Náhrada aminokyselin - Amino acid replacement

Náhrada aminokyselin je změna od jedné aminokyselina na jinou aminokyselinu v proteinu v důsledku bodové mutace v odpovídající sekvenci DNA. Je to způsobeno nonsynonymem missense mutace který mění kodonovou sekvenci tak, aby kódovala jinou aminokyselinu místo původní.

Konzervativní a radikální nahrazení

Ne všechny náhrady aminokyselin mají stejný účinek na funkci nebo strukturu bílkovin. Velikost tohoto procesu se může lišit v závislosti na tom, jak podobné nebo odlišné jsou nahrazené aminokyseliny, stejně jako na jejich poloze v sekvenci nebo struktuře. Podobnost mezi aminokyselinami lze vypočítat na základě substituční matice, fyzikálně-chemická vzdálenost nebo jednoduché vlastnosti, jako je velikost aminokyseliny nebo náboj^[1] (viz také chemické vlastnosti aminokyselin ). Aminokyseliny se obvykle dělí na dva typy:^[2]

Konzervativní náhrada - aminokyselina je vyměněna za jinou, která má podobné vlastnosti. Očekává se, že tento typ náhrady málokdy povede k dysfunkci odpovídajícího proteinu^{[Citace je zapotřebí ]}.
Radikální náhrada - aminokyselina je vyměněna za jinou s různými vlastnostmi. To může vést ke změnám ve struktuře nebo funkci proteinu, což může potenciálně vést ke změnám fenotypu, někdy patogenním. Dobře známým příkladem u lidí je srpkovitá anémie kvůli mutaci v beta globinu, kde je v poloze 6 kyselina glutamová (záporně nabitý) je vyměněn s valin (není účtováno).

Fyzikálně-chemické vzdálenosti

Fyzikálně-chemická vzdálenost je míra, která hodnotí rozdíl mezi nahrazenými aminokyselinami. Hodnota vzdálenosti je založena na vlastnostech aminokyselin. Existuje 134 fyzikálně-chemických vlastností, které lze použít k odhadu podobnosti mezi aminokyselinami.^[3] Každá fyzikálně-chemická vzdálenost je založena na jiném složení vlastností.

