Frekvence (gen) - Frequency (gene)

Frekvenční hodiny protein
Identifikátory
SymbolFRQ
PfamPF09421
InterProIPR018554

The frekvence (frq) gen kóduje proteinovou frekvenci (FRQ), která funguje v Neurospora crassa cirkadiánní hodiny. Protein FRQ hraje klíčovou roli v cirkadiánním oscilátoru a slouží k nukleaci komplexu negativních prvků v autoregulační smyčce negativní regulační transkripce a translace (TTFL), která je zodpovědná za cirkadiánní rytmy v N. crassa.[1] Podobné rytmy se vyskytují u savců, Drosophila a sinice. Nedávno FRQ homology byly identifikovány u několika dalších druhů hub.[2] Vyjádření frq je řízeno těmito dvěma transkripční faktory bílý límec-1 (WC-1) a bílý límec-2 (WC-2), které fungují společně jako komplex bílých límečků (WCC) a slouží jako pozitivní prvek v TTFL. Vyjádření frq lze také vyvolat expozicí světla způsobem závislým na WCC. Dopředu genetika vygeneroval mnoho alel frq což má za následek kmeny, jejichž cirkadiánní hodiny se liší délkou období.

Objev

The frq lokus objevil Jerry F. Feldman. Feldman byl postgraduálním studentem u Colina Pittendrigha v Princetonu a v roce 1967 odešel do CalTech, aby zahájil genetická vyšetření mutantů cirkadiánních hodin. Screeningu napomohla nedávná práce, která zlepšila expresi rytmu Neurospora.Colin Pittendrigh a jeho kolegové v roce 1959 potvrdili, že denní cyklus nepohlavního vývoje popsaný v Neurospora crassa dříve Brandt,[3] bylo ve skutečnosti kvůli regulaci a cirkadiánní hodiny.[4] V práci publikované nedlouho předtím, než Feldman dorazil na CalTech, Malcolm L. Sargent, Winslow R. Briggs a Dow O. Woodward v Stanfordská Univerzita hlásil zjevné vyjádření vývojového rytmu v konidiace byl vylepšen v kmeni Neurospora volala Timex.[5](Tento kmen obsahoval a mutace v místě pásmo (bd), později se ukázalo, že kóduje mírně hyperaktivní alelu ras-1 takže kmeny jsou nyní známé jako ras-1 [bd].[6] Protože rytmy v kmenech, které zahrnují ras-1 [bd] jsou snadněji detekovatelné, ras-1 [bd] je často inkorporován do kmenů používaných pro studium cirkadiánní biologie v Neurospora.[6]). Výstupy Neurospora cirkadiánní hodiny zahrnují karotenoid syntéza i asexuální výtrus formace pozorovaná na závodních trubicích a nedávné důkazy naznačují, že tisíce genů jsou pod cirkadiánní kontrolou.[7][2]

Feldman použil nitrosoguanidin jako mutagen a pomocí zkumavek testoval jednotlivé kmeny přežívající mutagenezi na délku jejich cirkadiánního období. Závodní trubice jsou dlouhé duté skleněné trubice ohnuté na obou koncích, aby držely agarové růstové médium. Když Neurospora je naočkován na jednom konci zkumavky, vyroste na druhý konec a v neustálé tmě se projevuje denní cirkadiánní cyklus růstu a vývoje.[8] Přestože Feldmanovy obrazovky byly úspěšné, publikoval identitu mutantních genů pomalu frq[1], frq[2] a frq[3] byly hlášeny až v roce 1973.[9] V roce 1986 frq byl klonován uživatelem Jay Dunlap a jeho kolegové využívající strategii, která zahrnovala dlouhou chůzi chromozomů a úspěšnou aplikaci tehdy nevyzkoušené strategie záchrany arytmického behaviorálního mutanta transformací exogenní DNA vznikající z chůze chromozomů. Úspěch této strategie a klonování hodinového genu vyvolalo zájem o další výzkum a porozumění N. crassa cirkadiánní hodiny.[10] Vyjádření frq později se ukázalo, že rytmicky cykluje; dále, když kmeny Neurospora byly navrženy ve kterém frq výraz by mohl být řízen z oblasti odlišné od rezidenta divoký typ gen, bylo zjištěno, že FRQ potlačil svůj vlastní výraz a že žádná úroveň konstantní exprese nemohla podporovat cirkadiánní hodiny.[11] Tyto experimenty byly první, které manipulovaly s expresí hodinového genu prostředky, které samy o sobě neovlivňovaly hodiny, a prokázaly, že autoregulační negativní zpětná vazba vedoucí k expresi cyklického hodinového genu leží v jádru cirkadiánního oscilátoru.

