Gram doména obsahující 1b - Gram domain containing 1b
GRAM doména obsahující 1B, také známý jako GRAMD1B, Aster-B a KIAA1201, je protein který je kódován GRAMD1B gen.[5][6] Obsahuje a transmembránová oblast a dva domén známé funkce; the GRAM doména a a VASt doména. Předpovídá se jeho lokalizace v jádře, podporovaná několika jadernými transportními signály a jaderně asociovanými motivy. Tento vysoce konzervovaný gen se vyskytuje u různých obratlovců a bezobratlých, avšak nenachází se v bakteriích ani houbách.[7]
Gen
GRAMD1B, také známý jako KIAA1201, se nachází v lidském genomu v 11q24.1.[8] Nachází se na + vlákně a je lemován řadou dalších genů. Zahrnuje 269 347 základen.[5]
mRNA
Nejuznávanější izoforma, isoforma 1, obsahuje 21 exonů. Existují čtyři validované izoformní varianty lidského GRAMD1B.[5] Skládají se ze zkrácených oblastí 5 'a 3', což vede ke ztrátě exon.
| Isoform | délka mRNA (bp) | Exons | Délka bílkovin (aa) | Postavení |
| 1 | 7927 | 21 | 745 | Validováno |
| 2 | 7906 | 20 | 738 | Validováno |
| 3 | 7636 | 20 | 698 | Validováno |
| 4 | 7561 | 20 | 694 | Validováno |
Protein
GRAMD1B obsahuje několik domén, motivů a signálů.
Domény
V rámci GRAMD1B jsou dvě potvrzené domény. Název proteinu je odvozen od GRAM doména, který se nachází přibližně 100 aminokyselin od počátečního kodonu. Doména GRAM se běžně vyskytuje v doméně fosfatázy rodiny myotubularinů a převážně se účastní procesů spojených s membránou.[9] GRAMD1B také obsahuje VASt (VAD1 Analog přenosu lipidů souvisejících se StAR ) doména. Doména VASt je převážně spojena s doménami vázajícími lipidy, jako je GRAM. Je pravděpodobné, že bude fungovat při vázání velkých hydrofobních ligandů a může být specifický pro sterol.[10]
Vlastnosti složení
Existují dva shluky záporných nábojů, umístěné od aminokyselin 232-267 a 348-377.[11] První shluk není vysoce konzervovaný ani není umístěn v motivu nebo doméně. Druhý klastr je umístěn přímo před doménou VASt a je zachován.
Existují tři oblasti opakované sekvence, všechny docela konzervované v ortologech.[11]
| Opakovat # | Sady opakování | Délka (aa) | Umístění | Skóre podobnosti |
| 1 | 3 | 18 | Během prvních 100 aminokyselin | 83.44 |
| 2 | 2 | 21 | GRAM doména | 77.22 |
| 3 | 2 | 22 | VASt doména | 67.94 |
Molekulová hmotnost a izoelektrický bod jsou konzervovány v ortology.
| Kraj | Aminokyseliny[5] | Isoelektrický bod[12] | Molekulová hmotnost (kdal)[13] |
| Lidský GRAMD1B | 745 | pH 6,02 | 86.5 |
| GRAM doména | 94 | pH 8,27 | 11.3 |
| VASt doména | 144 | pH 9,41 | 17.3 |
| Transmembránová oblast | 21 | pH 5,18 | 2.3 |
Struktura
Zralý protein obsahuje dva jaderné lokalizační signály, pat4 a pat7.[14] Existují čtyři dileucinové motivy, tři umístěné uvnitř nebo v blízkosti domény GRAM.[14] A vzor leucinového zipu přes většinu přesahuje transmembránovou oblast.[14] A SUMOylace stránka se nachází přímo za doménou VASt.[15] Sekundární struktura proteinů se skládá z alfa-šroubovice, beta-prameny a cívky.[16] Beta-řetězce jsou převážně umístěny ve dvou doménách, zatímco alfa-šroubovice jsou soustředěny v blízkosti transmembránové oblasti. Tři disulfidové vazby jsou předpovídány v celém proteinu.[17]
