Gram doména obsahující 1b - Gram domain containing 1b

GRAMD1B
Identifikátory
AliasyGRAMD1B, Doména GRAM obsahující 1B, LINC01059
Externí IDMGI: 1925037 HomoloGene: 18223 Genové karty: GRAMD1B
Umístění genu (člověk)
Chromozom 11 (lidský)
Chr.Chromozom 11 (lidský)[1]
Chromozom 11 (lidský)
Genomické umístění pro GRAMD1B
Genomické umístění pro GRAMD1B
Kapela11q24.1Start123,358,428 bp[1]
Konec123,627,774 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNA)

NM_001286563
NM_001286564
NM_020716
NM_001330396

RefSeq (protein)
Místo (UCSC)Chr 11: 123,36 - 123,63 MbChr 9: 40,29 - 40,53 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

GRAM doména obsahující 1B, také známý jako GRAMD1B, Aster-B a KIAA1201, je protein který je kódován GRAMD1B gen.[5][6] Obsahuje a transmembránová oblast a dva domén známé funkce; the GRAM doména a a VASt doména. Předpovídá se jeho lokalizace v jádře, podporovaná několika jadernými transportními signály a jaderně asociovanými motivy. Tento vysoce konzervovaný gen se vyskytuje u různých obratlovců a bezobratlých, avšak nenachází se v bakteriích ani houbách.[7]

Gen

GRAMD1B, také známý jako KIAA1201, se nachází v lidském genomu v 11q24.1.[8] Nachází se na + vlákně a je lemován řadou dalších genů. Zahrnuje 269 347 základen.[5]

GRAMD1B a okolní geny

mRNA

Nejuznávanější izoforma, isoforma 1, obsahuje 21 exonů. Existují čtyři validované izoformní varianty lidského GRAMD1B.[5] Skládají se ze zkrácených oblastí 5 'a 3', což vede ke ztrátě exon.

Isoformdélka mRNA (bp)ExonsDélka bílkovin (aa)Postavení
1792721745Validováno
2790620738Validováno
3763620698Validováno
4756120694Validováno

Protein

GRAMD1B obsahuje několik domén, motivů a signálů.

Struktura proteinu GRAMD1B

Domény

V rámci GRAMD1B jsou dvě potvrzené domény. Název proteinu je odvozen od GRAM doména, který se nachází přibližně 100 aminokyselin od počátečního kodonu. Doména GRAM se běžně vyskytuje v doméně fosfatázy rodiny myotubularinů a převážně se účastní procesů spojených s membránou.[9] GRAMD1B také obsahuje VASt (VAD1 Analog přenosu lipidů souvisejících se StAR ) doména. Doména VASt je převážně spojena s doménami vázajícími lipidy, jako je GRAM. Je pravděpodobné, že bude fungovat při vázání velkých hydrofobních ligandů a může být specifický pro sterol.[10]

Vlastnosti složení

Existují dva shluky záporných nábojů, umístěné od aminokyselin 232-267 a 348-377.[11] První shluk není vysoce konzervovaný ani není umístěn v motivu nebo doméně. Druhý klastr je umístěn přímo před doménou VASt a je zachován.

Existují tři oblasti opakované sekvence, všechny docela konzervované v ortologech.[11]

Opakovat #Sady opakováníDélka (aa)UmístěníSkóre podobnosti
1318Během prvních 100 aminokyselin83.44
2221GRAM doména77.22
3222VASt doména67.94

Molekulová hmotnost a izoelektrický bod jsou konzervovány v ortology.

KrajAminokyseliny[5]Isoelektrický bod[12]Molekulová hmotnost (kdal)[13]
Lidský GRAMD1B745pH 6,0286.5
GRAM doména94pH 8,2711.3
VASt doména144pH 9,4117.3
Transmembránová oblast21pH 5,182.3

Struktura

Zralý protein obsahuje dva jaderné lokalizační signály, pat4 a pat7.[14] Existují čtyři dileucinové motivy, tři umístěné uvnitř nebo v blízkosti domény GRAM.[14] A vzor leucinového zipu přes většinu přesahuje transmembránovou oblast.[14] A SUMOylace stránka se nachází přímo za doménou VASt.[15] Sekundární struktura proteinů se skládá z alfa-šroubovice, beta-prameny a cívky.[16] Beta-řetězce jsou převážně umístěny ve dvou doménách, zatímco alfa-šroubovice jsou soustředěny v blízkosti transmembránové oblasti. Tři disulfidové vazby jsou předpovídány v celém proteinu.[17]