Struktura a funkce

Zjednodušené zastoupení společnosti Neurospora Cirkadiánní hodiny[12]

S ohledem na jeho roli jako jádrového hodinového proteinu, vypuštění frq gen vede k arytmicitě a v Neurospora, jediná funkce FRQ je v cirkadiánních hodinách. The frq Gen může být aktivován ze dvou odlišných cis působících sekvencí ve svém promotoru, distální místo, hodinový box, používaný v kontextu cirkadiánní regulace, a místo blízké hlavnímu počátečnímu místu transkripce, které se používá pro expresi indukovanou světlem. (proximální světelný regulační prvek nebo PLRE). Tyto frq oba transkripty mají schopnost kódovat dva proteiny FRQ, dlouhou formu 989 aminokyseliny (lFRQ) a krátká forma 890 aminokyselin (sFRQ); lFRQ i sFRQ jsou vyžadovány pro silnou rytmicitu, i když hodiny jsou schopny přetrvávat při určitých teplotách, i když se slabší rytmikou, pouze s jedním z přítomných proteinů.[13] Volba proteinu, který je vyroben, je výsledkem sestřihu primárního transkriptu závislého na teplotě, takže zahrnuje nebo vylučuje ATG startovací kodon pro lFRQ.[14] Dvě formy FRQ poskytují Neurospora hodiny větší rozsah teplot, nad kterými může optimálně fungovat. Zvýšení teploty vede ke zvýšené expresi lFRQ, zatímco sFRQ není ovlivněna. Vyšší teploty vyvolávají vyšší účinnost sestřih z intron v místě zahájení překladu.[7] Protože sFRQ upřednostňuje delší období než lFRQ, volně běžící rytmy divokého typu Neurospora se poněkud snižují se zvýšenou teplotou.[7]

Bylo také prokázáno, že FRQ interaguje s několika dalšími proteiny. Interaguje vždy s FRH (FRQ-interagující RNA helikáza; zásadní DEAD box - obsahující RNA helikázu Neurospora) za vzniku komplexu FRQ / FRH (FFC).[15][16] FRQ také stabilně interaguje s kasein kináza 1 (CK1), ačkoli síla interakce se mění s denní dobou. Další interakce s jinými kinázami, včetně PRD-4 (CHK2)[17] a kasein kináza 2 (CKII) jsou známy.

Programy strukturální predikce naznačují, že pouze několik oblastí FRQ se pravděpodobně složí do stabilních struktur, a v souladu s tím řada experimentálních údajů naznačuje, že FRQ je vnitřně neuspořádaný protein.[18] Při absenci svého partnera FRH je FRQ velmi nestabilní. Předpokládá se, že nesčetné množství specifické denní fosforylace, která charakterizuje FRQ, poskytne strukturu tomuto jinak neuspořádanému proteinu. Není známa žádná doménová struktura FRQ kvůli jeho vysoce neuspořádané struktuře.

Typicky proteiny vykazují zkreslení využití kodonů, kde je větší pravděpodobnost, že si vyberou synonymní kodony, které jsou v jejich tRNA bazén. Neurospora crassa má ve srovnání s S. cerevisiae, běžně používaný organismus pro analýzu optimalizace kodonů. Protože však FRQ je protein s vnitřní poruchou, nemá předpětí využití kodonů. Ve skutečnosti, když jsou jeho kodony optimalizovány, protein ztratí svou funkci a hodiny jsou narušeny. To není případ sinice hodinové geny, kaiB a kaiC, což vedlo k robustnější funkci hodin.[19]

Nařízení

Relativní vrcholy frq mRNA, protein FRQ a protein WC-1.[20] Ukazuje, jak WC-1 aktivuje následný přepis frq.

Popis regulace frq a FRQ vyžaduje popis hodinového cyklu. Molekulární základ cirkadiánního oscilátoru v Neurospora začíná dvěma proteinovými komplexy. Jedním z nich je FFC, komplex negativních prvků složený ze dvou kopií FRQ, FRH a kasein kinázy 1 a pravděpodobně i dalších méně silně vázaných proteinů.[16] Druhý komplex, který funguje jako pozitivní prvek ve zpětnovazební smyčce, zahrnuje WC-1 a WC-2; oni jsou Faktory transkripce GATA že společně tvoří heterodimerní WCC prostřednictvím jejich PAS domény.[21] Když je WCC uvolněno z komplexu negativních prvků FFC během subjektivní noci, váže se na hodinovou skříň v rámci frekvence (frq) gen promotér a aktivuje se frq transkripce.[22][23] Nedávno bylo prokázáno, že histon H3 lysin 36 Methyltransferáza SET-2 je zodpovědný za methylaci frq gen k vytvoření stavu chromatinu, který umožní transkripci frq WCC.[24]

