřen na analýzu dat diferenciální kvantifikace a poskytuje nástroje a možnosti vizualizace pro usnadnění analýzy. Je možné zpracovat data bez štítků a tandemová hromadně označená data.[66] | |
pymzML | otevřený zdroj | Krajta modul k rozhraní data mzML v Pythonu založeném na cElementTree s dalšími nástroji pro MS-informatiku.[67] | |
Pyteomika | otevřený zdroj | A Krajta rámec pro analýzu dat proteomiky.[68] | |
Quantem | Software pro kvantifikaci ESI-MS bez analytických standardů. Vyvinuto v Kruvelab, distribuovány Kvantová analýza | ||
Quantinetix | proprietární | Software pro zobrazování pomocí hmotnostní spektrometrie určený ke kvantifikaci a normalizaci obrazů MS v různých typech studií, který je kompatibilní s řadou přístrojů MSI, včetně Bruker, Sciex, Thermo a iMZML. | |
Doplněk Excel Rational Numbers | proprietární | Identifikační nástroj de novo, který pracuje s Microsoft Excel 2010, Excel 2013 a Excel 2016. | |
Racionální vyhledávání čísel | proprietární | Identifikace malých molekul porovnáním fragmentačních dat s přesnou hmotou do databáze 2 500 000 molekul představovaných jako matematické oddíly | |
REGATA | LC / MS seznam srovnávací aplikace, která pracuje s ProTrawler (ale přijímá vstup ve formátu Excel / CSV), aby poskytla prostředí pro filtrování a normalizaci seznamů výsledků LC / MS a seznamů {mass, retention time, integrated intensive}. | ||
RemoteAnalyzer | proprietární | Software od SpectralWorks pro dodavatele nezávislá řešení typu „klient / server“ s otevřeným přístupem, která zajistí uvedení do provozu a použití datového systému LC-MS a GC-MS; podpora řízení a zpracování dat pro hardware více dodavatelů. Podporujte také NMR vybavení a zpracování dat. | |
Lešení | proprietární | Sada proteomických nástrojů pro analýzu spekter, peptidů a proteinů ve více vzorcích. | |
SCIEX OS | proprietární | Software nové generace od SCIEX ovládání hmotnostních spektrometrů řady X a podpora analýzy dat získaných pomocí softwarové sady Analyst. | |
SCiLS Lab | proprietární | Software od více dodavatelů pro statistickou analýzu obrazových dat hmotnostní spektrometrie. | |
SimGlycan | proprietární | Předpovídá strukturu glykanů a glykopeptidů pomocí hmotnostní spektrometrie MS / MS dat. | |
SIMION | proprietární | Program simulace iontové optiky | |
Spektrolyzér | Spectrolyzer je softwarový balíček založený na Microsoft Windows, který poskytuje nástroje pro analýzu bioinformatických dat pro různé hmotnostní spektrometry, které se zaměřují na hledání proteinových biomarkerů a detekci odchylek proteinů. | ||
Spektromanie | proprietární | Software pro analýzu a vizualizaci hmotnostních spektrometrických dat.[69] | |
StavroX | freeware | Software pro identifikaci zesítěných peptidů z údajů hmotnostní spektrometrie zapsaných v Jáva that can be used for a wide variety of cross linkers and proteases used in the cross linking MS experiment; it compares theoretical peptide-peptide cross link combinations for the analyzed proteins to MS/MS data.[70] | |
Swiss Mass Abacus | otevřený zdroj | Swiss Mass Abacus is a calculator of peptide and glycopeptide masses. It is purposefully kept as simple as a basic calculator executing arithmetic operations. | |
TOF-DS | proprietární | Software by Markes International used with BenchTOF time-of-flight mass spectrometers | |
TurboMass | proprietární | GC/MS software by PerkinElmer. | |