Vlastnosti aminokyselin použitých pro odhad celkové podobnosti^[3]
Dvoustavové znaky	Vlastnosti
1-5	Přítomnost: β ― CH₂, γ ― CH₂, δ ― CH₂ (prolin hodnoceno jako pozitivní), ε ― CH₂ skupina a ― CH₃ skupina
6-10	Přítomnost: ω ― SH, ω ω COOH, ω ― NH₂ (základní), ω ― CONH₂ a ―CHOH skupiny
11-15	Přítomnost: benzenový kruh (počítaje v to tryptofan jako pozitivní), rozvětvení v postranním řetězci skupinou CH, druhou skupinou CH₃ skupina, dvě, ale ne tři skupiny ―H na koncích postranního řetězce (prolin hodnocený jako pozitivní) a skupina C ― S ― C
16-20	Přítomnost: guanido skupina, α ― NH₂, α ― NH skupina v kruhu, δ ― NH skupina v kruhu, ―N = skupina v kruhu
21-25	Přítomnost: ―CH = N, indolylová skupina, imidazolová skupina, C = O skupina v postranním řetězci a konfigurace v α ― C potenciálně měnící směr peptidového řetězce (pozitivní je pouze prolin)
26-30	Přítomnost: atom síry, primární alifatická skupina ―OH, sekundární alifatická skupina ―OH, fenolická skupina ―OH, schopnost tvořit můstky S ― S
31-35	Přítomnost: imidazolu ―NH skupiny, indolylu ―NH skupiny, ―SCH₃ skupina, druhé optické centrum, skupina N = CR ― NH
36-40	Přítomnost příslušně: isopropylová skupina, výrazná aromatická reaktivita, silná aromatická reaktivita, terminální pozitivní náboj, negativní náboj při vysokém pH (tyrosin skóroval pozitivně)
41	Přítomnost pyrollidinového kruhu
42-53	Molekulová hmotnost (přibližná) postranního řetězce, hodnocená ve 12 aditivních krocích (síra se počítá jako ekvivalent dvou atomů uhlíku, dusíku nebo kyslíku)
54-56	Přítomnost: plochého 5-, 6- a 9členného kruhového systému
57-64	pK v izoelektrickém bodě, aditivní v krocích po 1 pH
65-68	Logaritmus rozpustnosti ʟ-izomeru ve vodě v mg / 100 ml., Aditivní
69-70	Optická rotace v 5 ɴ-HCl, [α]_D 0 až -25, respektive -25
71-72	Optická rotace v 5 ɴ-HCI, [α] 0 až +25 (hodnoty pro glutamin a tryptofan s vodou jako rozpouštědlem a pro asparagin 3,4 ɴ-HCl)
73-74	Vodíková vazba postranního řetězce (iontového typu), silný donor a silný akceptor
75-76	Vodíkové vazby postranního řetězce (neutrální typ), silný donor a silný akceptor
77-78	Vodní struktura bývalá, respektive mírná a silná
79	Lámačka vodní konstrukce
80-82	Mobilní elektrony málo, střední a mnoho (aditivní)
83-85	Tepelná a věková stabilita mírná, vysoká a velmi vysoká (aditivní)
86-89	R_F v papírové chromatografii fenol-voda v krocích po 0,2 (hodnoceno aditivně)
90-93	R_F v toluen-pyridin-glykolchlorhydrinu (papírová chromatografie DNP derivátu) v krocích po 0,2 (hodnoceno aditivně: pro lysin di-DNP derivát)
94-97	Ninhydrin barva po chromatografii na kolidin-lutidinu a zahřívání 5 minut na 100 ° C, respektive fialová, růžová, hnědá a žlutá
98	Konec bočního řetězu zahloubený
99-101	Počet substituentů na atomu β-uhlíku, respektive 1, 2 nebo 3 (hodnoceno aditivně)
102-111	Průměrný počet elektrony osamělého páru na postranním řetězci (aditivní)
112-115	Počet dluhopisů v postranním řetězci umožňující rotaci (aditivní)
116-117	Iontový objem v prstencích mírný nebo střední (aditivní)
118-124	Maximální moment setrvačnosti pro rotaci na vazbě α ― β (aditivní bodování v sedmi přibližných krocích)
125-131	Maximální moment setrvačnosti pro rotaci na vazbě β ― γ (aditivní bodování v sedmi přibližných krocích)
132-134	Maximální moment setrvačnosti pro rotaci na vazbě γ ― δ (sčítáno aditivně ve třech přibližných krocích)

Granthamova vzdálenost

Granthamova vzdálenost závisí na třech vlastnostech: složení, polaritě a molekulárním objemu.^[4]

Rozdíl vzdálenosti D pro každý pár aminokyselin i a j se počítá jako: ${ displaystyle D_ {ij} = [ alpha (c_ {i} -c_ {j}) ^ {2} + beta (p_ {i} -p_ {j}) ^ {2} + gamma (v_ { i} -v_ {j}) ^ {2}]}$

kde C = složení, p = polarita a proti = molekulární objem; a jsou konstanty čtverců inverzí střední vzdálenosti pro každou vlastnost, respektive rovné 1,833, 0,1018, 0,000399. Podle vzdálenosti Granthama jsou nejpodobnější aminokyseliny leucin a isoleucin a nejvzdálenější jsou cystein a tryptofan.

