Transproteomický plynovod - Trans-Proteomic Pipeline

TPP
VývojářiÚstav pro systémovou biologii
První vydání10. prosince 2004; před 15 lety (2004-12-10)
Stabilní uvolnění
5.0.0 / 11. října 2016; Před 4 lety (2016-10-11)[1]
NapsánoC ++, Perl, Jáva
Operační systémLinux, Okna, OS X
TypBioinformatika / Software pro hmotnostní spektrometrii
LicenceGPL v. 2.0 a LGPL
webová stránkaTPP Wiki

The Transproteomický plynovod (TPP) je open-source software pro analýzu dat pro proteomika vyvinutý na Ústav pro systémovou biologii (ISB) Ruedi Aebersold skupina pod Seattle Proteome Center. TPP zahrnuje PeptideProphet,[2] ProteinProphet,[3] ASAPRatio, XPRESS a Libra.

Softwarové komponenty

Přiřazení a ověření pravděpodobnosti

PeptideProphet provádí statistickou validaci shody peptid-spektra (PSM) pomocí výsledků vyhledávačů odhadem míra falešných objevů (FDR) na úrovni PSM.[4] Původní PeptideProphet použil záchvat a Gaussovo rozdělení pro správnou identifikaci a shodu a gama distribuce za nesprávnou identifikaci. Pozdější modifikace programu umožnila použití přístupu cíleného návnady, a to buď pomocí modelu směsi variabilních složek, nebo poloparametrického modelu směsi.[5] V PeptideProphet se při použití značky návnady použije model směsi proměnných složek, zatímco při výběru neparametrického modelu se použije poloparametrický model směsi.

ProteinProphet identifikuje proteiny na základě výsledků PeptideProphet.[6]

Mayu provádí statistickou validaci identifikace proteinů odhadem a Míra falešného objevu (FDR) na úrovni bílkovin.[7]

Zpracování spektrální knihovny

Nástroj SpectraST je schopen generovat spektrální knihovny a vyhledávat datové sady pomocí těchto knihoven.[8]

Viz také

Reference

  1. ^ Verze TPP 5.0.0 je k dispozici
  2. ^ Software: PeptideProphet - SPCTools
  3. ^ Software: ProteinProphet - SPCTools
  4. ^ Keller, A; Nesvizhskii, A; Kolker, E; Aebersold, R. (2002). "Empirický statistický model pro odhad přesnosti identifikace peptidů provedené MS / MS a vyhledávání v databázi". Anal Chem. 74 (20): 5383–5392. doi:10.1021 / ac025747h. PMID  12403597.
  5. ^ Choi, Hyungwon; Ghosh, Debashis; Nesvizhskii, Alexey I. (2008). „Statistická validace peptidových identifikací ve velkoplošné proteomice pomocí strategie vyhledávání v databázi Target-Decoy a flexibilního modelování směsi“ (PDF). Journal of Proteome Research. 7 (1): 286–292. doi:10.1021 / pr7006818. ISSN  1535-3893. PMID  18078310.
  6. ^ Nesvizhskii AI, Keller A, Kolker E, Aebersold R. (2003) "Statistický model pro identifikaci proteinů pomocí tandemové hmotnostní spektrometrie. „Anal Chem 75: 4646-58
  7. ^ Reiter, L .; Claassen, M .; Schrimpf, SP .; Jovanovic, M .; Schmidt, A .; Buhmann, JM .; Hengartner, MO .; Aebersold, R. (listopad 2009). „Míra falešného objevu identifikace proteinů pro velmi velké soubory dat proteomiky generované tandemovou hmotnostní spektrometrií“. Mol Cell Proteomics. 8 (11): 2405–17. doi:10,1074 / mcp.M900317-MCP200. PMC  2773710. PMID  19608599.
  8. ^ Software: SpectraST - SPCTools