Trans-Proteomic Pipeline (TPP) | otevřený zdroj | The Trans-Proteomic Pipeline (TPP) is a collection of integrated tools for MS/MS proteomics that includes PeptideProphet for the Statistical validation of PSMs using search engine results, iProphet for distinct peptide sequence validation, using PeptideProphet results (can also combine the results of multiple search engines) and ProteinProphet for Protein identification and validation, using PeptideProphet OR iProphet results. TPP does also Protein Quantification with XPRESS (Calculation of relative abundances of peptides and proteins from isotopically labeled MS/MS samples), ASAPRatio (Automated Statistical Analysis on Protein Ratio; an alternative to XPRESS) and Libra (Quantification of isobarically-labeled samples (e.g. iTraq, TMT, etc.) for any number of channels). The TPP currently supports Sequest, Mascot, ProbID, X!Tandem, Comet, SpectraST, MSGF+, Inspect, MyriMatch, and Phenyx. Vyvinuto v Seattle Proteomic Centre (SPC).[71] | |
Universal Mass Calculator | Universal Mass Calculator (UMC) for Windows written in C++ is a proprietary toolbox for calculating relevant information from sum formulae, e.g. isotope distribution, mass differences, mass deviations and mass/isotope information of the elements, degree of deuteration. | ||
ZMIJE | Analysis of accurate mass and chromatography retention time analysis of LC-MS features (accurate mass and time tag approach).[73] | ||
Xcalibur | proprietární | Software by Thermo Fisher Scientific used with mass spectrometry instruments. | |
XCMS Online (Cloud-Based) | proprietární | Freely available and the most widely used metabolomic and lipidomic data processing platform with over 21,000 users as of 2017. |
Viz také
- Datový formát hmotnostní spektrometrie: for a list of mass spectrometry data viewers and format converters.
- List of protein structure prediction software
Reference
- ^ Cree, Duncan; Pliya, Prosper (November 2019). "Effect of elevated temperature on eggshell, eggshell powder and eggshell powder mortars for masonry applications". Journal of Building Engineering. 26: 100852. doi:10.1016/j.jobe.2019.100852. ISSN 2352-7102.
- ^ kou, Qiang; Xun, Likun; Liu, Xiaowen (2016). "TopPIC: a software tool for top-down mass spectrometry-based proteoform identification and characterization". Bioinformatika. 32 (22): 3495–3497. doi:10.1093/bioinformatics/btw398. ISSN 1460-2059. PMC 5181555. PMID 27423895.
- ^ kou, Qiang; Wu, Si; Tolić, Nikola; Paša-Tolić, Ljiljana; Liu, Yunlong; Liu, Xiaowen (2017). "A mass graph-based approach for the identification of modified proteoforms using top-down tandem mass spectra". Bioinformatika. 33 (9): 1309–1316. doi:10.1093/bioinformatics/btw806. ISSN 1460-2059. PMC 5860502. PMID 28453668.
- ^ Cox, Jürgen; Neuhauser, Nadin; Michalski, Annette; Scheltema, Richard A.; Olsen, Jesper V .; Mann, Matthias (2011). "Andromeda: A Peptide Search Engine Integrated into the MaxQuant Environment". Journal of Proteome Research. 10 (4): 1794–1805. doi:10.1021/pr101065j. ISSN 1535-3893. PMID 21254760.
- ^ Bern, Marshall; Cai, Yuhan; Goldberg, David (2007). "Lookup Peaks: A Hybrid of de Novo Sequencing and Database Search for Protein Identification by Tandem Mass Spectrometry". Analytická chemie. 79 (4): 1393–1400. doi:10.1021/ac0617013. PMID 17243770.
- ^ Bern, Marshall; Goldberg, David (2008). "Improved Ranking Functions for Protein and Modification-Site Identifications". Journal of Computational Biology. 15 (7): 705–719. doi:10.1089/cmb.2007.0119. PMID 18651800.
- ^ Eng, Jimmy K.; Jahan, Tahmina A.; Hoopmann, Michael R. (2013). "Comet: An open-source MS/MS sequence database search tool". Proteomika. 13 (1): 22–24. doi:10.1002/pmic.201200439. ISSN 1615-9853. PMID 23148064. S2CID 13533125.