Rozdíl D pro aminokyseliny^[4]

Arg	Leu	Pro	Thr	Ala	Val	Gly	Ile	Phe	Tyr	Cys	Jeho	Gln	Asn	Lys	Asp	Glu	Se setkal	Trp
110	145	74	58	99	124	56	142	155	144	112	89	68	46	121	65	80	135	177	Ser
	102	103	71	112	96	125	97	97	77	180	29	43	86	26	96	54	91	101	Arg
		98	92	96	32	138	5	22	36	198	99	113	153	107	172	138	15	61	Leu
			38	27	68	42	95	114	110	169	77	76	91	103	108	93	87	147	Pro
				58	69	59	89	103	92	149	47	42	65	78	85	65	81	128	Thr
					64	60	94	113	112	195	86	91	111	106	126	107	84	148	Ala
						109	29	50	55	192	84	96	133	97	152	121	21	88	Val
							135	153	147	159	98	87	80	127	94	98	127	184	Gly
								21	33	198	94	109	149	102	168	134	10	61	Ile
									22	205	100	116	158	102	177	140	28	40	Phe
										194	83	99	143	85	160	122	36	37	Tyr
											174	154	139	202	154	170	196	215	Cys
												24	68	32	81	40	87	115	Jeho
													46	53	61	29	101	130	Gln
														94	23	42	142	174	Asn
															101	56	95	110	Lys
																45	160	181	Asp
																	126	152	Glu
																		67	Se setkal

Sneathův index

Sneathův index zohledňuje 134 kategorií činností a struktur.^[3] Index odlišnosti D je procentuální hodnota součtu všech vlastností, které nejsou sdíleny mezi dvěma nahrazenými aminokyselinami. Je to procentuální hodnota vyjádřená ${ displaystyle D = 1-S}$ , kde S je podobnost.

Odlišnost D mezi aminokyselinami^[3]

	Leu	Ile	Val	Gly	Ala	Pro	Gln	Asn	Se setkal	Thr	Ser	Cys	Glu	Asp	Lys	Arg	Tyr	Phe	Trp
Isoleucin	5
Valine	9	7
Glycin	24	25	19
Alanin	15	17	12	9
Prolin	23	24	20	17	16
Glutamin	22	24	25	32	26	33
Asparagin	20	23	23	26	25	31	10
Methionin	20	22	23	34	25	31	13	21
Threonin	23	21	17	20	20	25	24	19	25
Serine	23	25	20	19	16	24	21	15	22	12
Cystein	24	26	21	21	13	25	22	19	17	19	13
Kyselina glutamová	30	31	31	37	34	43	14	19	26	34	29	33
Kyselina asparagová	25	28	28	33	30	40	22	14	31	29	25	28	7
Lysin	23	24	26	31	26	31	21	27	24	34	31	32	26	34
Arginin	33	34	36	43	37	43	23	31	28	38	37	36	31	39	14
Tyrosin	30	34	36	36	34	37	29	28	32	32	29	34	34	34	34	36
Fenylalanin	19	22	26	29	26	27	24	24	24	28	25	29	35	35	28	34	13
Tryptofan	30	34	37	39	36	37	31	32	31	38	35	37	43	45	34	36	21	13
Histidin	25	28	31	34	29	36	27	24	30	34	28	31	27	35	27	31	23	18	25

Epsteinův koeficient rozdílu

Epsteinův koeficient rozdílu je založen na rozdílech v polaritě a velikosti mezi nahrazenými páry aminokyselin.^[5] Tento index, který rozlišuje směr výměny mezi aminokyselinami, popsaný 2 rovnicemi:

${ displaystyle Delta _ {a rightarrow b} = ( delta _ {polarita} ^ {2} + delta _ {size} ^ {2}) ^ {1/2}}$ když je menší hydrofobní zbytek nahrazen větším hydrofobním nebo polárním zbytkem

${ displaystyle Delta _ {a rightarrow b} = ( delta _ {polarity} ^ {2} + [0,5 delta _ {size}] ^ {2}) ^ {1/2}}$ když je polární zbytek vyměněn nebo větší zbytek je nahrazen menším

Koeficient rozdílu

{ displaystyle ( Delta _ {a rightarrow b})}

^[5]