Předpokládaná struktura alfa-šroubovice transmembránové oblasti GRAMD1B.[18]
Předpokládaná 3D struktura GRAMD1B,[16]

Subcelulární umístění

Předpokládá se, že GRAMD1B se lokalizuje v jádře a obsahuje transmembránovou doménu, nejpravděpodobněji ji umístí do membrány jádra.[11]

Výraz

GRAMD1B je exprimován v různých tkáních. To je nejvíce vysoce vyjádřeno v gonadální tkáni, nadledvinách, mozku a placentě.[19] Zvýšila rychlost exprese u nádorů nadledvin, plic. Vývojově je nejvíce vyjádřen v kojeneckém věku. Profil EST je podporován experimentálními daty z více zdrojů[20]

Exprese GRAMD1B v různých tkáních.[19]
[19] Tkáňový výraz GRAMD1B

Homologie

Ortology

The ortolog prostor pro GRAMD1B zabírá velkou část evolučního času. GRAMD1B najdete v savci, pták, Ryba a bezobratlých. Není přítomen v bakterie, archaea nebo houby.[7]

Rodové druhyBěžné jménoPřístupové čísloDatum odchylky (MYA)[21]Identita[7]
Homo sapiensČlověkNP_001273492.10100.00%
Aotus nancymaaeNoční opice Nancy MaXP_012325676.13.299.00%
Papio anubisOlivový paviánXP_017804515.129.4497.00%
Castor canadensisBobrXP_020037170.19098.00%
Octodon degusDenguXP_004636450.19097.00%
Pantholops hodgsoniiTibetská antilopaXP_005958036.19699.00%
Bos mutusDomácí YakXP_005896826.19698.00%
Tursiops truncatusDelfínXP_0197975439683.00%
Elephantulus edwardiiCape Elephant ShrewXP_006895663.110598.00%
Gallus gallusKuřeXP_015153638.131293.00%
Calypte annaAnna's Humming BirdXP_008490701.131291.00%
Pygoscelis adeliaeAdelie PenguinXP_009331694.131291.00%
Coturnix japonicaJaponská křepelkaXP_015739426.131290.00%
Anolis carolinensisCarolina AnoleXP_008111963.131287.00%
Danio rerioZebra rybyXP_009303888.143573.00%
Callorhinchus miliiAustralský žralok duchůXP_007894251.147377.00%
Branchiostoma belcheriLanceletXP_019624725.168440.00%
Octopus bimaculoidesKalifornská chobotnice se dvěma místyXP_014769036.179740.00%
Lingula anatinaBrachiopodXP_01341557879738.00%
Zootermopsis nevadensisTermitKDR17240.179737.00%
Trachymyrmex cornetziMravenecXP_018362289.179734.00%

Paralogy

Existují čtyři paralogy GRAMD1B.[7] Nejužší příbuzný je GRAMD1A zatímco nejvzdálenější ortolog je GRAMD2A / GRAMD2.

ParalogDélka sekvenceIdentita sekvence[7]Datum odchylky (MYA)[21]
GRAMD1A724 aa46.60%421.0
GRAMD1C662 aa37.90%934.7
GRAMD2B / GRAMD3491 aa18.50%1625.6
GRAMD2A353 aa16.70%1724.2

Fylogeneze

GRAMD2 se rozcházel nejdříve v historii, zatímco poslední rozdělení je GRAMD1A. Rychlost divergence genu GRAMD1B je výrazně rychlejší než Fibrinogen ale není tak vysoká jako Cytochrom C..

Fylogeneze GRAMD1B

Funkce

V současné době není funkce GRAMD1B charakterizována.