- ^ Diament, Benjamin J.; Noble, William Stafford (2011). "Faster SEQUEST Searching for Peptide Identification from Tandem Mass Spectra". Journal of Proteome Research. 10 (9): 3871–3879. doi:10.1021/pr101196n. ISSN 1535-3893. PMC 3166376. PMID 21761931.
- ^ "Inspect and MS-Alignment".
- ^ Perkins, David N.; Pappin, Darryl J. C.; Creasy, David M.; Cottrell, John S. (1999). "Probability-based protein identification by searching sequence databases using mass spectrometry data". Elektroforéza. 20 (18): 3551–67. doi:10.1002/(SICI)1522-2683(19991201)20:18<3551::AID-ELPS3551>3.0.CO;2-2. PMID 10612281.
- ^ Kong, Andy T.; Leprevost, Felipe V.; Avtonomov, Dmitry M.; Mellacheruvu, Dattatreya; Nesvizhskii, Alexey I. (2017). "MSFragger: ultrafast and comprehensive peptide identification in mass spectrometry–based proteomics". Přírodní metody. 14 (5): 513–520. doi:10.1038/nmeth.4256. PMC 5409104. PMID 28394336.
- ^ Tabb, David L.; Fernando, Christopher G.; Chambers, Matthew C. (2007). "MyriMatch: Highly Accurate Tandem Mass Spectral Peptide Identification by Multivariate Hypergeometric Analysis". Journal of Proteome Research. 6 (2): 654–61. doi:10.1021/pr0604054. PMC 2525619. PMID 17269722.
- ^ Sabareesh, Varatharajan; Singh, Gurpreet (2013). "Mass spectrometry based lipid(ome) analyzer and molecular platform: a new software to interpret and analyze electrospray and/or matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometric data of lipids: a case study from Mycobacterium tuberculosis". Journal of Mass Spectrometry. 48 (4): 465–477. Bibcode:2013JMSp...48..465S. doi:10.1002/jms.3163. ISSN 1096-9888. PMID 23584940.
- ^ "OMSSA ms/ms search engine". Pubchem.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2011-09-27.
- ^ Geer, Lewis Y.; Markey, Sanford P.; Kowalak, Jeffrey A.; Wagner, Lukas; Xu, Ming; Maynard, Dawn M.; Yang, Xiaoyu; Shi, Wenyao; Bryant, Stephen H. (2004). "Open Mass Spectrometry Search Algorithm". Journal of Proteome Research. 3 (5): 958–64. arXiv:q-bio/0406002. Bibcode:2004q.bio.....6002G. doi:10.1021/pr0499491. PMID 15473683. S2CID 12218715.
- ^ Liang, C; Smith, JC; Hendrie, Christopher (2003). "A Comparative Study of Peptide Sequencing Software Tools for MS/MS".
- ^ Colinge, Jacques; Masselot, Alexandre; Giron, Marc; Dessingy, Thierry; Magnin, Jérôme (2003). "OLAV: Towards high-throughput tandem mass spectrometry data identification". Proteomika. 3 (8): 1454–63. doi:10.1002/pmic.200300485. PMID 12923771. S2CID 36666495.
- ^ Zhang, Zhuo; Sun, Shiwei; Zhu, Xiaopeng; Chang, Suhua; Liu, Xiaofei; Yu, Chungong; Bu, Dongbo; Chen, Runsheng (2006). "A novel scoring schema for peptide identification by searching protein sequence databases using tandem mass spectrometry data". BMC bioinformatika. 7 (1): 222. doi:10.1186/1471-2105-7-222. ISSN 1471-2105. PMC 1463009. PMID 16638152.
- ^ Xu, T .; Park, S.K.; Venable, J.D.; Wohlschlegel, J.A.; Diedrich, J.K.; Cociorva, D.; Lu, B .; Liao, L.; Hewel, J.; Han, X.; Wong, C.C.L.; Fonslow, B.; Delahunty, C.; Gao, Y .; Shah, H.; Yates, J.R. (2015). "ProLuCID: An improved SEQUEST-like algorithm with enhanced sensitivity and specificity". Journal of Proteomics. 129: 16–24. doi:10.1016/j.jprot.2015.07.001. ISSN 1874-3919. PMC 4630125. PMID 26171723.