	Phe	Se setkal	Leu	Ile	Val	Pro	Tyr	Trp	Cys	Ala	Gly	Ser	Thr	Jeho	Glu	Gln	Asp	Asn	Lys	Arg
Phe		0.05	0.08	0.08	0.1	0.1	0.21	0.25	0.22	0.43	0.53	0.81	0.81	0.8	1	1	1	1	1	1
Se setkal	0.1		0.03	0.03	0.1	0.1	0.25	0.32	0.21	0.41	0.42	0.8	0.8	0.8	1	1	1	1	1	1
Leu	0.15	0.05		0	0.03	0.03	0.28	0.36	0.2	0.43	0.51	0.8	0.8	0.81	1	1	1	1	1	1.01
Ile	0.15	0.05	0		0.03	0.03	0.28	0.36	0.2	0.43	0.51	0.8	0.8	0.81	1	1	1	1	1	1.01
Val	0.2	0.1	0.05	0.05		0	0.32	0.4	0.2	0.4	0.5	0.8	0.8	0.81	1	1	1	1	1	1.02
Pro	0.2	0.1	0.05	0.05	0		0.32	0.4	0.2	0.4	0.5	0.8	0.8	0.81	1	1	1	1	1	1.02
Tyr	0.2	0.22	0.22	0.22	0.24	0.24		0.1	0.13	0.27	0.36	0.62	0.61	0.6	0.8	0.8	0.81	0.81	0.8	0.8
Trp	0.21	0.24	0.25	0.25	0.27	0.27	0.05		0.18	0.3	0.39	0.63	0.63	0.61	0.81	0.81	0.81	0.81	0.81	0.8
Cys	0.28	0.22	0.21	0.21	0.2	0.2	0.25	0.35		0.25	0.31	0.6	0.6	0.62	0.81	0.81	0.8	0.8	0.81	0.82
Ala	0.5	0.45	0.43	0.43	0.41	0.41	0.4	0.49	0.22		0.1	0.4	0.41	0.47	0.63	0.63	0.62	0.62	0.63	0.67
Gly	0.61	0.56	0.54	0.54	0.52	0.52	0.5	0.58	0.34	0.1		0.32	0.34	0.42	0.56	0.56	0.54	0.54	0.56	0.61
Ser	0.81	0.8	0.8	0.8	0.8	0.8	0.62	0.63	0.6	0.4	0.3		0.03	0.1	0.21	0.21	0.2	0.2	0.21	0.24
Thr	0.81	0.8	0.8	0.8	0.8	0.8	0.61	0.63	0.6	0.4	0.31	0.03		0.08	0.21	0.21	0.2	0.2	0.21	0.22
Jeho	0.8	0.8	1	1	0.8	0.8	0.6	0.61	0.61	0.42	0.34	0.1	0.08		0.2	0.2	0.21	0.21	0.2	0.2
Glu	1	1	1	1	1	1	0.8	0.81	0.8	0.61	0.52	0.22	0.21	0.2		0	0.03	0.03	0	0.05
Gln	1	1	1	1	1	1	0.8	0.81	0.8	0.61	0.52	0.22	0.21	0.2	0		0.03	0.03	0	0.05
Asp	1	1	1	1	1	1	0.81	0.81	0.8	0.61	0.51	0.21	0.2	0.21	0.03	0.03		0	0.03	0.08
Asn	1	1	1	1	1	1	0.81	0.81	0.8	0.61	0.51	0.21	0.2	0.21	0.03	0.03	0		0.03	0.08
Lys	1	1	1	1	1	1	0.8	0.81	0.8	0.61	0.52	0.22	0.21	0.2	0	0	0.03	0.03		0.05
Arg	1	1	1	1	1.01	1.01	0.8	0.8	0.81	0.62	0.53	0.24	0.22	0.2	0.05	0.05	0.08	0.08	0.05

Miyatova vzdálenost

Mijatova vzdálenost je založena na 2 fyzikálně-chemických vlastnostech: objemu a polaritě.^[6]

