FAM40A - FAM40A

STRIP1
Identifikátory
Aliasy	STRIP1FAM40A, FAR11A, protein interagující se striatinem 1
Externí ID	OMIM: 617918 MGI: 2443884 HomoloGene: 35064 Genové karty: STRIP1
Umístění genu (člověk) Chr. Chromozom 1 (lidský)[1] Kapela 1p13.3 Start 110,031,577 bp[1] Konec 110,074,641 bp[1]
Umístění genu (myš) Chr. Chromozom 3 (myš)[2] Kapela 3 | 3 F2.3 Start 107,612,532 bp[2] Konec 107,631,694 bp[2]
Genová ontologie Molekulární funkce • GO: 0001948 vazba na proteiny • molekulární funkce • Vazba Rho GTPázy • vazba protein kinázy Buněčná složka • extracelulární exosom • buněčné jádro • cytoplazma • cytosol Biologický proces • regulace buněčné morfogeneze • GO: 0033109 organizace kortikálního aktinového cytoskeletu Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
Druh	Člověk	Myš
Entrez	85369	229707
Ensembl	ENSG00000143093	ENSMUSG00000014601
UniProt	Q5VSL9	Q8C079
RefSeq (mRNA)	NM_001270768 NM_033088	NM_153563
RefSeq (protein)	NP_001257697 NP_149079	NP_705791
Místo (UCSC)	Chr 1: 110,03 - 110,07 Mb	Chr 3: 107,61 - 107,63 Mb
PubMed Vyhledávání	[3]	[4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověka Zobrazit / upravit myš

Protein FAM40A je protein který se nachází na chromozom 1 u lidí a je kódován FAM40A gen.^[5][6][7]

Vlastnosti a sekundární struktura

FAM40A má izoelektrický bod 5,92 a a molekulární váha 95 575 daltony.^[8] Předpokládá se, že budou tři transmembránové domény, což je a transmembránový protein.^[9] FAM40A neobsahuje a signální peptid a předpokládá se také, že se bude vázat DNA, případně z toho membránový protein v jaderná membrána.^[10][11]

Predikce orientace transmembránových domén FAM40A

The sekundární struktura FAM40A má obsahovat dvacet šest alfa helixy a dva beta listy.^[12] 5 ' nepřeložená oblast FAM40A se předpokládá, že obsahuje jeden kmenová smyčka a předpokládá se, že 3 'nepřekládaná oblast obsahuje osm struktur kmenové smyčky.^[13] Dva miRNA Předpokládá se, že se budou vázat na dvě struktury kmenové smyčky přítomné v oblasti 3 'UTR.^[14]

Homologie

FAM40A nemá č paralogy. Nicméně má ortology táhnoucí se úplně zpět droždí. Bylo navrženo, že FAM40A je homolog na kvasinkový gen FAR11, který se podílí na obnově po zastavení buněčného cyklu.^[15][16]

Následující tabulka představuje malý výběr ortologů nalezených při vyhledávání v VÝBUCH^[17] a BLAT.^[18] Toto v žádném případě není úplný seznam, nicméně ukazuje obrovskou rozmanitost druhů, kde se nacházejí ortology FAM40A.

Výraz

FAM40A je během blastocyst, osmibunková fáze, a fetální fáze vývoje.^[19] Bylo také prokázáno, že FAM40A je exprimován ve vysokých hladinách v mléčné žlázy, mozek, brzlík, ústa a testy.^[20] Rovněž bylo prokázáno, že je vyjádřen ve vysokých hladinách v nádory mléčné žlázy, leukemické buňky a nádory zárodečných buněk.^[20]

Předpokládaná exprese FAM40A v různých tkáních těla

Regulace transkripce

Předpokládá se, že FAM40A bude mít promotor region 789 párů bází před začátkem roku transkripce.^[21] The SOX transkripční faktory Předpokládá se, že se budou vázat na promotorovou oblast genu FAM40A, což může naznačovat roli při určování pohlaví.^[21]

Interakce

FAM40A bylo prokázáno komunikovat s RP6-213H19.1,^[22] STRN,^[22] PDCD10,^[22] TRAF3IP3,^[22] STRN3,^[22] PPP2R1A,^[22] MOBKL3,^[22] CTTNBP2NL,^[22] STK24^[22][23] a PPP2CA.^[22]

Reference

Další čtení