Subcelulární umístění
Předpokládá se, že GRAMD1B se lokalizuje v jádře a obsahuje transmembránovou doménu, nejpravděpodobněji ji umístí do membrány jádra.[11]
Výraz
GRAMD1B je exprimován v různých tkáních. To je nejvíce vysoce vyjádřeno v gonadální tkáni, nadledvinách, mozku a placentě.[19] Zvýšila rychlost exprese u nádorů nadledvin, plic. Vývojově je nejvíce vyjádřen v kojeneckém věku. Profil EST je podporován experimentálními daty z více zdrojů[20]
Homologie
Ortology
The ortolog prostor pro GRAMD1B zabírá velkou část evolučního času. GRAMD1B najdete v savci, pták, Ryba a bezobratlých. Není přítomen v bakterie, archaea nebo houby.[7]
| Rodové druhy | Běžné jméno | Přístupové číslo | Datum odchylky (MYA)[21] | Identita[7] |
| Homo sapiens | Člověk | NP_001273492.1 | 0 | 100.00% |
| Aotus nancymaae | Noční opice Nancy Ma | XP_012325676.1 | 3.2 | 99.00% |
| Papio anubis | Olivový pavián | XP_017804515.1 | 29.44 | 97.00% |
| Castor canadensis | Bobr | XP_020037170.1 | 90 | 98.00% |
| Octodon degus | Dengu | XP_004636450.1 | 90 | 97.00% |
| Pantholops hodgsonii | Tibetská antilopa | XP_005958036.1 | 96 | 99.00% |
| Bos mutus | Domácí Yak | XP_005896826.1 | 96 | 98.00% |
| Tursiops truncatus | Delfín | XP_019797543 | 96 | 83.00% |
| Elephantulus edwardii | Cape Elephant Shrew | XP_006895663.1 | 105 | 98.00% |
| Gallus gallus | Kuře | XP_015153638.1 | 312 | 93.00% |
| Calypte anna | Anna's Humming Bird | XP_008490701.1 | 312 | 91.00% |
| Pygoscelis adeliae | Adelie Penguin | XP_009331694.1 | 312 | 91.00% |
| Coturnix japonica | Japonská křepelka | XP_015739426.1 | 312 | 90.00% |
| Anolis carolinensis | Carolina Anole | XP_008111963.1 | 312 | 87.00% |
| Danio rerio | Zebra ryby | XP_009303888.1 | 435 | 73.00% |
| Callorhinchus milii | Australský žralok duchů | XP_007894251.1 | 473 | 77.00% |
| Branchiostoma belcheri | Lancelet | XP_019624725.1 | 684 | 40.00% |
| Octopus bimaculoides | Kalifornská chobotnice se dvěma místy | XP_014769036.1 | 797 | 40.00% |
| Lingula anatina | Brachiopod | XP_013415578 | 797 | 38.00% |
| Zootermopsis nevadensis | Termit | KDR17240.1 | 797 | 37.00% |
| Trachymyrmex cornetzi | Mravenec | XP_018362289.1 | 797 | 34.00% |
Paralogy
Existují čtyři paralogy GRAMD1B.[7] Nejužší příbuzný je GRAMD1A zatímco nejvzdálenější ortolog je GRAMD2A / GRAMD2.
| Paralog | Délka sekvence | Identita sekvence[7] | Datum odchylky (MYA)[21] |
| GRAMD1A | 724 aa | 46.60% | 421.0 |
| GRAMD1C | 662 aa | 37.90% | 934.7 |
| GRAMD2B / GRAMD3 | 491 aa | 18.50% | 1625.6 |
| GRAMD2A | 353 aa | 16.70% | 1724.2 |
Fylogeneze
GRAMD2 se rozcházel nejdříve v historii, zatímco poslední rozdělení je GRAMD1A. Rychlost divergence genu GRAMD1B je výrazně rychlejší než Fibrinogen ale není tak vysoká jako Cytochrom C..
Funkce
V současné době není funkce GRAMD1B charakterizována.