Interakce proteinů

Bylo experimentálně potvrzeno nebo předpovězeno, že několik různých proteinů interaguje s GRAMD1B.[22][23]

ProteinInterakce identifikována prostřednictvím[22][23]FunkceUmístění
COPAExperimentálníVáže dilysin motivy. Vyžadováno pro pučení z transportu Golgi a retrográdní Golgi do ERsystolický
SPICE1Dolování datVřeteno a centriole spojené. Reguluje duplikaci centriolů, správnou tvorbu bipolárního vřetene a shlukování chromozomů v mitózejaderný
GTPBP8Dolování datGTP vazebný proteinnepotvrzený
YhaSpolečná sedimentaceAdaptérový protein spojený s regulací jaderného transportu do cytoplazmyjaderný

Klinický význam

Značení studie SNP z chronická lymfocytární leukémie shledal GRAMD1B jako druhou nejsilnější rizikovou alelovou oblast.[24] Toto sdružení je podporováno řadou studií[25][26] Aberantní tri-methylace histonového H3 lysinu 27 vyvolává zánět a bylo prokázáno, že zvyšuje hladiny GRAMD1B v nádorech tlustého střeva.[27]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000023171 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000040111 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ A b C d „Entrez Gene: doména GRAM obsahující 1B“. Citováno 2017-02-19.
  6. ^ „UniProtKB - Q3KR37 (ASTRB_HUMAN)“. Citováno 6. března 2020.
  7. ^ A b C d E „BLAST: Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“. blast.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2. května 2017.
  8. ^ "GRAMD1B Gene - GeneCards | GRM1B Protein | GRM1B Antibody". GeneCards Human Gene. Citováno 2. května 2017.
  9. ^ „Doména proteinu GRAM“.
  10. ^ „PROSITE“. prosite.expasy.org. Citováno 2. května 2017.
  11. ^ A b C „Predikce PSORT II“. PSORT. Citováno 2. května 2017.
  12. ^ Toldo L. „Služba izoelektrického bodu“. Archivovány od originál dne 2008-10-26.
  13. ^ „AASTATS: Statistics Based on Amino Acid Abundance, including weight and specific volume“.[trvalý mrtvý odkaz ]
  14. ^ A b C "SAPS: Statistická analýza PS".[trvalý mrtvý odkaz ]
  15. ^ „SUMOplot“.
  16. ^ A b „Server I-TASSER pro predikci struktury a funkce proteinů“. zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Citováno 2. května 2017.
  17. ^ „DiANNA“. clavius.bc.edu. Citováno 2. května 2017.
  18. ^ Remmert M. „Sada nástrojů pro bioinformatiku“. toolkit.tuebingen.mpg.de. Citováno 2. května 2017.
  19. ^ A b C „Profil EST - Hs.144725“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Schuler Group. Citováno 2. května 2017.
  20. ^ „GDS1085 / 5768“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2. května 2017.
  21. ^ A b „TimeTree :: The Timescale of Life“. www.timetree.org. Citováno 2. května 2017.
  22. ^ A b „STRING: funkční asociační sítě proteinů“. string-db.org. Citováno 2. května 2017.
  23. ^ A b Laboratoř, Mike Tyers. "GRAMD1B (UNQ3032 / PRO9834) Souhrn výsledku | BioGRID". thebiogrid.org. Citováno 2. května 2017.
  24. ^ „OMIM Entry: 612559 - Leukemia, chronic lymphocytic, susceptibility to, 5“. Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM). Citováno 2. května 2017.
  25. ^ Lan Q, Au WY, Chanock S, Tse J, Wong KF, Shen M, Siu LP, Yuenger J, Yeager M, Hosgood HD, Purdue MP, Liang R, Rothman N (prosinec 2010). „Genetická náchylnost k chronické lymfocytární leukémii mezi Číňany v Hongkongu“. European Journal of Hematology. 85 (6): 492–5. doi:10.1111 / j.1600-0609.2010.01518.x. PMC  2980583. PMID  20731705.
  26. ^ Slager SL, Goldin LR, Strom SS, Lanasa MC, Spector LG, Rassenti L, Leis JF, Camp NJ, Kay NE, Vachon CM, Glenn M, Weinberg JB, Rabe KG, Cunningham JM, Achenbach SJ, Hanson CA, Marti GE , Call TG, Caporaso NE, Cerhan JR (duben 2010). „Varianty genetické citlivosti pro chronickou lymfocytární leukémii“. Epidemiologie rakoviny, biomarkery a prevence. 19 (4): 1098–102. doi:10.1158 / 1055-9965.EPI-09-1217. PMC  2852480. PMID  20332261.
  27. ^ Takeshima H, Ikegami D, Wakabayashi M, Niwa T, Kim YJ, Ushijima T (prosinec 2012). "Indukce aberantní trimethylace histonu H3 lysinu 27 zánětem v myších buňkách epitelu tlustého střeva". Karcinogeneze. 33 (12): 2384–90. doi:10.1093 / carcin / bgs294. PMID  22976929.