XCMS online - XCMS Online

XCMS nelineární zarovnání souborů dat hmotnostní spektrometrie s kapalinovou chromatografií
XCMS online
Xcms-online-v3x.png
První vydání25. dubna 2012; před 8 lety (2012-04-25)
Stabilní uvolnění
3.7.1
PlošinaOtevřete webovou platformu
TypBioinformatika / Software pro hmotnostní spektrometrii
LicenceFreemium / komerční software
webová stránkaxcmsonline. skripty.edu

XCMS online je cloudová verze původního XCMS[1] technologie (bioinformatický software určený pro statistickou analýzu dat hmotnostní spektrometrie), vytvořený laboratoří Siuzdak v Výzkum skriptů. XCMS představil koncept nelineárního zarovnání retenčního času, který umožnil statistické vyhodnocení detekovaných vrcholů napříč datovými soubory LCMS a GCMS.[1] XCMS online[2] byl navržen k usnadnění analýz XCMS prostřednictvím cloudového portálu a jako přímočařejší[3] (bez příkazu) způsob, jak analyzovat, vizualizovat a sdílet necílená metabolomická data.[2] Dále kombinace XCMS a METLIN[4][5][6] umožňuje identifikaci známých molekul pomocí dat tandemové hmotnostní spektrometrie METLIN a umožňuje identifikaci neznámých (necharakterizovaných molekul) pomocí podobného vyhledávání dat tandemové hmotnostní spektrometrie.[7][6] XCMS Online se také stal nástrojem biologie systémů pro integraci různých souborů omic dat.[8] XCMS Online a METLIN nyní hostí více než 40 000 registrovaných uživatelů.XCMSOnline

XCMS Online funguje tak, že porovnává skupiny surových nebo předzpracovaných metabolomických dat a objevuje metabolity pomocí metod, jako je nelineární zarovnání retenčního času a detekce a shoda funkcí. Po dokončení analýzy lze data zobrazit několika různými způsoby, například pomocí bublinových grafů, tepelných map, chromatogramů a grafů polí. XCMS Online je navíc integrován s METLIN, velká databáze metabolitů.[1][9] Pro přímé nahrávání na web jsou podporovány následující formáty souborů.[10]

Typ souboruProdejce
mzXMLOtevřít formát
mzDataOtevřít formát
.cdfNetCDF (AIA / ANDI)
.d složkyAgilent, Bruker
.wiffSCIEX
Složky .RAWWaters
Soubory .RAWTermo

Dějiny

V roce 2005 laboratoř Siuzdak vytvořila open-source nástroj s názvem XCMS[1] v programovacím jazyce R. Všimli si potřeby dostupnějšího grafického nástroje pro zpracování dat, který v roce 2012 vytvořili cloudový XCMS Online.[2][11] V roce 2014 byla přidána možnost uživatelům streamovat data přímo z přístrojů při jejich získávání.[12] V tom roce také vyšla komerční verze s názvem XCMS Plus (vlastněná Mass Consortium Corporation) a v roce 2015 SCIEX se stal prodejcem.[13] V roce 2017 se ukázalo, že XCMS Online lze použít v a biologie systémů Pracovní postup.[14] O rok později, při neexistenci veřejně dostupné alternativy, byla vydána verze XCMS Online se schopností hrát monitorování více reakcí (MRM).[15]