Frekvenční (FRQ) protein se hromadí a je postupně fosforylován pomocí CKI, CKII a a kináza závislá na vápníku / kalmodulinu (CAMK-1) a další kinázy, které dosáhly svého vrcholu kolem poloviny subjektivního dne.[25][26][27] Inhibitory kinázy snižují degradaci FRQ prevencí fosforylace.[28] FRQ je fosforylován na více než 100 místech na základě in vitro analýzy pomocí hmotnostní spektrometrie lFRQ peptidů. Tato místa se v proteinu objevují vysoce reprodukovatelným způsobem, což naznačuje, že načasování fosforylací je důležité. Mutace stránek navíc ukazuje, že fungují v doménách, přičemž některé fosforylace slouží k prodloužení období a jiné ke zkrácení období.[16]

FRQ rekrutuje kinázy jako kasein kináza 1a (CK-1a) fosforylát WCC, ačkoli funkce těchto fosforylací je nejasná, protože hyperfosforylovaný WCC zůstává aktivní. Nakonec se represi uleví, když se FRQ stane tak vysoce fosforylovaným, že FFC již nebude interagovat s WCC. K tomuto procesu dochází za stálých podmínek s periodicitou kolem 22 hodin.[29] Později as kinetikou, která neovlivňuje cirkadiánní cyklus, je tento hyperfosforylovaný FRQ degradován cestou ubikvitin / proteazom. Silně fosforylovaný FRQ prochází konformační změnou, která je detekována proteinem FWD-1, který je součástí ligázy SC3 typu E3.[30]

FRQ tvoří homodimer prostřednictvím své domény coiled-coil umístěné poblíž N-konce. Tato dimerizace je vyžadována, aby FRQ interagoval s WCC a potlačoval svůj vlastní výraz.[31] Odstranění WCC vede k neschopnosti vytvořit homodimer, což způsobí frq již nebude negativně regulován koncentrací FRQ.[31] To vede k arytmii.[31]

Byla navržena smyčka pozitivní zpětné vazby mezi FRQ a WCC, ale podrobnosti zatím nejsou známy. Předpokládá se, že WCC je degradován, když je transkripčně aktivní, a že prevence tohoto způsobená FFC umožňuje akumulaci WCC.[32] Ukázalo se, že tento navrhovaný mechanismus je možná složitější v tom, že FRQ může regulovat WC-1 a WC-2 nezávisle.[33] Nedávno byl transkripční faktor ADV-1 identifikován jako nezbytný převodník hodinových výstupů, včetně cirkadiánní rytmicity genů kritických pro somatická buňka fúze.[34]

The frq gen je silně indukován krátkodobým vystavením světlu. Protože jádro hodin je založeno na rytmickém vyjádření frq, akutní indukce světla poskytuje přímý způsob resetování hodin.[35] Savčí hodiny jsou resetovány světlem téměř identickým mechanismem, s mPer1 přepisy vyvolané krátkými záblesky světla mimo subjektivní den. The mPer1 mechanismus v savčích hodinách přibližuje podobnosti mechanismu v Neurospora než na mechanismus jeho homologu v Drosophila, za.[36]

Mutace

Dopředu genetika byl použit k vytvoření Neurospora hodinové mutanty s různou periodou konidiace. Ačkoli bylo popsáno devět alel, které pocházejí z dopředné genetiky, sekvenční analýza následuje po klonování frq to ukázal frq[2] ,frq[4] a frq[6] sdíleli stejnou změnu jedné základny a podobně frq[7] a frq[8] měli stejnou změnu jedné báze, takže nadbytečné alely byly zahozeny.[37] Období různých frq mutanty, které vznikly z předních obrazovek, jsou při měření při 25 ° C následující, i když proto frq[3] a frq[7] způsobí hodiny se změněnou teplotní kompenzací, periody se budou lišit při jiných teplotách:

Neurospora crassa, organismus použitý ke studiu oscilátoru FRQ / WCC
Období frq mutanti při 25 ° C
Mutantfrq[1]frq[2]frq[3frq[7]frq[9]
Období (hod)16.519.324.029.0Arytmické

Oscilátor bez FRQ (FLO)