Vzdálenost mezi aminokyselinami A_i a A_j se počítá jako ${ displaystyle d_ {ij} = { sqrt {( Delta p_ {ij} / sigma _ {p}) ^ {2} + ( Delta v_ {ij} / sigma _ {v}) ^ {2 }}}}$ kde ${ displaystyle Delta p_ {ij}}$ je hodnota rozdílu polarity mezi nahrazenými aminokyselinami a ${ displaystyle Delta v_ {ij}}$ a je rozdíl pro objem; ${ displaystyle sigma _ {p}}$ a ${ displaystyle sigma _ {v}}$ jsou standardní odchylky pro ${ displaystyle Delta p_ {ij}}$ a ${ displaystyle Delta v_ {ij}}$

Vzdálenost párů aminokyselin^[6]

Cys	Pro	Ala	Gly	Ser	Thr	Gln	Glu	Asn	Asp	Jeho	Lys	Arg	Val	Leu	Ile	Se setkal	Phe	Tyr	Trp
	1.33	1.39	2.22	2.84	1.45	2.48	3.26	2.83	3.48	2.56	3.27	3.06	0.86	1.65	1.63	1.46	2.24	2.38	3.34	Cys
		0.06	0.97	0.56	0.87	1.92	2.48	1.8	2.4	2.15	2.94	2.9	1.79	2.7	2.62	2.36	3.17	3.12	4.17	Pro
			0.91	0.51	0.9	1.92	2.46	1.78	2.37	2.17	2.96	2.92	1.85	2.76	2.69	2.42	3.23	3.18	4.23	Ala
				0.85	1.7	2.48	2.78	1.96	2.37	2.78	3.54	3.58	2.76	3.67	3.6	3.34	4.14	4.08	5.13	Gly
					0.89	1.65	2.06	1.31	1.87	1.94	2.71	2.74	2.15	3.04	2.95	2.67	3.45	3.33	4.38	Ser
						1.12	1.83	1.4	2.05	1.32	2.1	2.03	1.42	2.25	2.14	1.86	2.6	2.45	3.5	Thr
							0.84	0.99	1.47	0.32	1.06	1.13	2.13	2.7	2.57	2.3	2.81	2.48	3.42	Gln
								0.85	0.9	0.96	1.14	1.45	2.97	3.53	3.39	3.13	3.59	3.22	4.08	Glu
									0.65	1.29	1.84	2.04	2.76	3.49	3.37	3.08	3.7	3.42	4.39	Asn
										1.72	2.05	2.34	3.4	4.1	3.98	3.69	4.27	3.95	4.88	Asp
											0.79	0.82	2.11	2.59	2.45	2.19	2.63	2.27	3.16	Jeho
												0.4	2.7	2.98	2.84	2.63	2.85	2.42	3.11	Lys
													2.43	2.62	2.49	2.29	2.47	2.02	2.72	Arg
														0.91	0.85	0.62	1.43	1.52	2.51	Val
															0.14	0.41	0.63	0.94	1.73	Leu
																0.29	0.61	0.86	1.72	Ile
																	0.82	0.93	1.89	Se setkal
																		0.48	1.11	Phe
																			1.06	Tyr
																				Trp

Experimentální zaměnitelnost

Experimentální zaměnitelnost vymysleli Yampolsky a Stoltzfus.^[7] Jde o měřítko průměrného účinku výměny jedné aminokyseliny za jinou aminokyselinu.

Je založen na analýze experimentálních studií, kde bylo pro účinek na aktivitu proteinů srovnáváno 9671 aminokyselinových náhrad z různých proteinů.

Výměna (x1000) podle zdroje (řádek) a cíle (sloupec)^[7]

