Décrypthon - Décrypthon

Décrypthon
K dispozici vAngličtina, francouzština
TypGrid computing a Dobrovolnická práce na počítači
webová stránkaafm-telethon.fr/ projet-decrypthon-3149

Décrypthon je projekt, který využívá grid computing zdroje přispívající k lékařskému výzkumu. Slovo je a portmanteau francouzského slova „dešifrování“ (k dešifrování) a „telethon ".

Popis

Décrypthon je technologická platforma poskytující výpočetní výkon potřebný ke zpracování komplexních dat v biologii. Umožňuje to prostřednictvím technologií zvaných „mřížky ", shromáždit (v mřížce) kapacitu několika superpočítačů (500 Gflop) nainstalovaných IBM na 6 francouzských univerzitách (Bordeaux 1, Lille 1, Paříž 6 Jussieu, ENS Lyon, Crihan v Rouenu, Orsay) a / nebo jednotlivé osobní počítače prostřednictvím internetu Světová komunitní mřížka,[1] sám a BOINC projekt. V rámci programu Décrypthon bylo dokončeno tucet vědeckých projektů vybraných v rámci výběrového řízení.

Dějiny

V roce 2001 francouzsky Telethon, AFM („Association française contre les myopathies“ / „French Association Against Myopathy“) a IBM zahájila výzvu k mobilizaci uživatelů internetu: „Zpřístupněte svůj nevyužitý počítačový čas výzkumu“. Cíl: Splňte první proteom mapování: všechny proteiny / molekuly produkované buňkami.

Tato vědecká, technologická a lidská výzva byla bravurně přijata: mobilizovalo se 75 000 uživatelů internetu, provedly se miliardy složitých výpočtů, zmapovalo se 550 000 proteinů. Jedná se o knihovnu pro srovnání proteinů z různých druhů živých organismů (zvířat, rostlin, lidí). Obsahuje téměř 2,2 milionu souborů rozdělených do 17 000 adresářů.

To vše za méně než dva měsíce, zatímco dosažení jediného počítače by trvalo více než 1170 let. Každý počítač přispěl přibližně 133 hodinami nebo celkem více než 10 miliony hodin výpočtů. Během operace koordinovalo řešení a data dvacet jedna serverů IBM.

Po tomto úspěchu vyhlásila AFM v roce 2003 výzvu k podávání nabídek na podporu využívání této znalostní základny. Byly vybrány čtyři projekty:

  • Projekt navrhli dva týmy z Commissariat à l'Energie Atomique (CEA, Commission for Atomic Energy) Department of Life Sciences at Saclay (S Zinn-Justin and R Guérois) in associated with A Poupon, from the Národní centrum vědeckého výzkumu (Center Nationale de la recherche scientifique ou CNRS), Laboratoř strukturálních kvasinek genomika z univerzity v Orsay. Cílem tohoto projektu bylo studovat vztahy mezi strukturou a funkcí proteinů, které snižují riziko genetických abnormalit u lidí a kvasinek.

Tři další týmy z IGBMC (Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire, Genomics Institute of molekulární a buněčné biologie) v Illkirch, J Laporte a JL Mandel, A Pujol a JL Mandel, G Bey, F Sirockin, F Plevwniak a O Poch navrhl tři projekty s rostoucí složitostí.

  • První projekt zahrnoval identifikaci a charakterizaci proteinů zapojených do několika neuromuskulární onemocnění, stejně jako predikce proteinových domén a tkáňově specifických funkcí.
  • Druhý projekt zahrnoval analýzu proteinů buňky organela, peroxisom, který se podílí na mnoha základních metabolických funkcích.
  • Třetím projektem v měřítku organismu byla identifikace nových potenciálních terapeutických cílů v roce 2006 Vibrio cholerae a bakteriální průjem organismy podílející se na průjmových onemocněních

V letech 2003/2004 byly vybrány dva projekty. Oba projekty byly úspěšně provedeny na síti a poskytly užitečné výpočty.[2]

Po úspěchu těchto dvou projektů byla v květnu 2004 podepsána dohoda mezi AFM, CNRS a IBM, která formalizovala tehdy pojmenovaný projekt „založený na Décrypthon“ na mřížce serverů[3] daroval IBM na šesti partnerských univerzitách.

V roce 2009 francouzský herec Thierry Lhermitte se stává patronem Décrypthonu.