Byla objevena řada identifikovatelně odlišných oscilátorů mimo systém FRQ / WCC; žádná z těchto FRQ méně kmitání (FLO) však nesplňuje charakteristiky, které mají být klasifikovány jako cirkadiánní oscilátory.[38] Cirkadiánní oscilátor FRQ-WCC (FWO) byl zobrazen prostřednictvím luciferáza hlášení, pokračovat v provozu, i když FLO (oscilátor s nedostatkem CDO nebo cholinu, který řídí konidaci za podmínek omezení cholinu) kontroluje konidaci.[38] V frq [9] mutant Neurospora crassabyl stále pozorován teplotně kompenzovaný rytmus vývoje konidiospor v neustálé tmě (DD).[39] Období pro frq nulové mutanty kolísaly od 12 do 35 hodin, ale mohly být stabilizovány přidáním farnesol nebo geraniol. Tento mechanismus však není dobře pochopen.[40] Ačkoli tento rytmus bez FRQ ztratil určité charakteristiky hodin, jako je teplotní kompenzace, teplotní impulsy byly dostatečné k resetování hodin.[41] Dalším FLO je NRO nebo nitrátreduktázový oscilátor, který se objevuje za podmínek hladovění dusičnanů a předpokládá se, že vzniká ze zpětnovazebních smyček v dráze asimilace dusičnanů; má dobu asi 24 hodin, ale není teplotně kompenzována.[42] Stručně řečeno, existuje mnoho důkazů pro podporu oscilátorů bez FRQ Neurospora crassa. Jedním ze způsobů, jak to racionalizovat, je předpokládat, že mnoho z nich je „otrokem“ oscilátoru frekvence / bílého límce; samy o sobě nemají všechny vlastnosti cirkadiánních hodin, protože to dodává FWO.[40] Rytmy v hodinově řízeném genu-16 (ccg-16) jsou však spojeny s FWO, ale fungují autonomně, což dokazuje, že Neurospora crassa obsahuje alespoň 2 potenciální kardiostimulátory, ale pouze jeden, který lze resetovat světlem a teplotou při zachování teplotní kompenzace.[40][43] Nikdy nebylo prokázáno, že oscilátor bez FRQ ovlivňuje skutečné cirkadiánní hodiny.[43] Mechanismus a význam pro FRQ-méně oscilátory (FLO) jsou stále předmětem výzkumu.

Vývoj

FRQ protein je konzervován uvnitř Sordariacea ale rozcházejí se mimo tuto skupinu.[2][44] Nicméně cirkadiánní kohouti na bázi bona fide FRQ byli nalezeni v jiných organismech než Neurospora jak v rámci Sordariaceanapříklad v hlavním houbovém patogenu Botrytis,[45] a také tak daleko jako Pyronema[46] v Pezizomycetes, časně se rozbíhající linii vláknitých ascomycet. Frq byl dokonce nalezen ve skupině nedikarya hub. Nález frq a konzervovaný cirkadiánní hodinový mechanismus uvnitř jiné než Dikarya rozšířil Arbuskulární mykorhizní houby evoluční historii tohoto genu v houbové říši.[47] frq Zdá se, že se během svého vývoje velmi rychle rozcházejí. Jedním z důvodů, proč se sekvence primárních aminokyselin FRQ tak rychle rozchází, může být to, že se jedná o protein s vnitřní poruchou a ve výsledku postrádá strukturální omezení, která omezují změny sekvence.[48][18] Od té doby kodon optimalizace frq gen má za následek poruchu cirkadiánní zpětnovazební smyčka funkce, frq zobrazuje neoptimální zkreslení použití kodonů přes jeho otevřený čtecí rámec na rozdíl od většiny ostatních genů.[49] FRQ je protein s vnitřní poruchou, který není dobře konzervovaný, dokonce ani u hub.[50] Na rozdíl od FRQ je však WC-1 velmi dobře konzervovaný. Je zakládajícím členem rodiny fotoreceptorů modrého světla používaných v celém království hub. Navíc má podobnou strukturu a funkci jako BMAL1. Kasein kináza 2 je konzervován v cirkadiánních oscilátorech rostlin (Arabidopsis ) a mouchy (Drosophila).[30] Podobná forma CKI je nezbytná pro degradaci doba (PER) proteiny v Drosophila a savci.[30] Gen Drosophila klesat je ortologický k FWD1 v Neurospora, které jsou klíčové pro degradaci hodinového proteinu.[30] Obecně platí, že TTFL nalezené u hub a zvířat sdílejí podobnou regulační architekturu, s jednokrokovou smyčkou negativní zpětné vazby, heterodimerními aktivátory PAS-PAS, které jsou konzervovány, a proteiny negativních prvků, které většinou nemají strukturu a jsou mnohem méně dobře konzervovány. Podobná paleta kináz ve všech případech modifikuje hodinové proteiny.

