Analýza molekulární variance - Analysis of molecular variance

Analýza molekulární variance (AMOVA), je statistický model pro molekulární algoritmus v jednom druh, typicky biologický.[1] Název a model jsou inspirovány ANOVA. Metodu vyvinul Laurent Excoffier, Peter Smouse a Joseph Quattro na Rutgersova univerzita v roce 1992.

Od vývoje AMOVA napsal Excoffier a program pro provádění takových analýz. Tento program, který běží dál Okna, je nazýván Arlequin a je volně k dispozici na webových stránkách Excoffier. K dispozici je také implementace Sandrine Pavoine v Jazyk R. v balíčku ade4 dostupném na CRAN (Comprehensive R Archive Network). Další implementace je v Info-Gen, který také běží dál Okna. Studentská verze je zdarma a plně funkční. Rodným jazykem aplikace je španělština, ale k dispozici je také anglická verze.

Další bezplatný statistický balíček, GenAlEx,[2] je zaměřen jak na výuku, tak na výzkum a umožňuje použít a porovnat komplexní genetické analýzy v rámci běžně používaného rozhraní Microsoft Excel. Tento software umožňuje výpočet analýz, jako je AMOVA, a také srovnání s jinými typy úzce souvisejících statistik, včetně F-statistik a Shannonova indexu a dalších.

Reference

  1. ^ Excoffier, L; Smouse, Pe; Quattro, Jm (červen 1992). „Analýza molekulární odchylky odvozená z metrických vzdáleností mezi haplotypy DNA: aplikace na údaje o omezení lidské mitochondriální DNA“ (Volný plný text). Genetika. 131 (2): 479–91. ISSN  0016-6731. PMC  1205020. PMID  1644282.
  2. ^ Peakall, R. a Smouse P.E. (2012) GenAlEx 6.5: genetická analýza v aplikaci Excel. Populační genetický software pro výuku a výzkum - aktualizace. Bioinformatika 28, 2537–2539.

externí odkazy