- ^ Shilov, Ignat V.; Seymour, Sean L.; Patel, Alpesh A.; Loboda, Alex; Tang, Wilfred H.; Keating, Sean P.; Hunter, Christie L.; Nuwaysir, Lydia M.; Schaeffer, Daniel A. (2007). "The Paragon Algorithm, a Next Generation Search Engine That Uses Sequence Temperature Values and Feature Probabilities to Identify Peptides from Tandem Mass Spectra". Molekulární a buněčná proteomika. 6 (9): 1638–1655. doi:10.1074/mcp.T600050-MCP200. ISSN 1535-9476. PMID 17533153. S2CID 7097773.
- ^ "RAId MS/MS search engine". QMBP NCBI NLM NIH. Citováno 2008-01-01.
- ^ Alves, Gelio; Ogurtsov, Aleksey Y.; Yu, Yi-Kuo (2007). "RAId_DbS: peptide identification using database searches with realistic statistics". Biol Direct. 2: 25. doi:10.1186/1745-6150-2-25. PMC 2211744. PMID 17961253.
- ^ Jimmy K. Eng; Ashley L. McCormack; John R. Yates, III (1994). "An Approach to Correlate Tandem Mass Spectral Data of Peptides with Amino Acid Sequences in a Protein Database". J Am Soc Mass Spectrom. 5 (11): 976–989. doi:10.1016/1044-0305(94)80016-2. PMID 24226387. S2CID 18413192.
- ^ Hricovíni, Miloš; Tvaroška, Igor; Hirsch, Ján; Duben, Anthony J. (1991). "Nuclear overhauser effects and the flexibility of saccharides: methyl β-xylobioside". Výzkum sacharidů. 210: 13–20. doi:10.1016/0008-6215(91)80109-Z. ISSN 0008-6215. PMID 1878875.
- ^ Novak, Jiri; Sachsenberg, Timo; Hoksza, David; Skopal, Tomas; Kohlbacher, Oliver (2013). "On Comparison of SimTandem with State-of-the-Art Peptide Identification Tools, Efficiency of Precursor Mass Filter and Dealing with Variable Modifications". Journal of Integrative Bioinformatics. 10 (3): 1–15. doi:10.1515/jib-2013-228. PMID 24231142. S2CID 22469656.
- ^ Bartels, Christian (31 May 1990). "Fast algorithm for peptide sequencing by mass spectroscopy". Biological Mass Spectrometry. 19 (6): 363–368. doi:10.1002/bms.1200190607. PMID 24730078.
- ^ Novak, Jiri; Lemr, Karel; Schug, Kevin A.; Havlicek, Vladimir (2015). "CycloBranch: De Novo Sequencing of Nonribosomal Peptides from Accurate Product Ion Mass Spectra". J. Am. Soc. Hmotnostní spektrum. 26 (10): 1780–1786. Bibcode:2015JASMS.tmp..155N. doi:10.1007/s13361-015-1211-1. PMID 26195308. S2CID 207470364.
- ^ thermo finnigan introduces denovox – Search results from HighBeam Business[mrtvý odkaz ]
- ^ Savitski, Mikhail M.; Nielsen, Michael L.; Kjeldsen, Frank; Zubarev, Roman A. (2005). "Proteomics-Grade de Novo Sequencing Approach". Journal of Proteome Research. 4 (6): 2348–54. doi:10.1021/pr050288x. PMID 16335984.
- ^ Ma, Bin (30 June 2015). "Novor: Real-Time Peptide de Novo Sequencing Software". Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 26 (11): 1885–1894. Bibcode:2015JASMS..26.1885M. doi:10.1007/s13361-015-1204-0. PMC 4604512. PMID 26122521.