Viz také

Reference

  1. ^ Baker CL, Loros JJ, Dunlap JC (leden 2012). „Cirkadiánní hodiny Neurospora crassa“. Recenze mikrobiologie FEMS. 36 (1): 95–110. doi:10.1111 / j.1574-6976.2011.00288.x. PMC  3203324. PMID  21707668.
  2. ^ A b C Montenegro-Montero A, Canessa P, Larrondo LF (01.01.2015). „Kolem houbových hodin: nedávné pokroky v molekulární studii cirkadiánních hodin v Neurospora a jiných houbách“. Pokroky v genetice. 92: 107–84. doi:10.1016 / bs.adgen.2015.09.003. PMID  26639917.
  3. ^ Brandt WH (1953). "Zonace v prolinelcss kmenu Neurospora". Mykologie. 45 (2): 194–209. doi:10.1080/00275514.1953.12024261. JSTOR  4547688.
  4. ^ Pittendrigh CS, Bruce VG, Rosensweig NS, Rubin ML (18. července 1959). „Růstové vzorce v Neurosporu: Biologické hodiny v Neurosporu“. Příroda. 184 (4681): 169–170. doi:10.1038 / 184169a0.
  5. ^ Sargent ML, Briggs WR, Woodward DO (říjen 1966). „Cirkadiánní povaha rytmu vyjádřená invertasless kmenem Neurospora crassa“. Fyziologie rostlin. 41 (8): 1343–9. doi:10.1104 / str. 41.8.1343. PMC  550529. PMID  5978549.
  6. ^ A b Belden WJ, Larrondo LF, Froehlich AC, Shi M, Chen CH, Loros JJ, Dunlap JC (červen 2007). „Pásová mutace v Neurospora crassa je dominantní alelou ras-1 implikující signalizaci RAS v cirkadiánním výstupu“. Geny a vývoj. 21 (12): 1494–505. doi:10.1101 / gad.1551707. PMC  1891427. PMID  17575051.
  7. ^ A b C Diernfellner A, Colot HV, Dintsis O, Loros JJ, Dunlap JC, Brunner M (prosinec 2007). „Dlouhé a krátké izoformy FRQ s hodinovým proteinem Neurospora podporují cirkadiánní rytmy s kompenzací teploty“. FEBS Dopisy. 581 (30): 5759–64. doi:10.1016 / j.febslet.2007.11.043. PMC  2704016. PMID  18037381.
  8. ^ Nakashima H, Onai K (prosinec 1996). „Cirkadiánní rytmus konidiace v Neurospora crassa“. Semináře z buněčné a vývojové biologie. 7 (6): 765–774. doi:10.1006 / scdb.1996.0094.
  9. ^ Feldman JF, Hoyle MN (prosinec 1973). "Izolace cirkadiánních hodinových mutantů Neurospora crassa". Genetika. 75 (4): 605–13. PMC  1213033. PMID  4273217.
  10. ^ McClung CR, Fox BA, Dunlap JC (červen 1989). „Frekvence hodinového genu Neurospora sdílí sekvenční prvek s obdobím hodinového genu Drosophila“. Příroda. 339 (6225): 558–62. doi:10.1038 / 339558a0. PMID  2525233.
  11. ^ Aronson BD, Johnson KA, Loros JJ, Dunlap JC (březen 1994). "Negativní zpětná vazba definující cirkadiánní hodiny: autoregulace frekvence hodinového genu". Věda. 263 (5153): 1578–84. doi:10.1126 / science.8128244. PMID  8128244.
  12. ^ Tseng YY, Hunt SM, Heintzen C, Crosthwaite SK, Schwartz JM (2012). „Komplexní modelování cirkadiánních hodin Neurospora a jejich teplotní kompenzace“. PLOS výpočetní biologie. 8 (3): e1002437. doi:10.1371 / journal.pcbi.1002437. PMC  3320131. PMID  22496627.
  13. ^ Liu Y, Garceau NY, Loros JJ, Dunlap JC (květen 1997). „Tepelně regulovaná translační kontrola FRQ zprostředkovává aspekty teplotních odpovědí v cirkadiánních hodinách neurospora“. Buňka. 89 (3): 477–86. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80228-7. PMID  9150147.
  14. ^ Colot HV, Loros JJ, Dunlap JC (2005). „Teplotně modulovaný alternativní sestřih a použití promotoru ve frekvenci genu cirkadiánních hodin“. Molekulární biologie buňky. 16 (12): 5563–71. doi:10,1091 / mbc.E05-08-0756. PMC  1289402. PMID  16195340.
