GIPC3 - GIPC3
GIPC3 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
Aliasy | GIPC3, C19orf64, DFNB15, DFNB72, DFNB95, doména GIPC PDZ obsahující člena rodiny 3 | ||||||||||||||||||||||||
Externí ID | OMIM: 608792 MGI: 2387006 HomoloGene: 77068 Genové karty: GIPC3 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortology | |||||||||||||||||||||||||
Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
Místo (UCSC) | Chr 19: 3,59 - 3,59 Mb | Chr 10: 81,34 - 81,34 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
|
Protein GIPC3 obsahující doménu PDZ je protein že u lidí je kódován GIPC3 gen.[5][6] GIPC3 je členem rodiny genů GIPC (GAIP-interagující protein C terminus), který také zahrnuje GIPC1 a GIPC2.[7] Kódovaný protein, GIPC3, je umístěn centrálně Doména PDZ, který je na každé straně lemován jednou doménou homologie GIPC.[8]
Funkce
GIPC3 je považován za důležitý pro získávání a šíření akustického signálu v systému vláskové buňky savců kochlea.
Gen
Člověk GIPC3 Gen se nachází na krátkém rameni chromozom 19 na str. 13.3. Lokus přesahuje přibližně 8 kbp a obsahuje šest kódování exony které vedou k otevřenému čtecímu rámci 639 nukleotidy kódující protein GIPC3 312 aminokyseliny. Jedna PDZ doména je umístěna na aminokyselinové pozici 122-189. V myši Gipc3 se nachází na chromozom 10 na cytogenetické pásmo qC1. The genomický oblast pokrývá vzdálenost 5,5 kbp. Šest kódujících exonů kóduje protein 297 aminokyselin. Doména PDZ je umístěna na aminokyselinové pozici 107-174.
Genetika
V myši, a missense mutace v Gipc3 (c.343G> A) vede k nesynonymnímu náhrada aminokyselin (p.G115R) ve smyčce spojující dva beta řetězce domény PDZ. Glycin 115 je konzervována ve všech proteinech GIPC.[9]Missense (c. 785 C> T; str. L262R) a nesmysl (c.903G> A, p.W301X) mutace v lidském GIPC3 způsobují vrozené senzorineurální porucha sluchu v rodinách segregujících nesyndromových ztráta sluchu DFNB15 a DFNB95.
Fenotypy
Myši Černý švýcarský napětí vyvinout časný nástup pomalu postupující senzorineurální ztráty sluchu. Genetická studie identifikovala dva kvantitativní znak loci (QTL), které řídí funkci sluchu. Jedna QTL, pojmenovaná ztráta sluchu související s věkem 5 (ahl5) lokalizuje se na chromozomu 10 a připadá na něj asi 60% změny prahových hodnot sluchu. Druhý QTL, ahl6, lokalizovaný na chromozomu 18 a má menší velikost účinku.[10] Kromě sluchového postižení jsou černé švýcarské myši také přecitlivělé na akustickou stimulaci a reagují s záchvaty (audiogenní záchvaty) na hlasitý bílý šum.[11] Byl identifikován genetický lokus udělující citlivost (juvenilní audiogenní monogenní záchvaty1, džemy1) na chromozomu 10. A poziční klonovací přístup zaměřené na dešifrování genetického základu ztráty sluchu a citlivost na audiogenní záchvaty následně identifikoval glycin na arginin substituce v Gipc3 jako základní příčina.
U lidí vykazují jedinci s miss. mutací p.W301X (DFNB95) bilaterální senzorineurální ztrátu sluchu s posuny prahové hodnoty úrovně sluchu 70-80 dB již ve věku 11 měsíců.
Interakce
The Doména PDZ proteinů rodiny GIPC interaguje s:[7]
- Frizzled-3 (FZD3 ) třída WNT receptoru,
- receptor podobný růstovému faktoru I podobný inzulínu (IGF1R ),
- receptor tyrosinkinázy TrkA,
- Receptor TGF-beta typu III (TGF-beta RIII ),
- integrin alfa6A (ITGA6 ),
- transmembránový glykoprotein TPBG, a
- RGS19 / RGS-GAIP.
Viz také
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000179855 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000034872 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ "Entrez Gene: GIPC PDZ doména obsahující rodinu".
- ^ Saitoh T, Mine T, Katoh M (březen 2002). "Molekulární klonování a charakterizace lidského GIPC3, nového genu homologního s lidským GIPC1 a GIPC2". Int. J. Oncol. 20 (3): 577–82. doi:10,3892 / ijo.20.3.577. PMID 11836571.
- ^ A b Katoh M (červen 2002). "GIPC genová rodina (recenze)". Int. J. Mol. Med. 9 (6): 585–9. doi:10,3892 / ijmm. 9.6.585. PMID 12011974.
- ^ Katoh, M. (2002). "GIPC genová rodina (recenze)". International Journal of Molecular Medicine. 9 (6): 585–589. doi:10,3892 / ijmm. 9.6.585. PMID 12011974.
- ^ Charizopoulou N, Lelli A, Schraders M, Ray K, Hildebrand MS, Ramesh A, Srisailapathy CR, Oostrik J, Admiraal RJ, Neely HR, Latoche JR, Smith RJ, Northup JK, Kremer H, Holt JR, Noben-Trauth K ( Února 2011). „Gipc3 mutace spojené s audiogenními záchvaty a senzorineurální ztrátou sluchu u myší a lidí“. Nat Commun. 2 (2): 201. doi:10.1038 / ncomms1200. PMC 3105340. PMID 21326233.
- ^ Drayton, M .; Noben-Trauth, K. (2006). "Mapování kvantitativních znaků loci pro ztrátu sluchu u černých švýcarských myší". Výzkum sluchu. 212 (1–2): 128–139. doi:10.1016 / j.heares.2005.11.006. PMID 16426780. S2CID 23928550.
- ^ Misawa, H .; Sherr, E. H .; Lee, D. J .; Chetkovich, D. M .; Tan, A .; Schreiner, C.E .; Bredt, D. S. (2002). „Identifikace monogenního lokusu (jams1) způsobujícího juvenilní audiogenní záchvaty u myší“. Journal of Neuroscience. 22 (23): 10088–10093. doi:10.1523 / JNEUROSCI.22-23-10088.2002. PMC 6758732. PMID 12451109.
Další čtení
- Vega A, Salas A, Milne RL a kol. (2009). „Vyhodnocení nových kandidátů na SNP jako rizikových faktorů nízké penetrace u sporadické rakoviny prsu: dvoustupňová španělská případová kontrolní studie“. Gynecol. Oncol. 112 (1): 210–4. doi:10.1016 / j.ygyno.2008.09.012. PMID 18950845.
- Matsuoka S, Ballif BA, Smogorzewska A, et al. (2007). „Analýza substrátu ATM a ATR odhaluje rozsáhlé proteinové sítě reagující na poškození DNA“. Věda. 316 (5828): 1160–6. doi:10.1126 / science.1140321. PMID 17525332. S2CID 16648052.