- ^ Ma, Bin; Zhang, Kaizhong; Hendrie, Christopher; Liang, Chengzhi; Li, Ming; Doherty-Kirby, Amanda; Lajoie, Gilles (2003). "PEAKS: powerful software for peptidede novo sequencing by tandem mass spectrometry". Rychlá komunikace v hmotnostní spektrometrii. 17 (20): 2337–42. Bibcode:2003RCMS...17.2337M. doi:10.1002/rcm.1196. PMID 14558135.
- ^ Tannu, Nilesh S; Hemby, Scott E (2007). "De novo protein sequence analysis of Macaca mulatta". BMC Genomics. 8: 270. doi:10.1186/1471-2164-8-270. PMC 1965481. PMID 17686166.
- ^ Röst HL, Sachsenberg T, Aiche S, Bielow C, Weisser H, Aicheler F, Andreotti S, Ehrlich HC, Gutenbrunner P, Kenar E, Liang X, Nahnsen S, Nilse L, Pfeuffer J, Rosenberger G, Rurik M, Schmitt U, Veit J, Walzer M, Wojnar D, Wolski WE, Schilling O, Choudhary JS, Malmström L, Aebersold R, Reinert K, Kohlbacher O (2016). „OpenMS: flexibilní open-source softwarová platforma pro analýzu dat hmotnostní spektrometrie“ (PDF). Nat. Metody. 13 (9): 741–8. doi:10.1038 / nmeth.3959. PMID 27575624. S2CID 873670.
- ^ Egelhofer V, Hoehenwarter W, Lyon D, Weckwerth W, Wienkoop S (2013). "Using ProtMAX to create high-mass-accuracy precursor alignments from label-free quantitative mass spectrometry data generated in shotgun proteomics experiments". Nat Protoc. 8 (3): 595–601. doi:10.1038/nprot.2013.013. PMID 23449253. S2CID 29653992.
- ^ Reiter, L; et al. (2011). "mProphet: automated data processing and statistical validation for large-scale SRM experiments". Nat metody. 8 (5): 430–435. doi:10.1038/nmeth.1584. PMID 21423193. S2CID 205419625.
- ^ Law, KP; Lim YP (2013). "Recent advances in mass spectrometry: data independent analysis and hyper reaction monitoring". Expert Rev Proteomics. 10 (6): 551–566. doi:10.1586/14789450.2013.858022. PMID 24206228. S2CID 29969570.
- ^ Maclean, B (2010). "Skyline: An Open Source Document Editor for Creating and Analyzing Targeted Proteomics Experiments". Bioinformatika. 26 (7): 966–968. doi:10.1093/bioinformatics/btq054. PMC 2844992. PMID 20147306.
- ^ Malioutov, Dmitry; Chen, Tianchi; Airoldi, Edoardo; Jaffe, Jacob; Budnik, Bogdan; Slavov, Nikolai (2019-01-01). "Quantifying Homologous Proteins and Proteoforms". Molekulární a buněčná proteomika. 18 (1): 162–168. doi:10.1074/mcp.TIR118.000947. ISSN 1535-9476. PMC 6317479. PMID 30282776.
- ^ Allen, Felicity; Pon, Allison; Wilson, Michael; Greiner, Russ; Wishart, David (2014). "CFM-ID: A web server for annotation, spectrum prediction and metabolite identification from tandem mass spectra". Výzkum nukleových kyselin. 42 (Web Server issue): W94–W99. doi:10.1093/nar/gku436. PMC 4086103. PMID 24895432.
- ^ Allen, Felicity; Greiner, Russ; Wishart, David (2015). "Competitive fragmentation modeling of ESI-MS/MS spectra for putative metabolite identification". Metabolomika. 11: 98–110. arXiv:1312.0264. doi:10.1007/s11306-014-0676-4. S2CID 256589.
- ^ Allen, Felicity; Pon, Allison; Greiner, Russ; Wishart, David (2016). "Computational Prediction of Electron Ionization Mass Spectra to Assist in GC/MS Compound Identification". Analytická chemie. 88 (15): 7689–7697. doi:10.1021/acs.analchem.6b01622. PMID 27381172.