  15. ^ Cheng P, He Q, He Q, Wang L, Liu Y (leden 2005). „Regulace cirkadiánních hodin Neurospora RNA helikázou“. Geny a vývoj. 19 (2): 234–41. doi:10.1101 / gad.1266805. PMC  545885. PMID  15625191.
  16. ^ A b C Baker CL, Kettenbach AN, Loros JJ, Gerber SA, Dunlap JC (2009). „Kvantitativní proteomika odhaluje dynamický interaktom a fázově specifickou fosforylaci v cirkadiánních hodinách Neurospora“. Molekulární buňka. 34 (3): 354–63. doi:10.1016 / j.molcel.2009.04.023. PMC  2711022. PMID  19450533.
  17. ^ Pregueiro AM, Liu Q, Baker CL, Dunlap JC, Loros JJ (2006). „Kináza 2 kontrolního bodu Neurospora: regulační spojení mezi cirkadiánními a buněčnými cykly“. Věda. 313 (5787): 644–9. doi:10.1126 / science.1121716. PMID  16809488. S2CID  36988859.
  18. ^ A b Hurley JM, Larrondo LF, Loros JJ, Dunlap JC (prosinec 2013). „Konzervovaná RNA helikáza FRH působí neenzymaticky na podporu vnitřně narušeného hodinového proteinu Neurospora FRQ“. Molekulární buňka. 52 (6): 832–43. doi:10.1016 / j.molcel.2013.11.005. PMC  3900029. PMID  24316221.
  19. ^ Zhou, Mian; Wang, Tao; Fu, Jingjing; Xiao, Guanghua; Liu, Yi (2017-04-27). „Neoptimální využití kodonů ovlivňuje strukturu proteinů v oblastech s vnitřní poruchou“. Molekulární mikrobiologie. 97 (5): 974–987. doi:10,1111 / mmi.13079. ISSN  0950-382X. PMC  4636118. PMID  26032251.
  20. ^ Dunlap JC, Loros JJ, Colot HV, Mehra A, Belden WJ, Shi M, Hong CI, Larrondo LF, Baker CL, Chen CH, Schwerdtfeger C, Collopy PD, Gamsby JJ, Lambreghts R (2007). „Cirkadiánní hodiny v Neurosporu: jak geny a proteiny spolupracují na produkci vytrvalého, strhatelného a kompenzovaného biologického oscilátoru po dobu asi jednoho dne“. Cold Spring Harbor Symposia o kvantitativní biologii. 72: 57–68. doi:10,1101 / sqb.2007.72.072. PMC  3683860. PMID  18522516.
  21. ^ Talora C, Franchi L, Linden H, Ballario P, Macino G (září 1999). „Role komplexu bílých límečků-1-bílých límečků-2 v signálním přenosu modrého světla“. Časopis EMBO. 18 (18): 4961–8. doi:10.1093 / emboj / 18.18.4961. PMC  1171567. PMID  10487748.
  22. ^ Froehlich AC, Liu Y, Loros JJ, Dunlap JC (2002). "White Collar-1, cirkadiánně modré světlo, fotoreceptor, vázající se na promotor frekvence". Věda. 297 (5582): 815–9. doi:10.1126 / science.1073681. PMID  12098706.
  23. ^ Denault DL, Loros JJ, Dunlap JC (leden 2001). „WC-2 zprostředkovává interakci WC-1-FRQ v cirkadiánní zpětnovazební smyčce Neurospora spojené s proteinem“. Časopis EMBO. 20 (1–2): 109–17. doi:10.1093 / emboj / 20.1.109. PMC  140181. PMID  11226161.
  24. ^ Sun G, Zhou Z, Liu X, Gai K, Liu Q, Cha J, Kaleri FN, Wang Y, He Q (květen 2016). „Potlačení kmitočtu nezávislého na WHITE COLLAR transkripci histonem H3 lysin 36 methyltransferáza SET-2 je nezbytný pro funkci hodin v Neurosporu“. The Journal of Biological Chemistry. 291 (21): 11055–63. doi:10.1074 / jbc.M115.711333. PMC  4900255. PMID  27002152.
  25. ^ Garceau NY, Liu Y, Loros JJ, Dunlap JC (1997). "Alternativní zahájení translace a časově specifické fosforylace poskytuje více forem esenciálního hodinového proteinu FREKVENCE". Buňka. 89 (3): 469–76. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80227-5. PMID  9150146.