	Cys	Ser	Thr	Pro	Ala	Gly	Asn	Asp	Glu	Gln	Jeho	Arg	Lys	Se setkal	Ile	Leu	Val	Phe	Tyr	Trp	Př_src
Cys	.	258	121	201	334	288	109	109	270	383	258	306	252	169	109	347	89	349	349	139	280
Ser	373	.	481	249	490	418	390	314	343	352	353	363	275	321	270	295	358	334	294	160	351
Thr	325	408	.	164	402	332	240	190	212	308	246	299	256	152	198	271	362	273	260	66	287
Pro	345	392	286	.	454	404	352	254	346	384	369	254	231	257	204	258	421	339	298	305	335
Ala	393	384	312	243	.	387	430	193	275	320	301	295	225	549	245	313	319	305	286	165	312
Gly	267	304	187	140	369	.	210	188	206	272	235	178	219	197	110	193	208	168	188	173	228
Asn	234	355	329	275	400	391	.	208	257	298	248	252	183	236	184	233	233	210	251	120	272
Asp	285	275	245	220	293	264	201	.	344	263	298	252	208	245	299	236	175	233	227	103	258
Glu	332	355	292	216	520	407	258	533	.	341	380	279	323	219	450	321	351	342	348	145	363
Gln	383	443	361	212	499	406	338	68	439	.	396	366	354	504	467	391	603	383	361	159	386
Jeho	331	365	205	220	462	370	225	141	319	301	.	275	332	315	205	364	255	328	260	72	303
Arg	225	270	199	145	459	251	67	124	250	288	263	.	306	68	139	242	189	213	272	63	259
Lys	331	376	476	252	600	492	457	465	272	441	362	440	.	414	491	301	487	360	343	218	409
Se setkal	347	353	261	85	357	218	544	392	287	394	278	112	135	.	612	513	354	330	308	633	307
Ile	362	196	193	145	326	160	172	27	197	191	221	124	121	279	.	417	494	331	323	73	252
Leu	366	212	165	146	343	201	162	112	199	250	288	185	171	367	301	.	275	336	295	152	248
Val	382	326	398	201	389	269	108	228	192	280	253	190	197	562	537	333	.	207	209	286	277
Phe	176	152	257	112	236	94	136	90	62	216	237	122	85	255	181	296	291	.	332	232	193
Tyr	142	173	.	194	402	357	129	87	176	369	197	340	171	392	.	362	.	360	.	303	258
Trp	137	92	17	66	63	162	.	.	65	61	239	103	54	110	.	177	110	364	281	.	142
Př_dest	315	311	293	192	411	321	258	225	262	305	290	255	225	314	293	307	305	294	279	172	291

Typické a idiosynkratické aminokyseliny

Aminokyseliny lze také klasifikovat podle toho, kolik různých aminokyselin lze vyměnit pomocí jediné nukleotidové substituce.

Typické aminokyseliny - existuje několik dalších aminokyselin, na které se mohou přeměnit pomocí jediné nukleotidové substituce. Typické aminokyseliny a jejich alternativy mají obvykle podobné fyzikálně-chemické vlastnosti. Leucin je příkladem typické aminokyseliny.
Idiosynkratické aminokyseliny - existuje jen málo podobných aminokyselin, na které mohou mutovat pomocí jediné nukleotidové substituce. V tomto případě bude většina náhrad aminokyselin rušit funkci proteinů. Tryptofan je příkladem idiosynkratické aminokyseliny.^[8]

Tendence podstoupit náhradu aminokyselin

Je pravděpodobné, že některé aminokyseliny budou nahrazeny. Jedním z faktorů, který ovlivňuje tuto tendenci, je fyzikálně-chemická vzdálenost. Příkladem míry aminokyseliny může být Graurův index stability.^[9] Předpoklad tohoto opatření je, že rychlost náhrady aminokyselin a vývoj proteinu závisí na aminokyselinovém složení proteinu. Index stability S aminokyseliny se vypočítá na základě fyzikálně-chemických vzdáleností této aminokyseliny a jejích alternativ, které mohou mutovat pomocí jediné nukleotidové substituce a pravděpodobnosti jejich nahrazení těmito aminokyselinami. Na základě vzdálenosti Granthamu je nejvíce neměnnou aminokyselinou cystein a nejpravděpodobnější k výměně je methionin.