- ^ Djoumbou-Feunang, Yannick; Pon, Allison; Karu, Naama; Zheng, Jiamin; Li, Carin; Arndt, David; Gautam, Maheswor; Allen, Felicity; Wishart, David S. (2019). "CFM-ID 3.0: Significantly Improved ESI-MS/MS Prediction and Compound Identification". Metabolity. 9 (4): 72. doi:10.3390/metabo9040072. PMID 31013937. S2CID 129941603.
- ^ Ozawa, SI; Bald, T; Onishi, T; Xue, H; Matsumura, T; Kubo, R; Takahashi, H; Hippler, M; Takahashi, Y (October 2018). "Configuration of Ten Light-Harvesting Chlorophyll A/b Complex I Subunits in Chlamydomonas reinhardtii Photosystem I." Fyziologie rostlin. 178 (2): 583–595. doi:10.1104/pp.18.00749. PMC 6181050. PMID 30126869.
- ^ Muth, Thilo; Weilnböck, Lisa; Rapp, Erdmann; Huber, Christian G.; Martens, Lennart; Vaudel, Marc; Barsnes, Harald (2014). "DeNovoGUI: An Open Source Graphical User Interface for de Novo Sequencing of Tandem Mass Spectra". Journal of Proteome Research. 13 (2): 1143–1146. doi:10.1021/pr4008078. ISSN 1535-3893. PMC 3923451. PMID 24295440.
- ^ Sahil; Shubhra Agrawal; GeorgeSabu; Rishabh Gupta; Pankaj Kumar; Saiful B. Khan; kailash yadav; Naman Gupta; Raghav Sehgal (2019-01-11), ElucidataInc/ElMaven: v0.6.1, doi:10.5281/zenodo.2537593
- ^ Winkler, Robert (2010). "ESIprot: a universal tool for charge state determination and molecular weight calculation of proteins from electrospray ionization mass spectrometry data". Rychlá komunikace v hmotnostní spektrometrii. 24 (3): 285–94. doi:10.1002/rcm.4384. PMID 20049890.
- ^ López-Fernández, H; Santos, HM; Capelo, JL; Fdez-Riverola, F; Glez-Peña, D; Reboiro-Jato, M (2015). "Mass-Up: an all-in-one open software application for MALDI-TOF mass spectrometry knowledge discovery". BMC bioinformatika. 16: 318. doi:10.1186/s12859-015-0752-4. PMC 4595311. PMID 26437641.
- ^ Rusconi, F. (2009). "massXpert 2: a cross-platform software environment for polymer chemistry modelling and simulation/analysis of mass spectrometric data". Bioinformatika. 25 (20): 2741–2. doi:10.1093/bioinformatics/btp504. PMID 19740912.
- ^ Huber, Florian; Verhoeven, Stefan; Meijer, Christiaan; Spreeuw, Hanno; Villanueva, Efrain; Geng, Cunliang; van der Hooft, Justin J.J.; Rogers, Simon; Belloum, Adam; Diblen, Faruk; Spaaks, Jurriaan H. (2020). "matchms - processing and similarity evaluation of mass spectrometry data". JOSS. 5 (52): 2411. doi:10.21105/joss.02411.
- ^ Rusconi, F. (2019). "mineXpert: Biological Mass Spectrometry Data Visualization and Mining with Full JavaScript Ability" (PDF). J. Proteome Res. 18 (5): 2254–2259. doi:10.1021/acs.jproteome.9b00099. PMID 30950277.
- ^ Palagi, Patricia M.; Walther, Daniel; Quadroni, Manfredo; Catherinet, SéBastien; Burgess, Jennifer; Zimmermann-Ivol, Catherine G.; Sanchez, Jean-Charles; Binz, Pierre-Alain; Hochstrasser, Denis F.; Appel, Ron D. (2005). "MSight: An image analysis software for liquid chromatography-mass spectrometry". Proteomika. 5 (9): 2381–4. doi:10.1002/pmic.200401244. PMID 15880814. S2CID 33296427.