  26. ^ Heintzen C, Liu Y (2007). "Cirkadiánní hodiny Neurospora crassa". Pokroky v genetice. 58: 25–66. doi:10.1016 / s0065-2660 (06) 58002-2. ISBN  9780123738820. PMID  17452245.
  27. ^ Cha J, Zhou M, Liu Y (leden 2015). „Mechanismus cirkadiánních hodin Neurospora, pohled orientovaný na FREKVENCI“. Biochemie. 54 (2): 150–6. doi:10.1021 / bi5005624. PMC  4303299. PMID  25302868.
  28. ^ Liu Y, Loros J, Dunlap JC (leden 2000). „Fosforylace hodinového proteinu Neurospora FREKVENCE určuje jeho rychlost degradace a silně ovlivňuje délku periody cirkadiánních hodin“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (1): 234–9. doi:10.1073 / pnas.97.1.234. PMC  26646. PMID  10618401.
  29. ^ Larrondo LF, Olivares-Yañez C, Baker CL, Loros JJ, Dunlap JC (leden 2015). "Cirkadiánní rytmy. Oddělení cirkadiánního hodinového obratu bílkovin od stanovení cirkadiánního období". Věda. 347 (6221): 1257277. doi:10.1126 / science.1257277. PMC  4432837. PMID  25635104.
  30. ^ A b C d He Q, Cheng P, Yang Y, He Q, Yu H, Liu Y (září 2003). „FWD1 zprostředkovaná degradace FREKVENCE v Neurosporu zavádí konzervovaný mechanismus regulace cirkadiánních hodin“. Časopis EMBO. 22 (17): 4421–30. doi:10.1093 / emboj / cdg425. PMC  202367. PMID  12941694.
  31. ^ A b C Cheng P, Yang Y, Heintzen C, Liu Y (leden 2001). „Interakce FRQ-FRQ zprostředkovaná doménou cívky je nezbytná pro její funkci cirkadiánních hodin v Neurosporu“. Časopis EMBO. 20 (1–2): 101–8. doi:10.1093 / emboj / 20.1.101. PMC  140186. PMID  11226160.
  32. ^ Shi M, Collett M, Loros JJ, Dunlap JC (2010). „FRQ-interagující RNA helikáza zprostředkovává negativní a pozitivní zpětnou vazbu v cirkadiánních hodinách Neurospora“. Genetika. 184 (2): 351–61. doi:10.1534 / genetika.109.111393. PMC  2828717. PMID  19948888.
  33. ^ Lakin-Thomas PL, Bell-Pedersen D, Brody S (01.01.2011). Brody S (ed.). „Genetika cirkadiánních rytmů v Neurosporu“. Pokroky v genetice. Genetika cirkadiánních rytmů. 74: 55–103. doi:10.1016 / b978-0-12-387690-4.00003-9. ISBN  9780123876904. PMC  5027897. PMID  21924975.
  34. ^ Dekhang, Rigzin; Wu, Cheng; Smith, Kristina M .; Lamb, Teresa M .; Peterson, Matthew; Bredeweg, Erin L .; Ibarra, Oneida; Emerson, Jillian M .; Karunarathna, Nirmala (01.01.2017). „Transkripční faktor Neurospora ADV-1 přenáší světelné signály a časové informace k řízení rytmické exprese genů zapojených do buněčné fúze“. G3 (Bethesda, MD). 7 (1): 129–142. doi:10,1534 / g3,116,034298. ISSN  2160-1836. PMC  5217103. PMID  27856696.
  35. ^ Crosthwaite SK, Loros JJ, Dunlap JC (1995). „Resetování cirkadiánních hodin vyvolané světlem je zprostředkováno rychlým nárůstem přepisu frekvence“. Buňka. 81 (7): 1003–12. doi:10.1016 / S0092-8674 (05) 80005-4. PMID  7600569.
  36. ^ Shigeyoshi Y, Taguchi K, Yamamoto S, Takekida S, Yan L, Tei H, Moriya T, Shibata S, Loros JJ, Dunlap JC, Okamura H (prosinec 1997). „Světlem indukované resetování cirkadiánních hodin savců je spojeno s rychlou indukcí přepisu mPer1“. Buňka. 91 (7): 1043–53. doi:10.1016 / s0092-8674 (00) 80494-8. PMID  9428526.
  37. ^ Aronson BD, Johnson KA, Dunlap JC (1994). „Cirkadiánní frekvence lokusu hodin: protein kódovaný jediným otevřeným čtecím rámcem definuje délku období a teplotní kompenzaci“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 91 (16): 7683–7. doi:10.1073 / pnas.91.16.7683. PMC  44466. PMID  8052643.