Interakce proteinů
Bylo experimentálně potvrzeno nebo předpovězeno, že několik různých proteinů interaguje s GRAMD1B.[22][23]
| Protein | Interakce identifikována prostřednictvím[22][23] | Funkce | Umístění |
| COPA | Experimentální | Váže dilysin motivy. Vyžadováno pro pučení z transportu Golgi a retrográdní Golgi do ER | systolický |
| SPICE1 | Dolování dat | Vřeteno a centriole spojené. Reguluje duplikaci centriolů, správnou tvorbu bipolárního vřetene a shlukování chromozomů v mitóze | jaderný |
| GTPBP8 | Dolování dat | GTP vazebný protein | nepotvrzený |
| Yha | Společná sedimentace | Adaptérový protein spojený s regulací jaderného transportu do cytoplazmy | jaderný |
Klinický význam
Značení studie SNP z chronická lymfocytární leukémie shledal GRAMD1B jako druhou nejsilnější rizikovou alelovou oblast.[24] Toto sdružení je podporováno řadou studií[25][26] Aberantní tri-methylace histonového H3 lysinu 27 vyvolává zánět a bylo prokázáno, že zvyšuje hladiny GRAMD1B v nádorech tlustého střeva.[27]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000023171 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000040111 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C d „Entrez Gene: doména GRAM obsahující 1B“. Citováno 2017-02-19.
- ^ „UniProtKB - Q3KR37 (ASTRB_HUMAN)“. Citováno 6. března 2020.
- ^ A b C d E „BLAST: Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“. blast.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2. května 2017.
- ^ "GRAMD1B Gene - GeneCards | GRM1B Protein | GRM1B Antibody". GeneCards Human Gene. Citováno 2. května 2017.
- ^ „Doména proteinu GRAM“.
- ^ „PROSITE“. prosite.expasy.org. Citováno 2. května 2017.
- ^ A b C „Predikce PSORT II“. PSORT. Citováno 2. května 2017.
- ^ Toldo L. „Služba izoelektrického bodu“. Archivovány od originál dne 2008-10-26.
- ^ „AASTATS: Statistics Based on Amino Acid Abundance, including weight and specific volume“.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ A b C "SAPS: Statistická analýza PS".[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ „SUMOplot“.
- ^ A b „Server I-TASSER pro predikci struktury a funkce proteinů“. zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Citováno 2. května 2017.
- ^ „DiANNA“. clavius.bc.edu. Citováno 2. května 2017.
- ^ Remmert M. „Sada nástrojů pro bioinformatiku“. toolkit.tuebingen.mpg.de. Citováno 2. května 2017.
- ^ A b C „Profil EST - Hs.144725“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Schuler Group. Citováno 2. května 2017.
- ^ „GDS1085 / 5768“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2. května 2017.
- ^ A b „TimeTree :: The Timescale of Life“. www.timetree.org. Citováno 2. května 2017.
- ^ A b „STRING: funkční asociační sítě proteinů“. string-db.org. Citováno 2. května 2017.
- ^ A b Laboratoř, Mike Tyers. "GRAMD1B (UNQ3032 / PRO9834) Souhrn výsledku | BioGRID". thebiogrid.org. Citováno 2. května 2017.
- ^ „OMIM Entry: 612559 - Leukemia, chronic lymphocytic, susceptibility to, 5“. Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM). Citováno 2. května 2017.
- ^ Lan Q, Au WY, Chanock S, Tse J, Wong KF, Shen M, Siu LP, Yuenger J, Yeager M, Hosgood HD, Purdue MP, Liang R, Rothman N (prosinec 2010). „Genetická náchylnost k chronické lymfocytární leukémii mezi Číňany v Hongkongu“. European Journal of Hematology. 85 (6): 492–5. doi:10.1111 / j.1600-0609.2010.01518.x. PMC 2980583. PMID 20731705.
- ^ Slager SL, Goldin LR, Strom SS, Lanasa MC, Spector LG, Rassenti L, Leis JF, Camp NJ, Kay NE, Vachon CM, Glenn M, Weinberg JB, Rabe KG, Cunningham JM, Achenbach SJ, Hanson CA, Marti GE , Call TG, Caporaso NE, Cerhan JR (duben 2010). „Varianty genetické citlivosti pro chronickou lymfocytární leukémii“. Epidemiologie rakoviny, biomarkery a prevence. 19 (4): 1098–102. doi:10.1158 / 1055-9965.EPI-09-1217. PMC 2852480. PMID 20332261.
- ^ Takeshima H, Ikegami D, Wakabayashi M, Niwa T, Kim YJ, Ushijima T (prosinec 2012). "Indukce aberantní trimethylace histonu H3 lysinu 27 zánětem v myších buňkách epitelu tlustého střeva". Karcinogeneze. 33 (12): 2384–90. doi:10.1093 / carcin / bgs294. PMID 22976929.