- ^ Robichaud, Guillaume; Garrard, Kenneth P.; Barry, Jeremy A.; Muddiman, David C. (March 2013). "MSiReader: An Open-Source Interface to View and Analyze High Resolving Power MS Imaging Files on Matlab Platform". Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 24 (5): 718–721. Bibcode:2013JASMS..24..718R. doi:10.1007/s13361-013-0607-z. PMC 3693088. PMID 23536269.
- ^ Prince, J. T.; Marcotte, E. M. (2008). "Mspire: Mass spectrometry proteomics in Ruby". Bioinformatika. 24 (23): 2796–2797. doi:10.1093/bioinformatics/btn513. PMC 2639276. PMID 18930952.
- ^ Goeminne, L. J. E.; Gevaert, K .; Clement, L. (2016). "Peptide-level Robust Ridge Regression Improves Estimation, Sensitivity, and Specificity in Data-dependent Quantitative Label-free Shotgun Proteomics". Molekulární a buněčná proteomika. 15 (2): 657–668. doi:10.1074/mcp.M115.055897. PMC 4739679. PMID 26566788.
- ^ Goeminne, L. J. E.; Gevaert, K .; Clement, L. (2018). "Experimental design and data-analysis in label-free quantitative LC/MS proteomics: A tutorial with MSqRob". Journal of Proteomics. 171: 23–26. doi:10.1016/j.jprot.2017.04.004. PMID 28391044.
- ^ Goeminne, L. J. E.; Sticker, A.; Martens, M.; Gevaert, K .; Clement, L. (2020). "MSqRob takes the missing hurdle: uniting intensity- and count-based proteomics". Analytická chemie. XXXX (XX): 6278–6287. doi:10.1021/acs.analchem.9b04375. PMID 32227882.
- ^ Migas, Lukasz G.; France, Aidan P.; Bellina, Bruno; Barran, Perdita E. (April 2018). "ORIGAMI : A software suite for activated ion mobility mass spectrometry (aIM-MS) applied to multimeric protein assemblies". International Journal of Mass Spectrometry. 427: 20–28. Bibcode:2018IJMSp.427...20M. doi:10.1016/j.ijms.2017.08.014. ISSN 1387-3806.
- ^ Carvalho, Paulo C; Fischer, Juliana SG; Chen, Emily I; Yates, John R; Barbosa, Valmir C (2008). "PatternLab for proteomics: a tool for differential shotgun proteomics". BMC bioinformatika. 9: 316. doi:10.1186/1471-2105-9-316. PMC 2488363. PMID 18644148.
- ^ Lima, D. B.; De Lima, T. B.; Balbuena, T. S.; Neves-Ferreira, A. G.; Barbosa, V. C.; Gozzo, F. C.; Carvalho, P. C. (2015). "SIM-XL: A powerful and user-friendly tool for peptide cross-linking analysis". Journal of Proteomics. 129: 51–5. doi:10.1016/j.jprot.2015.01.013. hdl:11449/158584. PMID 25638023.
- ^ Kuzniar, A .; Kanaar, R. (2014). "PIQMIe: a web server for semi-quantitative proteomics data management and analysis". Nucleic Acids Res. 42 (W1): W100–W106. doi:10.1093/nar/gku478. PMC 4086067. PMID 24861615.
- ^ Weatherly, D. B.; Atwood Ja, 3rd; Minning, TA; Cavola, C; Tarleton, RL; Orlando, R (2005). "A Heuristic Method for Assigning a False-discovery Rate for Protein Identifications from Mascot Database Search Results". Molekulární a buněčná proteomika. 4 (6): 762–72. doi:10.1074/mcp.M400215-MCP200. PMID 15703444. S2CID 18408543.
- ^ Keller, Andrew; Nesvizhskii, Alexey I.; Kolker, Eugene; Aebersold, Ruedi (2002). "Empirical Statistical Model To Estimate the Accuracy of Peptide Identifications Made by MS/MS and Database Search". Analytická chemie. 74 (20): 5383–92. doi:10.1021/ac025747h. PMID 12403597.
- ^ Nesvizhskii, AI; Keller, A; Kolker, E; Aebersold, R (2003). "A statistical model for identifying proteins by tandem mass spectrometry". Analytická chemie. 75 (17): 4646–58. doi:10.1021/ac0341261. PMID 14632076.