  38. ^ A b Shi M, Larrondo LF, Loros JJ, Dunlap JC (prosinec 2007). „Vývojový cyklus maskuje výstup z cirkadiánního oscilátoru za podmínek nedostatku cholinu v Neurosporu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (50): 20102–7. doi:10.1073 / pnas.0706631104. PMC  2148429. PMID  18056807.
  39. ^ Loros JJ, Richman A, Feldman JF (prosinec 1986). „Recesivní cirkadiánní hodinová mutace v místě frq Neurospora crassa“. Genetika. 114 (4): 1095–110. PMC  1203030. PMID  2948874.
  40. ^ A b C Bell-Pedersen D, Cassone VM, Earnest DJ, Golden SS, Hardin PE, Thomas TL, Zoran MJ (červenec 2005). „Cirkadiánní rytmy z více oscilátorů: lekce z různých organismů“. Genetika hodnocení přírody. 6 (7): 544–56. doi:10.1038 / nrg1633. PMC  2735866. PMID  15951747.
  41. ^ Granshaw T, Tsukamoto M, Brody S (srpen 2003). „Cirkadiánní rytmy v Neurospora crassa: farnesol nebo geraniol umožňují expresi rytmicity v jinak arytmických kmenech frq10, wc-1 a wc-2“. Journal of Biological Rhythms. 18 (4): 287–96. doi:10.1177/0748730403255934. PMID  12932081.
  42. ^ Christensen MK, Falkeid G, Loros JJ, Dunlap JC, Lillo C, Ruoff P (2004). "Nitrátem indukovaný oscilátor bez frq v Neurospora crassa". Journal of Biological Rhythms. 19 (4): 280–6. doi:10.1177/0748730404265532. PMID  15245647.
  43. ^ A b Dunlap JC, Loros JJ (říjen 2004). „Cirkadiánní systém neurospora“. Journal of Biological Rhythms. 19 (5): 414–24. doi:10.1177/0748730404269116. PMID  15534321.
  44. ^ Salichos L, Rokas A (2010). "Rozmanitost a vývoj cirkadiánních hodinových proteinů v houbách". Mykologie. 102 (2): 269–78. doi:10.3852/09-073. JSTOR  27811038. PMID  20361495. S2CID  1856977.
  45. ^ Hevia MA, Canessa P, Müller-Esparza H, Larrondo LF (2015). „Cirkadiánní oscilátor v houbě Botrytis cinerea reguluje virulenci při infikování Arabidopsis thaliana“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 112 (28): 8744–9. doi:10.1073 / pnas.1508432112. PMC  4507220. PMID  26124115.
  46. ^ Traeger S, Nowrousian M (2015). „Analýza cirkadiánních rytmů v bazálních vláknitých ascomycete Pyronema confluens“. G3 (Bethesda, MD). 5 (10): 2061–71. doi:10,1534 / g3,115,020461. PMC  4592989. PMID  26254031.
  47. ^ Lee, SJ., Kong, M., Morse, D. Hijri, M. (2018) Vyjádření domnělých složek cirkadiánních hodin v arbuskulární mykorhizní houbě Rhizoglomus nepravidelné. Mycorrhiza. https://doi.org/10.1007/s00572-018-0843-y
  48. ^ Dunlap JC, Loros JJ (prosinec 2006). "Jak houby udržují čas: cirkadiánní systém v Neurospora a dalších houbách". Současný názor v mikrobiologii. 9 (6): 579–87. doi:10.1016 / j.mib.2006.10.008. PMID  17064954.
  49. ^ Zhou M, Guo J, Cha J, Chae M, Chen S, Barral JM, Sachs MS, Liu Y (březen 2013). „Neoptimální využití kodonu ovlivňuje expresi, strukturu a funkci hodinového proteinu FRQ“. Příroda. 495 (7439): 111–5. doi:10.1038 / příroda11833. PMC  3629845. PMID  23417067.
  50. ^ Hurley JM, Larrondo LF, Loros JJ, Dunlap JC (prosinec 2013). „Konzervovaná RNA helikáza FRH působí neenzymaticky na podporu vnitřně narušeného neurosporového hodinového proteinu FRQ“. Molekulární buňka. 52 (6): 832–43. doi:10.1016 / j.molcel.2013.11.005. PMC  3900029. PMID  24316221.