CARKD - CARKD
Sacharid kináza | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
![]() Krystalografická struktura domnělého Bacillus subtilis karbohydrát kináza (duhová, N-konec = modrá, C-konec = červená).[5] | |||||||||||
Identifikátory | |||||||||||
Symbol | Carb_kinase | ||||||||||
Pfam | PF01256 | ||||||||||
Pfam klan | CL0118 | ||||||||||
InterPro | IPR000631 | ||||||||||
STRÁNKA | PDOC00806 | ||||||||||
SCOP2 | 1kyh / Rozsah / SUPFAM | ||||||||||
|
Protein obsahující sacharidovou kinázovou doménu (ve zkratce CARKD), zakódováno CARKD gen, je člověk protein neznámé funkce. Gen CARKD kóduje proteiny predikovaným mitochondriálním propeptidem (mCARKD), signálním peptidem (spCARKD) nebo žádným z nich (cCARKD). Konfokální mikroskopická analýza transfektovaných CHO Buňky (vaječníky čínského křečka) ukázaly, že cCARKD zůstává v cytosol vzhledem k tomu, že mCARKD a spCARKD jsou zaměřeny na mitochondrie a endoplazmatické retikulum resp.[6] Protein je konzervován u mnoha druhů a předpovídal ortology přes eukaryoty, bakterie, a archea.
Struktura
Gen
Lidský gen CARKD má 10 exony a bydlí dál Chromozom 13 na q34. Následující geny jsou poblíž CARKD na chromozomu:[7]
- COL4A2: A2 Podjednotka kolagenu typu IV
- RAB20: Regulátor potenciálu obchodování s Connexinem 43.
- CARS2: Mitochondriální cystienyl-tRNA syntetáza 2
- ING1: Protein potlačující nádory
Protein
Tento protein je součástí fosfomethylpyrimidinkináza: ribokináza / pfkB nadčeleď. Tato rodina se vyznačuje přítomností a doména sdílené rodinou.[8] CARKD obsahuje doménu sacharidkinázy (Pfam PF01256 ).[8] Tato rodina souvisí s Pfam PF02210 a Pfam PF00294 z čehož vyplývá, že se také jedná o sacharidovou kinázu.
Předpokládané vlastnosti
Následující vlastnosti CARKD byly předpovězeny pomocí bioinformatická analýza:
- Molekulová hmotnost: 41,4 KDal[9]
- Isoelektrický bod: 9.377[10]
- Ortology CARKD mají vysoce variabilní izoelektrické body.[10]
- Posttranslační modifikace: Předpovídají se tři posttranslační úpravy:
- Upraveno Fosfotyrosin Zbytek[11]
- Dva N-vázaná glykosylace Weby[11]
- A Signální peptid a bylo předpovězeno místo štěpení signálním peptidem.[12]
Funkce
Distribuce tkání
CARKD se zdá být všudypřítomně exprimován na vysokých úrovních. Data exprese v lidském proteinu a myši ortolog, označte jeho expresi téměř ve všech tkáních.[13][14] Jedním zvláštním vzorem výrazu CARKD je jeho diferenciální výraz prostřednictvím vývoje oligodendrocyty. Jeho exprese je nižší v progenitorových buňkách oligodendrocytů než ve zralých oligodendrocytech.[15]
Závazní partneři
Prekurzor vázající se na lidský protein apolipoprotein A-1 (APOA1BP ) se předpokládalo, že bude závazným partnerem pro CARKD.[16] Tato předpověď je založena na společném výskytu napříč genomy a společné expresi. Kromě těchto údajů jsou v ortology CARKD in E-coli obsahují doménu podobnou APOA1BP. To naznačuje, že tyto dva proteiny pravděpodobně pocházejí od společného evolučního předka a podle teorie analýzy kamenů Rosetta[17] jsou pravděpodobnými interakčními partnery i u druhů, jako jsou lidé, kde tyto dva proteiny nejsou produkovány jako jediný polypeptid.
Klinický význam
Na základě alelově specifické exprese CARKD může CARKD hrát roli v akutní lymfoblastická leukémie.[18] Navíc, microarray data naznačují, že CARKD je regulován Glioblastoma multiforme nádory.[19]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000213995 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031505 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ PDB: 1kyh; Zhang RG, Grembecka J, Vinokour E, Collart F, Dementieva I, Minor W, Joachimiak A (září 2002). „Struktura Bacillus subtilis YXKO - člen rodiny UPF0031 a domnělá kináza“. Journal of Structural Biology. 139 (3): 161–70. doi:10.1016 / S1047-8477 (02) 00532-4. PMC 2793413. PMID 12457846.
- ^ Marbaix, AY; Tyteca, D; Niehaus, TD; Hanson, AD; Linster, CL; Van Schaftingen, E (15. května 2014). "Výskyt a subcelulární distribuce opravného systému NADPHX u savců". The Biochemical Journal. 460 (1): 49–58. doi:10.1042 / bj20131482. PMID 24611804.
- ^ „Prohlížeč genomu UCSC: CARKD“.
- ^ A b „CDD: Conserved Domain Database (NCBI)“.
- ^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (březen 1992). "Metody a algoritmy pro statistickou analýzu proteinových sekvencí". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 89 (6): 2002–6. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.
- ^ A b „Program PI (Isoelectric Point Predikce)“. Archivovány od originál dne 2008-10-26.
- ^ A b „UniProt Database“.
- ^ Bendtsen JD, Nielsen H, von Heijne G., Brunak S (červenec 2004). "Vylepšená predikce signálních peptidů: SignalP 3.0". Journal of Molecular Biology. 340 (4): 783–95. CiteSeerX 10.1.1.165.2784. doi:10.1016 / j.jmb.2004.05.028. PMID 15223320.
- ^ „Unigene (prohlížeč profilů EST) Human CARKD“.
- ^ „Unigene (prohlížeč profilů EST) Myš CARKD“.
- ^ Nielsen JA, Maric D, Lau P, Barker JL, Hudson LD (září 2006). „Identifikace nového proteinu adheze oligodendrocytových buněk pomocí profilování genové exprese“. Journal of Neuroscience. 26 (39): 9881–91. doi:10.1523 / JNEUROSCI.2246-06.2006. PMC 1613258. PMID 17005852.
- ^ „STRING: Známé a předpokládané interakce protein-protein“.
- ^ Datum SV (2008). Metoda Rosettova kamene. Methods Mol Biol. Metody v molekulární biologii ™. 453. 169–80. doi:10.1007/978-1-60327-429-6_7. ISBN 978-1-60327-428-9. PMID 18712302.
- ^ Milani L, Lundmark A, Nordlund J, Kiialainen A, Flaegstad T, Jonmundsson G, Kanerva J, Schmiegelow K, Gunderson KL, Lönnerholm G, Syvänen AC (leden 2009). „Alelově specifické vzory genové exprese v primárních leukemických buňkách odhalují regulaci genové exprese methylací místa CpG“. Výzkum genomu. 19 (1): 1–11. doi:10.1101 / gr.083931.108. PMC 2612957. PMID 18997001.
- ^ Ruano Y, Mollejo M, Ribalta T, Fiaño C, Camacho FI, Gómez E, de Lope AR, Hernández-Moneo JL, Martínez P, Meléndez B (2006). „Identifikace nových kandidátských cílových genů v amplikonech nádorů Glioblastoma multiforme detekovaných expresí a profilováním mikročipů CGH“. Molekulární rakovina. 5 (1): 39. doi:10.1186/1476-4598-5-39. PMC 1592108. PMID 17002787.
externí odkazy
- Člověk CARKD umístění genomu a CARKD stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.