Příklad výpočtu indexu stability^[9] pro methionin kódovaný AUG na základě Granthamovy fyzikálně-chemické vzdálenosti
Alternativní kodony	Alternativní aminokyseliny	Pravděpodobnosti	Granthamovy vzdálenosti^[4]	Průměrná vzdálenost
AUU, AUC, AUA	Isoleucin	1/3	10	3.33
ACG	Threonin	1/9	81	9.00
AAG	Lysin	1/9	95	10.56
AGG	Arginin	1/9	91	10.11
UUG, CUG	Leucin	2/9	15	3.33
GUG	Valine	1/9	21	2.33
Index stability^[9]				38.67

Vzory nahrazování aminokyselin

Vývoj proteinů je pomalejší než u DNA, protože pouze nesynonymní mutace v DNA mohou vést k nahrazení aminokyselin. Většina mutací je neutrální, aby udržovala funkci a strukturu bílkovin. Čím více podobných aminokyselin je, tím je pravděpodobnější, že budou nahrazeny. Konzervativní náhrady jsou častější než radikální náhrady, protože mohou vést k méně důležitým fenotypovým změnám.^[10] Na druhou stranu, prospěšné mutace, zvyšující funkce bílkovin, jsou s největší pravděpodobností radikálními náhradami.^[11] Rovněž fyzikálně-chemické vzdálenosti, které jsou založeny na vlastnostech aminokyselin, negativně korelují s pravděpodobností substitucí aminokyselin. Menší vzdálenost mezi aminokyselinami naznačuje, že je u nich pravděpodobnější náhrada.

Reference

^ Dagan, Tal; Talmor, Yael; Graur, Dan (červenec 2002). „Poměry náhrady radikální a konzervativní aminokyseliny jsou ovlivněny mutačními a kompozičními faktory a nemusí svědčit o pozitivním darwinovském výběru“. Molekulární biologie a evoluce. 19 (7): 1022–1025. doi:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004161. PMID 12082122.
^ Graur, Dan (01.01.2015). Molekulární a genomová evoluce. Sinauer. ISBN 9781605354699.
^ ^A ^b ^C ^d Sneath, P. H. (01.11.1966). "Vztahy mezi chemickou strukturou a biologickou aktivitou v peptidech". Journal of Theoretical Biology. 12 (2): 157–195. doi:10.1016/0022-5193(66)90112-3. ISSN 0022-5193. PMID 4291386.
^ ^A ^b ^C Grantham, R. (06.06.1974). "Vzorec rozdílu aminokyselin, který pomáhá vysvětlit vývoj bílkovin". Věda. 185 (4154): 862–864. Bibcode:1974Sci ... 185..862G. doi:10.1126 / science.185.4154.862. ISSN 0036-8075. PMID 4843792. S2CID 35388307.
^ ^A ^b Epstein, Charles J. (1967-07-22). „Nenáhodnost změn ammo-kyselin ve vývoji homologních proteinů“. Příroda. 215 (5099): 355–359. Bibcode:1967Natur.215..355E. doi:10.1038 / 215355a0. PMID 4964553. S2CID 38859723.
^ ^A ^b Miyata, T .; Miyazawa, S .; Yasunaga, T. (1979-03-15). "Dva typy substitucí aminokyselin ve vývoji bílkovin". Journal of Molecular Evolution. 12 (3): 219–236. Bibcode:1979JMolE..12..219M. doi:10.1007 / BF01732340. ISSN 0022-2844. PMID 439147. S2CID 20978738.
^ ^A ^b Yampolsky, Lev Y .; Stoltzfus, Arlin (01.08.2005). „Vyměnitelnost aminokyselin v bílkovinách“. Genetika. 170 (4): 1459–1472. doi:10.1534 / genetika.104.039107. ISSN 0016-6731. PMC 1449787. PMID 15944362.
^ Xia, Xuhua (2000-03-31). Analýza dat v molekulární biologii a evoluci. Springer Science & Business Media. ISBN 9780792377672.
^ ^A ^b ^C Graur, D. (01.01.1985). "Složení aminokyselin a vývojové rychlosti genů kódujících proteiny". Journal of Molecular Evolution. 22 (1): 53–62. Bibcode:1985JMolE..22 ... 53G. doi:10.1007 / BF02105805. ISSN 0022-2844. PMID 3932664. S2CID 23374899.
^ Zuckerkandl; Pauling (1965). "Evoluční divergence a konvergence v proteinech". New York: Academic Press: 97–166.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
^ Dagan, Tal; Talmor, Yael; Graur, Dan (01.07.2002). „Poměry radikálových a konzervativních náhrad aminokyselin jsou ovlivněny mutačními a kompozičními faktory a nemusí svědčit o pozitivním darwinovském výběru.“. Molekulární biologie a evoluce. 19 (7): 1022–1025. doi:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004161. ISSN 0737-4038. PMID 12082122.

