VAD1 analog přenosu lipidů souvisejícího se StAR - VAD1 analog of StAR-related lipid transfer

VASt doména
Identifikátory
SymbolVASt doména
PfamPF16016
InterProIPR031968

VAD1 analog přenosu lipidů souvisejícího se StAR (VASt) je steroidogenní akutní regulační proteinový lipidový přenos (StART) lipid -vázací doména poprvé identifikovaná v proteinu vad1 (vaskulární asociovaná smrt1) v Arabidopsis thaliana (řeřicha ušní).[1][2] Proteiny obsahující tyto domény se nacházejí v eukaryoty a obvykle obsahují další doménu vázající lipidy, obvykle GRAM doména a někdy Doména C2 v rostlinách a integrální peroxisomální membráně peroxin Doména Pex24p v oomycety.[1]

Struktura

Doména VASt strukturálně připomíná zkrácenou formu a START domény, ale s omezenou sekvenční podobností.[1][3] Zatímco VASt je členem Sázejte superrodinu podobnou v1, není jasné, jestli ano vyvinul ze stejné domény předků jako doména START nebo je příkladem konvergentní evoluce.[1]

Doména je vysoce konzervativní u všech eukaryot a je typicky přítomna pouze v jedné kopii v proteinech obsahujících doménu VASt.[1] Stejně jako doména START se doména VASt skládá ze skládací struktury se šroubovicovým úchopem. Vytvořená kapsa je dostatečně velká, aby pojala jeden lipid, jako je cholesterol[4]25-hydroxycholesterol[5] nebo ergosterol[2][3].

Analýza krystalové struktury nevázaných a vázaných forem domén VASt v lipidových přenosových proteinech ukotvených na kontaktním místě membrány (LAM) z droždí odhalilo, že doména obsahuje přístupnou hydrofobní dutinu. “[3][5] Po navázání dutiny na sterol je vstupní bod uzavřen nebo částečně uzavřen ven.

Lidské proteiny obsahující doménu VASt

Jediné proteiny obsahující tuto doménu identifikované u člověka jsou GRAMD1A / Aster-A, GRAMD1B / Aster-B a GRAMD1C / Aster-C (s doménou VASt označovanou jako doména Aster[4]). Tyto sterol přenášet proteiny společně s GRAMD2A a GRAMD2B jsou proteiny rodiny LAM, ačkoli posledním dvěma chybí doména VASt.[6] Stejně jako proteiny LAM, i proteiny GRAMD1 přednostně přenášejí steroly.[3][4]

Reference

  1. ^ A b C d E Khafif M, Cottret L, Balagué C, Raffaele S (2014). „Identifikace a fylogenetické analýzy VASt, necharakterizované proteinové domény spojené s doménami vázajícími lipidy u eukaryot“. BMC bioinformatika. 15: 222. doi:10.1186/1471-2105-15-222. PMC  4082322. PMID  24965341.
  2. ^ A b Horenkamp FA, Valverde DP, Nunnari J, Reinisch KM (2018). "Molekulární základ pro transport sterolů lipidovými přenosovými doménami podobnými StART". EMBO J.. 37 (6): e98002. doi:10.15252 / embj.201798002. PMC  5852651. PMID  29467216.
  3. ^ A b C d Horenkamp FA, Valverde DP, Nunnari J, Reinisch KM (2018). „Molekulární základ pro transport sterolů lipidovými doménami podobnými StART“. EMBO J.. 37 (6): e98002. doi:10.15252 / embj.201798002. PMC  5852651. PMID  29467216.
  4. ^ A b C Sandhu J, Li S, Fairall L, Pfisterer SG, Gurnett JE, Xiao X, Weston TA, Vashi D, Ferrari A, Orozco JL, Hartman CL, Strugatsky D, Lee SD, He C, Hong C, Jiang H, Bentolila LA , Gatta AT, Levine TP, Ferng A, Lee R, Ford DA, Young SG, Ikonen E, Schwabe JW, Tontonoz P (2018). „Asterové proteiny usnadňují nevesikulární plazmatickou membránu k transportu ER cholesterolu v savčích buňkách“. Buňka. 175 (2): 514–529.e20. doi:10.1016 / j.cell.2018.08.033. PMC  6469685. PMID  30220461.
  5. ^ A b Jentsch JA, Kiburu I, Pandey K, Timme M, Ramlall T, Levkau B, Wu J, Eliezer D, Boudker O, Menon AK (2018). "Strukturní základ vazby a transportu sterolu kvasinkovou doménou StARkin". J. Biol. Chem. 293 (15): 5522–5531. doi:10.1074 / jbc.RA118.001881. PMC  5900764. PMID  29463678.
  6. ^ Besprozvannaya M, Dickson E, Li H, Ginburg KS, Bers DM, Auwerx J, Nunnari J (únor 2018). „Proteiny domény GRAM se specializují na funkčně odlišná kontaktní místa ER-PM v lidských buňkách“. eLife. 22 (7): e31019. doi:10,7554 / eLife.31019. PMC  5823543. PMID  29469807.