Projekty

  • Projekt koordinuje Alessandra Carbone (Inserm Jednotka 511, Université Pierre et Marie Curie ). Rozsáhlé vyšetřování interakcí protein-protein, protein-DNA a protein-ligand vedoucí k cílení na léky. Tento projekt se snaží vyvinout počítačové nástroje k identifikaci na povrchu proteinu, interakčních míst s jinými proteiny, DNA nebo ligandy.
  • Projekt Christophe Pouzata a Pascala Viota (CNRS UMR 8118, Université René Descartes, Paříž V). Paralelizace a Metoda Monte Carlo třídit akční potenciály: zdokonalení nástroje pro základní výzkum v roce 2006 neurovědy a diagnostika neuromuskulárních onemocnění. Tento projekt si klade za cíl automatizovat zpracování neuronových signálů zaznamenaných lékaři za účelem detekce jakékoli poruchy neuronů v mozku nebo motoneuronů, které řídí svalová vlákna.
  • Projekt koordinuje Marc Robinson-Rechavi (Fakulta biologie a medicíny na univerzitě v Lausanne /ENS Lyon). Dolování dat o zvířecích transkriptomech pro anotaci neuromuskulárních procesů člověka genom. Tento projekt umožní přesně určit, které geny by měly být exprimovány (nebo jsou exprimovány nesprávně) ve svalových buňkách, což jsou základní informace potřebné k pochopení neuromuskulárních onemocnění.
  • Projekt koordinuje E-K. Talbi (LIFL - Laboratoř základní informatiky v Lille, USTL, CNRS, INRIA, Villeneuve d'Ascq). Konformační odběr vzorků a ukotvení na sítích: Aplikace na neuromuskulární onemocnění. Cílem je předpovědět výpočtem povahu a typ vazeb molekul podílejících se na fungování normální buňky a vyvinout výzkum „in silico“ (výpočtem), prostředky interferující s normálními nebo patologickými fyziologickými procesy - a proto racionálně vyvíjet léky.
  • Projekt koordinovali F. Relaix a O. Poch (Institute of Myology, Paris - IGBMC, Illkirch). Rozsáhlá identifikace transkripčních sítí během myogeneze. Tento projekt si klade za cíl identifikovat molekulární mechanismy transkripce ve vývoji svalu.
  • Projekt koordinují M. Robinson-Rechavi a L. Schaeffer (Fakulta biologie a medicíny na univerzitě v Lausanne /ENS Lyon). Integrace více přístupů funkčních genomika pochopit ten sval.

Pomozte vyléčit svalovou dystrofii (HCMD)

V roce 2007 zahájil projekt týmu Alessandry Carboneové přípravnou fázi celosvětové a veřejné sítě The Světová komunitní mřížka, výpočtem interakcí 336 proteinů. Nyní je veřejně znám jako „Pomozte vyléčit svalovou dystrofii "(HCMD).

V roce 2009 byla po využití zkušeností získaných v první fázi zahájena druhá fáze projektu v síti World Community Grid. K uskutečnění tohoto ohromného projektu bude po celý rok pozváno a věnováno 150 000 uživatelů internetu.

V tuto chvíli je HCMD spuštěným projektem, který je ve své druhé fázi.

datumVypočítaná pozicePřijatá pracovní jednotkaDokončení
11. května 2009000.00%
15. ledna 201016 697 552 86110 810 35512.13%
7. května 201028 965 307 20116 586 05521.04%
4. února 201178 226 996 84833 088 78356.83%
16. května 201196 053 905 75839 184 25469.78%

Reference

  1. ^ Bertis, Viktor; Bolze, Raphaël; Desprez, Frédéric; Reed, Kevin (duben 2008). „Provádění bioinformatické aplikace na síti dobrovolníků ve velkém měřítku“. Workshop o paralelních a distribuovaných vědeckých a technických výpočtech (PDSEC08).
  2. ^ Bertis, V .; Bolze, R; Desprez, F. (prosinec 2009). „Od vyhrazené sítě k síti dobrovolníků: Provádění aplikace bioinformatiky ve velkém měřítku“. Journal of Grid Computing. 7 (4): 463–478.
  3. ^ Bard, Nicolas; Bolze, Raphaël; Caron, Eddy; Desprez, Frédéric; Heymann, Michaël; Friedrich, Anne; Moulinier, Luc; Nguyen, Ngoc-Hoan; Poch, Olivier; Toursel, Thierry (červen 2010). "Décrypthon Grid - Gridové zdroje určené pro neuromuskulární poruchy". 8. konference HealthGrid.

externí odkazy