- ^ Specht, Michael; Kuhlgert, Sebastian; Fufezan, Christian; Hippler, Michael (2011). "Proteomics to go: Proteomatic enables the user-friendly creation of versatile MS/MS data evaluation workflows". Bioinformatika. 27 (8): 1183–1184. doi:10.1093/bioinformatics/btr081. PMID 21325302.
- ^ Sheng, Quanhu; Dai, Jie; Wu, Yibo; Tang, Haixu; Zeng, Rong (2012). "BuildSummary: using a group-based approach to improve the sensitivity of peptide/protein identification in shotgun proteomics". J Proteome Res. 11 (3): 1494–1502. doi:10.1021/pr200194p. PMID 22217156.
- ^ Gallant, James; Heunis, Tiaan; Sampson, Samantha; Bitter, Wilbert (2020). "ProVision: A web based platform for rapid analysis of proteomics data processed by MaxQuant". Bioinformatika. 36. doi:10.1093/bioinformatics/btaa620. PMID 32638008.
- ^ Bald, Till; Barth, Johannes; Niehues, Anna; Specht, Michael; Hippler, Michael; Fufezan, Christian (2012). "pymzML – Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data". Bioinformatika. 28 (7): 1052–3. doi:10.1093/bioinformatics/bts066. PMID 22302572.
- ^ Goloborodko, Anton; Levitsky, Lev; Ivanov, Mark; Gorshkov, Mikhail (2013). "Pyteomics — a Python framework for exploratory data analysis and rapid software prototyping in proteomics". J Am Soc Mass Spectrom. 24 (2): 301–4. Bibcode:2013JASMS..24..301G. doi:10.1007/s13361-012-0516-6. PMID 23292976. S2CID 22009929.
- ^ Zucht, Hans-Dieter; Lamerz, Jens; Khamenia, Valery; Schiller, Carsten; Appel, Annette; Tammen, Harald; Crameri, Reto; Selle, Hartmut (2005). "Datamining Methodology for LC-MALDI-MS Based Peptide Profiling". Kombinatorická chemie a vysokovýkonný screening. 8 (8): 717–23. doi:10.2174/138620705774962481. PMID 16464158.
- ^ Götze, Michael; Pettelkau J; Schaks S; Bosse K; Ihling CH; Krauth F; Fritzsche R; Kühn U; Sinz A. (January 2012). "StavroX--a software for analyzing crosslinked products in protein interaction studies". J Am Soc Mass Spectrom. 23 (1): 76–87. Bibcode:2012JASMS..23...76G. doi:10.1007/s13361-011-0261-2. PMID 22038510. S2CID 38037472.
- ^ Pedrioli, Patrick G. A. (2010). "Trans-Proteomic Pipeline: A Pipeline for Proteomic Analysis". Proteome Bioinformatics. Metody v molekulární biologii. 604. 213–238. doi:10.1007/978-1-60761-444-9_15. ISBN 978-1-60761-443-2. PMID 20013374.
- ^ Deutsch, Eric W.; Mendoza, Luis; Shteynberg, David; Farrah, Terry; Lam, Henry; Tasman, Natalie; Sun, Zhi; Nilsson, Erik; Pratt, Brian; Prazen, Bryan; Eng, Jimmy K.; Martin, Daniel B.; Nesvizhskii, Alexey I.; Aebersold, Ruedi (2010). "A guided tour of the Trans-Proteomic Pipeline". Proteomika. 10 (6): 1150–1159. doi:10.1002/pmic.200900375. ISSN 1615-9853. PMC 3017125. PMID 20101611.
- ^ Monroe, M. E.; Tolić, N.; Jaitly, N .; Shaw, J. L.; Adkins, J. N .; Smith, R. D. (2007). "VIPER: an advanced software package to support high-throughput LC-MS peptide identification". Bioinformatika. 23 (15): 2021–3. doi:10.1093/bioinformatics/btm281. PMID 17545182.