Reference

  1. ^ A b C d Smith, Colin A .; Chceš, Elizabeth J .; O'Maille, Grace; Abagyan, Ruben; Siuzdak, Gary (únor 2006). "XCMS: Zpracování údajů hmotnostní spektrometrie pro profilování metabolitů pomocí nelineárního vyrovnání špiček, párování a identifikace". Analytická chemie. 78 (3): 779–787. doi:10.1021 / ac051437y.
  2. ^ A b C Tautenhahn, Ralf; Patti, Gary J .; Rinehart, Duane; Siuzdak, Gary (5. června 2012). „XCMS Online: Webová platforma pro zpracování necílených metabolomických dat“. Analytická chemie. 84 (11): 5035–5039. doi:10.1021 / ac300698c. PMC  3703953.
  3. ^ Gowda, Harsha; Ivaniševič, Julijana; Johnson, Caroline H .; Kurczy, Michael E .; Benton, H. Paul; Rinehart, Duane; Nguyen, Thomas; Ray, Jayashree; Kuehl, Jennifer; Arevalo, Bernardo; Westenskow, Peter D. (2014-07-15). „Interaktivní XCMS online: Zjednodušení pokročilého zpracování metabolomických dat a následné statistické analýzy“. Analytická chemie. 86 (14): 6931–6939. doi:10.1021 / ac500734c. ISSN  0003-2700. PMC  4215863. PMID  24934772.
  4. ^ Smith, Colin A .; Maille, Grace O '; Chceš, Elizabeth J .; Qin, Chuan; Trauger, Sunia A .; Brandon, Theodore R .; Custodio, Darlene E .; Abagyan, Ruben; Siuzdak, Gary (prosinec 2005). „METLIN: Databáze hromadného spektra metabolitů“. Terapeutické monitorování léčiv. 27 (6): 747–751. doi:10.1097 / 01.ftd.0000179845.53213.39. ISSN  0163-4356.
  5. ^ Tautenhahn, Ralf; Cho, Kevin; Uritboonthai, Winnie; Zhu, Zhengjiang; Patti, Gary J .; Siuzdak, Gary (září 2012). „Zrychlený pracovní postup pro necílenou metabolomiku pomocí databáze METLIN“. Přírodní biotechnologie. 30 (9): 826–828. doi:10,1038 / nbt.2348. ISSN  1546-1696.
  6. ^ A b Guijas, Carlos; Montenegro-Burke, J. Rafael; Domingo-Almenara, Xavier; Palermo, Amelia; Warth, Benedikt; Hermann, Gerrit; Koellensperger, Gunda; Huan, Tao; Uritboonthai, Winnie; Aisporna, Aries E .; Wolan, Dennis W. (06.03.2018). „METLIN: Technologická platforma pro identifikaci známých a neznámých“. Analytická chemie. 90 (5): 3156–3164. doi:10.1021 / acs.analchem.7b04424. ISSN  0003-2700. PMC  5933435. PMID  29381867.
  7. ^ Benton, H. P .; Wong, D. M .; Trauger, S. A .; Siuzdak, G. (2008-08-01). „XCMS2: Zpracování dat tandemové hmotnostní spektrometrie pro identifikaci metabolitů a strukturní charakterizaci“. Analytická chemie. 80 (16): 6382–6389. doi:10.1021 / ac800795f. ISSN  0003-2700. PMC  2728033. PMID  18627180.
  8. ^ Huan, Tao; Forsberg, Erica M .; Rinehart, Duane; Johnson, Caroline H .; Ivaniševič, Julijana; Benton, H. Paul; Fang, Mingliang; Aisporna, Beran; Hilmers, Brian; Poole, Farris L .; Thorgersen, Michael P. (květen 2017). „Systémová biologie vedená metabolomikou XCMS Online“. Přírodní metody. 14 (5): 461–462. doi:10.1038 / nmeth.4260. ISSN  1548-7105.
  9. ^ Gowda, Harsha; Ivaniševič, Julijana; Johnson, Caroline H .; Kurczy, Michael E .; Benton, H. Paul; Rinehart, Duane; Nguyen, Thomas; Ray, Jayashree; Kuehl, Jennifer; Arevalo, Bernardo; Westenskow, Peter D .; Wang, Junhua; Arkin, Adam P .; Deutschbauer, Adam M .; Patti, Gary J .; Siuzdak, Gary (25. června 2014). „Interaktivní XCMS online: Zjednodušení pokročilého zpracování metabolomických dat a následné statistické analýzy“. Analytická chemie. 86 (14): 6931–6939. doi:10.1021 / ac500734c. PMC  4215863.
  10. ^ „XCMS Online - dokumentace“. xcmsonline.scripps.edu.
  11. ^ Perkel, Jeffrey M. „Pojmenujte ten metabolit!“. Scientist Magazine®. Vědec. Citováno 25. června 2019.
  12. ^ Rinehart, Duane; Johnson, Caroline H .; Nguyen, Thomas; Ivaniševič, Julijana; Benton, H. Paul; Lloyd, Jessica; Arkin, Adam P .; Deutschbauer, Adam M .; Patti, Gary J .; Siuzdak, Gary (červen 2014). „Metabolomické streamování dat pro sběr dat závislých na biologii“. Přírodní biotechnologie. 32 (6): 524–527. doi:10,1038 / nbt.2927. ISSN  1546-1696.
  13. ^ Evans, Jon. „SCIEX se stává výhradním prodejcem pro XCMS plus - Novinky - spectroscopyNOW.com“. www.spectroscopynow.com. Spektroskopie hned. Citováno 25. června 2019.
  14. ^ Huan, Tao; Forsberg, Erica M; Rinehart, Duane; Johnson, Caroline H; Ivaniševič, Julijana; Benton, H Paul; Fang, Mingliang; Aisporna, Beran; Hilmers, Brian; Poole, Farris L; Thorgersen, Michael P; Adams, Michael W W; Krantz, Gregory; Fields, Matthew W; Robbins, Paul D; Niedernhofer, Laura J; Ideker, Trey; Majumder, Erica L; Wall, Judy D; Rattray, Nicholas J W; Goodacre, Royston; Lairson, Luke L; Siuzdak, Gary (1. května 2017). „Systémová biologie vedená metabolomikou XCMS Online“. Přírodní metody. 14 (5): 461–462. doi:10.1038 / nmeth.4260. PMC  5933448.
  15. ^ Domingo-Almenara, Xavier; Montenegro-Burke, J. Rafael; Ivaniševič, Julijana; Thomas, Aurelien; Sidibé, Jonathan; Teav, Tony; Guijas, Carlos; Aisporna, Aries E .; Rinehart, Duane; Hoang, Linh; Nordström, Anders; Gómez-Romero, María; Whiley, Luke; Lewis, Matthew R .; Nicholson, Jeremy K .; Benton, H. Paul; Siuzdak, Gary (27. srpna 2018). „XCMS-MRM a METLIN-MRM: cloudová knihovna a veřejný zdroj pro cílenou analýzu malých molekul“. Přírodní metody. 15 (9): 681–684. doi:10.1038 / s41592-018-0110-3. PMC  6629029.

externí odkazy