[1] Dagan, Tal; Talmor, Yael; Graur, Dan (červenec 2002). „Poměry náhrady radikální a konzervativní aminokyseliny jsou ovlivněny mutačními a kompozičními faktory a nemusí svědčit o pozitivním darwinovském výběru“. Molekulární biologie a evoluce. 19 (7): 1022–1025. doi:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004161. PMID 12082122.

[2] Graur, Dan (01.01.2015). Molekulární a genomová evoluce. Sinauer. ISBN 9781605354699.

[:0-3] A ^b ^C ^d Sneath, P. H. (01.11.1966). "Vztahy mezi chemickou strukturou a biologickou aktivitou v peptidech". Journal of Theoretical Biology. 12 (2): 157–195. doi:10.1016/0022-5193(66)90112-3. ISSN 0022-5193. PMID 4291386.

[:1-4] A ^b ^C Grantham, R. (06.06.1974). "Vzorec rozdílu aminokyselin, který pomáhá vysvětlit vývoj bílkovin". Věda. 185 (4154): 862–864. Bibcode:1974Sci ... 185..862G. doi:10.1126 / science.185.4154.862. ISSN 0036-8075. PMID 4843792. S2CID 35388307.

[:2-5] A ^b Epstein, Charles J. (1967-07-22). „Nenáhodnost změn ammo-kyselin ve vývoji homologních proteinů“. Příroda. 215 (5099): 355–359. Bibcode:1967Natur.215..355E. doi:10.1038 / 215355a0. PMID 4964553. S2CID 38859723.

[:3-6] A ^b Miyata, T .; Miyazawa, S .; Yasunaga, T. (1979-03-15). "Dva typy substitucí aminokyselin ve vývoji bílkovin". Journal of Molecular Evolution. 12 (3): 219–236. Bibcode:1979JMolE..12..219M. doi:10.1007 / BF01732340. ISSN 0022-2844. PMID 439147. S2CID 20978738.

[:4-7] A ^b Yampolsky, Lev Y .; Stoltzfus, Arlin (01.08.2005). „Vyměnitelnost aminokyselin v bílkovinách“. Genetika. 170 (4): 1459–1472. doi:10.1534 / genetika.104.039107. ISSN 0016-6731. PMC 1449787. PMID 15944362.

[8] Xia, Xuhua (2000-03-31). Analýza dat v molekulární biologii a evoluci. Springer Science & Business Media. ISBN 9780792377672.

[:5-9] A ^b ^C Graur, D. (01.01.1985). "Složení aminokyselin a vývojové rychlosti genů kódujících proteiny". Journal of Molecular Evolution. 22 (1): 53–62. Bibcode:1985JMolE..22 ... 53G. doi:10.1007 / BF02105805. ISSN 0022-2844. PMID 3932664. S2CID 23374899.

[10] Zuckerkandl; Pauling (1965). "Evoluční divergence a konvergence v proteinech". New York: Academic Press: 97–166.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)

[11] Dagan, Tal; Talmor, Yael; Graur, Dan (01.07.2002). „Poměry radikálových a konzervativních náhrad aminokyselin jsou ovlivněny mutačními a kompozičními faktory a nemusí svědčit o pozitivním darwinovském výběru.“. Molekulární biologie a evoluce. 19 (7): 1022–1025. doi:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004161. ISSN 0737-4038. PMID 12082122.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]